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6oge

Cryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 144.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

Homo sapiens

UniProt P04626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 23–644 未记录 Pertuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） Pertuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （P0DOX5） Trastuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） Trastuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （Q6GMX6） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6OGE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MW4 Solution structure of the human Grb7-SH2 domain in complex with a 10 amino acid peptide pY1139 提交 2002-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1135–1144（10 aa） 片段：SH2 domain binding site
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.7mM Grb7 SH2 U-15N, 13C, 50mM acetate | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1N8Z Crystal structure of extracellular domain of human HER2 complexed with Herceptin Fab 提交 2002-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–629（607 aa） 片段：extracellular domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；20-30% PEG 5000 MME, 0.1M MES pH6.5, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.52 Å R-free 0.284
1QR1 POOR BINDING OF A HER-2/NEU EPITOPE (GP2) TO HLA-A2.1 IS DUE TO A LACK OF INTERACTIONS IN THE CENTER OF THE PEPTIDE 提交 1999-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 654–662（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；14% PEG 6000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1QR1 POOR BINDING OF A HER-2/NEU EPITOPE (GP2) TO HLA-A2.1 IS DUE TO A LACK OF INTERACTIONS IN THE CENTER OF THE PEPTIDE 提交 1999-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 654–662（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；14% PEG 6000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1S78 Insights into ErbB signaling from the structure of the ErbB2-pertuzumab complex 提交 2004-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：extracellular domain (residues 23-646)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 3350, ammonium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.268
1S78 Insights into ErbB signaling from the structure of the ErbB2-pertuzumab complex 提交 2004-01-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–646（624 aa） 片段：extracellular domain (residues 23-646)
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 3350, ammonium formate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.25 Å R-free 0.268
2A91 Crystal structure of ErbB2 domains 1-3 提交 2005-07-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–530（509 aa） 片段：residues 1-510 + FLAG peptide
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；PEG 1500, glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.264
2JWA ErbB2 transmembrane segment dimer spatial structure 提交 2007-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 641–684（44 aa） 片段：UNP residues 641-684
链 B 641–684（44 aa） 片段：UNP residues 641-684
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；313 K；压力 ambient
NMR样品组成 2.0mM [U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 2.0mM [U-13C; U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0mM [U-13C; U-15N] ErbB2, 64mM [U-2H] DHPC, 16mM [U-2H] DMPC, 1.0mM ErbB2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2KS1 Heterodimeric association of Transmembrane domains of ErbB1 and ErbB2 receptors Enabling Kinase Activation 提交 2009-12-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 641–684（44 aa） 片段：ErbB2TM domain, UNP residues 641-684
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 4.5；313 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] ErbB1TM-1, 1 mM [U-100% 15N] ErbB2TM-2, 12 mM DMPC-3, 48 mM DHPC-4, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-5, 1 mM ErbB2TM-6, 12 mM [U-2H] DMPC-7, 48 mM [U-2H] DHPC-8, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM ErbB1TM-9, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB2TM-10, 12 mM [U-2H] DMPC-11, 48 mM [U-2H] DHPC-12, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ErbB1TM-13, 1 mM ErbB2TM-14, 12 mM [U-2H] DMPC-15, 48 mM [U-2H] DHPC-16, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2L4K Water refined solution structure of the human Grb7-SH2 domain in complex with the 10 amino acid peptide pY1139 提交 2010-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1135–1144（10 aa） 片段：unp residues 1135-1144
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Grb7-SH2 domain-1, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] pY1139 peptide-2, 52.2 mM acetic acid-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM DTT-5, 1 mM EDTA-6, 0.9 mM sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N2A Spatial structure of HER2/ErbB2 dimeric transmembrane domain in the presence of cytoplasmic juxtamembrane domains 提交 2015-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 644–700（57 aa） 片段：transmembrane domain (UNP residues 644-700)
链 B 644–700（57 aa） 片段：transmembrane domain (UNP residues 644-700)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 1 mM unlabeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4 mM [U-100% 2H] DPC, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] labeled protein, 50 mM sodium acetate, 0.1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BE1 Dual specific bH1 Fab in complex with the extracellular domain of HER2/ErbB-2 提交 2007-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：sequence database residues 23-646
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；Crystals of the Fab/HER2 complex were obtained by mixing protein solution (11 mg/ml protein, 25 mM Tris-HCl pH 8 and 150 mM sodium chloride) with crystallization buffer containing 25% w/v PEG2000, 0.1M MES pH 6.5. Before data collection the crystals were flash frozen in liquid nitrogen with 20% Ethylene Glycol as cryo-protectant, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.277
3H3B Crystal structure of the single-chain Fv (scFv) fragment of an anti-ErbB2 antibody chA21 in complex with residues 1-192 of ErbB2 extracellular domain 提交 2009-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–214（192 aa） 片段：extracellular domain, UNP residues 23-214
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15% polyethylene glycol 4000, 100mM 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 100mM Na cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3H3B Crystal structure of the single-chain Fv (scFv) fragment of an anti-ErbB2 antibody chA21 in complex with residues 1-192 of ErbB2 extracellular domain 提交 2009-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–214（192 aa） 片段：extracellular domain, UNP residues 23-214
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；15% polyethylene glycol 4000, 100mM 3-(1-pyridino)-1-propane sulfonate, 100mM Na cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.255
3MZW HER2 extracelluar region with affinity matured 3-helix affibody ZHER2:342 提交 2010-05-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–646（624 aa） 片段：Extracellular domain residues 23-646
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；279 K；0.05M sodium chloride, 7.5% PEG3350, 0.1M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.278
3N85 Crystallographic trimer of HER2 extracellular regions in complex with tryptophan-rich antibody fragment 提交 2010-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 23–646（624 aa） 片段：UNP residues 23-646
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SO4 SULFATE ION × 48 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；NaCl, Na/K-phosphate, Li-sulfate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.230
3PP0 Crystal Structure of the Kinase domain of Human HER2 (erbB2). 提交 2010-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 706–1009（304 aa） 片段：kinase domain, residues 706-1009
突变：M706A, Q711L, M712L 03Q 2-{2-[4-({5-chloro-6-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]pyridin-3-yl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethoxy}ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200mM di-Ammonium Tartrate, 100 mM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.260
3PP0 Crystal Structure of the Kinase domain of Human HER2 (erbB2). 提交 2010-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 706–1009（304 aa） 片段：kinase domain, residues 706-1009
突变：M706A, Q711L, M712L 03Q 2-{2-[4-({5-chloro-6-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]pyridin-3-yl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethoxy}ethanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200mM di-Ammonium Tartrate, 100 mM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.25 Å R-free 0.260
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
链 B 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3RCD HER2 Kinase Domain Complexed with TAK-285 提交 2011-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
链 D 713–1028（316 aa） 片段：UNP residues 713-1028
未记录 03P N-{2-[4-({3-chloro-4-[3-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}amino)-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-5-yl]ethyl}-3-hydroxy-3-methylbutanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；20% PEG 3550, 200MM DI-AMMONIUM TARTRATE, 100 MM PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.294
3WLW Molecular Architecture of the ErbB2 Extracellular Domain Homodimer 提交 2013-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–586（564 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.7, 13% w/v Polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 3.09 Å R-free 0.269
3WLW Molecular Architecture of the ErbB2 Extracellular Domain Homodimer 提交 2013-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 23–586（564 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；291 K；0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-TRIS pH 5.7, 13% w/v Polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
分辨率 3.09 Å R-free 0.269
3WSQ Structure of HER2 with an Fab 提交 2014-03-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–586（564 aa） 片段：UNP residues 23-586
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.1M sodium malonate pH 7.0, 0.1M HEPES 7.0, 0.5% v/v Jeffamine ED-2001, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.50 Å R-free 0.258
4HRL Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
突变：N46D, N102D, N165D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, 30% PEG 4000, pH 5.6, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.55 Å R-free 0.253
4HRM Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
