9caa

Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Helicase SRCAP

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	SRCAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–3230； UniProt 1–3230

Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

物种未注明

UniProt Q15906

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	VPS72_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364

Actin-related protein 6

物种未注明

UniProt Q9GZN1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ARP6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–396； UniProt 1–396

Zinc finger HIT domain-containing protein 1

物种未注明

UniProt O43257

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ZNHI1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

RuvB-like 1

物种未注明

UniProt Q9Y265

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RUVB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456 作者链 G； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456 作者链 I； PDB构建体 1–456； UniProt 1–456

RuvB-like 2

物种未注明

UniProt Q9Y230

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RUVB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 H； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463 作者链 J； PDB构建体 1–463； UniProt 1–463

Histone H2A type 1

Xenopus laevis

UniProt P06897

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2A1_XENLA
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–122； UniProt 2–123 作者链 S； PDB构建体 1–122； UniProt 2–123

Histone H2B 1.1

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H3.2 × 2 （P84233） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H2B11_XENLA
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126 作者链 T； PDB构建体 1–125； UniProt 2–126

Histone H3.2

Xenopus laevis

UniProt P84233

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H4 × 2 （P62799） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H32_XENLA
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 W； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt P62799

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 18 DNA 2	Helicase SRCAP × 1 （Q6ZRS2） Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog × 1 （Q15906） Actin-related protein 6 × 1 （Q9GZN1） Zinc finger HIT domain-containing protein 1 × 1 （O43257） RuvB-like 1 × 3 （Q9Y265） RuvB-like 2 × 3 （Q9Y230） Histone H2A type 1 × 2 （P06897） Histone H2B 1.1 × 2 （P02281） Histone H3.2 × 2 （P84233） DNA (285-MER) × 1 DNA (285-MER) × 1 PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MAGNESIUM ION × 4 ZINC ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	H4_XENLA
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 V； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103 作者链 X； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9caa
沉积日期 deposition_date	2024-06-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure)
关键词 keywords	Chromatin Remodeler, Snf2 family ATPase, H2A.Z, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9caa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9caa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9caa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	65.96 Å
Rg（电子密度）	64.41 Å
总 Rg	64.73 Å
原子数	40983
残基数	4692
排除体积	711640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9caa__assembly_1__model_1`	20-meric （20）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Helicase SRCAP
分子量 formula_weight	343915.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	40983

