当前蛋白身份：P10104
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1AA0 FIBRITIN DELETION MUTANT E (BACTERIOPHAGE T4) 提交 1997-01-18 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
371–483（113 aa）
片段：DELETION MUTANT E, DEL(368-486)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 ZN ZINC ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AT 22OC USING 34% PEG400, 0.1M ZN ACETATE IN 0.1M MES BUFFER AT PH6.0 AS WELL SOLUTION BY MIXING EQUAL AMOUNT OF WELL SOLUTION AND PROTEIN SOLUTION AT 29MG/ML IN A HANGING DROP, vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.259 |
| 1AVY FIBRITIN DELETION MUTANT M (BACTERIOPHAGE T4) 提交 1997-09-22 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
413–486（74 aa）
片段：DELETION MUTANT M, RESIDUES 413 - 486 OF THE WILD TYPE
|
突变：R416S, S421K, N425I, N428D, T433R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROPS WITH 20MG/ML PROTEIN AND 1.75M LI2SO4, 0.1M TRIS-HCL, PH7.5, AS PRECIPITANT, vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.253 |
| 1AVY FIBRITIN DELETION MUTANT M (BACTERIOPHAGE T4) 提交 1997-09-22 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
413–486（74 aa）
片段：DELETION MUTANT M, RESIDUES 413 - 486 OF THE WILD TYPE
|
突变：R416S, S421K, N425I, N428D, T433R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROPS WITH 20MG/ML PROTEIN AND 1.75M LI2SO4, 0.1M TRIS-HCL, PH7.5, AS PRECIPITANT, vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.253 |
| 1AVY FIBRITIN DELETION MUTANT M (BACTERIOPHAGE T4) 提交 1997-09-22 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 C
413–486（74 aa）
片段：DELETION MUTANT M, RESIDUES 413 - 486 OF THE WILD TYPE
|
突变：R416S, S421K, N425I, N428D, T433R | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROPS WITH 20MG/ML PROTEIN AND 1.75M LI2SO4, 0.1M TRIS-HCL, PH7.5, AS PRECIPITANT, vapor diffusion - hanging drop
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.253 |
| 1OX3 crystal structure of mini-fibritin 提交 2003-04-01 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–81（80 aa）
片段：UNP residues 2-81 and 456-484
链 A
456–484（29 aa）
片段：UNP residues 2-81 and 456-484
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；303 K；PEG 6000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.221 |
| 1RFO Trimeric Foldon of the T4 phagehead fibritin 提交 2003-11-10 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
片段：trimerization domain (residues 457-483)
链 B
458–484（27 aa）
片段：trimerization domain (residues 457-483)
链 C
458–484（27 aa）
片段：trimerization domain (residues 457-483)
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1013
NMR样品组成
0.3 mM Foldon 15N,13C; 5mM phosphate buffer pH 7.1 | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1V1H Adenovirus fibre shaft sequence N-terminally fused to the bacteriophage T4 fibritin foldon trimerisation motif with a short linker 提交 2004-04-16 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 B
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 C
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；0.2 M IMIDAZOLE-MALATE PH 6.0 8% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 1V1H Adenovirus fibre shaft sequence N-terminally fused to the bacteriophage T4 fibritin foldon trimerisation motif with a short linker 提交 2004-04-16 | Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 D
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 E
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 F
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 6；0.2 M IMIDAZOLE-MALATE PH 6.0 8% (W/V) PEG 4000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.240 |
| 1V1I Adenovirus fibre shaft sequence N-terminally fused to the bacteriophage T4 fibritin foldon trimerisation motif with a long linker 提交 2004-04-16 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 B
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
链 C
457–483（27 aa）
片段：SHAFT DOMAIN PLUS FOLDON DOMAIN, RESIDUES 319-392 AND 457-483
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 7；10 MM HEPES-NAOH PH 7.0 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 20 % (W/V) PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.283 |
| 2BSG The modeled structure of fibritin (gpwac) of bacteriophage T4 based on cryo-EM reconstruction of the extended tail of bacteriophage T4 提交 2005-05-20 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
1–487（487 aa）
链 B
1–487（487 aa）
链 C
1–487（487 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；H2O
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 2IBL Crystal structure of a helper molecule (HT-mf-thromb) based on mini-fibritin (mf) crystal structure (pdb:1OX3). 提交 2006-09-11 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
2–81（80 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；30% PEG 400, 0.1 M TrisHCl, 0.2 M magnesium chloride, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.170 |
