SAXSdb — 9duq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9duq
沉积日期 deposition_date	2024-10-03
最后修订 last_revision	2024-11-27
结构标题 title	HURP(65-174) bound to GMPCPP-stabilized microtubule
关键词 keywords	microtubule, nucleation, spindle, oncogene, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	84.79 Å
零角强度 I(0) i0	12286800000.00
分子量 molecular_weight	920020.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1140700 Å³
包络体积 envelope_volume	1630300 Å³
水化壳体积 shell_volume	163330 Å³
包络直径 envelope_diameter	307.1 Å
壳层 Rg shell_rg	74.88 Å
包络 Rg envelope_rg	84.15 Å
形状 Rg shape_rg	84.79 Å
总 Rg total_rg	84.68 Å
总原子数 total_atoms	64539
残基数 n_residues	8127
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.1 Å
Rg (实空间) rg_real	80.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1930e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4170e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	82.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12210000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8920
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.644
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.1037
最高正则化参数 α highest_alpha	295400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.972; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.046

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Disks large-associated protein 5
分子量 formula_weight	5682.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r,s,t,u,v,w,x,y,z
原子数 atom_count	64539

GDQRKQMLQKYKEEKQLQKLKEQREKAKRGIFKVGRYRPDMPCFLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	47940.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P,R

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQD

Entity 3 polymer

描述 description	Tubulin alpha chain
分子量 formula_weight	48867.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O,Q

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFLVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLISQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRIHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRSIQFVDWCPTGFKVGINYQPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDS

Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	521.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2936725

fit	/app/data/saxs_computation/du/9duq/9duq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/du/9duq/9duq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/du/9duq/9duq.dat

HURP(65-174) bound to GMPCPP-stabilized microtubule

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)