MQSSPSPAHPQLPVLQTQMVSDGMTGSNPVSPASSSSPASSGAGGISPQHIAQDSSLDGPPGPPDGATVPLEGFSLSQAADLANKGPKWEKSHAEIAEQAKHEAEIETRIAELRKEGFWSLKRLPKVPEPPRPKGHWDYLCEEMQWLSADFAQERRWKRGVARKVVRMVIRHHEEQRQKEERARREEQAKLRRIASTMAKDVRQFWSNVEKVVQFKQQSRLEEKRKKALDLHLDFIVGQTEKYSDLLSQSLNQPLTSSKAGSSPCLGSSSAASSPPPPASRLDDEDGDFQPQEDEEEDDEETIEVEEQQEGNDAEAQRREIELLRREGELPLEELLRSLPPQLLEGPSSPSQTPSSHDSDTRDGPEEGAEEEPPQVLEIKPPPSAVTQRNKQPWHPDEDDEEFTANEEEAEDEEDTIAAEEQLEGEVDHAMELSELAREGELSMEELLQQYAGAYAPGSGSSEDEDEDEVDANSSDCEPEGPVEAEEPPQEDSSSQSDSVEDRSEDEEDEHSEEEETSGSSASEESESEESEDAQSQSQADEEEEDDDFGVEYLLARDEEQSEADAGSGPPTPGPTTLGPKKEITDIAAAAESLQPKGYTLATTQVKTPIPLLLRGQLREYQHIGLDWLVTMYEKKLNGILADEMGLGKTIQTISLLAHLACEKGNWGPHLIIVPTSVMLNWEMELKRWCPSFKILTYYGAQKERKLKRQGWTKPNAFHVCITSYKLVLQDHQAFRRKNWRYLILDEAQNIKNFKSQRWQSLLNFNSQRRLLLTGTPLQNSLMELWSLMHFLMPHVFQSHREFKEWFSNPLTGMIEGSQEYNEGLVKRLHKVLRPFLLRRVKVDVEKQMPKKYEHVIRCRLSKRQRCLYDDFMAQTTTKETLATGHFMSVINILMQLRKVCNHPNLFDPRPVTSPFITPGICFSTASLVLRATDVHPLQRIDMGRFDLIGLEGRVSRYEADTFLPRHRLSRRVLLEVATAPDPPPRPKPVKMKVNRMLQPVPKQEGRTVVVVNNPRAPLGPVPVRPPPGPELSAQPTPGPVPQVLPASLMVSASPAGPPLIPASRPPGPVLLPPLQPNSGSLPQVLPSPLGVLSGTSRPPTPTLSLKPTPPAPVRLSPAPPPGSSSLLKPLTVPPGYTFPPAAATTTSTTTATATTTAVPAPTPAPQRLILSPDMQARLPSGEVVSIGQLASLAQRPVANAGGSKPLTFQIQGNKLTLTGAQVRQLAVGQPRPLQRNVVHLVSAGGQHHLISQPAHVALIQAVAPTPGPTPVSVLPSSTPSTTPAPTGLSLPLAANQVPPTMVNNTGVVKIVVRQAPRDGLTPVPPLAPAPRPPSSGLPAVLNPRPTLTPGRLPTPTLGTARAPMPTPTLVRPLLKLVHSPSPEVSASAPGAAPLTISSPLHVPSSLPGPASSPMPIPNSSPLASPVSSTVSVPLSSSLPISVPTTLPAPASAPLTIPISAPLTVSASGPALLTSVTPPLAPVVPAAPGPPSLAPSGASPSASALTLGLATAPSLSSSQTPGHPLLLAPTSSHVPGLNSTVAPACSPVLVPASALASPFPSAPNPAPAQASLLAPASSASQALATPLAPMAAPQTAILAPSPAPPLAPLPVLAPSPGAAPVLASSQTPVPVMAPSSTPGTSLASASPVPAPTPVLAPSSTQTMLPAPVPSPLPSPASTQTLALAPALAPTLGGSSPSQTLSLGTGNPQGPFPTQTLSLTPASSLVPTPAQTLSLAPGPPLGPTQTLSLAPAPPLAPASPVGPAPAHTLTLAPASSSASLLAPASVQTLTLSPAPVPTLGPAAAQTLALAPASTQSPASQASSLVVSASGAAPLPVTMVSRLPVSKDEPDTLTLRSGPPSPPSTATSFGGPRPRRQPPPPPRSPFYLDSLEEKRKRQRSERLERIFQLSEAHGALAPVYGTEVLDFCTLPQPVASPIGPRSPGPSHPTFWTYTEAAHRAVLFPQQRLDQLSEIIERFIFVMPPVEAPPPSLHACHPPPWLAPRQAAFQEQLASELWPRARPLHRIVCNMRTQFPDLRLIQYDCGKLQTLAVLLRQLKAEGHRVLIFTQMTRMLDVLEQFLTYHGHLYLRLDGSTRVEQRQALMERFNADKRIFCFILSTRSGGVGVNLTGADTVVFYDSDWNPTMDAQAQDRCHRIGQTRDVHIYRLISERTVEENILKKANQKRMLGDMAIEGGNFTTAYFKQQTIRELFDMPLEEPSSSSVPSAPEEEEETVASKQTHILEQALCRAEDEEDIRAATQAKAEQVAELAEFNENDGFPAGEGEEAGRPGAEDEEMSRAEQEIAALVEQLTPIERYAMKFLEASLEEVSREELKQAEEQVEAARKDLDQAKEEVFRLPQEEEEGPGAGDESSCGTGGGTHRRSKKAKAPERPGTRVSERLRGARAETQGANHTPVISAHQTRSTTTPPRCSPARERVPRPAPRPRPTPASAPAAIPALVPVPVSAPVPISAPNPITILPVHILPSPPPPSQIPPCSSPACTPPPACTPPPAHTPPPAQTCLVTPSSPLLLGPPSVPISASVTNLPLGLRPEAELCAQALASPESLELASVASSETSSLSLVPPKDLLPVAVEILPVSEKNLSLTPSAPSLTLEAGSIPNGQEQEAPDSAEGTTLTVLPEGEELPLCVSESNGLELPPSAASDEPLQEPLEADRTSEELTEAKTPTSSPEKPQELVTAEVAAPSTSSSATSSPEGPSPARPPRRRTSADVEIRGQGTGRPGQPPGPKVLRKLPGRLVTVVEEKELVRRRRQQRGAASTLVPGVSETSASPGSPSVRSMSGPESSPPIGGPCEAAPSSSLPTPPQQPFIARRHIELGVTGGGSPENGDGALLAITPPAVKRRRGRPPKKNRSPADAGRGVDEAPSSTLKGKTNGADPVPGPETLIVADPVLEPQLIPGPQPLGPQPVHRPNPLLSPVEKRRRGRPPKARDLPIPGTISSAGDGNSESRTQPPPHPSPLTPLPPLLVCPTATVANTVTTVTISTSPPKRKRGRPPKNPPSPRPSQLPVLDRDSTSVLESCGLGRRRQPQGQGESEGSSSDEDGSRPLTRLARLRLEAEGMRGRKSGGSMVVAVIQDDLDLADSGPGGLELTPPVVSLTPKLRSTRLRPGSLVPPLETEKLPRKRAGAPVGGSPGLAKRGRLQPPSPLGPEGSVEESEAEASGEEEEGDGTPRRRPGPRRLVGTTNQGDQRILRSSAPPSLAGPAVSHRGRKAKT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
分子量 formula_weight	40658.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSLAGGRAPRKTAGNRLSGLLEAEEEDEFYQTTYGGFTEESGDDEYQGDQSDTEDEVDSDFDIDEGDEPSSDGEAEEPRRKRRVVTKAYKEPLKSLRPRKVNTPAGSSQKAREEKALLPLELQDDGSDSRKSMRQSTAEHTRQTFLRVQERQGQSRRRKGPHCERPLTQEELLREAKITEELNLRSLETYERLEADKKKQVHKKRKCPGPIITYHSVTVPLVGEPGPKEENVDIEGLDPAPSVSALTPHAGTGPVNPPARCSRTFITFSDDATFEEWFPQGRPPKVPVREVCPVTHRPALYRDPVTDIPYATARAFKIIREAYKKYITAHGLPPTASALGPGPPPPEPLPGSGPRALRQKIVIK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Actin-related protein 6
分子量 formula_weight	45857.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTTLVLDNGAYNAKIGYSHENVSVIPNCQFRSKTARLKTFTANQIDEIKDPSGLFYILPFQKGYLVNWDVQRQVWDYLFGKEMYQVDFLDTNIIITEPYFNFTSIQESMNEILFEEYQFQAVLRVNAGALSAHRYFRDNPSELCCIIVDSGYSFTHIVPYCRSKKKKEAIIRINVGGKLLTNHLKEIISYRQLHVMDETHVINQVKEDVCYVSQDFYRDMDIAKLKGEENTVMIDYVLPDFSTIKKGFCKPREEMVLSGKYKSGEQILRLANERFAVPEILFNPSDIGIQEMGIPEAIVYSIQNLPEEMQPHFFKNIVLTGGNSLFPGFRDRVYSEVRCLTPTDYDVSVVLPENPITYAWEGGKLISENDDFEDMVVTREDYEENGHSVCEEKFDI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Zinc finger HIT domain-containing protein 1
分子量 formula_weight	17567.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MVEKKTSVRSQDPGQRRVLDRAARQRRINRQLEALENDNFQDDPHAGLPQLGKRLPQFDDDADTGKKKKKTRGDHFKLRFRKNFQALLEEQNLSVAEGPNYLTACAGPPSRPQRPFCAVCGFPSPYTCVSCGARYCTVRCLGTHQETRCLKWTV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RuvB-like 1
分子量 formula_weight	50296.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I

