4tpi

THE REFINED 2.2-ANGSTROMS (0.22-NM) X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX FORMED BY BOVINE TRYPSINOGEN, VALINE-VALINE AND THE ARG15 ANALOGUE OF BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TRYPSINOGEN

物种未注明

UniProt P00760

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 Z; UniProt 15–243 未记录 BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR × 1 (P00974) VAL VALINE × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 Z; UniProt 15–243 未记录 BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR × 4 (P00974) VAL VALINE × 8 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 Z; UniProt 15–243 未记录 BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR × 2 (P00974) VAL VALINE × 4 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 608 个其他 PDB 条目、768 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRY1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Z; PDB构建体 1–229; UniProt 15–243

BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR

物种未注明

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 未记录 TRYPSINOGEN × 1 (P00760) VAL VALINE × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 未记录 TRYPSINOGEN × 4 (P00760) VAL VALINE × 8 CA CALCIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–93 未记录 TRYPSINOGEN × 2 (P00760) VAL VALINE × 4 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tpi

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tpi
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tpi
沉积日期 deposition_date1985-06-11
结构标题 titleTHE REFINED 2.2-ANGSTROMS (0.22-NM) X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX FORMED BY BOVINE TRYPSINOGEN, VALINE-VALINE AND THE ARG15 ANALOGUE OF BOVINE PANCREATIC TRYPSIN INHIBITOR
关键词 keywordsCOMPLEX (PROTEINASE-INHIBITOR), HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.55
零角强度 I(0) i017511300.00
分子量 molecular_weight30313.0 kDa
排除体积 excluded_volume37342 ų
包络体积 envelope_volume42427 ų
水化壳体积 shell_volume19182 ų
包络直径 envelope_diameter66.1
壳层 Rg shell_rg24.87
包络 Rg envelope_rg19.00
形状 Rg shape_rg18.50
总 Rg total_rg19.51
总原子数 total_atoms2111
残基数 n_residues278
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.3
Rg (实空间) rg_real19.45
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.7510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal17510000.0000
解质量估计 total_estimate0.7997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.3
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.341
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4794000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd4tpii_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd4tpiz_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4tpiI00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id4tpiZ01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id4tpiZ02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)