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9e7y

De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 170.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A5U8D3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–347 链 B； UniProt 1–347 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 A 1–347（347 aa）
链 B 1–347（347 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOA_MYCTA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A5U052

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–1177 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 C 6–1177（1172 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–1177（1177 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 C 1–1177（1177 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 C 1–1177（1177 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–1177（1177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1177（1177 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOB_MYCTA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–1177； UniProt 1–1177

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P0A675

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–1316 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 D 1–1316（1316 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPOC_MYCBO
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 10–1325； UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045H2R3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 1–110 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6TYE Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 5 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.79 Å R-free 0.279
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000
分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000
分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350
分辨率 3.87 Å R-free 0.278
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9JI2 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
9JI3 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9JI4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
9JI5 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 E 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045H2R3_MYCTX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110

RNA polymerase sigma factor SigA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P0A603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 F； UniProt 1–528 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–528（528 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 F 1–528（528 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 F 1–528（528 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 F 1–528（528 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 F 1–528（528 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIGA_MYCBO
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 23–550； UniProt 1–528

RNA polymerase-binding protein RbpA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WHJ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 J； UniProt 1–111 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD × 1 （Q12306,P9WJG2） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4X8K Mycobacterium tuberculosis RbpA-SID in complex with SigmaA domain 2 提交 2014-12-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 23–111（89 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295.15 K；0.1M Tris pH 8.5, 0.5M ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.231
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 J 1–111（111 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBPA_MYCTO
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD

Mycobacterium tuberculosis

UniProt P9WJG2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 1–162 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.74 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 M 1–162（162 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CARD_MYCTO
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 124–285； UniProt 1–162

Ubiquitin-like protein SMT3,RNA polymerase-binding transcription factor CarD

Mycobacterium tuberculosis

UniProt Q12306

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 1–98 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A5U8D3） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A5U052） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （P0A675） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A045H2R3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （P0A603） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （P9WHJ4） DNA (57-MER) × 1 ;RNA (5'-R(P*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') ; × 1 DNA (58-MER) × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9E7Y Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
11HK SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to the VN01H1 Fab (Fab local refinement) 提交 2026-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–94（94 aa）
链 D 1–94（94 aa）
链 G 1–94（94 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
11HL SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to the VN01H1 Fab (S2 local refinement) 提交 2026-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–94（94 aa）
链 B 1–94（94 aa）
链 C 1–94（94 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
11HN SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to C77G12 (S2 local refinement) 提交 2026-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–94（94 aa）
链 B 1–94（94 aa）
