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7qo1

complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA ligase 1

Homo sapiens

UniProt P18858

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 3 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 161–919 未记录 Proliferating cell nuclear antigen × 3 （P12004） Oligo19ddC × 1 Oligo13P × 1 Oligo32 × 1 Flap endonuclease 1 × 1 （P39748） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 7QO1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1X9N Crystal Structure of Human DNA Ligase I bound to 5'-adenylated, nicked DNA 提交 2004-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 233–919（687 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；298 K；PEG 4000, sodium acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
6P09 Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.201
6P0A Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 2 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa） 片段：residues 262-904
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.05 Å R-free 0.203
6P0B Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, dideoxy Terminated DNA nick with 200 mM Mg2+ 提交 2019-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa） 片段：residues 262-904
突变：E346A, E592A MG MAGNESIUM ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.206
6P0C Human DNA Ligase 1 Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick in EDTA 提交 2019-05-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa） 片段：residues 262-904
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.55 Å R-free 0.165
6P0D Human DNA Ligase 1 (E346A/E592A) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：E346A, E592A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.75 Å R-free 0.179
6P0E Human DNA Ligase 1 (E346A,E592A) bound to adenylated DNA containing an 8-oxo guanine:adenine base-pair 提交 2019-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa） 片段：residues 262-904
突变：E346A, E592A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.184
6Q1V Human DNA Ligase 1 (E592R) Bound to an Adenylated, hydroxyl terminated DNA nick 提交 2019-08-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：E592R PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ACT ACETATE ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100 mM MES, 100 mM Lithium Acetate, 15% (w/v) PEG 3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.194
7KR3 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a bulged DNA substrate 提交 2020-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：E346A, E592A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 150 mM lithium acetate, 10% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.239
7KR4 Human DNA Ligase 1(E346A/E592A) Bound to a nicked DNA substrate control duplex 提交 2020-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：E346A, E592A ACT ACETATE ION × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, 100 mM lithium acetate, 12% (w/v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.215
7L34 Human DNA Ligase 1 - R641L nicked DNA complex 提交 2020-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–906（645 aa）
突变：R641L AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.193
7L35 Human DNA Ligase 1 - R771W nicked DNA complex 提交 2020-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–906（645 aa）
突变：R771W PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 NA SODIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6, 100 mM lithium acetate, 15% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.195
7QNZ human Lig1-DNA-PCNA complex reconstituted in absence of ATP 提交 2021-12-23 构建体不同 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 A 1–919（919 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.58 Å
7SUM Crystal structure of human ligase I with nick duplexes containing cognate A:T 提交 2021-11-17 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa） 片段：UNP residues 261-918
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.227
7SX5 Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing mismatch A:C 提交 2021-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa） 片段：UNP residues 261-918
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；100 mM MES pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% (w/v) polyethylene glycol PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.212
7SXE Crystal structure of ligase I with nick duplexes containing cognate G:T 提交 2021-11-22 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa） 片段：UNP residues 261-918
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MES, pH 6.6, 100 mM lithium acetate, 20% w/v PEG3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.245
