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8q7h

Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated and neddylated conformation - focused cullin dimer

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 212.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cullin-9

Homo sapiens

UniProt Q8IWT3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–2517 链 B； UniProt 1–2517 未记录 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 2 （P62877） NEDD8 × 1 （Q15843） Unknown × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Q7H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2JUF NMR solution structure of PARC CPH Domain. NESG Target HR3443B/SGC-Toronto 提交 2007-08-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 366–466（101 aa） 片段：CPH domain: Residues 366-466
突变：S373G 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298.15 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25；压力 ambient
NMR样品组成 25 mM TRIS, 250 mM sodium chloride, 90 % H2O, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 10 % D2O, 55 mM H2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8Q7E Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex - hexameric assembly 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 A 1–2517（2517 aa）
链 B 1–2517（2517 aa）
链 E 1–2517（2517 aa）
链 F 1–2517（2517 aa）
链 I 1–2517（2517 aa）
链 J 1–2517（2517 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8RHZ Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated conformation - symmetry expanded unneddylated dimer 提交 2023-12-17 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–2517（2517 aa）
链 B 1–2517（2517 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CUL9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–2519； UniProt 1–2517 作者链 B； PDB构建体 3–2519； UniProt 1–2517

E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

Homo sapiens

UniProt P62877

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–108 链 D； UniProt 1–108 突变：p.M1_A4del Cullin-9 × 2 （Q8IWT3） NEDD8 × 1 （Q15843） Unknown × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Q7H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1LDJ Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 19–108（90 aa） 片段：Residues 19-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% Ethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 19–108（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1LDK Structure of the Cul1-Rbx1-Skp1-F boxSkp2 SCF Ubiquitin Ligase Complex 提交 2002-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 19–108（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；peg4k, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.331
1U6G Crystal Structure of The Cand1-Cul1-Roc1 Complex 提交 2004-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；PEG 8000, sodium chloride, DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.317
29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–108（108 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–108（108 aa）
未记录 A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–108（108 aa）
未记录 A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.90 Å
2HYE Crystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex 提交 2006-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；100mM NaHEPES, 7-9% PEG4000, 10% iso-propanol, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.316
2LGV Rbx1 提交 2011-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 12–108（97 aa） 片段：sequence database residues 12-108
突变：W27S, V30S, L32Q, W33S ZN ZINC ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.120；压力 ambient
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 700 uM [U-98% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 700 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 700 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3DPL Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation. 提交 2008-07-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；277 K；2% PEG 3350, 0.1M HEPES, 0.2M L-proline, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 5–108（104 aa） 片段：Rbx1 residues 5-108
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 5–108（104 aa） 片段：Rbx1 residues 5-108
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 5–108（104 aa） 片段：Rbx1 residues 5-108
链 Y 5–108（104 aa） 片段：Rbx1 residues 5-108
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3RTR A RING E3-substrate complex poised for ubiquitin-like protein transfer: structural insights into cullin-RING ligases 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG 3350, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM Sodium/Postassium Tartrate, 2% Benzamidine Hydrochloride, 1% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.282
3RTR A RING E3-substrate complex poised for ubiquitin-like protein transfer: structural insights into cullin-RING ligases 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG 3350, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM Sodium/Postassium Tartrate, 2% Benzamidine Hydrochloride, 1% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.282
3RTR A RING E3-substrate complex poised for ubiquitin-like protein transfer: structural insights into cullin-RING ligases 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG 3350, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM Sodium/Postassium Tartrate, 2% Benzamidine Hydrochloride, 1% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.282
3RTR A RING E3-substrate complex poised for ubiquitin-like protein transfer: structural insights into cullin-RING ligases 提交 2011-05-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；17% PEG 3350, 100 mM Tris pH 7.5, 200 mM Sodium/Postassium Tartrate, 2% Benzamidine Hydrochloride, 1% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.21 Å R-free 0.282
4F52 Structure of a Glomulin-RBX1-CUL1 complex 提交 2012-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18-21% PEG3350, 0.3-0.45M ammonium citrate, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.289
4F52 Structure of a Glomulin-RBX1-CUL1 complex 提交 2012-05-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 5–108（104 aa） 片段：UNP residues 5-108
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；18-21% PEG3350, 0.3-0.45M ammonium citrate, 10mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.289
4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 3–108（106 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
分辨率 3.11 Å R-free 0.284
4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 3–108（106 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
分辨率 3.11 Å R-free 0.284
5N4W Crystal structure of the Cul2-Rbx1-EloBC-VHL ubiquitin ligase complex 提交 2017-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–102（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；293 K；0.1 M Tris pH 7.6, 0.15 M ammonium sulphate, 15% polyethyleneglycol 4000 and 3% 1,4-dioxane or 4% acetonitrile. The sample was crystallised in the presence of a 19-mer peptide mimicking the substrate HIF-1alpha - residues 559-577 (DEALAPYIPMDDDFQLRSF, with the mutations L559D and M561A and P564 is hydroxyproline).