| 2KBL NMR Structure of a Monomeric Folding Intermediate Reveals the Structural Basis for Rapid Assembly of an Evolutionary Optimized Trimerization Module 提交 2008-12-02 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
片段：C-terminal Domain, UNP residues 458-484
|
突变：E5R, F22L | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR |
NMR测量条件
pH 7；296.7 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient
NMR样品组成
200uM foldon E5R, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
210uM [U-99% 15N] foldon E5R, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3A1M A fusion protein of a beta helix region of gene product 5 and the foldon region of bacteriophage T4 提交 2009-04-11 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
链 D
458–484（27 aa）
链 E
458–484（27 aa）
链 F
458–484（27 aa）
|
突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L 突变：V16L | K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.268 |
| 3J2O Model of the bacteriophage T4 fibritin based on the cryo-EM reconstruction of the contracted T4 tail containing the phage collar and whiskers 提交 2012-11-12 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
2–487（486 aa）
链 B
2–487（486 aa）
链 C
2–487（486 aa）
链 D
2–487（486 aa）
链 E
2–487（486 aa）
链 F
2–487（486 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 8 mM MgCl2；pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.2 M NaCl, 8 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；plunged into liquid ethane (homemade plunger)
|
分辨率 25.00 Å |
| 4MMQ Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
突变：S155C, S290C, I379V, M447V | SO4 SULFATE ION × 18 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；298 K；1.4 M K/Na tartrate, 0.1M CHES pH 9.5, 0.2 M LiSO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.274 |
| 4MMR Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant Cav1 at pH 9.5 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
突变：S190F, V207L, I379V, M447V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.4M sodium potassium tartarate, 0.1M CHES, pH 9.5, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.264 |
| 4MMS Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant Cav1 at pH 5.5 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
链 D
458–484（27 aa）
链 F
458–484（27 aa）
|
突变：S190F, V207L, I379V, M447V 突变：S190F, V207L, I379V, M447V 突变：S190F, V207L, I379V, M447V | SO4 SULFATE ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.214 |
| 4MMT Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 at pH 9.5 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；1.8 M Na/K tartrate,
0.2 M LiSO4,
0.1 M CHES pH9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 3.05 Å R-free 0.243 |
| 4MMU Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1 at pH 5.5 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447V | SO4 SULFATE ION × 12 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
pH 5.5；1.8 M Ammonium sulphate
0.1 M citrate pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.228 |
| 4MMV Crystal Structure of Prefusion-stabilized RSV F Variant DS-Cav1-TriC at pH 9.5 提交 2013-09-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
突变：S155C, S190F, V207L, S290C, I379V, M447, VD486H, E487Q, F488W, D489H | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.5；293 K；1.4M sodium potassium tartarate, 0.1M CHES, pH 9.5, 0.2M Li2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.279 |
| 5I08 Prefusion structure of a human coronavirus spike protein 提交 2016-02-03 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
突变：R751G, R752G, K753S, R754G, R755S,R751G, R752G, K753S, R754G, R755S 突变：R751G, R752G, K753S, R754G, R755S,R751G, R752G, K753S, R754G, R755S 突变：R751G, R752G, K753S, R754G, R755S,R751G, R752G, K753S, R754G, R755S | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was applied to grid, blotted, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 4.04 Å |
| 5TDL Crystal structure of prefusion-stabilized bovine RSV fusion glycoprotein (single-chain DS2-v1 variant: strain 391-2 sc9 DS-Cav1 Q98C Q361C) 提交 2016-09-19 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
457–484（28 aa）
|
突变：Q98C, I144S, S155C, S190F, V207L, S290C, Q361C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.9 M of potassium and sodium tartrate, 0.16 M of Lithium sulfate, 0.1 M ches
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.272 |
| 6OE5 Splayed open prefusion RSV F captured by CR9501 and motavizumab Fabs 提交 2019-03-27 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
突变：N67I, S215P | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；4.69 mg/mL prefusion F (PR-DM) + motavizumab Fab + CR9501 Fab, 30% (v/v) PEG400, 0.19 M ammonium sulfate, 3.1% (w/v) PEG8000, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 4.10 Å R-free 0.306 |
