9eyy

Poliovirus type 1 (strain Mahoney) native conformation stabilised virus-like particle (PV1 SC6b) from a yeast expression system.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 96.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Human poliovirus 1 Mahoney

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 180 PDB 声明:180-meric(180) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 580–881 链 B; UniProt 2–341 链 C; UniProt 342–579 突变:VP1 H248P 突变:VP2 T94A, VP2 D126E, VP4 R18G 突变:VP3 L119M, VP3 Q178L PLM PALMITIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7;1 x DPBS, 20 mM EDTA, pH 7.0 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE;3-4 ul of sample double blotted for 3.5 seconds with -15 blot force on FEI Vitrobot mark IV. 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、250 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 1, 2, 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–302; UniProt 580–881 作者链 B; PDB构建体 2–341; UniProt 2–341 作者链 C; PDB构建体 1–238; UniProt 342–579

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9eyy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9eyy
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9eyy
沉积日期 deposition_date2024-04-09
最后修订 last_revision2025-01-29
结构标题 titlePoliovirus type 1 (strain Mahoney) native conformation stabilised virus-like particle (PV1 SC6b) from a yeast expression system.
关键词 keywordsCapsid protein, virus-like particle, vaccine, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.81
零角强度 I(0) i0124181000.00
分子量 molecular_weight88395.0 kDa
排除体积 excluded_volume110660 ų
包络体积 envelope_volume137830 ų
水化壳体积 shell_volume39122 ų
包络直径 envelope_diameter102.5
壳层 Rg shell_rg36.64
包络 Rg envelope_rg29.44
形状 Rg shape_rg28.79
总 Rg total_rg29.58
总原子数 total_atoms6222
残基数 n_residues794
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.1
Rg (实空间) rg_real29.72
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real1.2420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal124200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8912
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.2
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.323
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23970000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.903

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)