8B8T Open conformation of the complex of DNA ligase I on PCNA and DNA in the presence of ATP 提交 2022-10-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–535（274 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8V1U Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA with a 5' terminal ribonucleotide 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：F872A PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
分辨率 2.00 Å R-free 0.210
8V1V Human DNA Ligase I F872L bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：F872L GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
分辨率 2.30 Å R-free 0.223
8V1W Human DNA Ligase I F872A bound to adenylated nicked DNA 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–904（643 aa）
突变：F872A MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；MES pH5.5 100mM, Lithium acetate 500mM, PEG 3350 10%
分辨率 2.20 Å R-free 0.218
8VDN DNA Ligase 1 with nick dG:C 提交 2023-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa） 片段：UNP residues 261-918
突变：E346A, E592A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% w/v PEG 3350
分辨率 2.39 Å R-free 0.241
8VDS DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rG:C 提交 2023-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 261–918（658 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.15 K；100 mM MES, pH 6.4, 100 mM Lithium acetate, 12% PEG3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.252
8VDT DNA Ligase 1 with nick DNA 3'rA:T 提交 2023-12-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 261–918（658 aa） 片段：UNP residues 261-918
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298.5 K；100mM MES, pH 6.4, 100mM Lithium Acetate, 12 w/vPEG 3350
分辨率 2.78 Å R-free 0.249
8VZL DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rG:C nicksite 提交 2024-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.1 K；100 mM MES (pH 7.0), 100 mM lithium acetate, 14% (w/v) PEG3350
分辨率 2.41 Å R-free 0.219
8VZM DNA Ligase 1 captured with pre-step 3 ligation at the rA:T nicksite 提交 2024-02-11 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–918（658 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；298.1 K；100 mM MES (pH 6.7), 100 mM lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
分辨率 2.51 Å R-free 0.233
9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–904（644 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.
分辨率 2.69 Å R-free 0.249
9BS3 Wild type DNA Ligase 1 with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 261–904（644 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298.15 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium Acetate.
分辨率 2.69 Å R-free 0.249
9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 261–904（644 aa）
突变：E346A, E592A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9BS4 DNA Ligase 1 E346A/E592A double mutant with 5'-rG:C 提交 2024-05-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 E 261–904（644 aa）
突变：E346A, E592A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.3；298.5 K；100mM MES pH 5.3, 18% PEG3350, 100mM Lithium acetate
分辨率 2.40 Å R-free 0.237
9NYS Human DNA Ligase 1 E346A/E592A/K845N triple mutant with 3'-A:T nick 提交 2025-03-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–918（657 aa）
突变：E346A, E592A, K845N DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100mM MES pH 7.0, 100 mM Litium Acetate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.64 Å R-free 0.223
9YHU DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:A captured at post-catalytic stage 提交 2025-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 262–918（657 aa）
突变：E346A, E592A AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 200 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350
分辨率 1.96 Å R-free 0.203
9YHV DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxorG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–918（657 aa）
突变：E346A, E592A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；296 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
分辨率 2.81 Å R-free 0.262
9YHW DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:A captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–918（657 aa）
突变：E346A, E592A DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；100 mM MES (pH 6.5), 100 mM Lithium acetate, 12% (w/v) PEG3350
分辨率 2.56 Å R-free 0.229
9YHX DNA ligase 1 E346A/E592A in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–918（657 aa）
突变：E346A, E592A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
分辨率 2.96 Å R-free 0.253
9YHY DNA ligase 1 wild-type in complex with nick containing 3'-8oxodG:C captured at pre-catalytic stage 提交 2025-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 262–918（657 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；296 K；100 mM MES(pH 6.2), 200 mM Lithium acetate, 16% (w/v) PEG3350
分辨率 2.76 Å R-free 0.283