链 C 1–94（94 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
11HW SARS-CoV-2 spike S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation (E-FICs-v3) bound to C77G12 (Fab local refinement) 提交 2026-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–94（94 aa）
链 B 1–94（94 aa）
链 G 1–94（94 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
1EUV X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL ULP1 PROTEASE DOMAIN IN COMPLEX WITH SMT3, THE YEAST ORTHOLOG OF SUMO. 提交 2000-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：SMT3 RESIDUES 13-98
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；0.1M MES pH6.5, 10% w/v polyethylene glycol 20000, 3% w/v 1,6-hexandiol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
1L2N Smt3 Solution Structure 提交 2002-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–101（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；293 K；压力 1
NMR样品组成 1 mM C13 and 15N Labelled | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 13–98（86 aa）
突变：thrombin site, Ubiquitin-like 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2EKE Structure of a SUMO-binding-motif mimic bound to Smt3p-Ubc9p: conservation of a noncovalent Ubiquitin-like protein-E2 complex as a platform for selective interactions within a SUMO pathway 提交 2007-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 13–98（86 aa）
突变：thrombin site, Ubiquitin-like 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；18% PEG 3350, 0.2M magnesium chloride, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3PGE Structure of sumoylated PCNA 提交 2010-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–98（98 aa） 片段：sumo-C fragment of PCNA
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；2.0M Ammonium Sulfate, 0.1M sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
3QHT Crystal Structure of the Monobody ySMB-1 bound to yeast SUMO 提交 2011-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；292 K；14% PEG8000, 16% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3QHT Crystal Structure of the Monobody ySMB-1 bound to yeast SUMO 提交 2011-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；292 K；14% PEG8000, 16% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.272
3TIX Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core 提交 2011-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–98（96 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN,N-TERMINAL DOMAIN
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；290 K；microseeding in 0.95 M potassium sodium tartrate, 100 mM MES, 180 mM sodium thiocyanate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.90 Å R-free 0.243
3TIX Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core 提交 2011-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 3–98（96 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN,N-TERMINAL DOMAIN
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；290 K；microseeding in 0.95 M potassium sodium tartrate, 100 mM MES, 180 mM sodium thiocyanate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
分辨率 2.90 Å R-free 0.243
3UF8 Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with a G95A surface mutation from Burkholderia pseudomallei complexed with FK506 提交 2011-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：G95A FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；Internal tracking number 226425. JCSG well A8. 0.2M Ammonium Formate, 20.0% w/v PEG3500, PEG400 Cryo. BupsA.00130.a.D242 PD00198 21.4mg/ml, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 1.50 Å R-free 0.183
3UQA Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation A54E from Burkholderia pseudomallei complexed with FK506 提交 2011-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：A54E FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；290 K；Internal tracking number 226422. JCSG well A9. 0.2M Ammonium Chloride, 20.0% w/v PEG3500, 30% PEG400 Cryo. BupsA.00130.a.D220 PD00197 19.3mg/ml., pH 7.00, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K
分辨率 1.55 Å R-free 0.193
3UQB Crystal structure of a SMT Fusion PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with FK506 提交 2011-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；290 K；Internal tracking number 226421. PACT well B6. 0.1M MIB Buffer pH 9.0, 25.0% w/v PEG1500, 30% PEG400 Cryo. BUPSA.00130.A.D214 PD00190/6 23.7mg/ml, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.90 Å R-free 0.228
3V60 Structure of S. cerevisiae PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 20–98（79 aa） 片段：unp resicues 20-98
未记录 SO4 SULFATE ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；4% PEG 8000, 500 mM LiSO4, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
3V61 Structure of S. cerevisiae PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–98（79 aa） 片段：unp residues 20-98
未记录 BA BARIUM ION × 13 NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；21% MPD, 100 mM BaCl2, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
3V62 Structure of the S. cerevisiae Srs2 C-terminal domain in complex with PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–98（79 aa） 片段：unp residues 20-98
突变：GSH from N-tag after thrombin cleavage, K19R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1.9 M AMMONIUM SULFATE 4% PEG 400 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.237
3V62 Structure of the S. cerevisiae Srs2 C-terminal domain in complex with PCNA conjugated to SUMO on lysine 164 提交 2011-12-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 20–98（79 aa） 片段：unp residues 20-98
