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7ml1

RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 275.2 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD

物种未注明

UniProt A0A6A5Q1C1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 0； UniProt 1–778 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML3 General transcription factor TFIIH (weak binding) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 0 1–778（778 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q1C1_YEASX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 0； PDB构建体 1–778； UniProt 1–778

RNA polymerase II transcription factor B subunit 2

物种未注明

UniProt A0A6A5Q2X3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 2； UniProt 1–513 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML3 General transcription factor TFIIH (weak binding) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 2 1–513（513 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q2X3_YEASX
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 2； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513

General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5

物种未注明

UniProt Q3E7C1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 5； UniProt 1–72 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3DGP Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2 提交 2008-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–72（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.9；277 K；Tris 20 mM, NaCl 50 mM, pH 8.9, EVAPORATION, temperature 277K
分辨率 1.80 Å R-free 0.237
3DOM Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2 提交 2008-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–72（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350 MME, NaCl, Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.261
3DOM Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2 提交 2008-07-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–72（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG3350 MME, NaCl, Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.261
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 X 2–64（63 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
分辨率 6.00 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 b 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
7K01 Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex 提交 2020-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；Sample dialyzed for 30 minutes into above buffer prior to grid making
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were manually blotted for 2-3 seconds prior to plunge freezing
分辨率 3.90 Å
7K04 Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening 提交 2020-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manually blotted by Leica EM CPC
分辨率 9.25 Å
7M2U Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33 提交 2021-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 5 2–67（66 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML3 General transcription factor TFIIH (weak binding) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O4K Yeast TFIIH in the contracted state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7O4L Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 11 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 5 1–72（72 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TFB5_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 5； PDB构建体 1–72； UniProt 1–72

General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB

物种未注明

UniProt Q00578

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 7； UniProt 1–843 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 1 294–785（492 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
分辨率 6.00 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 7 1–425（425 aa）
链 7 452–462（11 aa）
链 7 482–843（362 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 7 1–425（425 aa）
链 7 482–843（362 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 Z 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 7 1–425（425 aa）
链 7 482–843（362 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
7K01 Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex 提交 2020-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；Sample dialyzed for 30 minutes into above buffer prior to grid making
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were manually blotted for 2-3 seconds prior to plunge freezing
分辨率 3.90 Å
7K04 Structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33/DNA in DNA opening 提交 2020-09-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manually blotted by Leica EM CPC
分辨率 9.25 Å
7M2U Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33 提交 2021-03-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML3 General transcription factor TFIIH (weak binding) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O4K Yeast TFIIH in the contracted state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 10 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7O4L Yeast TFIIH in the expanded state within the pre-initiation complex 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 11 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8CEN Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 7 1–843（843 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RAD25_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 7； PDB构建体 1–843； UniProt 1–843

BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A7I9BTI9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 3； UniProt 1–321 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 3 1–321（321 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 3 1–321（321 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML3 General transcription factor TFIIH (weak binding) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 3 1–321（321 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 3 1–321（321 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 3 1–321（321 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A7I9BTI9_YEASX
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 3； PDB构建体 1–321； UniProt 1–321

