8wlh

Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CCW state

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 203.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wlh
沉积日期 deposition_date	2023-09-29
结构标题 title	Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CCW state
关键词 keywords	Flagellum, Flagellar motor, Proximal rod, Export apparatus, FlgF, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	64.27 Å
零角强度 I(0) i0	3600400000.00
分子量 molecular_weight	516830.0 kDa
排除体积 excluded_volume	652770 Å³
包络体积 envelope_volume	936040 Å³
水化壳体积 shell_volume	125990 Å³
包络直径 envelope_diameter	245.1 Å
壳层 Rg shell_rg	60.19 Å
包络 Rg envelope_rg	64.21 Å
形状 Rg shape_rg	64.28 Å
总 Rg total_rg	64.12 Å
总原子数 total_atoms	36230
残基数 n_residues	4845
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	203.7 Å
Rg (实空间) rg_real	63.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.5950e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3593000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8143
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.599
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0079
最高正则化参数 α highest_alpha	491500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.790; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.212

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Flagellar biosynthetic protein FliQ
分子量 formula_weight	9606.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	36230

MTPESVMMMGTEAMKVALALAAPLLLVALITGLIISILQAATQINEMTLSFIPKIVAVFIAIIVAGPWMLNLLLDYVRTLFSNLPYIIG

Entity 2 polymer

描述 description	Flagellar biosynthetic protein FliR
分子量 formula_weight	28938.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MIQVTSEQWLYWLHLYFWPLLRVLALISTAPILSERAIPKRVKLGLGIMITLVIAPSLPANDTPLFSIAALWLAMQQILIGIALGFTMQFAFAAVRTAGEFIGLQMGLSFATFVDPGSHLNMPVLARIMDMLAMLLFLTFNGHLWLISLLVDTFHTLPIGSNPVNSNAFMALARAGGLIFLNGLMLALPVITLLLTLNLALGLLNRMAPQLSIFVIGFPLTLTVGIMLMAALMPLIAPFCEHLFSEIFNLLADIVSEMPINNNP

Entity 3 polymer

描述 description	Flagellar biosynthetic protein FliP
分子量 formula_weight	26801.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J

MRRLLFLSLAGLWLFSPAAAAQLPGLISQPLAGGGQSWSLSVQTLVFITSLTFLPAILLMMTSFTRIIIVFGLLRNALGTPSAPPNQVLLGLALFLTFFIMSPVIDKIYVDAYQPFSEQKISMQEALDKGAQPLRAFMLRQTREADLALFARLANSGPLQGPEAVPMRILLPAYVTSELKTAFQIGFTIFIPFLIIDLVIASVLMALGMMMVPPATIALPFKLMLFVLVDGWQLLMGSLAQSFYS

Entity 4 polymer

描述 description	Flagellar hook-basal body complex protein FliE
分子量 formula_weight	11087.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P

MAAIQGIEGVISQLQATAMAARGQDTHSQSTVSFAGQLHAALDRISDRQAAARVQAEKFTLGEPGIALNDVMADMQKASVSMQMGIQVRNKLVAAYQEVMSMQV

Entity 5 polymer

描述 description	Flagellar basal body rod protein FlgB
分子量 formula_weight	15145.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T,U

MLDRLDAALRFQQEALNLRAQRQEILAANIANADTPGYQARDIDFASELKKVMVRGREETGGVALTLTSSHHIPAQAVSSPAVDLLYRVPDQPSLDGNTVDMDRERTQFADNSLKYQMGLTVLGSQLKGMMNVLQGGN

Entity 6 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgC
分子量 formula_weight	13991.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,W,X,Y,Z,a

MALLNIFDIAGSALAAQSKRLNVAASNLANADSVTGPDGQPYRAKQVVFQVDAAPGQATGGVKVASVIESQAPEKLVYEPGNPLADANGYVKMPNVDVVGEMVNTMSASRSYQANIEVLNTVKSMMLKTLTLGQ

Entity 7 polymer

描述 description	Flagellar M-ring protein
分子量 formula_weight	61295.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l

MSATASTATQPKPLEWLNRLRANPRIPLIVAGSAAVAIVVAMVLWAKTPDYRTLFSNLSDQDGGAIVAQLTQMNIPYRFANGSGAIEVPADKVHELRLRLAQQGLPKGGAVGFELLDQEKFGISQFSEQVNYQRALEGELARTIETLGPVKSARVHLAMPKPSLFVREQKSPSASVTVTLEPGRALDEGQISAVVHLVSSAVAGLPPGNVTLVDQSGHLLTQSNTSGRDLNDAQLKFANDVESRIQRRIEAILSPIVGNGNVHAQVTAQLDFANKEQTEEHYSPNGDASKATLRSRQLNISEQVGAGYPGGVPGALSNQPAPPNEAPIATPPTNQQNAQNTPQTSTSTNSNSAGPRSTQRNETSNYEVDRTIRHTKMNVGDIERLSVAVVVNYKTLADGKPLPLTADQMKQIEDLTREAMGFSDKRGDTLNVVNSPFSAVDNTGGELPFWQQQSFIDQLLAAGRWLLVLVVAWILWRKAVRPQLTRRVEEAKAAQEQAQVRQETEEAVEVRLSKDEQLQQRRANQRLGAEVMSQRIREMSDNDPRVVALVIRQWMSNDHE

Entity 8 polymer

描述 description	Flagellar basal-body rod protein FlgF
分子量 formula_weight	26121.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,n,o,p,q

MDHAIYTAMGAASQTLNQQAVTASNLANASTPGFRAQLNALRAVPVDGLSLATRTLVTASTPGADMTPGQLDYTSRPLDVALQQDGWLVVQAADGAEGYTRNGNIQVGPTGQLTIQGHPVIGEGGPITVPEGSEITIAADGTISALNPGDPPNTVAPVGRLKLVKAEGNEVQRSDDGLFRLTAEAQAERGAVLAADPSIRIMSGVLEGSNVKPVEAMTDMIANARRFEMQMKVITSVDENEGRANQLLSMS

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	11858

fit	/app/data/saxs_computation/wl/8wlh/8wlh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wl/8wlh/8wlh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wl/8wlh/8wlh.dat

Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CCW state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)