共 33 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNLI1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–760； UniProt 161–919

Proliferating cell nuclear antigen

Homo sapiens

UniProt P12004

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 3 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–261 链 F； UniProt 1–261 链 G； UniProt 1–261 未记录 DNA ligase 1 × 1 （P18858） Oligo19ddC × 1 Oligo13P × 1 Oligo32 × 1 Flap endonuclease 1 × 1 （P39748） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7QO1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AXC HUMAN PCNA 提交 1997-10-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.289
1U76 Crystal structure of hPCNA bound to residues 452-466 of the DNA polymerase-delta-p66 subunit 提交 2004-08-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.278
1U7B Crystal structure of hPCNA bound to residues 331-350 of the flap endonuclease-1 (FEN1) 提交 2004-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.265
1UL1 Crystal structure of the human FEN1-PCNA complex 提交 2003-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；6% PEG1000, 50mM MES, 50mM Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1VYJ Structural and biochemical studies of human PCNA complexes provide the basis for association with CDK/cyclin and rationale for inhibitor design 提交 2004-04-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2.7M AS, HEPES PH8, pH 8.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
1VYJ Structural and biochemical studies of human PCNA complexes provide the basis for association with CDK/cyclin and rationale for inhibitor design 提交 2004-04-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 G 1–261（261 aa）
链 I 1–261（261 aa）
链 K 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；2.7M AS, HEPES PH8, pH 8.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.256
1VYM NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-05-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG3350, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1W60 NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；35% PEGMME 2K, 0.1M NA ACETATE (PH4.6), 0.2M AS., pH 4.60
分辨率 3.15 Å R-free 0.278
1W60 NATIVE HUMAN PCNA 提交 2004-08-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；35% PEGMME 2K, 0.1M NA ACETATE (PH4.6), 0.2M AS., pH 4.60
分辨率 3.15 Å R-free 0.278
2ZVK Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase eta fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 3.6；293 K；pH3.6, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
2ZVL Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 5.2；293 K；pH5.2, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ZVL Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase kappa fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 5.2；293 K；pH5.2, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.289
2ZVM Crystal structure of PCNA in complex with DNA polymerase iota fragment 提交 2008-11-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 HANGING DROP VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；pH6.4, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3JA9 Structure of native human PCNA 提交 2015-05-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50mM Tris-HCl, 5mM MgCl2
分辨率 22.00 Å
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3P87 Structure of human PCNA bound to RNASEH2B PIP box peptide 提交 2010-10-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 3.5；293.15 K；3M NaCl, 0.1M citrate, pH 3.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.99 Å R-free 0.248
3TBL Structure of Mono-ubiquitinated PCNA: Implications for DNA Polymerase Switching and Okazaki Fragment Maturation 提交 2011-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；288 K；0.9 to 1.3 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K
分辨率 2.90 Å R-free 0.293
3VKX Structure of PCNA 提交 2011-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 T3 3,5,3'TRIIODOTHYRONINE × 3 SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3WGW Structure of PCNA bound to a small molecule inhibitor 提交 2013-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 T2B 4-{4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]-2,6-diiodophenoxy}phenol × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.221
3WGW Structure of PCNA bound to a small molecule inhibitor 提交 2013-08-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 T2B 4-{4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]-2,6-diiodophenoxy}phenol × 3 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.221
4D2G Crystal structure of human PCNA in complex with p15 peptide 提交 2014-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 40% PEG 300 IN 0.1 MM PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2
分辨率 2.65 Å R-free 0.250
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4RJF Crystal structure of the human sliding clamp at 2.0 angstrom resolution 提交 2014-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；0.08M strontium chloride hexahydrate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.04M sodium cacodylate trihydrate (pH7.0), 20% v/v (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol and 0.012M spermine tetrahydrochloride, final [PCNA] = 11.6mg/mL = 0.40mM, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 2.01 Å R-free 0.189
4ZTD Crystal Structure of Human PCNA in complex with a TRAIP peptide 提交 2015-05-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
链 B 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
链 C 2–254（253 aa） 片段：UNP residues 2-254
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；16% PEG 6K in 0.1mM magnesium acetate, MES buffer pH 6.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.234
