4fka

High resolution structure of the manganese derivative of insulin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin A chain

物种未注明

UniProt P01308

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 90–110 链 B; UniProt 25–54 未记录 NA SODIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;291 K;The protein solution consisted of 7.5 mg mL-1 of zinc-free insulin in 0.02 mol L-1 hydrochloric acid. The reservoir solution was at pH 6.4 containing 1mM sodium citrate, volume fraction of aceton 10 % ,9 mmol L-1 manganese(II) sulphate monohydrate and redistilled water, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.08 Å R-free 0.194
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 90–110 链 D; UniProt 25–54 未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;291 K;The protein solution consisted of 7.5 mg mL-1 of zinc-free insulin in 0.02 mol L-1 hydrochloric acid. The reservoir solution was at pH 6.4 containing 1mM sodium citrate, volume fraction of aceton 10 % ,9 mmol L-1 manganese(II) sulphate monohydrate and redistilled water, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.08 Å R-free 0.194
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 90–110 链 B; UniProt 25–54 链 C; UniProt 90–110 链 D; UniProt 25–54 未记录 NA SODIUM ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;291 K;The protein solution consisted of 7.5 mg mL-1 of zinc-free insulin in 0.02 mol L-1 hydrochloric acid. The reservoir solution was at pH 6.4 containing 1mM sodium citrate, volume fraction of aceton 10 % ,9 mmol L-1 manganese(II) sulphate monohydrate and redistilled water, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 1.08 Å R-free 0.194

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、581 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 90–110 作者链 C; PDB构建体 1–21; UniProt 90–110 作者链 B; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54 作者链 D; PDB构建体 1–30; UniProt 25–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4fka

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4fka
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4fka
沉积日期 deposition_date2012-06-13
结构标题 titleHigh resolution structure of the manganese derivative of insulin
关键词 keywordsmanganese-insulin derivative, HORMONE; HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.81
零角强度 I(0) i02930800.00
分子量 molecular_weight11756.0 kDa
排除体积 excluded_volume14539 ų
包络体积 envelope_volume16471 ų
水化壳体积 shell_volume10573 ų
包络直径 envelope_diameter49.7
壳层 Rg shell_rg19.01
包络 Rg envelope_rg14.22
形状 Rg shape_rg13.78
总 Rg total_rg14.98
总原子数 total_atoms813
残基数 n_residues102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.5
Rg (实空间) rg_real14.83
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real2.9310e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3300e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2931000.0000
解质量估计 total_estimate0.8669
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.301
峰度 Kurtosis kurtosis-0.236
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha339400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.959

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)