TATA-box-binding protein

物种未注明

UniProt P13393

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 O； UniProt 1–240 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–239（180 aa） 片段：C-terminal core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 60–239（180 aa） 片段：C-terminal core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 I 60–239（180 aa） 片段：C-terminal core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NGM Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex 提交 2002-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 M 60–239（180 aa） 片段：C-terminal core domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.308
1NH2 Crystal structure of a yeast TFIIA/TBP/DNA complex 提交 2002-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 60–239（180 aa） 片段：C-TERMINAL 180 RESIDUES
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.226
1RM1 Structure of a Yeast TFIIA/TBP/TATA-box DNA Complex 提交 2003-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–239（239 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；PEG 4000, ammonium citrate, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.252
1TBA SOLUTION STRUCTURE OF A TBP-TAFII230 COMPLEX: PROTEIN MIMICRY OF THE MINOR GROOVE SURFACE OF THE TATA BOX UNWOUND BY TBP, NMR, 25 STRUCTURES 提交 1998-08-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 60–239（180 aa） 片段：CORE DOMAIN RESIDUES 60-249
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K
分辨率未提供
1TBP CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST TATA-BINDING PROTEIN AND MODEL FOR INTERACTION WITH DNA 提交 1993-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 61–239（179 aa）
链 B 61–239（179 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1YTB CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX 提交 1994-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 60–239（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
1YTB CRYSTAL STRUCTURE OF A YEAST TBP/TATA-BOX COMPLEX 提交 1994-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 60–239（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.00K
分辨率 1.80 Å R-free 0.261
1YTF YEAST TFIIA/TBP/DNA COMPLEX 提交 1996-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 60–239（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.297
4B0A The high-resolution structure of yTBP-yTAF1 identifies conserved and competing interaction surfaces in transcriptional activation 提交 2012-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–240（180 aa） 片段：TAF1 RESIDUES 8-71, LINKER, TBP RESIDUE 61-240
突变：YES CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.97 Å R-free 0.223
4V1N Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric
链 O 61–240（180 aa） 片段：RESIDUES 61-240
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 7.80 Å
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 O 61–240（180 aa） 片段：RESIDUES 61-240
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 9.70 Å
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 Q 61–240（180 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
分辨率 6.00 Å
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.35 Å
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 8.80 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 j 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
6CNB Yeast RNA polymerase III initial transcribing complex 提交 2018-03-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 61–240（180 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6CNC Yeast RNA polymerase III open complex 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 61–240（180 aa）
突变：C438S ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6CND Yeast RNA polymerase III natural open complex (nOC) 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 61–240（180 aa）
突变：C438S ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6CNF Yeast RNA polymerase III elongation complex 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 61–240（180 aa）
突变：C438S ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6E16 Ternary structure of c-Myc-TBP-TAF1 提交 2018-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–240（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；291 K；20% (w/w) PEG8000, 0.2M ammonium sulfare, and 0.1M HEPES pH7.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.220
6E24 Ternary structure of c-Myc-TBP-TAF1 提交 2018-07-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–240（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；16% W/V PEG3350 0.05M CITRIC ACID 0.05M BIS-TRIS PROPANE pH5.0
分辨率 3.00 Å R-free 0.224
6EU0 RNA Polymerase III open pre-initiation complex (OC-PIC) 提交 2017-10-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Y 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6F40 RNA Polymerase III open complex 提交 2017-11-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 U 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6F41 RNA Polymerase III initially transcribing complex 提交 2017-11-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 U 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6F42 RNA Polymerase III closed complex CC1. 提交 2017-11-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 U 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.50 Å
6F44 RNA Polymerase III closed complex CC2. 提交 2017-11-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 U 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7Q5B Cryo-EM structure of Ty3 retrotransposon targeting a TFIIIB-bound tRNA gene 提交 2021-11-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：tridecameric
链 Y 1–240（240 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.98 Å
7Z0O Structure of transcription factor UAF in complex with TBP and 35S rRNA promoter DNA 提交 2022-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 1–240（240 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8FFZ TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene 提交 2022-12-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 61–240（180 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8H5B The cryo-EM structure of nuclear transport receptor Kap114p complex with yeast TATA-box binding protein 提交 2022-10-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 61–240（180 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.03 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 O 1–240（240 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 48 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBP_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 O； PDB构建体 1–240； UniProt 1–240

DNA-directed RNA polymerase subunit

物种未注明

UniProt A0A6A5Q1P2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–1733 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
链 a 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 a 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 A 1–1733（1733 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q1P2_YEASX
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1733； UniProt 1–1733

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5Q4H2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–1224 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
链 b 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 b 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–1224（1224 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4H2_YEASX
Isoform —
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1224； UniProt 1–1224

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt A0A6A5Q0Z3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–318 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 C 1–318（318 aa）
链 c 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 c 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–318（318 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q0Z3_YEASX
Isoform —
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

物种未注明

UniProt A0A6A5PTI6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–221 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 D 1–221（221 aa）
链 d 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 d 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 1–221（221 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A6A5PTI6_YEASX
Isoform —
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–221； UniProt 1–221

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

物种未注明

UniProt A0A6A5Q456

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–215 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 E 1–215（215 aa）
链 e 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 e 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 E 1–215（215 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q456_YEASX
Isoform —
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2

