8jcz

Cryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495, NAM563, and LY2389575 (dimerization mode III)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 192.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

Homo sapiens

UniProt P62942

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 2–108 未记录 Metabotropic glutamate receptor 3,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (Q14832,A0A8V8TRG9) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 Z99 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 873–979; UniProt 2–108

Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A

Homo sapiens

UniProt Q14416

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 2; UniProt 19–872 未记录 Metabotropic glutamate receptor 3,Serine/threonine-protein kinase mTOR × 1 (Q14832,A0A8V8TRG9) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 Z99 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRM2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 11–864; UniProt 19–872

Metabotropic glutamate receptor 3,Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt A0A8V8TRG9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 1949–2043 未记录 Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (Q14416,P62942) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 Z99 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8V8TRG9_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 897–991; UniProt 1949–2043

Metabotropic glutamate receptor 3,Serine/threonine-protein kinase mTOR

Homo sapiens

UniProt Q14832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 3; UniProt 23–879 未记录 Metabotropic glutamate receptor 2,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP1A × 1 (Q14416,P62942) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 Z99 2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRM3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 32–888; UniProt 23–879

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8jcz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8jcz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8jcz
沉积日期 deposition_date2023-05-12
结构标题 titleCryo-EM structure of mGlu2-mGlu3 heterodimer in presence of LY341495, NAM563, and LY2389575 (dimerization mode III)
关键词 keywordsComplex structure, mGlu2-3 heterodimer, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier54.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.31
零角强度 I(0) i0349995000.00
分子量 molecular_weight149560.0 kDa
排除体积 excluded_volume184420 ų
包络体积 envelope_volume303460 ų
水化壳体积 shell_volume49052 ų
包络直径 envelope_diameter182.3
壳层 Rg shell_rg53.93
包络 Rg envelope_rg53.42
形状 Rg shape_rg54.36
总 Rg total_rg54.12
总原子数 total_atoms10540
残基数 n_residues1504
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax192.3
Rg (实空间) rg_real55.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.63
I(0) (实空间) i0_real3.5000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.0860e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal54.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal349500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7188
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.8
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.833
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha14380000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.571; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.627; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id8jcz201
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2300 — Response regulator

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)