链 C 24–219（196 aa） 片段：N-terminal extracellular domain I, UNP RESIDUES 24-219
突变：N46D, N102D, N165D 突变：N46D, N102D, N165D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.2；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M phosphate citrate, 20% PEG 8000, pH 4.2, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.339
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
链 D 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4HRN Structural Basis for Eliciting a Cytotoxic Effect in HER2-Overexpressing Cancer Cells via Binding to the Extracellular Domain of HER2 提交 2012-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 529–625（97 aa） 片段：Domain IV, UNP RESIDUES 529-625
突变：N8D, N49D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4；293 K；0.05M succinic acid, 29% ammonium sulfate, pH 4.0, vapor diffusion, temperature 293K
分辨率 2.65 Å R-free 0.249
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
4NND Structural basis of PTPN18 fingerprint on distinct HER2 tyrosine phosphorylation sites 提交 2013-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1109–1114（6 aa） 片段：phosphorylated peptide (UNP residues 1109-1114)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；293 K；0.1 M HEPES, 25% PEG3350, 6% Jeffamine M-600, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.291
5K33 Crystal structure of extracellular domain of HER2 in complex with Fcab STAB19 提交 2016-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–629（607 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.05 M MES, 10% w/v PEG3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.271
5KWG Crystal structure of extracellular domain of HER2 in complex with Fcab H10-03-6 提交 2016-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 23–653（631 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；50 mM Citric acid, 18% (w/v) PEG 3350
分辨率 4.30 Å R-free 0.369
5MY6 Crystal structure of a HER2-Nb complex 提交 2017-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 24–645（622 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；293.15 K；100 mM HEPES pH 7.25, 10% 2-propanol, 22% PEG 4000
分辨率 2.25 Å R-free 0.220
5O4G HER2 in complex with Fab MF3958 提交 2017-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–628（606 aa） 片段：UNP residues 23-628
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.1 M MES pH 6.0, 15% PEG 6000
分辨率 3.00 Å R-free 0.271
5OB4 NMR spatial structure of HER2 TM domain dimer in DPC micelles. 提交 2017-06-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 31–74（44 aa） 片段：UNP residues 31-74
链 B 31–74（44 aa） 片段：UNP residues 31-74
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）30；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HER2TM, 2.5 mM HER2TM, 200 mM [U-99% 2H] DPC, 20 mM potassium phosphate, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
6ATT 39S Fab bound to HER2 ecd 提交 2017-08-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa） 片段：UNP residues 23-652
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；295 K；PEG8000, ethylene glycol, MES buffer
分辨率 3.77 Å R-free 0.289
6BGT Structure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracellular domain 提交 2017-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–652（652 aa） 片段：UNP residues 1-652
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 18% PEG3350, 10% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6J71 HuA21-scFv in complex with the extracellular domain(ECD) of HER2 提交 2019-01-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–639（618 aa）
未记录 BMA beta-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 12% (w/v) PEG 20,000
分辨率 2.92 Å R-free 0.267
6LBX Crystal structure of HER2 Domain IV and Rb-H2 提交 2019-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 531–626（96 aa） 片段：Domain IV
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；290 K；0.1M Sodium Citrate/Citric Acid (pH 5.5), 20% PEG 3000
分辨率 2.03 Å R-free 0.228
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7JXH HER2 in complex with JBJ-08-178-01 提交 2020-08-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 703–1024（322 aa） 片段：kinase domain
未记录 VOY (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350
分辨率 3.27 Å R-free 0.285
7MN5 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1029（1029 aa） 片段：Extracellular Domain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
7MN6 Structure of the HER2 S310F/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2021-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1029（1029 aa） 片段：Extracellular Domain
突变：S310F NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7MN8 Structure of the HER2/HER3/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain bound to Trastuzumab Fab 提交 2021-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–1029（1029 aa）
突变：S310F NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
7PCD HER2 IN COMPLEX WITH A COVALENT INHIBITOR 提交 2021-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1029（327 aa） 片段：NONE
未记录 70I 1-[4-[4-[[3,5-bis(chloranyl)-4-([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yloxy)phenyl]amino]pyrimido[5,4-d]pyrimidin-6-yl]piperazin-1-yl]-4-(3-fluoranylazetidin-1-yl)butan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.75；293 K；18% PEG3350, 50mM ammonium tartrate, 150mM sodium tartrate and 100mM BIS-TRIS
分辨率 1.77 Å R-free 0.241
7QVK NM-02 in complex with HER2-ECD 提交 2022-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；13% PEG6000 (w/v), 0.1 M MES pH 6.5, 7% 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 3.10 Å R-free 0.330
8FFJ Structure of Zanidatamab bound to HER2 提交 2022-12-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 23–644（622 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.50 Å
8HGO The EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–693（693 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8HGP The EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–693（693 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.53 Å
8JYR Crystal structure of anti-HER2 antibody H2Mab-119 in complex with HER2 domain I 提交 2023-07-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–216（194 aa） 片段：domain I
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium citrate pH5.5, 20% w/v PEG3000
分辨率 1.69 Å R-free 0.209
8PWH Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex 提交 2023-07-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8Q6J Atomic structure and conformational variability of the HER2-Trastuzumab-Pertuzumab complex 提交 2023-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 23–646（624 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8U4K Structure of the HER2/HER4/BTC Heterodimer Extracellular Domain 提交 2023-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–629（606 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
8U4L Structure of the HER2/HER4/NRG1b Heterodimer Extracellular Domain 提交 2023-09-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 24–629（606 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8U8X crystal structure of the receptor tyrosine kinase Human HER2 (ERBB2) YVMA mutant kinase domain in complex with inhibitor compound 27 提交 2023-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 694–1029（336 aa） 片段：kinase domain
突变：YVMA inserted after residue 84 W9N 1-{(1R,3r,5S)-3-[(3M)-4-methyl-3-{3-methyl-4-[(1-methyl-1H-benzimidazol-5-yl)oxy]phenyl}-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}propan-1-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8% PEG 3350, 0.1M Tris pH8.5, 0.5M NaCl
分辨率 1.69 Å R-free 0.203
8VB5 Crystal structure of kinase domain of HER2 Exon 20 insertion mutant in complex with tucatinib 提交 2023-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 703–1029（327 aa）
未记录 A1AAC Tucatinib × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M Bicine pH 8.5, 11% w/v PEG 1500, 0.5mM Tucatinib
分辨率 1.48 Å R-free 0.187
8VQD HER2 S310F in complex with TL1 Fab 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris, 150mM NaCl, 0.7mM fluorinated octyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried out with blot force 5, blot time 4 s
分辨率 2.61 Å
8VQE Homodimeric structure of HER2 S310F extracellular region 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 23–652（630 aa）
链 B 23–652（630 aa）
突变：S310F 突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris, 150mM NaCl, 0.7mM Fluorinated octyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified
分辨率 2.67 Å
9IUT Crystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250 in complex with epitope peptide 提交 2024-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 611–618（8 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25% w/v PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.236
9IUT Crystal structure of cancer-specific anti-HER2 antibody H2Mab-250 in complex with epitope peptide 提交 2024-07-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 611–618（8 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7, 25% w/v PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.236
9L1S Structure of the HER2 (S310F) - pertuzumab (T30S/D31A) complex 提交 2024-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
突变：S310F 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9MTE CryoEM structure of extracellular domain of human HER2 complexed with two nano-bodies 27A05 and 47D05 提交 2025-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；BF4 Bt4
分辨率 2.66 Å
9MTX CryoEM structure of extracellular domain of human HER2 complexed with nano-bodies 29E09 提交 2025-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Hepes pH7.5, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
9QBF HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in compact conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QBG HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) in extended conformation in complex with trastuzumab (TZB) antibody 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9QBH HER2/ErbB2 extracellular domain (ECD) from a near full-length construct solubilized in amphipols. 提交 2025-03-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–1029（1007 aa）
突变：Del1-22,Del1030-1255,C789S,C805S,C965S. 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.77 Å
9T3R Structure of human HER2 in complex with EPS232 Fab 提交 2025-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9T3S Structure of human HER2 in complex with EPS226 Fab 提交 2025-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 23–652（630 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 57 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERBB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–622； UniProt 23–644

