1zeh

STRUCTURE OF INSULIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 45.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INSULIN

Homo sapiens

UniProt P01308

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–51 链 B; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 31–51 链 D; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 4 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–51 链 B; UniProt 25–54 链 C; UniProt 31–51 链 D; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 15 ZN ZINC ION × 6 CL CHLORIDE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–51 链 B; UniProt 25–54 链 C; UniProt 31–51 链 D; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–51 链 B; UniProt 25–54 链 C; UniProt 31–51 链 D; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 5 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–51 链 B; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 3 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 31–51 链 D; UniProt 25–54 突变:CHAIN B, D, P28D CRS M-CRESOL × 12 ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:batch method;pH 6.8;BATCH METHOD, COMPOSITION OF CRYSTALLISATION SOLUTION 3.5 MG INSULIN + 0.5 ML 0.02M HCL + 0.05 ML 0.12M ZINC ACETATE + 0.25 ML 0.2M TRI-SODIUM CITRATE + 0.2 ML 2.5% (W/V) M-CRESOL IN ETHANOL + 60 MG NACL, pH 6.8, batch method 分辨率 1.50 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、577 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 31–51 作者链 C; PDB构建体 1–21; UniProt 31–51 作者链 B; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54 作者链 D; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zeh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zeh
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zeh
沉积日期 deposition_date1998-05-01
结构标题 titleSTRUCTURE OF INSULIN
关键词 keywordsHORMONE, METABOLIC ROLE, CHEMICAL ACTIVITY, INSULIN MUTANT, CROSS-LINK, GLUCOSE METABOLISM, DIABETES; HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.47
零角强度 I(0) i03257950.00
分子量 molecular_weight12400.0 kDa
排除体积 excluded_volume15335 ų
包络体积 envelope_volume17378 ų
水化壳体积 shell_volume11076 ų
包络直径 envelope_diameter44.3
壳层 Rg shell_rg18.98
包络 Rg envelope_rg13.87
形状 Rg shape_rg13.43
总 Rg total_rg14.77
总原子数 total_atoms856
残基数 n_residues102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.6
Rg (实空间) rg_real14.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real3.2580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8910e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3258000.0000
解质量估计 total_estimate0.6794
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.5
偏度 Skewness skewness0.183
峰度 Kurtosis kurtosis-0.340
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha371800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.105; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.819

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1zeh.1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.1 — Insulin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.1.1 — Insulin-like
家族 Family familyg.1.1.1 — Insulin-like
结构域编号 domain_idd1zeh.2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.1 — Insulin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.1.1 — Insulin-like
家族 Family familyg.1.1.1 — Insulin-like

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)