突变：GSH from N-tag after thrombin cleavage, K19R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NEQ N-ETHYLMALEIMIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；1.9 M AMMONIUM SULFATE 4% PEG 400 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.90 Å R-free 0.237
3VAW Crystal structure of a smt fusion peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation v3i from burkholderia pseudomallei complexed with fk506 提交 2011-12-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–99（87 aa） 片段：Q12306 RESIDUES 13-99, Q3JK38 RESIDUES 2-113
突变：V3I,V3I FK5 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；Internal tracking number 226593. PACT well H3. 0.2M Sodium Iodide, 0.1M Bis-Tris Propane, pH 8.5, 20.0% w/v PEG3350, 30% PEG400 Cryo. BupsA.00130.a.D24 PD00194 19.6mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K
分辨率 1.55 Å R-free 0.194
4FN2 Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ37 提交 2012-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 854 ethyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 233926b1. Puck VKT6-6, Morpheus well B1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Halides (NaF, NaBr, NaI), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ37 (EBSI2854), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.224
4FN2 Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ37 提交 2012-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 854 ethyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 233926b1. Puck VKT6-6, Morpheus well B1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Halides (NaF, NaBr, NaI), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ37 (EBSI2854), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.224
4G50 Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ168 提交 2012-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Internal tracking number 233897a9. Puck VKT6-9, JCSG_A8 optimization. 50mM Ammonium formate, 24.55% PEG 3,350, 10% ethylene glycol. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ168 (EBSI2861), pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.219
4G50 Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ168 提交 2012-07-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 FMT FORMIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Internal tracking number 233897a9. Puck VKT6-9, JCSG_A8 optimization. 50mM Ammonium formate, 24.55% PEG 3,350, 10% ethylene glycol. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ168 (EBSI2861), pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.75 Å R-free 0.219
4GGQ Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ40 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
未记录 CA CALCIUM ION × 1 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D21, 20.00 mg/ml, CJ40 (EBSI2855), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4GGQ Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ40 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
未记录 CA CALCIUM ION × 1 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D21, 20.00 mg/ml, CJ40 (EBSI2855), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4GGQ Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ40 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
未记录 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D21, 20.00 mg/ml, CJ40 (EBSI2855), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4GGQ Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ40 提交 2012-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
未记录 861 3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)propyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；Internal tracking number 235051a1. Puck IBH5-4, Morpheus well A1. 10% PEG 20,000, 20% PEG MME550, 0.03M Divalent Catios (MgCl2, CaCl2), 0.1M MES/Imidazole pH 6.5, Direct Cryo. BupsA.00130.a.D21, 20.00 mg/ml, CJ40 (EBSI2855), vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 1.95 Å R-free 0.220
4GIV Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ183 提交 2012-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 4GI 3-(pyridin-3-yl)propyl (2S)-1-[(3-nitrophenyl)sulfonyl]piperidine-2-carboxylate × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Internal tracking number 232625a12. Puck IBH5-9, JCSG_A8 optimization screen. 50mM Ammonium Formate, 30% PEG3,350, 25% ethylene glycol cryo-protected. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ183 (EBSI2864), pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.262
4GIV Crystal structure of a SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase with surface mutation D44G from Burkholderia pseudomallei complexed with CJ183 提交 2012-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：Q12306 residues 13-98, Q3JK38 residues 2-113
突变：D44G 4GI 3-(pyridin-3-yl)propyl (2S)-1-[(3-nitrophenyl)sulfonyl]piperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；Internal tracking number 232625a12. Puck IBH5-9, JCSG_A8 optimization screen. 50mM Ammonium Formate, 30% PEG3,350, 25% ethylene glycol cryo-protected. BupsA.00130.a.D214, 20.00 mg/ml, CJ183 (EBSI2864), pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K
分辨率 2.45 Å R-free 0.262
5D6J Crystal structure of a mycobacterial protein 提交 2015-08-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 21–94（74 aa） 片段：UNP RESIDUES 21-94
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；281 K；0.2 M sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.25 Å R-free 0.206