分辨率 3.90 Å R-free 0.346
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7B5M Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-p27~Ub~ARIH1. Transition State 2 提交 2020-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å
7B5N Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-UBE2L3~Ub~ARIH1. 提交 2020-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7B5S Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: CUL1-RBX1-ARIH1 Ariadne. Transition State 1 提交 2020-12-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7OKQ Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1 Complex 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：Hexadecameric
链 D 1–108（108 aa）
链 H 1–108（108 aa）
链 L 1–108（108 aa）
链 P 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7PLO H. sapiens replisome-CUL2/LRR1 complex 提交 2021-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 T 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 3 SO4 SULFATE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7Z8B Structure of CRL7FBXW8 reveals coupling with CUL1-RBX1/ROC1 for multi-cullin-RING E3-catalyzed ubiquitin ligation 提交 2022-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7Z8R CAND1-CUL1-RBX1 提交 2022-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7Z8T CAND1-SCF-SKP2 CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7Z8V CAND1-SCF-SKP2 (SKP1deldel) CAND1 engaged SCF rocked 提交 2022-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7ZBW CAND1-SCF-SKP2 CAND1 rolling-2 SCF engaged 提交 2022-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8B3G C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8CDJ CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 rolling SCF engaged 提交 2023-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8CDK CAND1 b-hairpin++-SCF-SKP2 CAND1 partly engaged SCF partly rocked 提交 2023-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8GQ6 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1 dimeric complex 提交 2022-08-29 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8H33 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex 提交 2022-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
链 K 1–108（108 aa）
链 L 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.86 Å
8H34 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 hexameric complex 提交 2022-10-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
链 K 1–108（108 aa）
链 L 1–108（108 aa）
链 Q 1–108（108 aa）
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.99 Å
8H35 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 octameric complex 提交 2022-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
链 K 1–108（108 aa）
链 L 1–108（108 aa）
链 Q 1–108（108 aa）
链 R 1–108（108 aa）
链 W 1–108（108 aa）
链 X 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 24 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.41 Å
8H36 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a dimeric complex 提交 2022-10-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8H37 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CUL3-Rbx1-p85a tetrameric complex 提交 2022-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
链 Q 1–108（108 aa）
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.52 Å
8H38 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex 提交 2022-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
分辨率 4.25 Å
8H3A Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8(removed)-CSN complex 提交 2022-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.51 Å
8H3F Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3-CSN complex 提交 2022-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.73 Å
8H3Q Cryo-EM Structure of the CAND1-Cul3-Rbx1 complex 提交 2022-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
8H3R Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8 dimeric complex 提交 2022-10-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 1–108（108 aa）
链 E 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.36 Å
8IJ1 Protomer 1 and 2 of the asymmetry trimer of the Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B ubiquitin ligase complex 提交 2023-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8JAQ Structure of CRL2APPBP2 bound with RxxGP degron (tetramer) 提交 2023-05-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 R 1–108（108 aa）
链 V 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
8JAS Structure of CRL2APPBP2 bound with RxxGPAA degron (tetramer) 提交 2023-05-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric
链 R 1–108（108 aa）
链 V 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8JAV Structure of CRL2APPBP2 bound with the C-degron of MRPL28 (tetramer) 提交 2023-05-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：22-meric
链 R 1–108（108 aa）
链 V 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
8JE1 An asymmetry dimer of the Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B ubiquitin ligase complexed with BEX2 提交 2023-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
8K9I Structure of CUL3-RBX1-KLHL22 complex without CUL3 NA motif 提交 2023-08-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8KHP CULLIN3-KLHL22-RBX1 E3 ligase 提交 2023-08-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 1–108（108 aa）
链 F 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
8OR0 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8OR2 CAND1-CUL1-RBX1-DCNL1 提交 2023-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8OR3 CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-DCNL1 提交 2023-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8OR4 Partially dissociated CAND1-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKS1-CDK2 提交 2023-04-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 B 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8PQL K48-linked ubiquitin chain formation with a cullin-RING E3 ligase and Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-FEM1C with trapped UBE2R2-donor UB-acceptor UB-SIL1 peptide 提交 2023-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.76 Å
8Q7E Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex - hexameric assembly 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 C 1–108（108 aa）
链 D 1–108（108 aa）
链 G 1–108（108 aa）
链 H 1–108（108 aa）
链 K 1–108（108 aa）
链 L 1–108（108 aa）
突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8Q7R Ubiquitin ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-FEM1C with trapped UBE2R2~donor UB-Sil1 peptide 提交 2023-08-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 U9O 5-azanyl-1-oxidanyl-pentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.71 Å
8QU8 PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1 提交 2023-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 2–108（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WYL (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8R5H Ubiquitin ligation to neosubstrate by a cullin-RING E3 ligase & Cdc34: NEDD8-CUL2-RBX1-ELOB/C-VHL-MZ1 with trapped UBE2R2~donor UB-BRD4 BD2 提交 2023-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 5–108（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.44 Å
