SAXSdb — 1dgi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS RECEPTOR

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	VP1 × 60 （P03300） VP2 × 60 （P03300） VP3 × 60 （P03300） VP4 × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 （P03300） VP2 × 1 （P03300） VP3 × 1 （P03300） VP4 × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	VP1 × 5 （P03300） VP2 × 5 （P03300） VP3 × 5 （P03300） VP4 × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 6 （P03300） VP2 × 6 （P03300） VP3 × 6 （P03300） VP4 × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	VP1 × 1 （P03300） VP2 × 1 （P03300） VP3 × 1 （P03300） VP4 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–302； UniProt 28–329

VP1

Human poliovirus 1

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	POLIOVIRUS RECEPTOR × 60 （P15151） VP4 × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	POLIOVIRUS RECEPTOR × 1 （P15151） VP4 × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	POLIOVIRUS RECEPTOR × 5 （P15151） VP4 × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	POLIOVIRUS RECEPTOR × 6 （P15151） VP4 × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	POLIOVIRUS RECEPTOR × 1 （P15151） VP4 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLH_POL1M
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–5； UniProt 598–880 作者链 2； PDB构建体 1–268； UniProt 73–340 作者链 3； PDB构建体 1–235； UniProt 341–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dgi
沉积日期 deposition_date	1999-11-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155
关键词 keywords	CD155, PVR, HUMAN POLIOVIRUS, POLIOVIRUS-RECEPTOR COMPLEX, Icosahedral virus, Virus-Receptor COMPLEX; Virus/Receptor
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dgi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dgi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	149.00 Å
总 Rg	149.00 Å
原子数	60
残基数	0
排除体积	9306900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1dgi__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1dgi__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1dgi__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1dgi__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1dgi__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POLIOVIRUS RECEPTOR
分子量 formula_weight	32928.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	1155

DVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	31874.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GSSSTAATSRDALPNTEASGPTHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12080
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	29664.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

EACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12080
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHIEQKA

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12080
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	6983.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

XGAQVSSQKVGAHENSSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTAPMLN

来源 Source

来源生物 organism	Human poliovirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12080
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1dgi1_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1dgi2_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1dgi3_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1dgi4_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

结构域编号 domain_id	d1dgir_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.6 — Viruses and virus-receptor complexes
超家族 Superfamily superfamily	i.6.1 — Viruses and virus-receptor complexes
家族 Family family	i.6.1.1 — Viruses and virus-receptor complexes

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	22.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	22.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;COMMON-LINES AND POLAR-FOURIER-TRANSFORM FULLER ET AL. 1996, J.STRUC.BIOL.c 116, 48-55; BAKER AND CHENG, 1996, J.STRUC.BIOL. 116, 120-130 ;
颗粒数 num_particles	1156

Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS RECEPTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dgi__assembly_1__model_1

1dgi__assembly_1__model_1 | I(q)

1dgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (3)

Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS RECEPTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1dgi__assembly_1__model_1

1dgi__assembly_1__model_1 | I(q)

1dgi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (3)