5E0T Human PCNA mutant - S228I 提交 2015-09-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM sodium acetate, pH4.5, 2M ammonium sulfate
分辨率 2.67 Å R-free 0.226
5E0T Human PCNA mutant - S228I 提交 2015-09-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM sodium acetate, pH4.5, 2M ammonium sulfate
分辨率 2.67 Å R-free 0.226
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0U Human PCNA variant (S228I) complexed with p21 at 1.9 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100mM HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350
分辨率 1.93 Å R-free 0.221
5E0V Human PCNA variant (S228I) complexed with FEN1 at 2.1 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.35 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 40% (v/v) -1,3-Butanediol
分辨率 2.07 Å R-free 0.229
5E0V Human PCNA variant (S228I) complexed with FEN1 at 2.1 Angstroms 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；2.35 M ammonium sulfate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 40% (v/v) -1,3-Butanediol
分辨率 2.07 Å R-free 0.229
5IY4 Crystal structure of human PCNA in complex with the PIP box of DVC1 提交 2016-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrates (pH 5.0), 30% v/v Jeffamine ED-2001 (pH 7.0)
分辨率 2.94 Å R-free 0.270
5MAV Crystal structure of human PCNA in complex with PARG (poly(ADP-ribose) glycohydrolase) peptide. 提交 2016-11-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.58 Å R-free 0.291
5MAV Crystal structure of human PCNA in complex with PARG (poly(ADP-ribose) glycohydrolase) peptide. 提交 2016-11-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium acetate
分辨率 2.58 Å R-free 0.291
5MLO Crystal structure of human PCNA in complex with ZRANB3 PIP box peptide 提交 2016-12-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM NaCl + 8% (v/v) DMSO + 31% pentaerythitol propoxylate (5/4 PO/OH)
分辨率 1.96 Å R-free 0.259
5MLW Crystal structure of human PCNA in complex with ZRANB3 APIM motif peptide 提交 2016-12-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；100 mM lithium sulfate + 30% (w/v) polyvinylpyrrolidone + 100 mM HEPES pH 7.0
分辨率 2.45 Å R-free 0.264
5MOM Crystal Structure of PCNA encoding the hypomorphic mutation S228I 提交 2016-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
突变：S228I 突变：S228I 突变：S228I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；0.1M NaAcO, 2M (NH4)2SO4
分辨率 2.27 Å R-free 0.216
5YCO Complex structure of PCNA with UHRF2 提交 2017-09-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
5YCO Complex structure of PCNA with UHRF2 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Y 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
5YD8 Crystal structure of human PCNA in complex with APIM of human ZRANB3 提交 2017-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Z 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.265
6CBI PCNA in complex with inhibitor 提交 2018-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；2M ammonium sulfate 0.1M Tris pH8.0
分辨率 2.75 Å R-free 0.252
6CBI PCNA in complex with inhibitor 提交 2018-02-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；289 K；2M ammonium sulfate 0.1M Tris pH8.0
分辨率 2.75 Å R-free 0.252
6EHT Modulation of PCNA sliding surface by p15PAF suggests a suppressive mechanism for cisplatin-induced DNA lesion bypass by pol eta holoenzyme 提交 2017-09-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–254（254 aa）
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–255（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；10% polyethylene glycol 3350 0.1 M sodium acetate pH 4.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.327
6FCM Crystal structure of human PCNA 提交 2017-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；19 to 23% PEG 3350, 0.2 to 0.3 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
6FCN Crystal structure of human PCNA soaked with p47phox(106-127) peptide 提交 2017-12-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；19 to 23% PEG 3350, 0.2 to 0.3 M NaCl, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5 12h prior to crystal freezing, 100 uM of p47phox(106-127) peptide was added to the crystallization drop
分辨率 3.22 Å R-free 0.272
6GIS Structural basis of human clamp sliding on DNA 提交 2018-05-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
突变：H from His tag 突变：H from His tag 突变：H from His tag 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；11% PEG 3350 0.1M Sodium acetate ph 4.5
分辨率 2.82 Å R-free 0.284
6GWS Crystal structure of human PCNA in complex with three p15 peptides 提交 2018-06-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；28% PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Hepes
分辨率 2.90 Å R-free 0.263
6HVO Crystal structure of human PCNA in complex with three peptides of p12 subunit of human polymerase delta 提交 2018-10-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Bis Tris 6.5 , Li2SO4 (0.2M), PEG 3350 24%
分辨率 2.10 Å R-free 0.244
6K3A Crystal structure of human PCNA in complex with DNMT1 PIP box motif. 提交 2019-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；1.6M sodium citrate
分辨率 2.30 Å R-free 0.264
6QC0 PCNA complex with Cdt2 C-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；10% (w/v) PEG 6000 100 mM MES/HCl
分辨率 3.50 Å R-free 0.252
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
6QCG PCNA complex with Cdt1 N-terminal PIP-box peptide 提交 2018-12-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；300 K；15% (w/v) PEG 400, 100 mM calcium acetate, 100 mM MES/HCl
分辨率 3.40 Å R-free 0.253
6S1M Human polymerase delta holoenzyme Conformer 1 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.27 Å