8RHZ Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated conformation - symmetry expanded unneddylated dimer 提交 2023-12-17 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–108（108 aa）
链 D 1–108（108 aa）
突变：p.M1_A4del 突变：p.M1_A4del ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8RWZ Open non-crosslinked structure Brd4BD2-MZ1-(NEDD8)-CRL2VHL 提交 2024-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 16–108（93 aa）
未记录 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 R 16–108（93 aa）
未记录 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8UBU Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation 提交 2023-09-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
8WDK The complex structure of Cul2-VCB-Protac-Wee1 提交 2023-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 21–102（82 aa）
未记录 W6U (2S,4R)-1-[(2S)-3,3-dimethyl-2-[3-[4-[4-[4-[[3-oxidanylidene-1-[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-prop-2-enyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]amino]phenyl]piperazin-1-yl]butoxy]propanoylamino]butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
8WQA Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 I 16–108（93 aa）
链 J 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
8WQB Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 2) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 E 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8WQC cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CDK5R1 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 16–108（93 aa）
链 J 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8WQE Cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 1) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 I 16–108（93 aa）
链 J 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
8WQF cryo-EM structure of CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CUX1 (conformation 2) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 E 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.27 Å
8WQG cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 16–108（93 aa）
链 J 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.09 Å
8WQH cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 2) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 16–108（93 aa）
链 J 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.44 Å
9BJ8 human CRL2-ZYG11B complex 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.78 Å
9BJ9 Human CRL-2 ZYG11B binding to human NLRP1 Gly/N degron 提交 2024-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9EFM Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-1 提交 2024-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9EFQ Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-2 提交 2024-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9EFV Cryo-EM structure of CSN-N8CUL1 in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9EG8 Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-4A 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9EGL Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-3 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 K 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9J63 Cryo-EM structure of neddylated Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B homodimer 提交 2024-08-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–108（108 aa）
链 H 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9J64 Cryo-EM structure of neddylated Cul2-Rbx1-EloBC-FEM1B homodimer complexed with FNIP1 degron 提交 2024-08-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–108（108 aa）
链 H 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.28 Å
9J77 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 1) 提交 2024-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 E 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.56 Å
9J78 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B (dimer 2) 提交 2024-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 E 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.88 Å
9J79 Cryo-EM structure of CRL2-FEM1B bound with TOM20(tetramer) 提交 2024-08-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：19-meric
链 I 16–108（93 aa）
链 N 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.08 Å
9JKB Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO4 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 16–108（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9KBD Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO3 SCF ubiquition ligase complex 提交 2024-10-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9LKY Dimer of CRL2-FEM1B bound with PLD6 提交 2025-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric
链 E 16–108（93 aa）
链 I 16–108（93 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9LWI The head region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 H 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9LWJ The head-arm region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.19 Å
9LWL HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 H 1–108（108 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.25 Å
9QO0 Pre-activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (Skp1-Skp2-Cks1) complex structure 提交 2025-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric
链 J 1–108（108 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QO1 Activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex structure 提交 2025-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 J 1–108（108 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9QO2 Dissociation-state-1 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 J 1–108（108 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9QO4 Dissociation-state-3 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 J 1–108（108 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9QO5 Dissociation-state-4 of 9-subunit CSN and SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex 提交 2025-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：14-meric
链 J 1–108（108 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9T32 The Cullin 2 RING VHL E3 ligase dimerised by the homoPROTAC CM11 提交 2025-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 R 20–108（89 aa）
链 S 20–108（89 aa）
未记录 A1JTC (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 2–108（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 2–108（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 2–108（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 R 2–108（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
9XZJ Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (consensus structure) 提交 2025-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
9XZK Cryo-EM structure of F-box helicase 1 (FBH1) bound to an SCF ubiquitin ligase complex and a 3-way DNA fork (head structure) 提交 2025-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 1–108（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.91 Å

