3zry

Rotor architecture in the F(1)-c(10)-ring complex of the yeast F-ATP synthase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 195.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P07251

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–545 链 B; UniProt 36–545 链 C; UniProt 36–545 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 (Q12165) ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 (E9P9X4) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–510; UniProt 36–545 作者链 B; PDB构建体 1–510; UniProt 36–545 作者链 C; PDB构建体 1–510; UniProt 36–545

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00830

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 34–511 链 E; UniProt 34–511 链 F; UniProt 34–511 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 (Q12165) ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 (E9P9X4) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPB_YEAST
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–478; UniProt 34–511 作者链 E; PDB构建体 1–478; UniProt 34–511 作者链 F; PDB构建体 1–478; UniProt 34–511

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P38077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 34–311 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 (Q12165) ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 (E9P9X4) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPG_YEAST
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–278; UniProt 34–311

ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt Q12165

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 23–160 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P38077) ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT × 1 (E9P9X4) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPD_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–138; UniProt 23–160

ATP SYNTHASE CATALYTIC SECTOR F1 EPSILON SUBUNIT

物种未注明

UniProt E9P9X4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 9 PDB 声明:nonameric(9) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–62 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 3 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 3 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 1 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 1 (Q12165) ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E9P9X4_YEASX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–61; UniProt 2–62

ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P61829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–76 链 K; UniProt 1–76 链 L; UniProt 1–76 链 M; UniProt 1–76 链 N; UniProt 1–76 链 O; UniProt 1–76 链 P; UniProt 1–76 链 Q; UniProt 1–76 链 R; UniProt 1–76 链 S; UniProt 1–76 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;10% PEG 4000, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 100 MM HEPES PH 6.5 MIXED 1:1 WITH PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML) CONTAINING 0.64 MM DDM, 25 MM TRIS PH 8.0, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 25 MM TREHALOSE, 0.5 MM EDTA, 3 MM SODIUM AZIDE, 2 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 0.04 MM ADP, 1 MM AMP-PNP, 0.1 MM DCCD, 2.5 MM DTT, 0.5 MM PMSF. 分辨率 6.50 Å R-free 0.339

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP9_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 K; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 L; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 M; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 N; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 O; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 P; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 Q; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 R; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 S; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3zry

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3zry
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3zry
沉积日期 deposition_date2011-06-21
结构标题 titleRotor architecture in the F(1)-c(10)-ring complex of the yeast F-ATP synthase
关键词 keywordsHYDROLASE, ATP-BINDING, F(1)-F(O)ATP SYNTHASE, MITOCHONDRIA, MOLECULAR MOTOR, CENTRAL STALK, MEMBRANE PROTEIN, C-RING; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron58.82
零角强度 I(0) i02450910000.00
分子量 molecular_weight427610.0 kDa
排除体积 excluded_volume541200 ų
包络体积 envelope_volume731960 ų
水化壳体积 shell_volume109590 ų
包络直径 envelope_diameter210.0
壳层 Rg shell_rg57.64
包络 Rg envelope_rg58.22
形状 Rg shape_rg58.74
总 Rg total_rg59.08
总原子数 total_atoms30100
残基数 n_residues4032
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax195.6
Rg (实空间) rg_real57.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.24
I(0) (实空间) i0_real2.4510e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3490e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.23
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2447000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7706
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.705
峰度 Kurtosis kurtosis0.003
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha459700000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.593; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.274

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (5)

9. 文件与曲线 (10)