6S1N Human polymerase delta holoenzyme Conformer 2 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.86 Å
6S1O Human polymerase delta holoenzyme Conformer 3 提交 2019-06-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.10 Å
6TNY Processive human polymerase delta holoenzyme 提交 2019-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
6TNZ Human polymerase delta-FEN1-PCNA toolbelt 提交 2019-12-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
6VVO Structure of the human clamp loader (Replication Factor C, RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen, PCNA) 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7EFA Crystal structure of the complex between the C-terminal domain of mouse MUTYH and human PCNA 提交 2021-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG8000, imidazole
分辨率 2.70 Å R-free 0.286
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ0 PCNA bound to peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 20% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
7KQ1 PCNA bound to truncated peptide mimetic 提交 2020-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.1M sodium malonate and 8% poly(ethylene)glycol 3350
分辨率 3.30 Å R-free 0.267
7M5L PCNA bound to peptide mimetic with linker 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–258（258 aa）
链 B 1–258（258 aa）
链 C 1–258（258 aa）
未记录 TME PROPANE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 19.2% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.275
7M5M PCNA bound to peptide mimetic 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
未记录 NBU N-BUTANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M Magnesium acetate, 19.5% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.274
7M5N PCNA bound to peptide mimetic with linker 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–259（259 aa）
链 B 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
未记录 8VH 1,3-dimethylbenzene × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.18M magnesium acetate, 19.3% poly(ethylene) glycol 3350
分辨率 3.11 Å R-free 0.309
7NV0 Human Pol Kappa holoenzyme with wt PCNA 提交 2021-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7NV1 Human Pol Kappa holoenzyme with Ub-PCNA 提交 2021-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.40 Å
7QNZ human Lig1-DNA-PCNA complex reconstituted in absence of ATP 提交 2021-12-23 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.58 Å
8B8T Open conformation of the complex of DNA ligase I on PCNA and DNA in the presence of ATP 提交 2022-10-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–255（255 aa）
链 F 1–255（255 aa）
链 G 1–255（255 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8COB Crystal structure of human PCNA in complex with ERCC6L2 PIP box peptide 提交 2023-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% (w/v) PEG3350, 100 mM BIS-TRIS pH 5.5
分辨率 2.73 Å R-free 0.255
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8E84 Human PCNA mutant- C148S 提交 2022-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–261（261 aa）
突变：C148S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；175 mM Magnesium Acetate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.292
8F5Q Crystal structure of human PCNA in complex with the PIP box of FBH1 提交 2022-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–259（259 aa）
链 C 1–259（259 aa）
链 E 1–259（259 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 M magnesium chloride, 30% PEG400
分辨率 1.90 Å R-free 0.266
8GCJ PCNA 提交 2023-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 E 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
8GCJ PCNA 提交 2023-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.85 Å R-free 0.278
8GL9 Co-crystal structure of caPCNA bound to AOH1160 derivative 1LE 提交 2023-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 ZQW N~2~-(naphthalene-1-carbonyl)-N-(2-phenoxyphenyl)-L-alpha-glutamine × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.240
8GL9 Co-crystal structure of caPCNA bound to AOH1160 derivative 1LE 提交 2023-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 2.81 Å R-free 0.240
8GLA Co-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, AOH1996-1LE 提交 2023-03-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 ZQZ N-[2-(3-methoxyphenoxy)phenyl]-N~2~-(naphthalene-1-carbonyl)-L-alpha-glutamine × 6 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 3.77 Å R-free 0.260
8GLA Co-crystal structure of caPCNA bound to the AOH1996 derivative, AOH1996-1LE 提交 2023-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–261（261 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2 M sodium chloride, 2.0 M ammonium sulfate
分辨率 3.77 Å R-free 0.260
8UI7 Cryo-EM map of human clmap-clamp loader ATAD5-RFC-gapped PCNA complex in intermediate state 3 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8UI8 Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-two PCNAs complex in intermediate state 3 提交 2023-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8UI9 Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-cracked PCNA complex in intermediate state 2 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8UII Cryo-EM map of human clamp-clamp loader ATAD5-RFC-closed PCNA complex in intermediate state 1 提交 2023-10-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8UMT Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA binary complex in the three-subunit binding state (state 2) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8UMU Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA binary complex in the four-subunit binding state (state 3) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