共 99 个其他 PDB 条目、107 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBX1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 D； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

NEDD8

物种未注明

UniProt Q15843

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 N； UniProt 1–81 未记录 Cullin-9 × 2 （Q8IWT3） E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 × 2 （P62877） Unknown × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8Q7H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NDD STRUCTURE OF NEDD8 提交 1998-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.300
1NDD STRUCTURE OF NEDD8 提交 1998-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.300
1NDD STRUCTURE OF NEDD8 提交 1998-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.300
1NDD STRUCTURE OF NEDD8 提交 1998-08-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1–76（76 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.300
1NDD STRUCTURE OF NEDD8 提交 1998-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–76（76 aa）
链 B 1–76（76 aa）
链 C 1–76（76 aa）
链 D 1–76（76 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8
分辨率 1.60 Å R-free 0.300
1R4M APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG10K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
1R4M APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG10K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
1R4M APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG10K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
1R4M APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；PEG10K, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.00 Å R-free 0.280
1R4N APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex with ATP 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；peg10k, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.60 Å R-free 0.290
1R4N APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex with ATP 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；peg10k, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.60 Å R-free 0.290
1R4N APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex with ATP 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；peg10k, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.60 Å R-free 0.290
1R4N APPBP1-UBA3-NEDD8, an E1-ubiquitin-like protein complex with ATP 提交 2003-10-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–76（76 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；peg10k, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.60 Å R-free 0.290
1XT9 Crystal Structure of Den1 in complex with Nedd8 提交 2004-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1M bicine, 4% tert-butanol, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2BKR NEDD8 NEDP1 complex 提交 2005-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；CRYSTALS WERE GROWN BY SETTING-DROP METHOD BY MIXING THE NEDP1-NEDD8 COMPLEX (20MG/ML) WITH EQUAL VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20%PEG8000, 200MM NACL, 100MM PHOSPHATE CITRATE PH4.5, pH 4.50
分辨率 1.90 Å R-free 0.209
2KO3 Nedd8 solution structure 提交 2009-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Nedd8-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2N7K Unveiling the structural determinants of KIAA0323 binding preference for NEDD8 提交 2015-09-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–81（81 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 0.15-1.5 mM [U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NVU Structure of APPBP1-UBA3~NEDD8-NEDD8-MgATP-Ubc12(C111A), a trapped ubiquitin-like protein activation complex 提交 2006-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 1–76（76 aa）
链 J 1–76（76 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；291 K；17% v/v PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 0.2 M Disodium tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, pH 7.00
分辨率 2.80 Å R-free 0.274
3DBH Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Ala-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.85 Å R-free 0.274
3DBH Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Ala-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.85 Å R-free 0.274
3DBH Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Ala-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.85 Å R-free 0.274
3DBH Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Ala-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.85 Å R-free 0.274
3DBL Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln) 提交 2008-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–76（76 aa）
突变：A172Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
3DBL Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln) 提交 2008-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
突变：A172Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
3DBL Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln) 提交 2008-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
突变：A172Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
3DBL Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190wt-NEDD8Ala72Gln) 提交 2008-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
突变：A172Q ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris, 0.4 M ammonium acetate, 9-10% PEG 10K, 5 mM DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.90 Å R-free 0.274
