7td0

Lysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysophosphatidic acid receptor 1

Homo sapiens

UniProt Q92633

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 2–340 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (B2RSH2) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LPAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 12–350; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Bos taurus

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–340 未记录 Lysophosphatidic acid receptor 1 × 1 (Q92633) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (B2RSH2) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

Rattus norvegicus

UniProt B2RSH2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–354 突变:G203A Lysophosphatidic acid receptor 1 × 1 (Q92633) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI1_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 26–379; UniProt 1–354

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 突变:C68S Lysophosphatidic acid receptor 1 × 1 (Q92633) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 × 1 (B2RSH2) NKP (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.83 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7td0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7td0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7td0
沉积日期 deposition_date2021-12-30
结构标题 titleLysophosphatidic acid receptor 1-Gi complex bound to LPA
关键词 keywordsGPCR, complex, lipid, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.83
零角强度 I(0) i0145216000.00
分子量 molecular_weight97355.0 kDa
排除体积 excluded_volume121870 ų
包络体积 envelope_volume159390 ų
水化壳体积 shell_volume38534 ų
包络直径 envelope_diameter127.3
壳层 Rg shell_rg40.26
包络 Rg envelope_rg35.78
形状 Rg shape_rg35.81
总 Rg total_rg36.20
总原子数 total_atoms13347
残基数 n_residues903
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.1
Rg (实空间) rg_real36.08
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18
I(0) (实空间) i0_real1.4520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal145200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7823
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.4
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.389
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha25870000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.793; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.787; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id7td0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)