9xyu

NER complex - C7CAD.ATP

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 180.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit

Homo sapiens

UniProt P19447

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–782 未记录 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERCC3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782

General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

Homo sapiens

UniProt P18074

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–760 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERCC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–760; UniProt 1–760

General transcription factor IIH subunit 1

Homo sapiens

UniProt P32780

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–548 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、49 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2H1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–548; UniProt 1–548

General transcription factor IIH subunit 4, p52

Homo sapiens

UniProt Q92759

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–462 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TF2H4_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–462; UniProt 1–462

General transcription factor IIH subunit 2

Homo sapiens

UniProt Q13888

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–395 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2H2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–395; UniProt 1–395

General transcription factor IIH subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q13889

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–308 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2H3_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–308; UniProt 1–308

General transcription factor IIH subunit 5

Homo sapiens

UniProt Q6ZYL4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2H5_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

DNA repair protein complementing XP-C cells

Homo sapiens

UniProt Q01831

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 H; UniProt 1–940 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-A cells × 1 (P23025) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPC_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–940; UniProt 1–940

DNA repair protein complementing XP-A cells

Homo sapiens

UniProt P23025

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 9 DNA 2 PDB 声明:11-meric(11) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–273 未记录 TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 (P19447) General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 (P18074) General transcription factor IIH subunit 1 × 1 (P32780) General transcription factor IIH subunit 4, p52 × 1 (Q92759) General transcription factor IIH subunit 2 × 1 (Q13888) General transcription factor IIH subunit 3 × 1 (Q13889) General transcription factor IIH subunit 5 × 1 (Q6ZYL4) DNA repair protein complementing XP-C cells × 1 (Q01831) DNA (CY5) × 1 DNA × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XPA_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–273; UniProt 1–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9xyu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9xyu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9xyu
沉积日期 deposition_date2025-08-26
结构标题 titleNER complex - C7CAD.ATP
关键词 keywordsNER, XPA, XPG, XPF, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.68
零角强度 I(0) i01665310000.00
分子量 molecular_weight334470.0 kDa
排除体积 excluded_volume416080 ų
包络体积 envelope_volume609150 ų
水化壳体积 shell_volume97074 ų
包络直径 envelope_diameter190.0
壳层 Rg shell_rg55.97
包络 Rg envelope_rg51.12
形状 Rg shape_rg51.67
总 Rg total_rg51.83
总原子数 total_atoms23406
残基数 n_residues2838
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.7
Rg (实空间) rg_real51.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.10
I(0) (实空间) i0_real1.6650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1665000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8685
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary60.2
偏度 Skewness skewness0.354
峰度 Kurtosis kurtosis-0.253
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha153200000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.873

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)