8soe

Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 191.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Bos taurus

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–340 链 E; UniProt 1–340 未记录 phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase × 1 (A0A8D1WUA4) Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 × 1 (A0A8D0T2D6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P63212) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 2 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 E; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase

Sus scrofa

UniProt A0A8D1WUA4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–1102 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62871) Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 × 1 (A0A8D0T2D6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P63212) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 2 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8D1WUA4_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–1108; UniProt 2–1102

Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5

Sus scrofa

UniProt A0A8D0T2D6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–877 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62871) phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase × 1 (A0A8D1WUA4) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 2 (P63212) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 2 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8D0T2D6_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–877; UniProt 1–877

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–71 链 F; UniProt 1–71 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 2 (P62871) phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase × 1 (A0A8D1WUA4) Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 5 × 1 (A0A8D0T2D6) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot force 2 分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 7–77; UniProt 1–71 作者链 F; PDB构建体 7–77; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8soe

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8soe
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8soe
沉积日期 deposition_date2023-04-28
结构标题 titlePhosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ADP and two Gbetagamma subunits in State 2
关键词 keywordsPhosphoinositide 3-Kinase, Chemotaxis, Cancer, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier55.93
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.67
零角强度 I(0) i0920076000.00
分子量 molecular_weight253100.0 kDa
排除体积 excluded_volume317160 ų
包络体积 envelope_volume474230 ų
水化壳体积 shell_volume75685 ų
包络直径 envelope_diameter193.1
壳层 Rg shell_rg53.25
包络 Rg envelope_rg54.29
形状 Rg shape_rg55.62
总 Rg total_rg55.75
总原子数 total_atoms35543
残基数 n_residues2238
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax191.8
Rg (实空间) rg_real56.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.70
I(0) (实空间) i0_real9.2010e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal55.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal919400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8435
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.5
偏度 Skewness skewness0.388
峰度 Kurtosis kurtosis-0.425
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha54860000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.940; Smooth: 0.446

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)