8UMV Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state I (state 5) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
8UMW Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex in the five-subunit binding state (state 4) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8UMY Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with narrow PCNA opening state II (state 6) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
8UN0 Atomic model of the human CTF18-RFC-PCNA-DNA ternary complex with cracked and closed PCNA (state 7) 提交 2023-10-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8YJH Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State A 提交 2024-03-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
8YJL Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State B 提交 2024-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJQ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State C 提交 2024-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJR Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D 提交 2024-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJS Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State E 提交 2024-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJU Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State F 提交 2024-03-02 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
8YJV Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State G 提交 2024-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJW Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State H 提交 2024-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJZ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1-RNase H2 complex - State D 提交 2024-03-03 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.15 Å
8ZWO Structure of CTF18-PCNA with ATP 提交 2024-06-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9B8S Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide exchange state 提交 2024-03-31 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.01 Å
9B8T Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA in the nucleotide bound state 提交 2024-03-31 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9CG4 Cryo-EM structure of FAN1, PCNA and DNA substrate with (CAG)2 extrusion in intermediate state 提交 2024-06-28 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
9CHM Cryo-EM structure of FAN1 R507H and PCNA in intermediate state 提交 2024-07-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
9CL7 Cryo-EM structure of FAN1-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.83 Å
9CMA Cryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state 提交 2024-07-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
9EOA Cryo_EM structure of human FAN1 in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-03-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 F 1–256（256 aa）
链 G 1–256（256 aa）
链 H 1–256（256 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.27 Å
9F6D Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (open conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9F6E Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (ajar conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.74 Å
9F6F Human DNA polymerase epsilon bound to DNA and PCNA (closed conformation) 提交 2024-05-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 DDS 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.75 Å
9GY0 Cryo_EM structure of human FAN1 R507H mutant in complex with 5' flap DNA substrate and PCNA 提交 2024-10-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 E 1–261（261 aa）
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.42 Å
9IIN Structure of CTF18-PCNA with ATP and Mg2+ 提交 2024-06-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–261（261 aa）
链 G 1–261（261 aa）
链 H 1–261（261 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9N3L Co-crystal structure of PCNA bound to HSP90alpha inhibitor, SNX2112 提交 2025-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–261（261 aa）
未记录 E0G 4-[6,6-dimethyl-4-oxidanylidene-3-(trifluoromethyl)-5,7-dihydroindazol-1-yl]-2-[(4-oxidanylcyclohexyl)amino]benzamide × 3 CL CHLORIDE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M sodium chloride, 2.0M ammonium sulfate
分辨率 1.90 Å R-free 0.233
9NE6 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-editing state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.11 Å
9NE7 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the Pol-backtracking state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.53 Å
9NE8 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with an in-situ-generated mismatch in the mismatch-locking state 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9NE9 Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation I 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.88 Å
9NEA Human polymerase epsilon bound to PCNA and DNA with a pre-existing mismatch in the blocked conformation II 提交 2025-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.81 Å
9SRI Human DNA polymerase epsilon bound to DNA blunt end 提交 2025-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
链 D 1–261（261 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9UIQ Structure of CTF18-PCNA with ATP 提交 2025-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 F 1–257（257 aa）
链 G 1–257（257 aa）
链 H 1–257（257 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9VGW Crystal structure of human PCNA in complex with REV1 PIP-box 提交 2025-06-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–261（261 aa）
链 B 1–261（261 aa）
链 C 1–261（261 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；ammonium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.261