物种未注明

UniProt A0A6L0ZRI7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–155 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 F 1–155（155 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 f 1–155（155 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 F 1–155（155 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 F 1–155（155 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 F 1–155（155 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6L0ZRI7_YEASX
Isoform —
PDB实体 17
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

物种未注明

UniProt A0A6A5Q270

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 G； UniProt 1–171 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 G 1–171（171 aa）
链 g 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 g 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–171（171 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q270_YEASX
Isoform —
PDB实体 18
链与序列区间 作者链 G； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt A0A6A5Q8C2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 H； UniProt 1–146 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 H 1–146（146 aa）
链 h 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 h 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 H 1–146（146 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q8C2_YEASX
Isoform —
PDB实体 19
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt A0A7I9EWC2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 I； UniProt 1–122 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 I 1–122（122 aa）
链 i 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 i 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A7I9EWC2_YEASX
Isoform —
PDB实体 20
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5

物种未注明

UniProt A0A6A5Q7Q6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 J； UniProt 1–70 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 J 1–70（70 aa）
链 j 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 j 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q7Q6_YEASX
Isoform —
PDB实体 21
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

物种未注明

UniProt A0A6A5Q7A1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 K； UniProt 1–120 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 K 1–120（120 aa）
链 k 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 k 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 K 1–120（120 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q7A1_YEASX
Isoform —
PDB实体 22
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4

物种未注明

UniProt A0A6A5PY05

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 L； UniProt 1–70 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 L 1–70（70 aa）
链 l 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MKA Structure of EC+EC (leading EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：pentadecameric
链 l 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TUG Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (engaged state) 提交 2023-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8TVP Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II in complex with Rad26 (open state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVQ Cryo-EM structure of CPD stalled 10-subunit Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8TVS Cryo-EM structure of backtracked Pol II in complex with Rad26 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8TVV Cryo-EM structure of backtracked Pol II 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVW Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (conformation 1) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8TVX Cryo-EM structure of CPD-stalled Pol II (Conformation 2) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：15-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8TVY Cryo-EM structure of CPD lesion containing RNA Polymerase II elongation complex with Rad26 and Elf1 (closed state) 提交 2023-08-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：17-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8U9R STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes pH 7.5
分辨率 3.34 Å R-free 0.261
8U9X STRUCTURAL BASIS OF TRANSCRIPTION: RNA POLYMERASE II SUBSTRATE BINDING AND METAL COORDINATION AT 3.0 A OF T834P MUTANT USING A FREE-ELECTRON LASER 提交 2023-09-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；10-15 % tacsimate 100mM Hepes
分辨率 3.05 Å R-free 0.307
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9BVT RNA Pol II - High Mn(+2) concentration 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Tacsimate Hepes
分辨率 3.40 Å R-free 0.249
9BW0 RNA Polymerase II - No ATP 提交 2024-05-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 L 1–70（70 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；Tacsimate, Hepes pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.246

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A6A5PY05_YEASX
Isoform —
PDB实体 23
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

Transcription initiation factor IIB

物种未注明

UniProt P29055

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 1–345 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3K7A Crystal Structure of an RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2009-10-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；295 K；1.2 M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 3.80 Å R-free 0.313
4BBR Structure of RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2012-09-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å R-free 0.211
4BBS Structure of an initially transcribing RNA polymerase II-TFIIB complex 提交 2012-09-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å R-free 0.225
4V1N Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric
链 M 1–345（345 aa）
链 Q 1–734（734 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 7.80 Å
4V1O Architecture of the RNA polymerase II-Mediator core transcription initiation complex 提交 2014-09-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 180 MM POTASSIUM ACETATE, 5 % GLYCEROL, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE GLOW- DISCHARGED FOR 20 S BEFORE DEPOSITION OF 4 MICROLITERS SAMPLE AND INCUBATED FOR 30 S. GRIDS WERE WASHED TWICE WITH 4 MICROLITERS DISTILLED WATER, BLOTTED, AND VITRIFIED BY PLUNGING INTO LIQUID ETHANE WITH A MANUAL PLUNGER.
分辨率 9.70 Å
5FMF the P-lobe of RNA polymerase II pre-initiation complex 提交 2015-11-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：27-meric
链 P 1–345（345 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC；pH 7.6；20 MM HEPES (PH7.6), 5 MM DTT, 2 MM MG(OAC)2,AND 40 MM KOAC
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 120, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK III,
分辨率 6.00 Å
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.35 Å
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 8.80 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 c 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric
链 AM 1–345（345 aa）
链 BM 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8CEN Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 M 1–345（345 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 34 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF2B_YEAST
Isoform —
PDB实体 24
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

