6f38

Cryo-EM structure of two dynein tail domains bound to dynactin and HOOK3

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 336.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARP1 actin related protein 1 homolog A

物种未注明

UniProt F2Z5G5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–376 链 B; UniProt 1–376 链 C; UniProt 1–376 链 D; UniProt 1–376 链 E; UniProt 1–376 链 F; UniProt 1–376 链 G; UniProt 1–376 链 I; UniProt 1–376 未记录 Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z5G5_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 B; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 C; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 D; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 E; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 F; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 G; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 I; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

UniProt Q6QAQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–375 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

Actin related protein 10 homolog

物种未注明

UniProt I3LHK5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–390 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I3LHK5_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–390; UniProt 1–390

Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1

物种未注明

UniProt A0PFK5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–286 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0PFK5_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–286; UniProt 1–286

F-actin capping protein beta subunit

物种未注明

UniProt A9XFX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–272 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A9XFX6_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–272; UniProt 1–272

Dynactin 6

物种未注明

UniProt D0G6S1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 1–190 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 D0G6S1_PIG
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–190; UniProt 1–190

Dynactin subunit 5

物种未注明

UniProt A0A286ZK88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 1–182 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A286ZK88_PIG
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

Dynactin subunit 2

物种未注明

UniProt F1SKF9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–68 链 b; UniProt 1–90 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1SKF9_PIG
Isoform
PDB实体 15, 16
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68 作者链 b; PDB构建体 1–90; UniProt 1–90

Dynactin subunit 2

物种未注明

UniProt F1SL58

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 c; UniProt 1–50 链 d; UniProt 1–29 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1SL58_PIG
Isoform
PDB实体 17, 18
链与序列区间 作者链 c; PDB构建体 1–50; UniProt 1–50 作者链 d; PDB构建体 1–29; UniProt 1–29

Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

Homo sapiens

UniProt Q14204

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 e; UniProt 1–1455 链 f; UniProt 1–1455 链 m; UniProt 1–1455 链 n; UniProt 1–1455 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYHC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 19
链与序列区间 作者链 e; PDB构建体 1–1455; UniProt 1–1455 作者链 f; PDB构建体 1–1455; UniProt 1–1455 作者链 m; PDB构建体 1–1455; UniProt 1–1455 作者链 n; PDB构建体 1–1455; UniProt 1–1455

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt Q13409

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 g; UniProt 1–612 链 h; UniProt 1–612 链 o; UniProt 1–612 链 p; UniProt 1–612 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DC1I2_HUMAN
Isoform Q13409-3
PDB实体 20
链与序列区间 作者链 g; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612 作者链 h; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612 作者链 o; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612 作者链 p; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612

Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt O43237

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 i; UniProt 1–492 链 j; UniProt 1–492 链 q; UniProt 1–492 链 r; UniProt 1–492 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Dynein light chain roadblock-type 1 × 4 (Q9NP97) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DC1L2_HUMAN
Isoform
PDB实体 21
链与序列区间 作者链 i; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492 作者链 j; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492 作者链 q; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492 作者链 r; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492

Dynein light chain roadblock-type 1

Homo sapiens

UniProt Q9NP97

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 k; UniProt 1–96 链 l; UniProt 1–96 链 s; UniProt 1–96 链 t; UniProt 1–96 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 8 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Actin related protein 10 homolog × 1 (I3LHK5) Capping protein (Actin filament) muscle Z-line, alpha 1 × 1 (A0PFK5) F-actin capping protein beta subunit × 1 (A9XFX6) Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 2 × 1 Dynactin Subunit 3 × 2 Dynactin Subunit 2 × 2 Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) HOOK3 × 2 Dynactin Subunit 4 × 1 Dynactin Subunit 1 × 1 Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SKF9) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Dynactin subunit 2 × 1 (F1SL58) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 4 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 4 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 4 (O43237) Dynactin Subunit 1 × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 6.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DLRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 22
链与序列区间 作者链 k; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 l; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 s; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 t; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6f38

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6f38
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6f38
沉积日期 deposition_date2017-11-28
结构标题 titleCryo-EM structure of two dynein tail domains bound to dynactin and HOOK3
关键词 keywordsTDH, DDH, Complex, dynein/dynactin/HOOK3, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron126.10
零角强度 I(0) i019177300000.00
分子量 molecular_weight964340.0 kDa
排除体积 excluded_volume1109800 ų
包络体积 envelope_volume3375200 ų
水化壳体积 shell_volume254030 ų
包络直径 envelope_diameter520.1
壳层 Rg shell_rg95.67
包络 Rg envelope_rg123.90
形状 Rg shape_rg126.20
总 Rg total_rg125.80
总原子数 total_atoms68863
残基数 n_residues13846
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax336.9
Rg (实空间) rg_real114.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.86
I(0) (实空间) i0_real1.8280e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3600e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal109.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18300000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9161
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary112.3
偏度 Skewness skewness0.381
峰度 Kurtosis kurtosis-0.485
角度范围 angular_range— – 0.0600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5550
最高正则化参数 α highest_alpha938800000.0000
实空间数据点数 n_real_points13
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.030; Oscil: 0.994; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.003

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (25)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)