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–98（79 aa） 片段：unp residues 167-445
链 C 19–98（80 aa）
突变：Siz1 C361D, Smt3 Delta N-terminus 1-18 突变：N-terminal 1-18 delete, K19R ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
5JNE E2-SUMO-Siz1 E3-SUMO-PCNA complex 提交 2016-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 20–98（79 aa） 片段：unp residues 167-445
链 G 19–98（80 aa）
突变：Siz1 C361D, Smt3 Delta N-terminus 1-18 突变：N-terminal 1-18 delete, K19R ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 6LN ethane-1,2-dithiol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 5% PEG 10,000, 0.2 M NaCl, 10% glycerol, 3% dioxane
分辨率 2.85 Å R-free 0.250
5KLX Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110 提交 2016-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：UNP Q12306 residues 13-98,UNP Q3JK38 residues 2-113
未记录 6UO 2-[(2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidin-2-yl]carbonyloxyethyl pyridine-3-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR IFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND COMPLEX AND A SOLUTION CONTAINING 10% W/V PEG20,000, 20% V/V PEG MME 550, 0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M MES/IMIDAZOLE, PH6.5 (MORPHEUS A1). CRYSTAL TRACKING ID 273103A1, RVA0-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
5KLX Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110 提交 2016-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa） 片段：UNP Q12306 residues 13-98,UNP Q3JK38 residues 2-113
未记录 6UO 2-[(2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidin-2-yl]carbonyloxyethyl pyridine-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR IFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND COMPLEX AND A SOLUTION CONTAINING 10% W/V PEG20,000, 20% V/V PEG MME 550, 0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M MES/IMIDAZOLE, PH6.5 (MORPHEUS A1). CRYSTAL TRACKING ID 273103A1, RVA0-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
5KLX Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110 提交 2016-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 13–98（86 aa） 片段：UNP Q12306 residues 13-98,UNP Q3JK38 residues 2-113
未记录 6UO 2-[(2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidin-2-yl]carbonyloxyethyl pyridine-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR IFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND COMPLEX AND A SOLUTION CONTAINING 10% W/V PEG20,000, 20% V/V PEG MME 550, 0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M MES/IMIDAZOLE, PH6.5 (MORPHEUS A1). CRYSTAL TRACKING ID 273103A1, RVA0-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
5KLX Crystal Structure of SMT Fusion Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase from Burkholderia Pseudomallei Complexed with SF110 提交 2016-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 13–98（86 aa） 片段：UNP Q12306 residues 13-98,UNP Q3JK38 residues 2-113
未记录 6UO 2-[(2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidin-2-yl]carbonyloxyethyl pyridine-3-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BUPSA.00130.A.D21 (CID4597, SMT TAG ON, BATCH 1264062) AT 10.37MG/ML (IN 25MM TRIS, PH8.0, 200MM NACL, 1% GLYCEROL, 1MM TCEP BUFFER) WAS INCUBATED WITH 2MM SF110_S (BSI5665). CRYSTALS WERE PRODUCED BY SITTING DROP VAPOR IFFUSION WITH AN EQUAL VOLUME COMBINATION OF THE PROTEIN/LIGAND COMPLEX AND A SOLUTION CONTAINING 10% W/V PEG20,000, 20% V/V PEG MME 550, 0.03M MGCL2, 0.03M CACL2, 0.1M MES/IMIDAZOLE, PH6.5 (MORPHEUS A1). CRYSTAL TRACKING ID 273103A1, RVA0-10, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
5V8T Crystal structure of SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with SF354 提交 2017-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–97（85 aa） 片段：unp residues 13-97; unp residues 2-113
未记录 8ZV 2-{[3,5-bis(2-methoxyethoxy)benzene-1-carbonyl]amino}ethyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 776103) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF354 (BSI5672). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing 24.55% (w/v) PEG-3350, 50 mM ammonium formate (JCSG_A8 opt screen d7) and cryoprotected with 15% ethylene glycol. Crystal Tracking ID 274545d7, uxe3-7
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
5V8T Crystal structure of SMT fusion Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Burkholderia pseudomallei complexed with SF354 提交 2017-03-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–97（85 aa） 片段：unp residues 13-97; unp residues 2-113
未记录 8ZV 2-{[3,5-bis(2-methoxyethoxy)benzene-1-carbonyl]amino}ethyl (2S)-1-(benzylsulfonyl)piperidine-2-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 776103) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF354 (BSI5672). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing 24.55% (w/v) PEG-3350, 50 mM ammonium formate (JCSG_A8 opt screen d7) and cryoprotected with 15% ethylene glycol. Crystal Tracking ID 274545d7, uxe3-7
分辨率 2.10 Å R-free 0.221
5YC2 Crystal structure of inner membrane protein Bqt4 in complex with telomeric protein Rap1 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–92（73 aa）
突变：Q61E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethyleneglycol 4000.
分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5YC2 Crystal structure of inner membrane protein Bqt4 in complex with telomeric protein Rap1 提交 2017-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 20–92（73 aa）
突变：Q61E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10% v/v 2-Propanol, 20% w/v Polyethyleneglycol 4000.