3DBR Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Gln-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 10% PEG 10K, 8% PEG400, 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.05 Å R-free 0.280
3DBR Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Gln-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 10% PEG 10K, 8% PEG400, 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.05 Å R-free 0.280
3DBR Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Gln-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 10% PEG 10K, 8% PEG400, 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.05 Å R-free 0.280
3DBR Structural Dissection of a Gating Mechanism Preventing Misactivation of Ubiquitin by NEDD8's E1 (APPBP1-UBA3Arg190Gln-NEDD8Ala72Arg) 提交 2008-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
突变：A172R ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.1 M Tris, 0.2 M NaCl, 10% PEG 10K, 8% PEG400, 5 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.05 Å R-free 0.280
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–76（76 aa） 片段：NEDD8 C-terminus covalently linked to Cul5 Lys724
突变：L162M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：NEDD8 C-terminus covalently linked to Cul5 Lys724
突变：L162M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3DQV Structural Insights into NEDD8 Activation of Cullin-RING Ligases: Conformational Control of Conjugation 提交 2008-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–76（76 aa） 片段：NEDD8 C-terminus covalently linked to Cul5 Lys724
链 B 1–76（76 aa） 片段：NEDD8 C-terminus covalently linked to Cul5 Lys724
突变：L162M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：L162M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 277 K；with ~19% PEG3350, 275mM (NH4)2PO4, 5mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3GZN Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924 提交 2009-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 293 K；1.8 M tri-ammonium citrate pH 7.0, 4% (v/v) 1,3 butanediol, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
3GZN Structure of NEDD8-activating enzyme in complex with NEDD8 and MLN4924 提交 2009-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 B39 [(1S,2S,4R)-4-{4-[(1S)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ylamino]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-7-yl}-2-hydroxycyclopentyl]methyl sulfamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 293 K；1.8 M tri-ammonium citrate pH 7.0, 4% (v/v) 1,3 butanediol, temperature 293K
分辨率 3.00 Å R-free 0.287
4F8C Structure of the Cif:Nedd8 complex - Yersinia pseudotuberculosis Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8 提交 2012-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–81（81 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；2.2M sodium malonate, 44mM bis-tris propane (pH 7.0), 66mM bis-tris propane (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 1.95 Å R-free 0.235
4F8C Structure of the Cif:Nedd8 complex - Yersinia pseudotuberculosis Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8 提交 2012-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–81（81 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；289 K；2.2M sodium malonate, 44mM bis-tris propane (pH 7.0), 66mM bis-tris propane (pH 8.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 1.95 Å R-free 0.235
4FBJ Structure of the Cif:Nedd8 complex - Photorhabdus luminescens Cycle Inhibiting Factor in complex with human Nedd8 提交 2012-05-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–81（81 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；289 K；20% PEG 4000, 200mM sodium acetate, 100mM MES pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K
分辨率 1.60 Å R-free 0.236
4HCP crystal structure of Burkholderia pseudomallei effector protein chbp in complex with nedd8 提交 2012-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa） 片段：unp residues 1-76
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.5；293 K；1.5 M ammonium sulfate and 100 mM citrate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K
分辨率 2.52 Å R-free 0.267
4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
分辨率 3.11 Å R-free 0.284
4P5O Structure of an RBX1-UBC12~NEDD8-CUL1-DCN1 complex: a RING-E3-E2~ubiquitin-like protein-substrate intermediate trapped in action 提交 2014-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 H 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；11% PEG3350, 0.2M ammonium citrate, 10mM ATP
分辨率 3.11 Å R-free 0.284
6R7F Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome 提交 2019-03-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM HEPES pH 7.5 100 mM NaCL 0.5 mM DTT 1% Glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
6TTU Ubiquitin Ligation to substrate by a cullin-RING E3 ligase at 3.7A resolution: NEDD8-CUL1-RBX1 N98R-SKP1-monomeric b-TRCP1dD-IkBa-UB~UBE2D2 提交 2019-12-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.70 Å
7B5L Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-SKP1-SKP2-CKSHS1-Cyclin A-CDK2-p27-UBE2L3~Ub~ARIH1. Transition State 1 提交 2020-12-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7B5N Ubiquitin ligation to F-box protein substrates by SCF-RBR E3-E3 super-assembly: NEDD8-CUL1-RBX1-UBE2L3~Ub~ARIH1. 提交 2020-12-05 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 N 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7ONI Structure of Neddylated CUL5 C-terminal region-RBX2-ARIH2* 提交 2021-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 N 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8B3G C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. 提交 2022-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8CAF N8C_Fab3b in complex with NEDD8-CUL1(WHB) 提交 2023-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0-2.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Citrate pH 6.0, 10mM TCEP