Transcription initiation factor IIF subunit alpha

物种未注明

UniProt P41895

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 Q； UniProt 1–735 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5FYW Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (OC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN - ETHANE. INSTRUMENT - FEI VITROBOT MARK IV. QUANTIFOIL R 3.5- 1 HOLEY CARBON GRIDS WERE GLOW-DISCHARGED BEFORE DEPOSITION OF 4.5 MICROLITERS OF SAMPLE. GRIDS WERE THEN BLOTTED FOR 8.5 S AND PLUNGE- FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.35 Å
5FZ5 Transcription initiation complex structures elucidate DNA opening (CC) 提交 2016-03-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT；pH 7.5；25 MM HEPES-KOH PH 7.5, 150 MM POTASSIUM ACETATE, 2 MM MGCL2, 5 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 8.80 Å
5OQJ STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH 提交 2017-08-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–735（735 aa）
突变：;Residues indicated as UNK are of uncertain amino acid register and may deviate from the given register by few amino acids. For details about modelling of the subunits refer to the associated publication. Residues indicated as UNK with the chain identifier Z are part of an assembly between the clutch domains of Tfb2 and Ssl2 but could not be assigned to any of the two proteins with confidence since domain swapping/beta-strand exchange may occur. To account for this uncertainty, a theoretical chain Z was introduced for this residue range but not assigned to any of the PIC components. Submission based on experimental data from EMDB EMD-3846. ; ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；GRIDS WERE BLOTTED FOR 8 S AND PLUNGE-FROZEN IN LIQUID ETHANE.
分辨率 4.70 Å
5OQM STRUCTURE OF YEAST TRANSCRIPTION PRE-INITIATION COMPLEX WITH TFIIH AND CORE MEDIATOR 提交 2017-08-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 Q 1–403（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 8 s and plunge-frozen in liquid ethane.
分辨率 5.80 Å
5SVA Mediator-RNA Polymerase II Pre-Initiation Complex 提交 2016-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 f 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.30 Å
6GYK Structure of a yeast closed complex (core CC1) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6GYL Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (core CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6GYM Structure of a yeast closed complex with distorted DNA (CCdist) 提交 2018-06-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.70 Å
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7O4I Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with initial transcription bubble 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O4J Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex (consensus) 提交 2021-04-06 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7O72 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O73 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with closed distorted promoter DNA 提交 2021-04-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7O75 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with open promoter DNA 提交 2021-04-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7UI9 Core Mediator-PICearly (Copy A) 提交 2022-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–735（735 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7UIF Mediator-PIC Early (Core B) 提交 2022-03-29 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：33-meric
链 P 1–735（735 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric
链 AP 1–735（735 aa）
链 BP 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UOQ Composite map of PIC_delta_TFIIK form2 提交 2023-10-20 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8UOT Composite map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 Q 1–735（735 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 T2FA_YEAST
Isoform —
PDB实体 25
链与序列区间 作者链 Q； PDB构建体 1–735； UniProt 1–735

Transcription initiation factor IIF subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PZ00

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 R； UniProt 1–400 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7MEI Composite structure of EC+EC 提交 2021-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric
链 M 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7MK9 Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) 提交 2021-04-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：heptadecameric
链 M 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 R 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 R 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 R 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–400（400 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 P 1–400（400 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZ00_YEASX
Isoform —
PDB实体 26
链与序列区间 作者链 R； PDB构建体 1–400； UniProt 1–400

Transcription initiation factor IIA large subunit

物种未注明

UniProt A0A6A5Q2T8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 U； UniProt 1–286 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 U 1–286（286 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 U 1–286（286 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 L 1–286（286 aa）
突变：residues 95-209 are deleted 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 U 1–286（286 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 U 1–286（286 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 U 1–286（286 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q2T8_YEASX
Isoform —
PDB实体 27
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–286； UniProt 1–286

