2kqp

NMR Structure of Proinsulin

Method: SOLUTION NMR Dmax: 61.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin

Homo sapiens

UniProt P01308

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–110 突变:H10D, P28K, K29P 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.1;298 K;压力 ambient NMR样品组成:0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] proinsulin-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、583 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–86; UniProt 25–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kqp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kqp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kqp
沉积日期 deposition_date2009-11-12
结构标题 titleNMR Structure of Proinsulin
关键词 keywords;proinsulin, Carbohydrate metabolism, Cleavage on pair of basic residues, Diabetes mellitus, Disease mutation, Disulfide bond, Glucose metabolism, Hormone, Pharmaceutical, Secreted ;; HORMONE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.02
零角强度 I(0) i0531133000.00
分子量 molecular_weight187370.0 kDa
排除体积 excluded_volume231530 ų
包络体积 envelope_volume35719 ų
水化壳体积 shell_volume16213 ų
包络直径 envelope_diameter65.8
壳层 Rg shell_rg24.94
包络 Rg envelope_rg20.14
形状 Rg shape_rg16.06
总 Rg total_rg16.12
总原子数 total_atoms25740
残基数 n_residues1720
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.4
Rg (实空间) rg_real16.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real5.3110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal531100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7482
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary14.8
偏度 Skewness skewness0.545
峰度 Kurtosis kurtosis-0.214
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha318400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.472; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.312; Smooth: 0.994

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kqpA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology100 — Insulin-like, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Insulin-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)