7cg4

Cryo-EM structure of the flagellar export apparatus with FliE from Salmonella

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 118.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar hook-basal body complex protein FliE

物种未注明

UniProt P26462

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–104 链 b; UniProt 1–104 链 c; UniProt 1–104 链 d; UniProt 1–104 链 e; UniProt 1–104 链 f; UniProt 1–104 未记录 Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIE_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 b; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 c; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 d; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 e; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 f; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104

Flagellar biosynthetic protein FliP

物种未注明

UniProt P54700

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 r; UniProt 1–245 链 s; UniProt 1–245 链 t; UniProt 1–245 链 u; UniProt 1–245 链 v; UniProt 1–245 未记录 Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIP_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 r; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 s; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 t; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 u; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 v; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7cg4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7cg4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7cg4
沉积日期 deposition_date2020-06-30
结构标题 titleCryo-EM structure of the flagellar export apparatus with FliE from Salmonella
关键词 keywordsExport apparatus, FliE, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.58
零角强度 I(0) i0321042000.00
分子量 molecular_weight156040.0 kDa
排除体积 excluded_volume200600 ų
包络体积 envelope_volume294700 ų
水化壳体积 shell_volume64759 ų
包络直径 envelope_diameter127.7
壳层 Rg shell_rg44.89
包络 Rg envelope_rg35.66
形状 Rg shape_rg36.58
总 Rg total_rg37.24
总原子数 total_atoms10943
残基数 n_residues1419
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax118.5
Rg (实空间) rg_real37.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.81
I(0) (实空间) i0_real3.2100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.71
I(0) (倒空间) i0_reciprocal321100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6750
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.8
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.414
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74670000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.080; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.954

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)