8qpk

Cryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part)

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23

物种未注明

UniProt Q9BUQ8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 DDX23_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–820; UniProt 1–820

Thioredoxin-like protein 4A

物种未注明

UniProt P83876

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 TXN4A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31

物种未注明

UniProt Q8WWY3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PRP31_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–499; UniProt 1–499

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

物种未注明

UniProt Q6P2Q9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PRP8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2335; UniProt 1–2335

RNA-binding protein 42

物种未注明

UniProt Q9BTD8

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 RBM42_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–480; UniProt 1–480

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39

物种未注明

UniProt Q53GS9

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 UBP39_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–565; UniProt 1–565

U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1

物种未注明

UniProt O43290

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 SNUT1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–800; UniProt 1–800

116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

物种未注明

UniProt Q15029

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 U5S1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–972; UniProt 1–972

U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein

物种未注明

UniProt Q8WVK2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 SNR27_HUMAN
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155

Pre-mRNA-processing factor 6

物种未注明

UniProt O94906

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–941; UniProt 1–941

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

物种未注明

UniProt O75643

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 U520_HUMAN
Isoform —
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–2136; UniProt 1–2136

Splicing factor 3A subunit 1

物种未注明

UniProt Q15459

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 12 RNA 4 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 × 1 (Q9BUQ8) Thioredoxin-like protein 4A × 1 (P83876) U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 × 1 (Q8WWY3) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RNA-binding protein 42 × 1 (Q9BTD8) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 × 1 (Q53GS9) U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 × 1 (O43290) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) U5 snRNA × 1 U4 snRNA × 1 U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein × 1 (Q8WVK2) ;5'ss oligo ; × 1 U6 snRNA × 1 Pre-mRNA-processing factor 6 × 1 (O94906) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SF3A1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 7; PDB构建体 1–793; UniProt 1–793

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8qpk
沉积日期 deposition_date2023-10-02
结构标题 titleCryo-EM Structure of Pre-B+5'ss Complex (core part)
关键词 keywordsspliceosome, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

8qpk__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

8qpk__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

8qpk__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)57.80 Å
Rg(电子密度)56.55 Å
总 Rg56.72 Å
原子数29527
残基数4181
排除体积492650 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 8qpk__assembly_1__model_1 hexadecameric (16) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (17)

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7. 引用文献 (1)