6ziu

bovine ATP synthase stator domain, state 3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 215.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP synthase protein 8

物种未注明

UniProt P03929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 8; UniProt 1–66 未记录 ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP8_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 8; PDB构建体 1–66; UniProt 1–66

ATP synthase subunit a

物种未注明

UniProt P00847

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–226 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP6_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–226; UniProt 1–226

ATP synthase subunit d, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13620

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 d; UniProt 2–161 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP5H_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 d; PDB构建体 1–160; UniProt 2–161

ATP synthase subunit e, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q00361

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 2–71 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP5I_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–70; UniProt 2–71

ATP synthase subunit f, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q28851

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 f; UniProt 2–88 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPK_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–87; UniProt 2–88

ATP synthase subunit g, mitochondrial

物种未注明

UniProt Q28852

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 2–103 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP5L_BOVIN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103

ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial

物种未注明

UniProt P14790

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 j; UniProt 1–60 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP68_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 j; PDB构建体 1–60; UniProt 1–60

ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13619

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 b; UniProt 43–256 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AT5F1_BOVIN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–214; UniProt 43–256

ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial

物种未注明

UniProt P02721

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 h; UniProt 33–108 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5J_BOVIN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 h; PDB构建体 1–76; UniProt 33–108

ATP synthase subunit O, mitochondrial

物种未注明

UniProt P13621

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 24–213 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit alpha, mitochondrial × 1 (P19483) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPO_BOVIN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–190; UniProt 24–213

ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 44–553 未记录 ATP synthase protein 8 × 1 (P03929) ATP synthase subunit a × 1 (P00847) ATP synthase subunit d, mitochondrial × 1 (P13620) ATP synthase subunit e, mitochondrial × 1 (Q00361) ATP synthase subunit f, mitochondrial × 1 (Q28851) ATP synthase subunit g, mitochondrial × 1 (Q28852) ATP synthase subunit ATP5MPL, mitochondrial × 1 (P14790) ATP synthase F(0) complex subunit B1, mitochondrial × 1 (P13619) ATP synthase-coupling factor 6, mitochondrial × 1 (P02721) ATP synthase subunit O, mitochondrial × 1 (P13621) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Th sample was allowed to penetrate through the holey grid support and to distribute to both sides of the grid surface for ~15sec. Then the grids were blotted with filter paper for 8-10 sec before blotting. 分辨率 6.02 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA_BOVIN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–510; UniProt 44–553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ziu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ziu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ziu
沉积日期 deposition_date2020-06-26
结构标题 titlebovine ATP synthase stator domain, state 3
关键词 keywordsATP synthase, mitochondria, mammalian, complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier75.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron76.08
零角强度 I(0) i0213662000.00
分子量 molecular_weight131810.0 kDa
排除体积 excluded_volume168760 ų
包络体积 envelope_volume333030 ų
水化壳体积 shell_volume39296 ų
包络直径 envelope_diameter235.3
壳层 Rg shell_rg65.50
包络 Rg envelope_rg72.87
形状 Rg shape_rg75.99
总 Rg total_rg76.21
总原子数 total_atoms18919
残基数 n_residues1162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax215.6
Rg (实空间) rg_real76.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.81
I(0) (实空间) i0_real2.1360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal211600000.0000
解质量估计 total_estimate0.5900
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.1
偏度 Skewness skewness0.327
峰度 Kurtosis kurtosis-1.238
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0005
最高正则化参数 α highest_alpha7605000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.201; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.065; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)