Transcription initiation factor IIA subunit 2

物种未注明

UniProt A0A6A5PRZ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 V； UniProt 1–122 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 1–122（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8CEN Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：46-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 V 1–122（122 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PRZ0_YEASX
Isoform —
PDB实体 28
链与序列区间 作者链 V； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

Transcription initiation factor IIE subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A6A5PTU5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 W； UniProt 1–482 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit beta × 1 （A0A6A5PS93） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 W 1–482（482 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–482（482 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 W 1–482（482 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–482（482 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 W 1–482（482 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PTU5_YEASX
Isoform —
PDB实体 29
链与序列区间 作者链 W； PDB构建体 1–482； UniProt 1–482

Transcription initiation factor IIE subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5PS93

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 28 DNA 2 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物数一致 链 X； UniProt 1–328 未记录 Tfb1 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 × 1 General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD × 1 （A0A6A5Q1C1） General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 × 1 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 × 1 （A0A6A5Q2X3） General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5 × 1 （Q3E7C1） General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB × 1 （Q00578） BJ4_G0050160.mRNA.1.CDS.1 × 1 （A0A7I9BTI9） TATA-box-binding protein × 1 （P13393） non-template strand DNA × 1 template strand DNA × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A6A5Q1P2） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A6A5Q4H2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （A0A6A5Q0Z3） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 × 1 （A0A6A5PTI6） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 × 1 （A0A6A5Q456） DNA-directed RNA polymerases I,II,and III subunit RPABC2 × 1 （A0A6L0ZRI7） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 （A0A6A5Q270） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （A0A6A5Q8C2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （A0A7I9EWC2） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC5 × 1 （A0A6A5Q7Q6） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 × 1 （A0A6A5Q7A1） DNA-directed RNA polymerases II subunit RPABC4 × 1 （A0A6A5PY05） Transcription initiation factor IIB × 1 （P29055） Transcription initiation factor IIF subunit alpha × 1 （P41895） Transcription initiation factor IIF subunit beta × 1 （A0A6A5PZ00） Transcription initiation factor IIA large subunit × 1 （A0A6A5Q2T8） Transcription initiation factor IIA subunit 2 × 1 （A0A6A5PRZ0） Transcription initiation factor IIE subunit alpha × 1 （A0A6A5PTU5） ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7ML1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7ML0 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC1) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 X 1–328（328 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7ML2 RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC3) 提交 2021-04-27 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 X 1–328（328 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7ML4 RNA polymerase II initially transcribing complex (ITC) 提交 2021-04-27 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：31-meric
链 X 1–328（328 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UMH Consensus map of PICdeltaTFIIK form2 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 X 1–328（328 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8UMI consensus map of PICdeltaTFIIK form1 提交 2023-10-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：30-meric
链 X 1–328（328 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 15 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KOAc 5 mM DTT 2 mM MgOAc
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PS93_YEASX
Isoform —
PDB实体 30
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–328； UniProt 1–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7ml1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7ml1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7ml1
沉积日期 deposition_date2021-04-27
结构标题 titleRNA polymerase II pre-initiation complex (PIC2)
关键词 keywordsPIC, TFIIH, transcription, ITC, RNA polymerase II; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier80.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron80.72 Å
零角强度 I(0) i012646200000.00
分子量 molecular_weight921380.0 kDa
排除体积 excluded_volume1138800 ų
包络体积 envelope_volume1923200 ų
水化壳体积 shell_volume200180 ų
包络直径 envelope_diameter285.7 Å
壳层 Rg shell_rg78.66 Å
包络 Rg envelope_rg78.24 Å
形状 Rg shape_rg80.79 Å
总 Rg total_rg80.47 Å
总原子数 total_atoms64538
残基数 n_residues8311
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax275.2 Å
Rg (实空间) rg_real83.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.29 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2650e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3320e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal79.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12620000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8785
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary86.9 Å
偏度 Skewness skewness0.499
峰度 Kurtosis kurtosis-0.231
角度范围 angular_range— – 0.0950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.3170
最高正则化参数 α highest_alpha825200000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 0.877; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.153
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (33)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id7ml1001
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id7ml1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id7ml1A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id7ml1M01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)