| 6Z97 Structure of the prefusion SARS-CoV-2 spike glycoprotein 提交 2020-06-03 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6ZHD H11-H4 bound to Spike 提交 2020-06-22 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；50 mM Tris, pH 7, 150 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 90 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 81 % relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.70 Å |
| 7A4N Cryo-EM structure of a prefusion stabilized SARS-CoV-2 Spike (D614N, R682S, R685G, A892P, A942P and V987P)(S-closed trimer) 提交 2020-08-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P 突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P 突变：D614N,R682S,R685G,A892P,A942P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 7NS6 SARS-CoV-2 Spike (dimers) in complex with six Fu2 nanobodies 提交 2021-03-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 I
458–484（27 aa）
链 J
458–484（27 aa）
链 K
458–484（27 aa）
链 L
458–484（27 aa）
链 M
458–484（27 aa）
链 N
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 46 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 7QDG SARS-CoV-2 S protein S:A222V + S:D614G mutant 1-up 提交 2021-11-27 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–486（29 aa）
链 B
458–486（29 aa）
链 C
458–486（29 aa）
|
突变：S:A222V + S:D614G 突变：S:A222V + S:D614G 突变：S:A222V + S:D614G | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7QDH SARS-CoV-2 S protein S:D614G mutant 1-up 提交 2021-11-27 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–486（29 aa）
链 B
458–486（29 aa）
链 C
458–486（29 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7QUR SARS-CoV-2 Spike with ethylbenzamide-tri-iodo Siallyllactose, C3 symmetry 提交 2022-01-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 GE9 2,3,5-tris(iodanyl)benzamide × 3 SIA N-acetyl-alpha-neuraminic acid × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.27 Å |
| 7QUS SARS-CoV-2 Spike, C3 symmetry 提交 2022-01-18 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å |
| 7Z6V CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11 nanobody complex 提交 2022-03-14 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 120 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 82% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Z7X CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H6 nanobody complex 提交 2022-03-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 120 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) or for 60-80 s, 12 mA (easiGlow, Pelco) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 79-81% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.30 Å |
| 7Z85 CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-B5 nanobody complex 提交 2022-03-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 190 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 83% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.10 Å |
| 7Z86 CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H4 Q98R H100E nanobody complex in 1Up2Down conformation 提交 2022-03-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7Z9Q CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-A10 nanobody complex 提交 2022-03-21 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；SPT Labtech prototype 300 mesh 1.2/2.0 nanowire grids with a highly reproduceable rectangular bar cross-section were used. The grids were glow-discharged on low for 260 s (Plasma Cleaner PDC-002-CE, Harrick Plasma) to activate the nanowires. Approximately 6 nL of the complex were applied to the grids using a Chameleon EP system (SPT Labtech) at 80% relative humidity and ambient temperature.
|
分辨率 3.60 Å |
| 7Z9R CRYO-EM STRUCTURE OF SARS-COV-2 SPIKE : H11-H4 Q98R H100E nanobody complex in 2Up1Down conformation 提交 2022-03-21 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7ZCE SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 提交 2022-03-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ZCF SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with the single chain fragment scFv76 (Focused Refinement) 提交 2022-03-28 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZH1 SARS CoV Spike protein, Closed C3 conformation 提交 2022-04-05 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 7ZH2 SARS CoV Spike protein, Closed C1 conformation 提交 2022-04-05 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.71 Å |
| 7ZH5 SARS CoV Spike protein, Open conformation 提交 2022-04-05 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7ZJ6 X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 7.5 提交 2022-04-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4s blot
|
分辨率 2.60 Å |
