3fga

Structural Basis of PP2A and Sgo interaction

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

Mus musculus

UniProt Q76MZ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–589 未记录 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Shugoshin-like 1 × 1 (Q5FBB7) MICROCYSTIN-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;295 K;0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K 分辨率 2.70 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2AAA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–588; UniProt 2–589

Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform

Homo sapiens

UniProt Q13362

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 34–436 片段:sequence database residues 34-436 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) Shugoshin-like 1 × 1 (Q5FBB7) MICROCYSTIN-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;295 K;0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K 分辨率 2.70 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2A5G_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–403; UniProt 34–436

Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P67775

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–309 突变:D88N Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Shugoshin-like 1 × 1 (Q5FBB7) MICROCYSTIN-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;295 K;0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K 分辨率 2.70 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP2AA_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–309; UniProt 1–309

Shugoshin-like 1

Homo sapiens

UniProt Q5FBB7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 51–96 片段:sequence database residues 51-96 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform × 1 (Q76MZ3) Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform × 1 (Q13362) Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform × 1 (P67775) MICROCYSTIN-LR × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:EVAPORATION;pH 7;295 K;0.2 M SCTD, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 7, EVAPORATION, temperature 295K 分辨率 2.70 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SGOL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 2–47; UniProt 51–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fga

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fga
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fga
沉积日期 deposition_date2008-12-05
结构标题 titleStructural Basis of PP2A and Sgo interaction
关键词 keywords;PP2A, shugoshin, Nucleus, Phosphoprotein, Hydrolase, Iron, Manganese, Metal-binding, Methylation, Protein phosphatase, Cell cycle, Cell division, Centromere, Chromosome partition, Mitosis, HYDROLASE-hydrolase inhibitor complex ;; HYDROLASE/hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.69
零角强度 I(0) i0335256000.00
分子量 molecular_weight152390.0 kDa
排除体积 excluded_volume192290 ų
包络体积 envelope_volume252310 ų
水化壳体积 shell_volume55706 ų
包络直径 envelope_diameter123.5
壳层 Rg shell_rg44.42
包络 Rg envelope_rg36.08
形状 Rg shape_rg36.67
总 Rg total_rg37.26
总原子数 total_atoms10718
残基数 n_residues1338
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.8
Rg (实空间) rg_real37.13
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.72
I(0) (实空间) i0_real3.3530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2980e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.29
I(0) (倒空间) i0_reciprocal335300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9044
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.0
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.612
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha35980000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3fgaa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamilya.118.1 — ARM repeat
家族 Family familya.118.1.2 — HEAT repeat
结构域编号 domain_idd3fgac_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3fgaA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3fgaB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Leucine-rich Repeat Variant
结构域编号 domain_id3fgaC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id3fgaD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily730 — Single helix bin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)