8hgo

The EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 127.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

Homo sapiens

UniProt P04626

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–693 未记录 Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) Epidermal growth factor × 1 (P01133) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.31 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERBB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–693; UniProt 1–693

Epidermal growth factor receptor

Homo sapiens

UniProt P00533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–683 未记录 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 × 1 (P04626) Epidermal growth factor × 1 (P01133) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.31 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、565 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGFR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–683; UniProt 1–683

Epidermal growth factor

Homo sapiens

UniProt P01133

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 2 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 971–1023 未记录 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 × 1 (P04626) Epidermal growth factor receptor × 1 (P00533) ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;25mM Hepes, 150mM NaCl, 0.02%DDM-0.002%CHS cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.31 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EGF_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 5–57; UniProt 971–1023

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hgo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hgo
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hgo
沉积日期 deposition_date2022-11-15
结构标题 titleThe EGF-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
关键词 keywordsMEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.55
零角强度 I(0) i0295405000.00
分子量 molecular_weight132370.0 kDa
排除体积 excluded_volume162600 ų
包络体积 envelope_volume244690 ų
水化壳体积 shell_volume51268 ų
包络直径 envelope_diameter128.0
壳层 Rg shell_rg45.02
包络 Rg envelope_rg39.94
形状 Rg shape_rg40.56
总 Rg total_rg40.78
总原子数 total_atoms9227
残基数 n_residues1178
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.1
Rg (实空间) rg_real40.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real2.9540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.98
I(0) (倒空间) i0_reciprocal295400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8372
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.4
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.785
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28530000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)