| 7ZJ7 X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 4.8 提交 2022-04-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 4.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4s blot
|
分辨率 3.95 Å |
| 7ZJ8 X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 7.5 after reneutralization 提交 2022-04-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4s blot
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ZR7 OMI-42 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2022-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZR8 OMI-38 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE RBD (local refinement) 提交 2022-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7ZR9 OMI-2 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2022-05-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZRC OMI-38 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BETA SPIKE 提交 2022-05-04 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8AJA Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-5 of Coronavirus Spike protein 提交 2022-07-27 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 8AJL Structure of the Ancestral Scaffold Antigen-6 of Coronavirus Spike protein 提交 2022-07-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 45 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8AQS BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to human ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 8AQT Beta SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
460–484（25 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8AQU BA.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.22 Å |
| 8AQV BA.2.12.1 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
460–484（25 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8AQW BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
459–484（26 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8BON Structure of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein in complex with the macrocyclic peptide S1B3inL1 提交 2022-11-15 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8CIM BA.2-07 FAB IN COMPLEX WITH SARS-COV-2 BA.2.12.1 SPIKE GLYCOPROTEIN 提交 2023-02-10 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8H3D Structure of apo SARS-CoV-2 spike protein with one RBD up 提交 2022-10-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 B
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 C
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
|
突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 8H3E Complex structure of a small molecule (SPC-14) bound SARS-CoV-2 spike protein, closed state 提交 2022-10-08 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 B
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
链 C
458–485（28 aa）
片段：SARS-CoV-2 spike protein,SARS-CoV-2 spike protein
|
突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P 突变：R682S,R683G,R685G,K986P,V987P | Q83 7-(6-nitro-2,3-dihydroindol-1-yl)-7-oxidanyidene-heptanoic acid × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8KG5 Prefusion RSV F Bound to Lonafarnib and D25 Fab 提交 2023-08-17 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | 336 4-{2-[4-(3,10-DIBROMO-8-CHLORO-6,11-DIHYDRO-5H-BENZO[5,6]CYCLOHEPTA[1,2-B]PYRIDIN-11-YL)PIPERIDIN-1-YL]-2-OXOETHYL}PIPERIDINE-1-CARBOXAMIDE × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.17 Å |
| 8OYT Stabilised BA.1 SARS-CoV-2 spike with H6 nanobodies in '3 up' RBD conformation 提交 2023-05-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8OYU Stabilised BA.1 SARS-CoV-2 spike with H6 nanobodies in '2 up 1 down' RBD conformation 提交 2023-05-05 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8QPR SARS-CoV-2 S protein bound to human neutralising antibody UZGENT_G5 提交 2023-10-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8QQ0 SARS-CoV-2 S protein bound to neutralising antibody UZGENT_A3 提交 2023-10-03 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QTD Local refinement of SARS-CoV-2 BA.2.86 Spike and XBB-7 Fab 提交 2023-10-12 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8R1C SD1-2 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8R1D SD1-3 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 8R87 Cryo-EM structure of the Sars-Cov2 S trimer without RBDs 提交 2023-11-28 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8R8K XBB-4 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein 提交 2023-11-29 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8UDN A Stable Heterotrimeric Foldon with Minimum Mutation 提交 2023-09-28 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；MPD
|
分辨率 0.97 Å R-free 0.158 |
| 8ULJ Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 2E08 提交 2023-10-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 B
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；23.64%w/v PEG 1500, 0.1 M MMT buffer (DL-malic acid:MES:Tris base at a molar ratio of 1:2:2) with pH 4.36