分辨率 2.70 Å R-free 0.249
5YCA Crystal structure of inner membrane protein Bqt4 in complex with LEM2 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–92（73 aa）
突变：Q61E 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；289 K；1600 mM Sodium citrate tribasic
分辨率 1.57 Å R-free 0.214
6CFP CRYSTAL STRUCTURE OF POLYMERASE ACID PROTEIN (PA) FROM INFLUENZA A VIRUS, WILSON-SMITH/1933 (H1N1) BOUND TO FRAGMENT HIT BSI-70565 1-{1-[4-FLUOROPHENYL)METHYL]-2-METHYL-1H-IMIDAZOL-4-YL}ETHAN-1-ONE 提交 2018-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa）
未记录 EZS 1-{1-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-methyl-1H-imidazol-4-yl}ethan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；MOLECULAR DIMENSIONS MORPHEUS SCREEN D10: 10% PEG 8000, 20% ETHYLENE GLYCOL; 20MM OF EACH 1, 6-HEXANEDIOL, 1-BUTANOL, 1,2-PROPANEDIOL, 2-PROPANOL, 1,4- BUTANEDIOL, 1,3-PROPANEDIOL; 100MM TRIS/BICINE PH 8.5; INVAA.07057.A.D15. AT 20.0 MG/ML, OVERNIGHT SOAK WITH 7 MM BSI70565, DIRECT CRYO; tray 297881d10, puck WXU6-7
分辨率 2.45 Å R-free 0.231
6O49 CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF339 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa）
未记录 LL7 (2~{S})-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]propyl]-1-(phenylmethyl)sulfonyl-piperidine-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF339_S (BSI5671). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Calcium chloride dehydrate, 20% PEG6000 (PACT B11). Crystal Tracking ID 297348b11, izs6-2
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
6O49 CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF339 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa）
未记录 LL7 (2~{S})-~{N}-[3-oxidanylidene-3-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)amino]propyl]-1-(phenylmethyl)sulfonyl-piperidine-2-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF339_S (BSI5671). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Calcium chloride dehydrate, 20% PEG6000 (PACT B11). Crystal Tracking ID 297348b11, izs6-2
分辨率 1.85 Å R-free 0.211
6O4A CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF355 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 LLD 2-(pyridin-3-ylcarbonylamino)ethyl (2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF355 (BSI5667). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing HamptonResearch PACT screen (B4): 25% PEG 1500, 100m MIB pH 7.0. The sample was cryoprotected with 15% ethylene glycol: Crystal tray ID 290655b4, puck ID PWP0-3
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
6O4A CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF355 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 13–98（86 aa）
未记录 LLD 2-(pyridin-3-ylcarbonylamino)ethyl (2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF355 (BSI5667). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing HamptonResearch PACT screen (B4): 25% PEG 1500, 100m MIB pH 7.0. The sample was cryoprotected with 15% ethylene glycol: Crystal tray ID 290655b4, puck ID PWP0-3
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
6O4A CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF355 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 13–98（86 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 LLD 2-(pyridin-3-ylcarbonylamino)ethyl (2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF355 (BSI5667). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing HamptonResearch PACT screen (B4): 25% PEG 1500, 100m MIB pH 7.0. The sample was cryoprotected with 15% ethylene glycol: Crystal tray ID 290655b4, puck ID PWP0-3
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
6O4A CRYSTAL STRUCTURE OF SMT FUSION PEPTIDYL-PROLYL CIS-TRANS ISOMERASE FROM BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI COMPLEXED WITH SF355 提交 2019-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 13–98（86 aa）
未记录 LLD 2-(pyridin-3-ylcarbonylamino)ethyl (2~{S})-1-(phenylmethyl)sulfonylpiperidine-2-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；BupsA.00130.a.D21 (CID4597, SMT tag on, Batch 1264062) at 10.37mg/ml (in 25mM Tris, pH8.0, 200mM NaCl, 1% glycerol, 1mM TCEP buffer) was incubated with 2mM SF355 (BSI5667). Crystals were produced by sitting drop vapor diffusion with an equal volume combination of the protein/ligand complex and a solution containing HamptonResearch PACT screen (B4): 25% PEG 1500, 100m MIB pH 7.0. The sample was cryoprotected with 15% ethylene glycol: Crystal tray ID 290655b4, puck ID PWP0-3
分辨率 2.10 Å R-free 0.208
6P81 Structure of DNA polymerase III, beta subunit/ beta sliding clamp from Klebsiella pneumoniae, expressed with an N-terminal His-Smt3 fusion tag, in complex with Griselimycin 提交 2019-06-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 13–98（86 aa） 片段：KlpnA.17987.a.EN11
未记录 CA CALCIUM ION × 1 PG5 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；290 K；Microlytic MCSG-2, condition D4: 30% (V/V) PEG 300, 200mM Calcium acetate, 100mM sodium acetate / acetic acid pH 4.5: KlpnA.17987.a.EN11.PD383542 at 20.95mg/ml + 2mM griselimycin: tray 309729 D4: cryo: direct: puck ECJ6-1.