MKIEEVKSTTKTQRIASHSHVKGLGLDESGLAKQAASGLVGQENAREACGVIVELIKSKKMAGRAVLLAGPPGTGKTALALAIAQELGSKVPFCPMVGSEVYSTEIKKTEVLMENFRRAIGLRIKETKEVYEGEVTELTPCETENPMGGYGKTISHVIIGLKTAKGTKQLKLDPSIFESLQKERVEAGDVIYIEANSGAVKRQGRCDTYATEFDLEAEEYVPLPKGDVHKKKEIIQDVTLHDLDVANARPQGGQDILSMMGQLMKPKKTEITDKLRGEINKVVNKYIDQGIAELVPGVLFVDEVHMLDIECFTYLHRALESSIAPIVIFASNRGNCVIRGTEDITSPHGIPLDLLDRVMIIRTMLYTPQEMKQIIKIRAQTEGINISEEALNHLGEIGTKTTLRYSVQLLTPANLLAKINGKDSIEKEHVEEISELFYDAKSSAKILADQQDKYMK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RuvB-like 2
分子量 formula_weight	51222.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,J

MATVTATTKVPEIRDVTRIERIGAHSHIRGLGLDDALEPRQASQGMVGQLAARRAAGVVLEMIREGKIAGRAVLIAGQPGTGKTAIAMGMAQALGPDTPFTAIAGSEIFSLEMSKTEALTQAFRRSIGVRIKEETEIIEGEVVEIQIDRPATGTGSKVGKLTLKTTEMETIYDLGTKMIESLTKDKVQAGDVITIDKATGKISKLGRSFTRARDYDAMGSQTKFVQCPDGELQKRKEVVHTVSLHEIDVINSRTQGFLALFSGDTGEIKSEVREQINAKVAEWREEGKAEIIPGVLFIDEVHMLDIESFSFLNRALESDMAPVLIMATNRGITRIRGTSYQSPHGIPIDLLDRLLIVSTTPYSEKDTKQILRIRCEEEDVEMSEDAYTVLTRIGLETSLRYAIQLITAASLVCRKRKGTEVQVDDIKRVYSLFLDESRSTQYMKEYQDAFLFNELKGETMDTS

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone H2A type 1
分子量 formula_weight	13907.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,S

SGRGKQGGKTRAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPKKTESSKSKSK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Histone H2B 1.1
分子量 formula_weight	13848.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,T

PEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	15303.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,W

ARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11263.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,X

SGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Xenopus laevis
通用名 common_name	African clawed frog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	8355
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA (285-MER)
分子量 formula_weight	87851.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

ATCGAAGGGCGCCTATATAAGGGGGTGGGGGCGCGTTCGTCCTCCCTCTCCTCGCGGCGCGAGTTTCAGGCAGCGCTGCGTCCTGCTGCGCACGTGGGAAGCCCTGCTGGAGAATCCCGGTGCGCAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCAGCTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCAGCTGTCAGATATGTACATCCTGTGATCCCCGGGTACCGAGCTCGAATTCACTGGC

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA (285-MER)
分子量 formula_weight	88190.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

GCCAGTGAATTCGAGCTCGGTACCCGGGGATCACAGGATGTACATATCTGACAGCTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTAGCTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTGCGCACCGGGATTCTCCAGCAGGGCTTCCCACGTGCGCAGCAGGACGCAGCGCTGCCTGAAACTCGCGCCGCGAGGAGAGGGAGGACGAACGCGCCCCCACCCCCTTATATAGGCGCCCTTCGAT

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	4.04 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	28381

Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Helicase SRCAP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Actin-related protein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Zinc finger HIT domain-containing protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RuvB-like 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RuvB-like 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B 1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体