6ql1

Crystal structure of chimeric carbonic anhydrase VI with 4-[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)thio]-2,3,5,6-tetrafluorobenzenesulfonamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 片段:human carbonic anhydrase II 突变:A65T, N67Q, F130Y, V134Q, L203T ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 BCN BICINE × 1 V50 4-[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)thio]-2,3,5,6-tetrafluorobenzenesulfonamide × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;Crystallization buffer was 0.1M sodium BICINE (pH 9), 0.2M ammonium sulfate and 2M sodium malonate (pH 7) 分辨率 1.42 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1272 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ql1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ql1
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ql1
沉积日期 deposition_date2019-01-31
结构标题 titleCrystal structure of chimeric carbonic anhydrase VI with 4-[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)thio]-2,3,5,6-tetrafluorobenzenesulfonamide
关键词 keywordsdrug design, carbonic anhydrase, benzenesulfonamide, metal-binding, lyase-lyase inhibitor complex, lyase; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.23
零角强度 I(0) i015775800.00
分子量 molecular_weight29941.0 kDa
排除体积 excluded_volume37340 ų
包络体积 envelope_volume41095 ų
水化壳体积 shell_volume19284 ų
包络直径 envelope_diameter58.8
壳层 Rg shell_rg24.13
包络 Rg envelope_rg17.62
形状 Rg shape_rg17.21
总 Rg total_rg18.28
总原子数 total_atoms2111
残基数 n_residues257
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.9
Rg (实空间) rg_real18.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34
I(0) (实空间) i0_real1.5780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7940e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15780000.0000
解质量估计 total_estimate0.6374
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.4
偏度 Skewness skewness0.076
峰度 Kurtosis kurtosis-0.455
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2826000.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.841; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.259; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6ql1a_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)