共 101 个其他 PDB 条目、126 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PCNA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261 作者链 F； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261 作者链 G； PDB构建体 4–264； UniProt 1–261

Flap endonuclease 1

Homo sapiens

UniProt P39748

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 5 DNA 3 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 链 Y； UniProt 1–380 突变：D181A DNA ligase 1 × 1 （P18858） Proliferating cell nuclear antigen × 3 （P12004） Oligo19ddC × 1 Oligo13P × 1 Oligo32 × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 7QO1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1U7B Crystal structure of hPCNA bound to residues 331-350 of the flap endonuclease-1 (FEN1) 提交 2004-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 331–350（20 aa） 片段：PIP-box region of FEN-1 (residues 331-350)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.88 Å R-free 0.265
1UL1 Crystal structure of the human FEN1-PCNA complex 提交 2003-09-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 X 2–380（379 aa）
链 Y 2–380（379 aa）
链 Z 2–380（379 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；6% PEG1000, 50mM MES, 50mM Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K
分辨率 2.90 Å R-free 0.284
3Q8K Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex with product 5'-flap DNA, SM3+, and K+ 提交 2011-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–336（335 aa）
未记录 SM SAMARIUM (III) ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 OH HYDROXIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；288 K；16% mPEG 2k, 20% saturated KCl, 0.5 mM Sm2(SO4)3, 10 mM Mg(NO3)2, 100 mM Hepes pH 7.0, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K
分辨率 2.20 Å R-free 0.213
3Q8L Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex with substrate 5'-flap DNA, SM3+, and K+ 提交 2011-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–336（335 aa）
未记录 SM SAMARIUM (III) ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；288 K；17% mPEG 2k, 20% KCl, 0.5 mM Sm2(SO4)3, 50 mM Bis-Tris pH 7.0 and 5% Ethylene Glycol, vapor diffusion, temperature 288K
分辨率 2.32 Å R-free 0.202
3Q8M Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (D181A) in complex with substrate 5'-flap DNA and K+ 提交 2011-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–336（335 aa） 片段：D181A
未记录 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；288 K；20% mPEG 2k, 20% KCl, 10 mM CaCl2, 50 mM Bis-Tris pH 7.5, 5% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 288K
分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3Q8M Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (D181A) in complex with substrate 5'-flap DNA and K+ 提交 2011-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–336（335 aa） 片段：D181A
未记录 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；288 K；20% mPEG 2k, 20% KCl, 10 mM CaCl2, 50 mM Bis-Tris pH 7.5, 5% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 288K
分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3UVU Structural basis of nuclear import of Flap endonuclease 1 (FEN1) 提交 2011-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 352–370（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；Sodium citrate, DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.38 Å R-free 0.215
5FV7 Human Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound 提交 2016-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–336（336 aa） 片段：RESIDUES 1-336
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 R3Z 1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-ylmethyl]-3-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG3350, 0.1M MOPS 7.0, 5% 2-PROPANOL, 2% GLYCEROL, pH 7.5
分辨率 2.84 Å R-free 0.300
5FV7 Human Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound 提交 2016-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–336（336 aa） 片段：RESIDUES 1-336
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 R3Z 1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-ylmethyl]-3-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG3350, 0.1M MOPS 7.0, 5% 2-PROPANOL, 2% GLYCEROL, pH 7.5
分辨率 2.84 Å R-free 0.300
5K97 Flap endonuclease 1 (FEN1) D233N with cleaved product fragment and Sm3+ 提交 2016-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric
链 A 2–336（335 aa）
突变：D233N SM SAMARIUM (III) ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；24% MPEG 2K, 20% KCl, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.219
5KSE Flap endonuclease 1 (FEN1) R100A with 5'-flap substrate DNA and Sm3+ 提交 2016-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–336（335 aa）
突变：R100A SM SAMARIUM (III) ION × 5 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；22% mPEG 2000, 20% saturated KCl, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.245
5UM9 Flap endonuclease 1 (FEN1) D86N with 5'-flap substrate DNA and Sm3+ 提交 2017-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–336（335 aa）
突变：D86N K POTASSIUM ION × 1 SM SAMARIUM (III) ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；6% MPEG 2K, 10% KCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 2.5% Ethylene glycol, 1.06 mM SmSO4
分辨率 2.81 Å R-free 0.266
