1qo1

Molecular Architecture of the Rotary Motor in ATP Synthase from Yeast Mitochondria

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 192.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN

物种未注明

UniProt P19483

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 67–553 链 B; UniProt 67–553 链 C; UniProt 62–553 未记录 ATP SYNTHASE BETA CHAIN × 3 (P00829) ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 (P05631) ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 (P00832) ATP SYNTHASE PROTEIN 9 × 10 (P00844) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8;0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3, MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE., pH 8.00 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP0_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 24–510; UniProt 67–553 作者链 B; PDB构建体 24–510; UniProt 67–553 作者链 C; PDB构建体 19–510; UniProt 62–553

ATP SYNTHASE BETA CHAIN

物种未注明

UniProt P00829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 59–525 链 E; UniProt 59–524 链 F; UniProt 59–524 未记录 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN × 3 (P19483) ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 (P05631) ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 (P00832) ATP SYNTHASE PROTEIN 9 × 10 (P00844) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8;0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3, MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE., pH 8.00 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 55 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPB_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 13–479; UniProt 59–525 作者链 E; PDB构建体 13–478; UniProt 59–524 作者链 F; PDB构建体 13–478; UniProt 59–524

ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN

物种未注明

UniProt P05631

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 26–69 链 G; UniProt 102–115 链 G; UniProt 234–297 未记录 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN × 3 (P19483) ATP SYNTHASE BETA CHAIN × 3 (P00829) ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 (P00832) ATP SYNTHASE PROTEIN 9 × 10 (P00844) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8;0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3, MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE., pH 8.00 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、62 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPG_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–44; UniProt 26–69 作者链 G; PDB构建体 77–90; UniProt 102–115 作者链 G; PDB构建体 209–272; UniProt 234–297

ATP SYNTHASE DELTA CHAIN

物种未注明

UniProt P00832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 2–136 未记录 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN × 3 (P19483) ATP SYNTHASE BETA CHAIN × 3 (P00829) ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 (P05631) ATP SYNTHASE PROTEIN 9 × 10 (P00844) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8;0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3, MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE., pH 8.00 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPE_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 2–136; UniProt 2–136

ATP SYNTHASE PROTEIN 9

物种未注明

UniProt P00844

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 18 PDB 声明:octadecameric(18) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–79 链 L; UniProt 1–79 链 M; UniProt 1–79 链 N; UniProt 1–79 链 O; UniProt 1–79 链 P; UniProt 1–79 链 Q; UniProt 1–79 链 R; UniProt 1–79 链 S; UniProt 1–79 链 T; UniProt 1–79 未记录 ATP SYNTHASE ALPHA CHAIN × 3 (P19483) ATP SYNTHASE BETA CHAIN × 3 (P00829) ATP SYNTHASE GAMMA CHAIN × 1 (P05631) ATP SYNTHASE DELTA CHAIN × 1 (P00832) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:MICROBATCH;pH 8;0.1 M TRIS/CL PH8.0, 12% PEG 6000, 150 MM NACL, 1 MM AMP-PNP, 40 MICROM ADP, 1 MM DTT, 0.02% NAN3, MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION UNDER PARAFFIN OIL IN MICROBATCH PLATE., pH 8.00 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPL_ECOLI
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 L; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 M; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 N; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 O; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 P; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 Q; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 R; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 S; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 T; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qo1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qo1
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qo1
沉积日期 deposition_date1999-11-01
结构标题 titleMolecular Architecture of the Rotary Motor in ATP Synthase from Yeast Mitochondria
关键词 keywordsATP SYNTHASE, LOW RESOLUTION MODEL, C-ALPHA ONLY; ATP SYNTHASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron60.82
零角强度 I(0) i02349110000.00
分子量 molecular_weight420450.0 kDa
排除体积 excluded_volume522900 ų
包络体积 envelope_volume527670 ų
水化壳体积 shell_volume83436 ų
包络直径 envelope_diameter212.1
壳层 Rg shell_rg54.11
包络 Rg envelope_rg55.67
形状 Rg shape_rg61.08
总 Rg total_rg60.67
总原子数 total_atoms
残基数 n_residues
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax192.2
Rg (实空间) rg_real60.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.86
I(0) (实空间) i0_real2.3490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.51
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2343000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5192
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary56.9
偏度 Skewness skewness0.663
峰度 Kurtosis kurtosis-0.307
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha252100000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.597; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.902; Smooth: 0.027

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_idd1qo1a_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1b_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1c_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1d_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1e_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1f_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1g_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1j_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1k_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1l_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1m_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1n_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1o_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1p_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1q_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1r_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1s_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase
结构域编号 domain_idd1qo1t_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.3 — ATP synthase
超家族 Superfamily superfamilyi.3.1 — ATP synthase
家族 Family familyi.3.1.1 — ATP synthase

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)