6e14

Handover mechanism of the growing pilus by the bacterial outer membrane usher FimD

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 184.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin

Escherichia coli

UniProt P08191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–300 未记录 Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein × 1 (A0A0F3W955) Protein FimF × 1 (P08189) Protein FimG × 1 (P08190) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMH_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–300; UniProt 1–300

Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein

Escherichia coli

UniProt A0A0F3W955

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–878 未记录 Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin × 1 (P08191) Protein FimF × 1 (P08189) Protein FimG × 1 (P08190) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0F3W955_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–878; UniProt 1–878

Protein FimF

Escherichia coli

UniProt P08189

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 22–176 未记录 Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin × 1 (P08191) Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein × 1 (A0A0F3W955) Protein FimG × 1 (P08190) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMF_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 2–156; UniProt 22–176

Protein FimG

Escherichia coli

UniProt P08190

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 11–167 未记录 Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin × 1 (P08191) Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein × 1 (A0A0F3W955) Protein FimF × 1 (P08189) Chaperone protein FimC × 1 (P31697) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMG_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 2–158; UniProt 11–167

Chaperone protein FimC

Escherichia coli

UniProt P31697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–241 未记录 Type 1 fimbrin D-mannose specific adhesin × 1 (P08191) Fimbrial biogenesis outer membrane usher protein × 1 (A0A0F3W955) Protein FimF × 1 (P08189) Protein FimG × 1 (P08190) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、56 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FIMC_ECOLI
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–241; UniProt 1–241

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6e14

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6e14
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6e14
沉积日期 deposition_date2018-07-09
结构标题 titleHandover mechanism of the growing pilus by the bacterial outer membrane usher FimD
关键词 keywordspili, chaperone, usher, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.26
零角强度 I(0) i0455143000.00
分子量 molecular_weight170110.0 kDa
排除体积 excluded_volume211230 ų
包络体积 envelope_volume332390 ų
水化壳体积 shell_volume65217 ų
包络直径 envelope_diameter193.9
壳层 Rg shell_rg45.59
包络 Rg envelope_rg48.20
形状 Rg shape_rg48.25
总 Rg total_rg48.16
总原子数 total_atoms11991
残基数 n_residues1586
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.0
Rg (实空间) rg_real47.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.40
I(0) (实空间) i0_real4.5510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.4170e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal454500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7280
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.3
偏度 Skewness skewness0.942
峰度 Kurtosis kurtosis0.670
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha76530000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.308; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.759; Smooth: 0.777

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6e14C02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6e14G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id6e14H01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain
结构域编号 domain_id6e14H02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1090 — Fimbrial-type adhesion domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)