TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 1–782 | 未记录 | General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 3.50 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9XYU | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 28JM Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH and XPC initial encounter complex 提交 2026-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Leica EM GP2
|
分辨率 3.29 Å |
| 28JS Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (composite map) 提交 2026-02-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:13-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Leica EM GP2
|
分辨率 3.32 Å |
| 28JV Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC complex bound to bulky lesion-mimic DNA (consensus map) 提交 2026-02-04 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:13-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Leica EM GP2
|
分辨率 3.91 Å |
| 28KE Cryo-EM structure of the human holo-TFIIH-XPC-XPA complex bound to bulky lesion-mimic DNA 提交 2026-02-04 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:12-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Leica EM GP2
|
分辨率 3.60 Å |
| 4ERN Crystal structure of the C-terminal domain of human XPB/ERCC-3 excision repair protein at 1.80 A 提交 2012-04-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
494–782(289 aa)
片段:C-terminal domain (UNP residues 494-782)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 5.55;298 K;0.1 M sodium acetate, pH 5.55, 0.2 M ammonium acetate, 27% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.238 |
| 5IVW Human core TFIIH bound to DNA within the PIC 提交 2016-03-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:octameric |
链 V
1–782(782 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 10.00 Å |
| 5IY6 Human holo-PIC in the closed state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:29-meric |
链 V
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.20 Å |
| 5IY7 Human holo-PIC in the open state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:29-meric |
链 V
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 8.60 Å |
| 5IY8 Human holo-PIC in the initial transcribing state 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 27 PDB 声明:29-meric |
链 V
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.90 Å |
| 5IY9 Human holo-PIC in the initial transcribing state (no IIS) 提交 2016-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 26 PDB 声明:29-meric |
链 V
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 6.30 Å |
| 5OF4 The cryo-EM structure of human TFIIH 提交 2017-07-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:decameric |
链 A
266–782(517 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;3-4 minute incubation, 2 second blot
|
分辨率 4.40 Å |
| 6O9L Human holo-PIC in the closed state 提交 2019-03-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 31 PDB 声明:33-meric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 6O9M Structure of the human apo TFIIH 提交 2019-03-14 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:octameric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6RO4 Structure of the core TFIIH-XPA-DNA complex 提交 2019-05-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 7 PDB 声明:nonameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;4 ul of sample was applied to glow-discharged grids which were blotted for 5s and plunge-frozen in liquid ethane.
|
分辨率 3.50 Å |
| 7AD8 Core TFIIH-XPA-DNA complex with modelled p62 subunit 提交 2020-09-14 | 聚集状态不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 8 PDB 声明:decameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7EGB TFIID-based holo PIC on SCP promoter 提交 2021-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EGC p53-bound TFIID-based holo PIC on HDM2 promoter 提交 2021-03-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7ENA TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in pre-assembled state (pre-hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 74 PDB 声明:76-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.07 Å |
| 7ENC TFIID-based PIC-Mediator holo-complex in fully-assembled state (hPIC-MED) 提交 2021-04-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 74 PDB 声明:76-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.13 Å |
| 7LBM Structure of the human Mediator-bound transcription pre-initiation complex 提交 2021-01-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:56-meric |
链 W
1–782(782 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 16 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7NVR Human Mediator with RNA Polymerase II Pre-initiation complex 提交 2021-03-15 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:58-meric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 18 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 7NVV XPB-containing part of TFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3) 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 6 PDB 声明:octameric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NVW TFIIH in a pre-translocated state (without ADP-BeF3) 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:tridecameric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 7NVX TFIIH in a post-translocated state (with ADP-BeF3) 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 11 PDB 声明:tridecameric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7NVY RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in proximal position 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:32-meric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 7NVZ RNA polymerase II pre-initiation complex with closed promoter DNA in distal position 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:32-meric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 7NW0 RNA polymerase II pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-03-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 30 PDB 声明:32-meric |
链 7
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 40 PDB 声明:42-meric |
链 0
1–772(772 aa)
|
突变:0 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 38 PDB 声明:40-meric |
链 0
1–782(782 aa)
|
突变:0 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8EBS Initial DNA-lesion (Cy5) binding by XPC and TFIIH 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8EBU XPC release from Core7-XPA-DNA (Cy5) 提交 2022-08-31 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8EBV Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex 1 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.10 Å |
| 8EBW Initial DNA-lesion (AP) binding by XPC and TFIIH complex2 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.60 Å |
| 8EBX XPA repositioning Core7 of TFIIH relative to XPC-DNA lesion (AP) 提交 2022-08-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 10 PDB 声明:dodecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8EBY XPC release from Core7-XPA-DNA (AP) 提交 2022-08-31 | 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:undecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 83 PDB 声明:87-meric |
链 HH
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 83 PDB 声明:87-meric |
链 HH
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.47 Å |
| 8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.52 Å |
| 8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.07 Å |
| 8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.29 Å |
| 8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物;蛋白 × 48 PDB 声明:51-meric |
链 6
1–782(782 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.13 Å |
| 9PCP NER dual incision complex - NoG 提交 2025-06-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 13 PDB 声明:15-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9PD3 NER dual incision complex - DuIS 提交 2025-06-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 15 PDB 声明:17-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9PD4 NER dual incision complex - DuIM 提交 2025-06-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:hexadecameric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9PD5 NER dual incision complex - NoF 提交 2025-06-30 | 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物;蛋白 × 9 PDB 声明:11-meric |
链 A
1–782(782 aa)
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | ERCC3_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782 |