Pertuzumab FAB LIGHT CHAIN

Homo sapiens

UniProt P01834

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–107 链 D； UniProt 1–107 未记录 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 × 1 （P04626） Pertuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （P0DOX5） Trastuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （Q6GMX6） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6OGE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–104（104 aa） 片段：FAB
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.292
1A4J DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY GERMLINE PRECURSOR 提交 1998-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：FAB
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；19% PEG 8K, 20% GLYCEROL, 200MM MG(CH3COO)2, 10MM CDS04 100MM BISTRIS PH 6.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.292
1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–104（104 aa） 片段：FAB
未记录 CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.291
1A4K DIELS ALDER CATALYTIC ANTIBODY WITH TRANSITION STATE ANALOGUE 提交 1998-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：FAB
未记录 CD CADMIUM ION × 2 FRA [4-(4-ACETYLAMINO-PHENYL)-3,5-DIOXO-4-AZA-TRICYCLO[5.2.2.0 2,6]UNDEC-1-YLCARBAMOYLOXY]-ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；17% PEG 8K, 200MM (NH4)2SO4, 10MM CDS0 100MM TRIS PH 8.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.291
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
链 L 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–104（104 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
未记录 CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
1HKL FREE AND LIGANDED FORM OF AN ESTEROLYTIC CATALYTIC ANTIBODY 提交 1996-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 23–236（214 aa） 片段：VARIABLE DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS AND CONSTANT DOMAINS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.68 Å R-free 0.244
1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 COC COCAINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.265
1I7Z ANTIBODY GNC92H2 BOUND TO LIGAND 提交 2001-03-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 COC COCAINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.265
1MIM IGG FAB FRAGMENT (CD25-BINDING) 提交 1995-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 135–348（214 aa） 片段：IGG FAB
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1UCB STRUCTURE OF UNCOMPLEXED FAB COMPARED TO COMPLEX (1CLY, 1CLZ) 提交 1996-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–106（106 aa） 片段：MOUSE VH AND VL DOMAINS, HUMAN CL KAPPA AND CH1 IGG1 DOMAINS
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M SODIUM ACETATE (PH 4.6), 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 15 % PEG 8000.
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–106（106 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.304
3O11 Anti-beta-amyloid antibody c706 fab in space group c2 提交 2010-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–106（106 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.5；293 K；0.1 M CITRATE PH 3.5, 18% PEG 8000 CRYO CONDITIONS, 0.1 M CITRATE PH 3.5, 25% PEG 8000, 20% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.304
3QCT Crystal structure of the humanized apo LT3015 anti-lysophosphatidic acid antibody Fab fragment 提交 2011-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–105（105 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% PEG 400 (v/v), and 1.75 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.15 Å R-free 0.287
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–105（105 aa）
未记录 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCU Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (14:0) 提交 2011-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–105（105 aa）
未记录 NKN (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl tetradecanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.98 Å R-free 0.252
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–105（105 aa）
未记录 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.51 Å R-free 0.266
3QCV Crystal structure of the LT3015 antibody Fab fragment in complex with lysophosphatidic acid (18:2) 提交 2011-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 M 1–105（105 aa）
未记录 18L (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9Z,12Z)-octadeca-9,12-dienoate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.095 M sodium citrate pH 5.6, 19% (v/v) isopropanol, 19% (w/v) PEG 4000, and 5% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.51 Å R-free 0.266
3U0W AD related murine antibody Fragment 提交 2011-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；100mM citric acid, 20%(v/v) 2-propanol, 20%(w/v) PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3U7W Crystal structure of NIH45-46 Fab 提交 2011-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% polyethylene glycol 20,000, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 0.1 M sodium/potassium tartrate, 0.02 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.238
3U7Y Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV 提交 2011-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 93–101（9 aa） 片段：UNP residues 93-101
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3VH8 KIR3DL1 in complex with HLA-B*5701 提交 2011-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 93–101（9 aa） 片段：UNP residues 93-101
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；16% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3X11 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N.L82R.R83G 提交 2014-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 93–101（9 aa） 片段：UNP residues 93-101
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.15 Å R-free 0.231
3X12 Crystal structure of HLA-B*57:01.I80N 提交 2014-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 93–101（9 aa） 片段：UNP residues 1-9
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；12-20% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tri-sodium citrate pH 5.4., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.219
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4D9R Inhibiting Alternative Pathway Complement Activation by Targeting the Exosite on Factor D 提交 2012-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–106（106 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl, 0.02 M NH4PO4, MPD 50.0% v/v, 0.01 M hexamine cobalt (III) chloride, pH 8.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K
分辨率 2.42 Å R-free 0.251
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–106（106 aa） 片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.223
4YDV STRUCTURE OF THE ANTIBODY 7B2 THAT CAPTURES HIV-1 VIRIONS 提交 2015-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa） 片段：HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN,HIV ANTIBODY 7B2 LIGHT CHAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；298 K；6% PEG 20,000, 5% 2-PROPANOL, 0.1 M CITRIC ACID PH 3.5
分辨率 2.70 Å R-free 0.223
5B38 KIR3DL1*005 in complex with HLA-B*57:01 提交 2016-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 93–101（9 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
5B39 KIR3DL1*015 in complex with HLA-B*57:01 提交 2016-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 93–101（9 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294 K；14 to 18% PEG 3350, 2% tacsimate pH 5.0, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6
分辨率 2.50 Å R-free 0.229
5C7K Crystal structure BG505 SOSIP gp140 HIV-1 Env trimer bound to broadly neutralizing antibodies PGT128 and 8ANC195 提交 2015-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 F 1–106（106 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；280 K；0.05 M lithium sulfate, 0.05 M sodium sulfate, 26% (w/v) PEG 400 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.3
分辨率 4.60 Å R-free 0.295
5ESV Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH03, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade C Superinfecting Strain of Donor CAP256. 提交 2015-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–106（106 aa）
链 D 1–106（106 aa）
链 L 1–106（106 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG8000, .1M CaCl, 20% MPD, .1M Na Acetate pH 5.5, frozen in 15% sucrose as cryoprotectant
分辨率 3.10 Å R-free 0.259
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R
分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R
分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R
分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5ESZ Crystal Structure of Broadly Neutralizing Antibody CH04, Isolated from Donor CH0219, in Complex with Scaffolded Trimeric HIV-1 Env V1V2 Domain from the Clade AE Strain A244 提交 2015-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；54% isopropanol .1M Tris pH 8.5 Cryo used was 15% 2R3R
分辨率 4.19 Å R-free 0.282
5EWI Crystal Structure of the Human Fab VRC38.01, an HIV-1 V1V2-Directed Neutralizing Antibody Isolated from Donor N90 提交 2015-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；14% PEG400, 13% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1M MgCl, No Cryo
分辨率 1.60 Å R-free 0.202
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–107（107 aa）
未记录 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VEB Crystal structure of a Fab binding to extracellular domain 5 of Cadherin-6 提交 2017-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–107（107 aa）
未记录 A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M di-ammonium hydrogen citrate
分辨率 2.34 Å R-free 0.252
5VIY BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies BG1 and 8ANC195 提交 2017-04-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 G 1–107（107 aa）
链 I 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 6.20 Å
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AU5 Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-butylarginine meditope variant 提交 2017-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.227
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AXP Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked n-octylarginine meditope variant 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M sodium citrate pH 4.0, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.228
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AYN Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-aminopropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.222
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZK Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant 提交 2017-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.213
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6AZL Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-carboxyethylarginine meditope variant 提交 2017-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–106（106 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.5, 1.8 M ammonium sulfate
分辨率 2.48 Å R-free 0.216
6B9Y Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant 提交 2017-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl
分辨率 2.14 Å R-free 0.218
6B9Z Trastuzumab Fab v3 提交 2017-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG3350
分辨率 1.82 Å R-free 0.189
6BAE Trastuzumab Fab v3 in complex with CQFDLSTRRLKC 提交 2017-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
分辨率 2.14 Å R-free 0.224
6BAH Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant 提交 2017-10-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.194
6OKP B41 SOSIP.664 in complex with the silent-face antibody SF12 and V3-targeting antibody 10-1074 提交 2019-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 N 1–107（107 aa）
链 P 1–107（107 aa）
链 R 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids
分辨率 3.28 Å
7CZY S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_2B 提交 2020-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–107（107 aa）
链 N 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7CZZ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2F11_3B 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 K 1–107（107 aa）
链 M 1–107（107 aa）
链 N 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XQ8 Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype 提交 2022-05-07 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–107（107 aa）
链 R 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8C1C Structure of IgE bound to the ectodomain of FceRIa 提交 2022-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 L 1–107（107 aa）
链 Y 1–107（107 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 1–107（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
分辨率 2.80 Å R-free 0.284

