9m1m

Cryo-EM structure of the TBC-DEC-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GDP-AlFx

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 190.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin-specific chaperone C

Homo sapiens

UniProt Q15814

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–346 未记录 Tubulin-specific chaperone D × 1 (Q9BTW9) Tubulin-specific chaperone E × 1 (Q15813) ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 (P36404) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) Tubulin beta chain × 1 (Q767L7) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBCC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–346; UniProt 1–346

Tubulin-specific chaperone D

Homo sapiens

UniProt Q9BTW9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–1192 未记录 Tubulin-specific chaperone C × 1 (Q15814) Tubulin-specific chaperone E × 1 (Q15813) ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 (P36404) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) Tubulin beta chain × 1 (Q767L7) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBCD_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–1192; UniProt 1–1192

Tubulin-specific chaperone E

Homo sapiens

UniProt Q15813

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–527 未记录 Tubulin-specific chaperone C × 1 (Q15814) Tubulin-specific chaperone D × 1 (Q9BTW9) ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 (P36404) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) Tubulin beta chain × 1 (Q767L7) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBCE_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–527; UniProt 1–527

ADP-ribosylation factor-like protein 2

Homo sapiens

UniProt P36404

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–184 未记录 Tubulin-specific chaperone C × 1 (Q15814) Tubulin-specific chaperone D × 1 (Q9BTW9) Tubulin-specific chaperone E × 1 (Q15813) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) Tubulin beta chain × 1 (Q767L7) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–184; UniProt 1–184

Tubulin alpha-1B chain

Sus scrofa

UniProt Q2XVP4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–451 未记录 Tubulin-specific chaperone C × 1 (Q15814) Tubulin-specific chaperone D × 1 (Q9BTW9) Tubulin-specific chaperone E × 1 (Q15813) ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 (P36404) Tubulin beta chain × 1 (Q767L7) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 230 个其他 PDB 条目、243 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

Sus scrofa

UniProt Q767L7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 b; UniProt 1–444 未记录 Tubulin-specific chaperone C × 1 (Q15814) Tubulin-specific chaperone D × 1 (Q9BTW9) Tubulin-specific chaperone E × 1 (Q15813) ADP-ribosylation factor-like protein 2 × 1 (P36404) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.21 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB5_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 b; PDB构建体 1–444; UniProt 1–444

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9m1m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9m1m
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9m1m
沉积日期 deposition_date2025-02-26
结构标题 titleCryo-EM structure of the TBC-DEC-Arl2-alpha-beta-tubulin complex with GDP-AlFx
关键词 keywordschaperone, complex; CHAPERONE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.60
零角强度 I(0) i01496670000.00
分子量 molecular_weight321090.0 kDa
排除体积 excluded_volume401490 ų
包络体积 envelope_volume552980 ų
水化壳体积 shell_volume91214 ų
包络直径 envelope_diameter201.2
壳层 Rg shell_rg53.47
包络 Rg envelope_rg51.51
形状 Rg shape_rg51.60
总 Rg total_rg51.64
总原子数 total_atoms22547
残基数 n_residues2854
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax190.5
Rg (实空间) rg_real51.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.11
I(0) (实空间) i0_real1.4970e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1496000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8398
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.3
偏度 Skewness skewness0.489
峰度 Kurtosis kurtosis0.005
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha176800000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.696; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.915

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)