9nl7

E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 2/PtIM(b) conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 293.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nl7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nl7
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9nl7
沉积日期 deposition_date2025-03-02
结构标题 titleE. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 2/PtIM(b) conformation
关键词 keywordsABCF, initiation-complex, ATPase, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier85.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron85.83
零角强度 I(0) i0159028000000.00
分子量 molecular_weight2230100.0 kDa
排除体积 excluded_volume2305400 ų
包络体积 envelope_volume4127200 ų
水化壳体积 shell_volume367100 ų
包络直径 envelope_diameter279.9
壳层 Rg shell_rg101.10
包络 Rg envelope_rg84.00
形状 Rg shape_rg85.89
总 Rg total_rg85.76
总原子数 total_atoms150079
残基数 n_residues11075
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax293.4
Rg (实空间) rg_real86.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.34
I(0) (实空间) i0_real1.5720e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9750e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal86.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal159700000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9000
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary114.1
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.054
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.2540
最高正则化参数 α highest_alpha9199000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 0.921; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.646

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (60)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)