SAXSdb — 9rpd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rpd
沉积日期 deposition_date	2025-06-24
结构标题 title	D. melanogaster Augmin TII N-clamp (GST-fusion) bound to a microtubule, well-defined subset of particles
关键词 keywords	;augmin, N-clamp, TII, microtubule, branching, nucleation, HAUS, HAUS augmin-like complex subunit, HAUS6, HAUS7, HAUS2, HAUS8, Dgt6, Msd5, Dgt4, Msd1, Drosophila melanogaster, complex, CH domain, calponin homology domain, CELL CYCLE, MAP, cell division ;; CELL CYCLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.25 Å
零角强度 I(0) i0	1417020000.00
分子量 molecular_weight	310040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	386110 Å³
包络体积 envelope_volume	513600 Å³
水化壳体积 shell_volume	87550 Å³
包络直径 envelope_diameter	174.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.49 Å
包络 Rg envelope_rg	47.39 Å
形状 Rg shape_rg	48.25 Å
总 Rg total_rg	48.41 Å
总原子数 total_atoms	41510
残基数 n_residues	2772
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.4 Å
Rg (实空间) rg_real	48.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1417000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.380
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	234200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.856

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Augmin complex subunit dgt4
分子量 formula_weight	12246.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I
原子数 atom_count	41510

METPPTPTTTTPPSLTTEGTMDDIQYLLHLEAMRRFQEDSRNVKRQVEEQVRIWLDAKCEYQRDFGRLARLLKCGALQAAVDAHRVSDVNQVDQAAKDIASLRSKLGS

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Augmin complex subunit dgt6
分子量 formula_weight	32382.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MDRTIIAPWKAEEKEQSEKLHRKLQGLALVHPLPDELRKLIAWDMFLKPNQVAFVHVMHYLFRLLDPAEFKRRFFWPITDKKSEANFRSSTVEYLKHLNEKHQLHWANIKSYLVVMPGGMRFINFLLEFVGFVIQELIKQREKSLGLEAGTPNVSAKVMARQNAVMKEYASSYVVNLEENTALLRDKTQKIRRLMADLSADMGVPEEQLADDGFLDEFEATAALGVERVITQPTERKFDLEASLCGLKEAIDLFQVKQAENNQSKEAVEKALRGMRVLFD

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Augmin complex subunit msd5,Green fluorescent protein,Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
分子量 formula_weight	76561.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

METNVDFSSISSKLYRKYAQHVRNLKDVCVSKTVMKPGAFFDSLQQMMEEEAAATTPPRDLSSVADYAELFKTLEEYPANLQKMPKKRELQRTNSTLLRGADESVAMGINTSNVSLSLTRLEEQRSAVDVYNDFKGFQRKLAKIYDEAAALDTTESIYKQKLTQLHGFAQQLEKLMPTGLSGENLYFQGGSAGSAAGSGEFMVSKGEELFTGVVPILVELDGDVNGHKFSVSGEGEGDATYGKLTLKFICTTGKLPVPWPTLVTTLTYGVQCFSRYPDHMKQHDFFKSAMPEGYVQERTIFFKDDGNYKTRAEVKFEGDTLVNRIELKGIDFKEDGNILGHKLEYNYNSHNVYIMADKQKNGIKVNFKIRHNIEDGSVQLADHYQQNTPIGDGPVLLPDNHYLSTQSALSKDPNEKRDHMVLLEFVTAAGITLGMDELYKLEVLMSPILGYWKIKGLVQPTRLLLEYLEEKYEEHLYERDEGDKWRNKKFELGLEFPNLPYYIDGDVKLTQSMAIIRYIADKHNMLGGCPKERAEISMLEGAVLDIRYGVSRIAYSKDFETLKVDFLSKLPEMLKMFEDRLCHKTYLNGDHVTHPDFMLYDALDVVLYMDPMCLDAFPKLVCFKKRIEAIPQIDKYLKSSKYIAWPLQGWQATFGGGDHPPKGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Schistosoma japonicum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6182
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Tubulin beta chain
分子量 formula_weight	49907.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MREIVHIQAGQCGNQIGAKFWEVISDEHGIDPTGSYHGDSDLQLERINVYYNEAAGNKYVPRAILVDLEPGTMDSVRSGPFGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELVDSVLDVVRKESESCDCLQGFQLTHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRIMNTFSVVPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENTDETYCIDNEALYDICFRTLKLTTPTYGDLNHLVSATMSGVTTCLRFPGQLNADLRKLAVNMVPFPRLHFFMPGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMFDAKNMMAACDPRHGRYLTVAAVFRGRMSMKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKTAVCDIPPRGLKMSATFIGNSTAIQELFKRISEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEQGEFEEEGEEDEA

Entity 5 polymer

描述 description	Tubulin alpha-1A chain
分子量 formula_weight	50121.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,E

MRECISIHVGQAGVQIGNACWELYCLEHGIQPDGQMPSDKTIGGGDDSFNTFFSETGAGKHVPRAVFVDLEPTVIDEVRTGTYRQLFHPEQLITGKEDAANNYARGHYTIGKEIIDLVLDRIRKLADQCTGLQGFSVFHSFGGGTGSGFTSLLMERLSVDYGKKSKLEFSIYPAPQVSTAVVEPYNSILTTHTTLEHSDCAFMVDNEAIYDICRRNLDIERPTYTNLNRLIGQIVSSITASLRFDGALNVDLTEFQTNLVPYPRAHFPLATYAPVISAEKAYHEQLSVAEITNACFEPANQMVKCDPRHGKYMACCLLYRGDVVPKDVNAAIATIKTKRTIQFVDWCPTGFKVGINYEPPTVVPGGDLAKVQRAVCMLSNTTAIAEAWARLDHKFDLMYAKRAFVHWYVGEGMEEGEFSEAREDMAALEKDYEEVGVDSVEGEGEEEGEEY

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	4.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	117870

fit	/app/data/saxs_computation/rp/9rpd/9rpd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rp/9rpd/9rpd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rp/9rpd/9rpd.dat

D. melanogaster Augmin TII N-clamp (GST-fusion) bound to a microtubule, well-defined subset of particles

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)