9mb7

Cryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 119.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9

Staphylococcus aureus

UniProt J7RUA5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–1053 未记录 target DNA strand × 1 non-target DNA strand × 1 sgRNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAS9_STAAU
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 118–1170; UniProt 1–1053

Ubiquitin-like protein SMT3,CRISPR-associated endonuclease Cas9

Staphylococcus aureus

UniProt Q12306

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 3–98 未记录 target DNA strand × 1 non-target DNA strand × 1 sgRNA × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.88 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 95 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMT3_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 13–108; UniProt 3–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9mb7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9mb7
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9mb7
沉积日期 deposition_date2025-03-15
结构标题 titleCryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex
关键词 keywordsCRISPR-CAS9, GENOME ENGINEERING, HYDROLASE-RNA-DNA COMPLEX, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.10
零角强度 I(0) i0622849000.00
分子量 molecular_weight168020.0 kDa
排除体积 excluded_volume195580 ų
包络体积 envelope_volume279300 ų
水化壳体积 shell_volume62515 ų
包络直径 envelope_diameter128.5
壳层 Rg shell_rg43.92
包络 Rg envelope_rg35.83
形状 Rg shape_rg36.10
总 Rg total_rg36.52
总原子数 total_atoms11614
残基数 n_residues1140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.8
Rg (实空间) rg_real36.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.87
I(0) (实空间) i0_real6.2280e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal622900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8838
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.6
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.271
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha87570000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.909

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)