共 44 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGKC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2, 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 108–214； UniProt 1–107 作者链 D； PDB构建体 108–214； UniProt 1–107

Pertuzumab FAB HEAVY CHAIN

Homo sapiens

UniProt P0DOX5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 109–222 未记录 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 × 1 （P04626） Pertuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） Trastuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） Trastuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （Q6GMX6） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6OGE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
链 H 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5B UNLIGANDED MATURE OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
未记录 CD CADMIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；25%PEG 1000, 100mM sodium acetate, 300mM CdCl2, 100mM ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1D5I UNLIGANDED GERMLINE PRECURSOR OF AN OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY 提交 1999-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
未记录 CD CADMIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；75mM Hepes pH 7.0 9% PEG 4000 150 mM Ammonium Sulfate 20% 1,4 butanediol 100 mM Cadmium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
1D6V CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION 提交 1999-10-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 120–220（101 aa） 片段：chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
未记录 CD CADMIUM ION × 4 HOP (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
分辨率 2.00 Å R-free 0.264
1HZH CRYSTAL STRUCTURE OF THE INTACT HUMAN IGG B12 WITH BROAD AND POTENT ACTIVITY AGAINST PRIMARY HIV-1 ISOLATES: A TEMPLATE FOR HIV VACCINE DESIGN 提交 2001-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 117–449（333 aa）
链 K 117–449（333 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295.5 K；NH4SO4, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K
分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1N0X Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope 提交 2002-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 H 117–222（106 aa） 片段：UNP residues 117-222
链 K 117–222（106 aa） 片段：UNP residues 117-222
未记录 GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 4 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；295.5 K；ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS buffer, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K
分辨率 1.80 Å R-free 0.252
3PGF Crystal structure of maltose bound MBP with a conformationally specific synthetic antigen binder (sAB) 提交 2010-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 121–227（107 aa）
未记录 IMD IMIDAZOLE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；19% PEG 3400, 8% Tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.10 Å R-free 0.227
4R26 Crystal structure of human Fab PGT124, a broadly neutralizing and potent HIV-1 neutralizing antibody 提交 2014-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 115–223（109 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG 4000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.267
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 Q 115–223（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 115–223（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 J 115–223（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
4R2G Crystal Structure of PGT124 Fab bound to HIV-1 JRCSF gp120 core and to CD4 提交 2014-08-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 N 115–223（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；2.4M ammonium sulphate, 0.1M Tris, 13% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.28 Å R-free 0.263
5O4E Crystal structure of VEGF in complex with heterodimeric Fcab JanusCT6 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
链 C 227–448（222 aa）
链 D 227–449（223 aa）
突变：T350V, T366L, K392L, T394W 突变：;T350V, L351Y, T359R, K360F, N361Y, E388D, N389I, F389a, P389b, N389c, G389d, L389e, F405A, Y407V, D413P, K414Y, S415P, R416S, Q418L, Q419M, N421T, V422R, S440H, S442E, L443Y, S444Q, P445W, G446P, K447T ; 突变：T350V, T366L, K392L, T394W 突变：;T350V, L351Y, T359R, K360F, N361Y, E388D, N389I, F389a, P389b, N389c, G389d, L389e, F405A, Y407V, D413P, K414Y, S415P, R416S, Q418L, Q419M, N421T, V422R, S440H, S442E, L443Y, S444Q, P445W, G446P, K447T ; MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 CAC CACODYLATE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M Sodium cacodylate, 40% (v/v) MPD, 5% (w/v) PEG 8000
分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5VJ6 BG505 SOSIP.664 in complex with broadly neutralizing antibodies PG9 and 8ANC195 提交 2017-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 H 117–224（108 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 11.50 Å
5VU0 Crystal structure of the complex between afucosylated/galactosylated human IgG1 Fc and Fc gamma receptor IIIa (CD16A) with Man5 N-glycans 提交 2017-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 230–446（217 aa） 片段：Fc region (UNP residues 230-446)
链 B 230–446（217 aa） 片段：Fc region (UNP residues 230-446)
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 NA SODIUM ION × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris Propane pH 7.5, 16% PEG 20k, 100 mM Potassium thiocyanate, Cryo protection - 20% Ethylene Glycol
分辨率 2.26 Å R-free 0.237
5VZX Crystal structure of crenezumab Fab 提交 2017-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 115–227（113 aa）
链 H 115–227（113 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.230
5VZX Crystal structure of crenezumab Fab 提交 2017-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 115–227（113 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.230
5VZX Crystal structure of crenezumab Fab 提交 2017-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 115–227（113 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.230
5VZY Crystal structure of crenezumab Fab in complex with Abeta 提交 2017-05-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 115–227（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000
分辨率 2.32 Å R-free 0.249
5W5L Crystal structure of human IgG1-Sigma Fc fragment 提交 2017-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–449（223 aa） 片段：Sigma Fc fragment, UNP residues 227-449
链 B 227–449（223 aa） 片段：Sigma Fc fragment, UNP residues 227-449
突变：L234A, L235A, A237G, P238S, H268A, A330S, P331S 突变：L234A, L235A, A237G, P238S, H268A, A330S, P331S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；9% PEG 20,000, 0.1 M Sodium Acetate, pH 5.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.229
5WAV Fc AbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision-making in antibody drug discovery. 提交 2017-06-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 240–448（209 aa）
链 B 240–448（209 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1M Hepes pH7.5 10% v/v polyethylene glycol 8000 8% v/v ethylene glycol
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
5XJE Crystal structure of fucosylated IgG1 Fc complexed with bis-glycosylated soluble form of Fc gamma receptor IIIa 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa） 片段：UNP RESIDUES 227-449
链 B 227–449（223 aa） 片段：UNP RESIDUES 227-449
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), 4% Zwittergent 3-12
分辨率 2.40 Å R-free 0.281
5XJF Crystal structure of fucosylated IgG Fc Y296W mutant complexed with bis-glycosylated soluble form of Fc gamma receptor IIIa 提交 2017-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa） 片段：UNP RESIDUES 227-449
链 B 227–449（223 aa） 片段：UNP RESIDUES 227-449
突变：Y298W 突变：Y298W CL CHLORIDE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), 4% Zwittergent 3-14
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
5XMH Crystal structure of an IgM rheumatoid factor YES8c in complex with IgG1 Fc 提交 2017-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 239–446（208 aa） 片段：UNP RESIDUES 239-446
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Tris-HCl, sodium acetate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
5XMH Crystal structure of an IgM rheumatoid factor YES8c in complex with IgG1 Fc 提交 2017-05-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 239–446（208 aa） 片段：UNP RESIDUES 239-446
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Tris-HCl, sodium acetate, PEG 4000
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
5Y56 Fc mutant (K392D/K409D/D399K) 提交 2017-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–445（208 aa） 片段：UNP residues 238-445
链 B 238–445（208 aa） 片段：UNP residues 238-445
突变：K392D/K409D/D399K 突变：K392D/K409D/D399K 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.5M (NH4)2SO4, 10% Glycerol, 0.1M Tris-Hcl (pH 7.5)
分辨率 2.65 Å R-free 0.298