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.264 |
| 8ULK Prefusion RSV F bound by neutralizing antibody 1G12 提交 2023-10-16 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12） 与蛋白数一致 |
链 I
458–484（27 aa）
链 J
458–484（27 aa）
链 K
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Sodium sulfate, 20 % w/v PEG 3350
|
分辨率 4.28 Å R-free 0.279 |
| 8V5V Structure of a SARS-CoV-2 spike S2 subunit in a pre-fusion, open conformation 提交 2023-12-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 E
458–484（27 aa）
链 F
458–484（27 aa）
链 G
458–484（27 aa）
|
突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C 突变：F817P,A892P,A899P,A942P,V987P,Y707C,T883C,Y788C,A876C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Filtered and degased
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；6 seconds blotting time at force 0
|
分辨率 2.93 Å |
| 8YZB BA.2.86 RBD protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å |
| 8YZC Structure of BA.2.86 spike protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–481（24 aa）
链 B
458–481（24 aa）
链 C
458–481（24 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8YZD Structure of JN.1 RBD protein in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
片段：RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8YZE The JN.1 spike protein (S) in complex with ACE2. 提交 2024-04-06 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
458–481（24 aa）
链 B
458–481（24 aa）
链 C
458–481（24 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8Z6Q SARS-CoV-2 XBB.1.16 Spike in complex with CYFN1006-1(S-CYFN1006-1 dimer trimer). 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
链 J
458–485（28 aa）
链 K
458–485（28 aa）
链 L
458–485（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.41 Å |
| 8Z6R Structure of XBB.1.16 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 8Z6S Structure of XBB.1.16 S trimer with 2 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 8Z6T Structure of XBB.1.16 RBD in complex with antibody CYFN1006-1. 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 8Z6U SARS-CoV-2 EG.5.1 Spike in complex with CYFN1006-2(S-CYFN1006-2 dimer trimer). 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric（18） 与蛋白数一致 |
链 A
458–481（24 aa）
链 B
458–481（24 aa）
链 C
458–481（24 aa）
链 D
458–481（24 aa）
链 E
458–481（24 aa）
链 F
458–481（24 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.83 Å |
| 8Z6W Structure of EG.5.1 S trimer with 3 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8Z6X Structure of EG.5.1 RBD in complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-04-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
片段：RBD,RBD
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 8ZPP Local CryoEM structure of the SARS-CoV-2 BA.5 in complex with ORB10 Fab 提交 2024-05-30 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9F9Y SARS-CoV-2 BA-2.87.1 Spike ectodomain 提交 2024-05-09 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9FGS SARS-CoV-2 (wuhan variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv41N (focused refinement) 提交 2024-05-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9FGT SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76 (focused refinement) 提交 2024-05-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9FGU SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 (focused refinement) 提交 2024-05-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7；PBS
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 9FJK Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 提交 2024-05-31 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；TBS, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.84 Å |
| 9FMW Omicron BA.1 Spike protein with neutralizing NTD specific mAb K501SP6 提交 2024-06-07 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；TBS, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 9GDX SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 4C structural flexibility / heterogeneity analyses 提交 2024-08-06 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GDY SARS-CoV-2 Spike protein Beta Variant at 37C structural flexibility / heterogeneity analyses 提交 2024-08-06 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 5.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9H6U SARS-CoV-2 S protein in complex with pT1679 Fab 提交 2024-10-25 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |
| 9JMF Cryo-EM structure of SA-BatCoV (Neoromicia/PML-PHE1/RSA/2011) S-trimer 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9JMG Cryo-EM structure of EU-HedgehogCoV (Erinaceus/VMC/DEU/2012) S-trimer in a locked-2 conformation 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 FOL FOLIC ACID × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JMH Cryo-EM structure of HKU25-BatCoV S-trimer stabilized with 2P and x1 disulfide bond 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