5ZOD Crystal Structure of hFen1 in apo form 提交 2018-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–333（333 aa） 片段：nuclease core
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl
分辨率 1.90 Å R-free 0.226
5ZOE Crystal Structure of D181A hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa） 片段：nuclease core (1-333)
突变：D181A K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
5ZOF Crystal Structure of D181A/R192F hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa） 片段：nuclease core (1-333)
突变：D181A, R192F K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl
分辨率 2.25 Å R-free 0.269
5ZOG Crystal Structure of R192F hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–333（333 aa） 片段：nuclease core (1-333)
突变：R192F 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.231
6TNZ Human polymerase delta-FEN1-PCNA toolbelt 提交 2019-12-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 1–380（380 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8YJH Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State A 提交 2024-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.68 Å
8YJL Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State B 提交 2024-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJQ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State C 提交 2024-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJR Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D 提交 2024-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJS Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State E 提交 2024-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJU Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State F 提交 2024-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
8YJV Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State G 提交 2024-03-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.51 Å
8YJW Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State H 提交 2024-03-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8YJZ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1-RNase H2 complex - State D 提交 2024-03-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric
链 D 1–380（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.15 Å
9RCI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–336（336 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1JD4 (3~{S})-13-[(1~{S})-1-(2-methylquinolin-7-yl)ethoxy]-11-oxidanyl-5-oxa-1,8-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-10,13-diene-9,12-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.283
9RCI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28 提交 2025-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–336（336 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1JD4 (3~{S})-13-[(1~{S})-1-(2-methylquinolin-7-yl)ethoxy]-11-oxidanyl-5-oxa-1,8-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-10,13-diene-9,12-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate
分辨率 1.66 Å R-free 0.283
9RDI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 5 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–336（336 aa）
未记录 A1JED 2-methyl-9-oxidanyl-6-(phenylmethyl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-c]pyrimidine-1,8-dione × 1 TEW 6-tungstotellurate(VI) × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate
分辨率 2.10 Å R-free 0.232
9RDI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 5 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–336（336 aa）
未记录 A1JED 2-methyl-9-oxidanyl-6-(phenylmethyl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-c]pyrimidine-1,8-dione × 1 TEW 6-tungstotellurate(VI) × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate
分辨率 2.10 Å R-free 0.232

共 26 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FEN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 1–380； UniProt 1–380

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7qo1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7qo1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7qo1
沉积日期 deposition_date2021-12-23
结构标题 titlecomplex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA
关键词 keywordsDNA, Replication, Complex, Ligase, PCNA, Ligation, FEN1, Flap Endonuclease I, Okazaki fragment maturation; REPLICATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.93 Å
零角强度 I(0) i0696494000.00
分子量 molecular_weight203170.0 kDa
排除体积 excluded_volume248800 ų
包络体积 envelope_volume367000 ų
水化壳体积 shell_volume72540 ų
包络直径 envelope_diameter126.7 Å
壳层 Rg shell_rg48.68 Å
包络 Rg envelope_rg39.59 Å
形状 Rg shape_rg40.95 Å
总 Rg total_rg41.27 Å
总原子数 total_atoms14179
残基数 n_residues1755
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.8 Å
Rg (实空间) rg_real41.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real6.9650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal696700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8918
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.5 Å
偏度 Skewness skewness0.050
峰度 Kurtosis kurtosis-0.604
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha85870000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.975; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.682
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)