5YC5 Crystal structure of human IgG-Fc in complex with aglycan and optimized Fc gamma receptor IIIa 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 226–448（223 aa） 片段：Fc fragment, UNP residues 226-448
链 B 226–448（223 aa） 片段：Fc fragment, UNP residues 226-448
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293.15 K；20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 14% PEG 3350
分辨率 2.71 Å R-free 0.273
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 J 109–223（115 aa）
链 K 109–223（115 aa）
链 N 109–223（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5
分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 120–222（103 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARP Structure of a mutant Cetuximab Fab fragment 提交 2017-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 120–222（103 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate, 1.6 M ammonium sulfate, 5% glycerol
分辨率 1.70 Å R-free 0.197
6ARU Structure of Cetuximab Fab mutant in complex with EGFR extracellular domain 提交 2017-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 120–222（103 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；150 mM ammonium sulfate, 16.5% PEG3350, 10 mM cadmium chloride, 100 mM imidazole, 5% glycerol
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6B70 Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain and insulin 提交 2017-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 125–219（95 aa）
链 E 125–219（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton and homemade plunger
分辨率 3.70 Å
6B7Z Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11 heavy chain and FAB H11 light chain 提交 2017-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 125–219（95 aa）
链 E 125–219（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton
分辨率 6.50 Å
6BF7 Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain 提交 2017-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 125–219（95 aa）
链 E 125–219（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton
分辨率 6.50 Å
6BF9 Cryo-EM structure of human insulin degrading enzyme in complex with FAB H11-E heavy chain, FAB H11-E light chain 提交 2017-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 125–219（95 aa）
链 E 125–219（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The cryo grids were made using Spotiton
分辨率 7.20 Å
6BFT Structure of Bevacizumab Fab mutant in complex with VEGF 提交 2017-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 120–227（108 aa）
链 H 120–227（108 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM MES, 6.0, 225 mM ammonium sulfate, 13% PEG4000, 10% isopropanol
分辨率 2.55 Å R-free 0.220
6BGT Structure of Trastuzumab Fab mutant in complex with Her2 extracellular domain 提交 2017-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 109–222（114 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；100 mM MES, pH 6.5, 18% PEG3350, 10% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6BKB Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody AR3A 提交 2017-11-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 109–222（114 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；20% (w/v) PEG 3500, 0.2M sodium-citrate
分辨率 2.80 Å R-free 0.267
6BKC Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody AR3B 提交 2017-11-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 109–222（114 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；293 K；20% (w/v) PEG 3500, 0.2M Li-chloride
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
6BZ4 Human IgG1 lacking complement-dependent cytotoxicity: hu3S193 Fc mutant K322A 提交 2017-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 239–446（208 aa）
链 B 239–446（208 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；PEG 6000, 0.1 M MES, 25% V/V ETHYLENE GLYCOL
分辨率 2.40 Å R-free 0.249
6DKJ human GIPR ECD and Fab complex 提交 2018-05-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 109–222（114 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000 and 20% isopropanol
分辨率 1.95 Å R-free 0.238
6DKJ human GIPR ECD and Fab complex 提交 2018-05-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 109–222（114 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% PEG 4000 and 20% isopropanol
分辨率 1.95 Å R-free 0.238
6EAQ Glycosylated FCGR3B / CD16b in complex with afucosylated IgG1 Fc 提交 2018-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–446（220 aa）
链 B 227–446（220 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0 50 mM MES, 8% PEG3350 and 60 mM NaCl
分辨率 2.22 Å R-free 0.244
6FCZ Model of gC1q-Fc complex based on 7A EM map 提交 2017-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 234–449（216 aa） 片段：UNP residues 234-449
链 K 234–449（216 aa） 片段：UNP residues 234-449
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6FGO Fc in complex with engineered calcium binding domain Z 提交 2018-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 239–448（210 aa）
链 C 239–448（210 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 GOL GLYCEROL × 7 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；24 % PEG3350, 0.1 M LiCl2, 0.1 M MES pH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.232
6FGO Fc in complex with engineered calcium binding domain Z 提交 2018-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 239–448（210 aa）
链 D 239–448（210 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；24 % PEG3350, 0.1 M LiCl2, 0.1 M MES pH 6.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.232
6G1E BEAT Fc with improved heterodimerization (Q3A-D84.4Q) 提交 2018-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 223–449（227 aa）
突变：L234A, L235A, Q347E, Y349A, L351F, S364T, T366V, K370T, T394D, V397L, D399E, D401Q, F405A, Y407S, K409R, T411R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；CRYSTALS GROWN BY VAPOR DIFFUSION BY MIXING 12.0 MG/ML PROTEIN IN 10 MM HEPES PH8.0, 100 MM NACL, 1 MM EDTA, EQUALLY WITH 33.00 %(W/V) PEG 1500
分辨率 1.88 Å R-free 0.272
6IFJ Structure of bispecific Fc 提交 2018-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 218–449（232 aa）
链 B 218–449（232 aa）
突变：E357K,K409R 突变：K370E GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291.15 K；0.1M Hepes, pH7.5, 12%(w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.231
6IQG X-ray crystal structure of Fc and peptide complex 提交 2018-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 238–447（210 aa）
链 B 238–447（210 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；PEG 3350, KI
分辨率 3.00 Å R-free 0.273
6IQH X-ray crystal structure of covalent-bonded complex of Fc and peptide 提交 2018-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 238–447（210 aa）
链 B 238–447（210 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10；293 K；0.1 M CHES pH 10.0, 0.3M NaCl, 20% (w/v) PEG 8000
分辨率 3.00 Å R-free 0.293
6KA7 The complex structure of Human IgG Fc and its binding Repebody 提交 2019-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 240–447（208 aa）
链 D 240–447（208 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris HCl, PEG 4000, Sodium chloride
分辨率 3.00 Å R-free 0.333
6MB3 Cryo-EM structure of the circumsporozoite protein of Plasmodium falciparum with a vaccine-elicited antibody reveals maturation of inter-antibody contacts 提交 2018-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：nonadecameric
链 A 109–223（115 aa）
链 B 109–223（115 aa）
链 C 109–223（115 aa）
链 D 109–223（115 aa）
链 F 109–223（115 aa）
链 G 109–223（115 aa）
链 H 109–223（115 aa）
链 I 109–223（115 aa）
链 J 109–223（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
6MSY Anti-HIV-1 Fab Fab 2G12 + Man4 re-refinement 提交 2018-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–221（102 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 8 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；295 K；27% Peg 4000, 0.05M sodium acetate
分辨率 2.00 Å R-free 0.242
6MU3 Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man7 re-refinement 提交 2018-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–221（102 aa）
链 M 120–221（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；295 K；20% Peg 4000, 0.2M sodium tartrate
分辨率 2.33 Å R-free 0.234
6MUB Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man5 re-refinement 提交 2018-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–222（103 aa）
链 M 120–222（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；295 K；1.6M sodium/potassium phosphate
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
6N2X Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man9 re-refinement 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–220（101 aa）
链 M 120–220（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；25% Peg 400, 0.2M imidazole malate
分辨率 3.00 Å R-free 0.283
6N32 Anti-HIV-1 Fab 2G12 re-refinement 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–221（102 aa）
链 K 120–221（102 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；1.05M ammonium sulfate, 18% Peg 6000, 0.1M imidazole malate