分辨率 1.75 Å R-free 0.213
6Q2S Cryo-EM structure of RET/GFRa3/ARTN extracellular complex. The 3D refinement was applied with C2 symmetry. 提交 2019-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–98（98 aa）
链 B 1–98（98 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 CA CALCIUM ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6RPQ Crystal structure of PhoCDC21-1 intein 提交 2019-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–98（97 aa）
突变：A101T, C112A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；tri-ammonium citrate
分辨率 2.65 Å R-free 0.235
6UKM STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound MSA-2 提交 2019-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q QAD 4-(5,6-dimethoxy-1-benzothiophen-2-yl)-4-oxobutanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.74 Å R-free 0.192
6UKU STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 3 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q QAV 4,4'-[propane-1,3-diylbis(6-methoxy-1-benzothiene-5,2-diyl)]bis(4-oxobutanoic acid) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.68 Å R-free 0.221
6UKV STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 9 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q 突变：G230A,R293Q QB1 4-[6-(3-{[2-(3-carboxypropanoyl)-6-methoxy-1-benzothiophen-5-yl]oxy}propoxy)-5-methoxy-1-benzothiophen-2-yl]-4-oxobutanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.83 Å R-free 0.208
6UKW STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 10 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q 突变：G230A,R293Q QB7 4-[6-(3-{[2-(3-carboxypropanoyl)-4-fluoro-6-methoxy-1-benzothiophen-5-yl]oxy}propoxy)-5-methoxy-1-benzothiophen-2-yl]-4-oxobutanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.97 Å R-free 0.241
6UKX STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 11 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q 突变：G230A,R293Q QBA 4,4'-{propane-1,3-diylbis[oxy(5-methoxy-1-benzothiene-6,2-diyl)]}bis(4-oxobutanoic acid) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.93 Å R-free 0.217
6UKY STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 12 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q QBD 4-(6-{3-[2-(3-carboxypropanoyl)-6-methoxy-1-benzothiophen-4-yl]propyl}-5-methoxy-1-benzothiophen-2-yl)-4-oxobutanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
6UKZ STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 6 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q 突变：G230A,R293Q QBG 4-[5-(2-{[2-(3-carboxypropanoyl)-4-fluoro-6-methoxy-1-benzothiophen-5-yl]oxy}ethoxy)-6-methoxy-1-benzothiophen-2-yl]-4-oxobutanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.52 Å R-free 0.213
6UL0 STING C-terminal Domain Complexed with Non-cyclic Dinucleotide Compound 4 提交 2019-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
突变：G230A,R293Q QBJ 4-{5-[(1Z)-3-{[2-(3-carboxypropanoyl)-6-methoxy-1-benzothiophen-5-yl]oxy}prop-1-en-1-yl]-6-methoxy-1-benzothiophen-2-yl}-4-oxobutanoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；25% PEG 6000, 100 mM Tris, 200 mM NaCl, 2 mM DTT
分辨率 1.76 Å R-free 0.242
6VEL Crystal Structure of Human E-cadherin bound by mouse monoclonal antibody 66E8Fab 提交 2020-01-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 CA CALCIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；A complex of HosaA.19747.a.KW2, MumuA.20194.a.LG23, and MumuA.20195.a.LH23 was crystallized at 10.4 mg/ml at 14C and mixed 1:1 with 12.5% (w/v) PEG 4000, 20% (v/v) 1,2,6-hexanetriol, 0.1M GlyGly/AMPD pH 8.5, 0.03M of each Lithium sulfate, Sodium sulfate, and Potassium sulfate. Tray 307437a10: puck ckt8-9.