突变：S437C,D1051C,A1052P,V1053P 突变：S437C,D1051C,A1052P,V1053P 突变：S437C,D1051C,A1052P,V1053P | EIC LINOLEIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 38 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JMI Cryo-EM structure of CN-HedgehogCoV (HKU31/Erinaceus amurensis/China/2014) S-trimer in a locked-2 conformation 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | FOL FOLIC ACID × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9JMN Cryo-EM structure of CN-HedgehogCoV (HKU31/Erinaceus amurensis/China/2014) S-trimer in a locked-1 conformation 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 25 FOL FOLIC ACID × 3 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9JMO Cryo-EM structure of Japan-BatCoV (Vs-CoV-1) S-trimer 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9JMP Cryo-EM structure of GD-BatCoV (BtCoV/Ii/GD/2014-422) S-trimer 提交 2024-09-20 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 A
458–484（27 aa）
链 B
458–484（27 aa）
链 C
458–484（27 aa）
|
突变：A885P,S962P,A969P,N1012P,A1056P,V1057P 突变：A885P,S962P,A969P,N1012P,A1056P,V1057P 突变：A885P,S962P,A969P,N1012P,A1056P,V1057P | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21 EIC LINOLEIC ACID × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9KT3 Structure of EG.5.1 S trimer with 2 down-RBDs complex with antibody CYFN1006-2. 提交 2024-12-01 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–481（24 aa）
链 B
458–481（24 aa）
链 C
458–481（24 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.63 Å |
| 9MKB Structure of the bacteriophage T4 portal-neck-tail complex 提交 2024-12-17 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 541 PDB 声明：541-meric（541） 与蛋白数一致 |
链 A
1–487（487 aa）
链 B
1–487（487 aa）
链 C
1–487（487 aa）
链 D
1–487（487 aa）
链 E
1–487（487 aa）
链 F
1–487（487 aa）
链 G
1–487（487 aa）
链 H
1–487（487 aa）
链 I
1–487（487 aa）
链 J
1–487（487 aa）
链 K
1–487（487 aa）
链 L
1–487（487 aa）
链 M
1–487（487 aa）
链 N
1–487（487 aa）
链 O
1–487（487 aa）
链 P
1–487（487 aa）
链 Q
1–487（487 aa）
链 R
1–487（487 aa）
链 S
1–487（487 aa）
链 T
1–487（487 aa）
链 U
1–487（487 aa）
链 V
1–487（487 aa）
链 W
1–487（487 aa）
链 X
1–487（487 aa）
链 Y
1–487（487 aa）
链 Z
1–487（487 aa）
链 a
1–487（487 aa）
链 b
1–487（487 aa）
链 c
1–487（487 aa）
链 d
1–487（487 aa）
链 e
1–487（487 aa）
链 f
1–487（487 aa）
链 g
1–487（487 aa）
链 h
1–487（487 aa）
链 i
1–487（487 aa）
链 j
1–487（487 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Ted Pella lacey carbon 400 mesh grids
(catalog No: 01824) were used.
|
分辨率 3.80 Å |
| 9MLA Pre-fusion HERV-K Envelope Protein Trimer Ectodomain in complex with Kenv-6 Fab 提交 2024-12-18 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric（12） 与蛋白数一致 |
链 D
459–484（26 aa）
链 E
459–484（26 aa）
链 F
459–484（26 aa）
|
突变：V498C 突变：V498C 突变：V498C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Filtered and degassed
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 9MOF Structure of the bacteriophage T4 portal-neck-tail connector complex 提交 2024-12-26 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 183 PDB 声明：183-meric（183） 与蛋白数一致 |
链 A
1–487（487 aa）
链 B
1–487（487 aa）
链 C
1–487（487 aa）
链 D
1–487（487 aa）
链 E
1–487（487 aa）
链 F
1–487（487 aa）
链 G
1–487（487 aa）
链 H
1–487（487 aa）
链 I
1–487（487 aa）
链 J
1–487（487 aa）
链 K
1–487（487 aa）
链 L
1–487（487 aa）
链 M
1–487（487 aa）
链 N
1–487（487 aa）
链 O
1–487（487 aa）
链 P
1–487（487 aa）
链 Q
1–487（487 aa）
链 R
1–487（487 aa）
链 S
1–487（487 aa）
链 T
1–487（487 aa）
链 U
1–487（487 aa）
链 V
1–487（487 aa）
链 W
1–487（487 aa）
链 X
1–487（487 aa）
链 Y
1–487（487 aa）
链 Z
1–487（487 aa）
链 a
1–487（487 aa）
链 b
1–487（487 aa）
链 c
1–487（487 aa）
链 d
1–487（487 aa）
链 e
1–487（487 aa）
链 f
1–487（487 aa）
链 g
1–487（487 aa）
链 h
1–487（487 aa）
链 i
1–487（487 aa）
链 j
1–487（487 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Ted Pella lacey carbon 400 mesh grids
(catalog No: 01824) were used.
|
分辨率 3.80 Å |
| 9O4F Pre-fusion Stabilized HERV-K Envelope Trimer Ectodomain 提交 2025-04-08 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 D
459–484（26 aa）
链 E
459–484（26 aa）
链 F
459–484（26 aa）
|
突变：V498C 突变：V498C 突变：V498C | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；Filtered and degassed
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 9WDP Cyro-EM structure of prefusion RSV fusion glycoprotein in complex with Ziresovir and motavizumab Fab 提交 2025-08-19 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric（9） 与蛋白数一致 |
链 A
458–485（28 aa）
链 B
458–485（28 aa）
链 C
458–485（28 aa）
|
未记录 | A1EV1 ~{N}-[(3-azanyloxetan-3-yl)methyl]-2-[1,1-bis(oxidanylidene)-3,5-dihydro-2~{H}-1$l^{6},4-benzothiazepin-4-yl]-6-methyl-quinazolin-4-amine × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.27 Å |