分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6N35 Anti-HIV-1 Fab 2G12 + Man1-2 re-refinement 提交 2018-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 120–220（101 aa）
链 M 120–220（101 aa）
未记录 BEZ BENZOIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；2M Sodium/Potassium Phosphate
分辨率 1.75 Å R-free 0.238
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 109–226（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 109–226（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6OKQ Crystal structure of the SF12 Fab 提交 2019-04-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 109–226（118 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 1.8 M sodium formate
分辨率 3.20 Å R-free 0.299
6UBI N123-VRC34.05 HIV neutralizing antibody in complex with HIV fusion peptide residue 512-519 提交 2019-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 117–226（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7, 30% PEG6000
分辨率 1.90 Å R-free 0.288
6UBI N123-VRC34.05 HIV neutralizing antibody in complex with HIV fusion peptide residue 512-519 提交 2019-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 117–226（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES, pH 7, 30% PEG6000
分辨率 1.90 Å R-free 0.288
6UGW Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a C-centered orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 220–449（230 aa） 片段：LotA_Fc
未记录 ZN ZINC ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10 mg/mL protein with JCSG+ E7 (266849e7): 10% 2-propanol, 200 mM zinc acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID kux1-2
分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6UGX Crystal structure of the Fc fragment of PF06438179/GP1111 an infliximab biosimilar in a primative orthorhombic crystal form, Lot A 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 220–449（230 aa）
链 B 220–449（230 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10 mg/mL protein with 200 mM potassium nitrate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID sxt1-6
分辨率 2.10 Å R-free 0.256
6UGY Crystal structure of the Fc fragment of anti-TNFa antibody infliximab (Remicade) in a primative orthorhombic crystal form, Lot C 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 220–449（230 aa） 片段：LotC_Fc
未记录 ZN ZINC ION × 6 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10 mg/mL protein with JCSG+ E7 Opt screen H2 (267146h2): 4% 2-propanol, 200 mM zinc acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.8, cryoprotectant: 20% ethylene glycol, puckID kux1-9
分辨率 2.10 Å R-free 0.228
6UOE 3-25 Fab germline-reversion variant bound to an HCMV gB-derived peptide 提交 2019-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 109–223（115 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M magnesium chloride, 13.4% PEG3350, 16.75% PEG400, 0.1 M Tris, pH 8.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.186
6V8Z VRC03 and 10-1074 Bound BG505 F14 HIV-1 SOSIP Envelope Trimer Structure 提交 2019-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 C 117–220（104 aa）
链 I 117–220（104 aa）
链 O 117–220（104 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
6VSL Crystal structure of a human fucosylated IgG1 Fc expressed in tobacco plants (Nicotiana benthamiana) 提交 2020-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 236–446（211 aa） 片段：crystallizable fragment (UNP residues 236-446)
链 B 236–446（211 aa） 片段：crystallizable fragment (UNP residues 236-446)
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；15% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 2.10 Å R-free 0.250
6VSZ Crystal structure of a human afucosylated IgG1 Fc expressed in tobacco plants (Nicotiana benthamiana) 提交 2020-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 236–446（211 aa） 片段：crystallizable fragment (UNP residues 236-446)
链 B 236–446（211 aa） 片段：crystallizable fragment (UNP residues 236-446)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；15% PEG4000, 0.1 M HEPES, pH 7.0
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
6X3I NNAS Fc mutant 提交 2020-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–449（223 aa） 片段：Fc
未记录 BMA beta-D-mannopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；30% polyethylene glycol 1500
分辨率 2.27 Å R-free 0.221
6YSC GLYCOSYLATED KNOB-HOLE/DUMMY FC FRAGMENT 提交 2020-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 223–449（227 aa）
链 B 223–449（227 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；15% (w/v) PEG4000, 0.1M HEPES
分辨率 2.05 Å R-free 0.293
6YT7 GLYCOSYLATED KNOB/DUMMY-HOLE FC FRAGMENT 提交 2020-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 223–449（227 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；294 K；25% (w/v) PEG2000 MME, 0.1M HEPES
分辨率 1.55 Å R-free 0.273
6YTB GLYCOSYLATED KNOB/DUMMY-HOLE/DUMMY FC FRAGMENT 提交 2020-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 223–449（227 aa）
链 B 223–449（227 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；20% (w/v) PEG3350, 0.2M potassium formate
分辨率 1.65 Å R-free 0.249
7CZQ S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P2B-1A10 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 115–449（335 aa）
链 J 115–449（335 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7CZT S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-2G9 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 109–449（341 aa）
链 I 109–449（341 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7CZU S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_2B 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 109–449（341 aa）
链 J 109–449（341 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7CZV S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B6_3B 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 109–449（341 aa）
链 I 109–449（341 aa）
链 J 109–449（341 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7T17 Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 540 PDB 声明：540-meric
链 H 120–224（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7T17 Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 120–224（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7T17 Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：45-meric
链 H 120–224（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7T17 Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：54-meric
链 H 120–224（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7T17 Zika Virus asymmetric unit bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 120–224（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.26 Å
7URU Crystal structure of the low affinity Fc gamma receptor IIIA variant in complex with the Fc of IgG1. 提交 2022-04-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；8% PEG 8000 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.262
7X13 Structure of IgG-Fc hexamer 提交 2022-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 223–443（221 aa）
链 B 223–443（221 aa）
链 C 223–443（221 aa）
链 D 223–443（221 aa）
链 E 223–443（221 aa）
链 F 223–443（221 aa）
链 G 223–443（221 aa）
链 H 223–443（221 aa）
链 I 223–443（221 aa）
链 J 223–443（221 aa）
链 K 223–443（221 aa）
链 L 223–443（221 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 120–222（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
8DAO Crystal structure of SARS-CoV-2 spike stem fusion peptide in complex with neutralizing antibody COV44-79 提交 2022-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 120–222（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 0.01 M nickel (II) chloride, and 20% PEG monomethyl ether 2000
分辨率 2.80 Å R-free 0.284
8DBZ CryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2Fabs ANDV-5 and ANDV-34 提交 2022-06-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 F 120–222（103 aa） 片段：UNP residues 120-222
链 H 120–222（103 aa） 片段：UNP residues 120-222
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8DV1 SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to linker variant of affinity matured ACE2 mimetic CVD432 提交 2022-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 218–449（232 aa）
突变：K31F,N33D,H34S,E35Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8DV2 SARS-CoV-2 Wuhan-hu-1-Spike-RBD bound to computationally engineered ACE2 mimetic CVD293 提交 2022-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 218–449（232 aa）
突变：K31F,H34I,E35Q NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8ECQ Bovine Fab 2G3 提交 2022-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 115–222（108 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277.15 K；10% glycerol, 0.1M Mes, 5% Peg1000, 30% Peg600
分辨率 2.00 Å R-free 0.253
8ECV Bovine Fab 2F12 提交 2022-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 114–222（109 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.2M sodium chloride, 0.1M phosphate-citrate buffer, 20% Peg6000
分辨率 1.81 Å R-free 0.261
8ECV Bovine Fab 2F12 提交 2022-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 114–222（109 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.2M sodium chloride, 0.1M phosphate-citrate buffer, 20% Peg6000
