6ba6

Solution structure of Rap1b/talin complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 63.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Talin-1

Mus musculus

UniProt P26039

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–86 片段:F0 domain Ras-related protein Rap-1b × 1 (P61224) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.6;301 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM NaCl, 5mM MgCl2;压力 101325 NMR测量条件:pH 6.6;301 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM NaCl, 5mM MgCl2;压力 101325 NMR样品组成:0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D20 | 0.2% H20, 99.8% D20 NMR样品组成:0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–93; UniProt 1–86

Ras-related protein Rap-1b

Homo sapiens

UniProt P61224

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–167 突变:G12V Talin-1 × 1 (P26039) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6.6;301 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM NaCl, 5mM MgCl2;压力 101325 NMR测量条件:pH 6.6;301 K;离子强度(mmCIF原始值)50mM NaCl, 5mM MgCl2;压力 101325 NMR样品组成:0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 0.9 mM talin-F0, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-15N; U-2H] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 95% H20, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-13C; U-15N] talin-F0, 0.7 mM Rap1b, 0.2% H20, 99.8% D20 | 0.2% H20, 99.8% D20 NMR样品组成:0.6 mM [U-13C; U-15N] Rap1b, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAP1B_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–168; UniProt 1–167

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ba6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ba6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ba6
沉积日期 deposition_date2017-10-12
结构标题 titleSolution structure of Rap1b/talin complex
关键词 keywordsComplex, Small GTPase, ubiquitin-like fold, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.97
零角强度 I(0) i04635860000.00
分子量 molecular_weight577700.0 kDa
排除体积 excluded_volume722060 ų
包络体积 envelope_volume54166 ų
水化壳体积 shell_volume22231 ų
包络直径 envelope_diameter72.0
壳层 Rg shell_rg27.03
包络 Rg envelope_rg20.64
形状 Rg shape_rg18.96
总 Rg total_rg19.06
总原子数 total_atoms80900
残基数 n_residues5060
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.0
Rg (实空间) rg_real19.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real4.6360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4636000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8160
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.287
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1941000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ba6b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6ba6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6ba6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)