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
8CAF N8C_Fab3b in complex with NEDD8-CUL1(WHB) 提交 2023-01-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 1–76（76 aa） 片段：UNP residues 1-76
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0-2.1M Ammonium Sulfate, 0.1M Citrate pH 6.0, 10mM TCEP
分辨率 2.66 Å R-free 0.263
8H38 Cryo-EM Structure of the KBTBD2-CRL3~N8-CSN(mutate) complex 提交 2022-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
分辨率 4.25 Å
8RX0 (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub 提交 2024-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 759 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8WQC cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CDK5R1 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
8WQG cryo-EM structure of neddylated CUL2-RBX1-ELOB-ELOC-FEM1B bound with the C-degron of CCDC89 (conformation 1) 提交 2023-10-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–76（76 aa）
链 N 1–76（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.09 Å
8WZN ParkinK211N in complex with phospho NEDD8 提交 2023-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1 M, MMT, 7.0, 25% w/v, PEG 1500
分辨率 1.80 Å R-free 0.212
8WZO Parkin in complex with phospho NEDD8 提交 2023-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–76（76 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.248
9E77 Cryo-EM structure of CSN-N8 in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-01 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9EFM Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-1 提交 2024-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9EFQ Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-2 提交 2024-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
9EFV Cryo-EM structure of CSN-N8CUL1 in complex with CSN5i-3 提交 2024-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 6LT 3-(difluoromethyl)-N-{6-[(5S,6S)-6-hydroxy-6,7,8,9-tetrahydro-5H-imidazo[1,5-a]azepin-5-yl][1,1'-biphenyl]-3-yl}-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9EG1 COP9 signalosome deneddylation complex with cullin-5 提交 2024-11-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.52 Å
9EG8 Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-4A 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
9EGL Cryo-EM structure of COP9 signalosome precatalytic state with neddylated cullin-3 提交 2024-11-21 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 I 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9QO0 Pre-activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (Skp1-Skp2-Cks1) complex structure 提交 2025-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：15-meric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；15 mM Hepes pH 7.5, 120 mM NaCl, 0.5 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9QO1 Activated 9-subunit COP9 signalosome and neddylated SCF (SKP1-SKP2-CKS1) complex structure 提交 2025-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric
链 K 1–76（76 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
9SDX Structure of RBR binding E2 variant crosslinked with NEDD8-CUL5-RBX2 bound ARIH2 and Ub 提交 2025-08-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 N 1–81（81 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.97 Å
9T7V Structure of LRRC58-EloB/C-CDO1 in complex with NEDD8-CUL5-RBX2-ARIH2-Ub 提交 2025-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 FE FE (III) ION × 1 SY8 5-azanylpentan-2-one × 1 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 N 1–76（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å

共 46 个其他 PDB 条目、71 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEDD8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–81； UniProt 1–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8q7h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8q7h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8q7h
沉积日期 deposition_date2023-08-16
结构标题 titleStructure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated and neddylated conformation - focused cullin dimer
关键词 keywordsCullin-RING RBR E3 Ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.37 Å
零角强度 I(0) i01042020000.00
分子量 molecular_weight254490.0 kDa
排除体积 excluded_volume311540 ų
包络体积 envelope_volume624380 ų
水化壳体积 shell_volume92138 ų
包络直径 envelope_diameter209.3 Å
壳层 Rg shell_rg56.40 Å
包络 Rg envelope_rg58.26 Å
形状 Rg shape_rg58.56 Å
总 Rg total_rg57.69 Å
总原子数 total_atoms18033
残基数 n_residues2913
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax212.3 Å
Rg (实空间) rg_real59.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.48 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal59.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1042000000.0000
解质量估计 total_estimate0.5859
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.3 Å
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.503
角度范围 angular_range— – 0.1300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha87420000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)