分辨率 1.81 Å R-free 0.261
8ECZ Bovine Fab 4C1 提交 2022-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 114–222（109 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1M Tris, 50% MPD, 0.2M ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.82 Å R-free 0.258
8ECZ Bovine Fab 4C1 提交 2022-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 114–222（109 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；0.1M Tris, 50% MPD, 0.2M ammonium dihydrogen phosphate
分辨率 2.82 Å R-free 0.258
8ED1 Bovine Fab 5C1 提交 2022-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 114–222（109 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277.15 K；0.1M Tris, 10% glycerol, 20% Peg300, 5% Peg8000
分辨率 2.31 Å R-free 0.267
8EDF Bovine Fab SKD in complex with Sars COV-2 receptor binding domain 提交 2022-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 114–222（109 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.2；293.15 K；0.4M Lithium chloride, 10% Peg6000, 0.1M sodium citrate
分辨率 3.40 Å R-free 0.299
8GHR Structure of human ENPP1 in complex with variable heavy domain VH27.2 提交 2023-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 218–449（232 aa）
链 B 218–449（232 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；phosphate buffered saline
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8TTM IgG1 Fc Heterodimer combYSelect1 提交 2023-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–449（232 aa）
链 B 218–449（232 aa）
突变：K409S, T411Y 突变：L368S, D399Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M BisTris pH 6.5 and 21% PEG MME 5000
分辨率 2.51 Å R-free 0.242
8TUD IgG1 Fc Heterodimer combYSelect2 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–449（232 aa）
链 B 218–449（232 aa）
突变：D399Y, K447S 突变：K409S, T411Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；292 K；0.1M Bis Tris pH 6.5 and 29% PEG MME 2000
分辨率 3.00 Å R-free 0.285
8URO Crystal structure of IgG1-Fc fragment (E382S) in complex with Corynebacterial ENGase CU43 (D187A-E189A) 提交 2023-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 218–449（232 aa）
链 C 218–449（232 aa）
突变：E382S 突变：E382S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M MES 6.5 30 %v/v Glycerol ethoxylate (MIDAS 2-31)
分辨率 3.62 Å R-free 0.369
8URO Crystal structure of IgG1-Fc fragment (E382S) in complex with Corynebacterial ENGase CU43 (D187A-E189A) 提交 2023-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 218–449（232 aa）
链 F 218–449（232 aa）
突变：E382S 突变：E382S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M MES 6.5 30 %v/v Glycerol ethoxylate (MIDAS 2-31)
分辨率 3.62 Å R-free 0.369
8W4L Crystal structure of closed conformation of human immunoglobulin Fc in presence of EndoSz 提交 2023-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM MES PH 6.0 200 mM Zinc acetate 10 % PEG 8000
分辨率 3.10 Å R-free 0.257
8W4M Crystal structure of open conformation of human immunoglobulin Fc in presence of EndoSz 提交 2023-08-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 227–449（223 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM MES PH 6.5 200 mM Zinc acetate 10 % PEG 8000
分辨率 2.18 Å R-free 0.255
8ZCK Serial Femtosecond Crystallography Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
链 B 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.227
8ZCL Ambient Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
链 B 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.236
8ZCM Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap 提交 2024-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
链 B 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 2.64 Å R-free 0.409
9BEX X-ray crystallography structural model of the immunoglobulin G1 (IgG1) Fc D270C K326C variant 提交 2024-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 218–449（232 aa）
链 BBB 218–449（232 aa）
突变：D270C,K326C 突变：D270C,K326C PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.302
9CRT Crystal structure of IgG1 FC at natural pH 提交 2024-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；0.1 M Hepes pH 7.5 and 20% PEG 20,000
分辨率 2.19 Å R-free 0.282
9CXL Crystal structure of IgG1 FC WT at pH 5.5 提交 2024-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；1 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5
分辨率 2.33 Å R-free 0.279
9CY6 Crystal structure of IgG1 FC M252H at pH 7.5 提交 2024-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
突变：M252H 突变：M252H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Bis-tris propane pH 7.5, and 8% PEG8K
分辨率 2.06 Å R-free 0.282
9D06 Crystal structure of IgG1 FC M252R at pH 5.6 提交 2024-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
突变：M252R 突变：M252R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1M Sodium citrate pH 5.6, 20% Propanol and 20% PEG 4K
分辨率 2.33 Å R-free 0.279
9D09 Crystal structure of IgG1 FC M252H at pH 5.6 提交 2024-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
突变：M252H 突变：M252H 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.1M Sodium citrate pH 5.6, 20% Propanol and 20% PEG 4000
分辨率 2.92 Å R-free 0.283
9D9Q Crystal structure of IgG1 FC M252R at pH 8.0 提交 2024-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 238–449（212 aa）
链 B 238–449（212 aa）
突变：M252R 突变：M252R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 0.08M Sodium formate and 7.5% PEG20K
分辨率 2.82 Å R-free 0.367
9DAZ Molecular basis of pathogenicity of the recently emerged FCoV-23 coronavirus. Complex of fAPN with FCoV-23 RBD 提交 2024-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 218–449（232 aa）
链 C 218–449（232 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9IIE Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap 提交 2024-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
链 B 239–446（208 aa） 片段：Fc Fragment
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350
分辨率 3.14 Å R-free 0.309
9K2Y Human IgG1 Fc fragments, mutant (2CT1.1) 提交 2024-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
链 C 227–449（223 aa）
链 D 227–449（223 aa）
未记录 GAL beta-D-galactopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；50mM Sodium phosphate pH 7.0, 16% PEG 3350
分辨率 3.12 Å R-free 0.281
9K34 Human IgG1 Fc fragments, mutant (2CT1.9) 提交 2024-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
链 C 227–449（223 aa）
链 D 227–449（223 aa）
未记录 FUL beta-L-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；50mM HEPES pH 7.0, 10% PEG 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
9KHH Structure of the complex of LGR4 with Norrin (2:2) 提交 2024-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 220–449（230 aa）
链 F 220–449（230 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.65 Å
9LOC Cryo-EM structure of human FcRL5 bound to IgG-Fc 提交 2025-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 B 218–443（226 aa）
链 C 218–443（226 aa）
链 D 218–443（226 aa）
链 E 218–443（226 aa）
链 F 218–443（226 aa）
链 G 218–443（226 aa）
链 H 218–443（226 aa）
链 I 218–443（226 aa）
链 J 218–443（226 aa）
链 K 218–443（226 aa）
链 L 218–443（226 aa）
链 M 218–443（226 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9LOD Local structure of human FcRL5 bound to IgG-Fc 提交 2025-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 218–443（226 aa）
链 C 218–443（226 aa）
链 D 218–443（226 aa）
链 E 218–443（226 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9MCX CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX H131 VARIANT 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；25% PEG 2000 MME, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.38 Å R-free 0.234
9MCY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% PEG 5000 MME, 12% isopropanol , 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.236
9MCY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT 提交 2024-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 227–449（223 aa）
链 D 227–449（223 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% PEG 5000 MME, 12% isopropanol , 0.1 M MES pH 6.5
分辨率 2.85 Å R-free 0.236
9OUV Crystal structure of human IGG1 FC fragment-FC-gamma receptor IIB complex 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 227–449（223 aa）
链 B 227–449（223 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；150 mM sodium chloride 100 mM Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000
分辨率 3.07 Å R-free 0.241
9UO5 Cryo-EM structure of the human IgG-Fc hexamer 提交 2025-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 218–443（226 aa）
链 B 218–443（226 aa）
链 C 218–443（226 aa）
链 D 218–443（226 aa）
链 E 218–443（226 aa）
链 F 218–443（226 aa）
链 G 218–443（226 aa）
链 H 218–443（226 aa）
链 I 218–443（226 aa）
链 J 218–443（226 aa）
链 K 218–443（226 aa）
链 L 218–443（226 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9UOK Structure of the complex of LGR4_ECD with Norrin 提交 2025-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 220–449（230 aa）
链 F 220–449（230 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å

共 105 个其他 PDB 条目、128 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGG1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 109–222； UniProt 109–222

Trastuzumab FAB HEAVY CHAIN

Homo sapiens

UniProt Q6GMX6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 124–235 未记录 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 × 1 （P04626） Pertuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） Pertuzumab FAB HEAVY CHAIN × 1 （P0DOX5） Trastuzumab FAB LIGHT CHAIN × 1 （P01834） ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.36 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6OGE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ZA6 The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 225–465（241 aa）
链 D 225–465（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
1ZA6 The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 225–465（241 aa）
链 H 225–465（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
1ZA6 The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 B 225–465（241 aa）
链 D 225–465（241 aa）
链 F 225–465（241 aa）
链 H 225–465（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
1ZA6 The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody 提交 2005-04-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 225–465（241 aa）
链 D 225–465（241 aa）
链 F 225–465（241 aa）
链 H 225–465（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20
分辨率 2.80 Å R-free 0.296
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 131–237（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 131–237（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 131–237（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 131–237（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K
分辨率 2.48 Å R-free 0.238
5O1R human Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 20–240（221 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M TRIS pH 8.0 and 1.6 M lithium sulphate
分辨率 2.86 Å R-free 0.222
5O1R human Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2017-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 20–240（221 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M TRIS pH 8.0 and 1.6 M lithium sulphate
分辨率 2.86 Å R-free 0.222
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 128–238（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000
分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 128–238（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000
分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 128–238（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000
分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 128–238（111 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000
分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 122–238（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details
分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 122–238（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details
分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VSI CH1/Ckappa Fab mutant 15.1 提交 2017-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 122–235（114 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication
分辨率 1.51 Å R-free 0.227
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 125–238（114 aa） 片段：FD,FD,FD,FD
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 125–238（114 aa） 片段：FD,FD,FD,FD
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 125–238（114 aa） 片段：FD,FD,FD,FD
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC
分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 D 123–239（117 aa）
链 F 123–239（117 aa）
链 H 123–239（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5
分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6B9Y Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant 提交 2017-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 124–238（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl
分辨率 2.14 Å R-free 0.218
6BAH Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant 提交 2017-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 124–238（115 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.194
6DC4 RSV-neutralizing human antibody AM22 提交 2018-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 123–239（117 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 123–239（117 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 123–239（117 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 123–239（117 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6VPY I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage) 提交 2020-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 125–240（116 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400
分辨率 2.36 Å R-free 0.223
6VPY I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage) 提交 2020-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 125–240（116 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400
分辨率 2.36 Å R-free 0.223
7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 123–465（343 aa）
链 J 123–465（343 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 123–465（343 aa）
链 I 123–465（343 aa）
链 J 123–465（343 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 121–465（345 aa）
链 I 121–465（345 aa）
链 J 121–465（345 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 123–465（343 aa）
链 J 123–465（343 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8BBO SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-36 Fab 提交 2022-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 20–240（221 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2% (v/v) PEG400, 0.1M imidazole pH7.0 and 24% (w/v) PEG MME 5000.
分辨率 2.75 Å R-free 0.252

共 18 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6GMX6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 109–220； UniProt 124–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6oge

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6oge
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6oge
沉积日期 deposition_date2019-04-02
结构标题 titleCryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex
关键词 keywordsHer2 extracellular domain, Trastuzumab, Pertuzumab, transferase-immune system complex; transferase/immune system
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron45.56 Å
零角强度 I(0) i0421211000.00
分子量 molecular_weight163860.0 kDa
排除体积 excluded_volume202920 ų
包络体积 envelope_volume302310 ų
水化壳体积 shell_volume56753 ų
包络直径 envelope_diameter140.0 Å
壳层 Rg shell_rg48.37 Å
包络 Rg envelope_rg44.55 Å
形状 Rg shape_rg45.52 Å
总 Rg total_rg45.81 Å
总原子数 total_atoms11494
残基数 n_residues1483
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax144.4 Å
Rg (实空间) rg_real45.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.1900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal421300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8992
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary59.5 Å
偏度 Skewness skewness0.121
峰度 Kurtosis kurtosis-0.757
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha29940000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.777
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)