分辨率 2.65 Å R-free 0.236
6VW2 Cryo-EM structure of human islet amyloid polypeptide (hIAPP, or amylin) fibrils 提交 2020-02-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–97（97 aa）
链 B 1–97（97 aa）
链 C 1–97（97 aa）
链 D 1–97（97 aa）
链 E 1–97（97 aa）
链 F 1–97（97 aa）
链 G 1–97（97 aa）
链 H 1–97（97 aa）
链 I 1–97（97 aa）
链 J 1–97（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7LTO Nse5-6 complex 提交 2021-02-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7O2W Structure of the C9orf72-SMCR8 complex 提交 2021-03-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–96（95 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7P47 Structure of the E3 ligase Smc5/Nse2 in complex with Ubc9-SUMO thioester mimetic 提交 2021-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–98（98 aa）
链 E 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；311 K；12% PEG8000, 0.2M dimethyl-2-hydroxyethylammoniumpropane sulfonate (NDSB 211), 8% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.5
分辨率 3.31 Å R-free 0.293
7P7I Native structure of N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides 提交 2021-07-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；60 mM divalent cations; 0.1 M Tris/bicine pH 8.5; 12.5% each MPD, PEG 1K, PEG 3350. condition A12 from Morpheus screen (Molecular Dimensions)
分辨率 1.70 Å R-free 0.210
7P7W N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides compexed with alpha-N-acetylglucosamine and ADP 提交 2021-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GOL GLYCEROL × 3 IMD IMIDAZOLE × 4 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 K POTASSIUM ION × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；120 mM alcohols; ; 0.1 M imidazole/MES pH 6.5; 30% each glycerol and PEG 4K Condition A3 of Morpheus screen (Molecular dimensions). Crystal was soaked for 60 seconds in cryoprotectant containing 10 mM ADP
分辨率 1.57 Å R-free 0.211
7P9L N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides compexed with alpha-N-acetylglucosamine-6-phosphate 提交 2021-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 22 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 4QY 2-acetamido-2-deoxy-6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；90 mM halogens; 0.1 M Tris/bicine pH 8.5; 30% each PEG 550 MME and PEG 20K, condition B9 from Morpheus screen (Molecular Dimensions)
分辨率 1.75 Å R-free 0.223
7P9P N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides compexed with alpha-N-acetylglucosamine and AMP-PNP inhibitor 提交 2021-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；60 mM divalent cations; 0.1 M imidazole/MES pH 6.5; 30% each glycerol and PEG 4K. Condition A3 from Morpheus screen (Molecular Dimensions)
分辨率 2.11 Å R-free 0.233
7P9Y N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides compexed with alpha-N-acetylglucosamine 提交 2021-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NDG 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 ZN ZINC ION × 4 K POTASSIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；90 mM halogens; 0.1 M Na-HEPES/MOPS pH 7.5; 12.5% each MPD, PEG 1K, PEG 3350 Condition B8 of Morpheus screen (Molecular Dimensions)
分辨率 1.94 Å R-free 0.250
7PA1 Structure of N-acetylglucosamine kinase from Plesiomonas shigelloides in complex with AMP-PNP in the absence of N-acetylglucoseamine substrate 提交 2021-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 2–96（95 aa）
链 BBB 2–96（95 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ZN ZINC ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.09M NPS; 0.1 M Tris/bicine pH 8.5; 30% each PEG 550 MME and PEG 20K, condition C9 from Morpheus crystallisation screen (Molecular Dimensions).
分辨率 2.20 Å R-free 0.252
7SDE Cryo-EM structure of Nse5/6 heterodimer 提交 2021-09-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7ZHS 3D reconstruction of the cylindrical assembly of DnaJA2 delta G/F by imposing D5 symmetry 提交 2022-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 40 PDB 声明：40-meric
链 A 3–98（96 aa）
链 B 3–98（96 aa）
链 C 3–98（96 aa）
链 D 3–98（96 aa）
链 E 3–98（96 aa）
链 F 3–98（96 aa）
链 G 3–98（96 aa）
链 H 3–98（96 aa）
链 I 3–98（96 aa）
链 J 3–98（96 aa）
链 K 3–98（96 aa）
链 L 3–98（96 aa）
链 M 3–98（96 aa）
链 N 3–98（96 aa）
链 O 3–98（96 aa）
链 P 3–98（96 aa）
链 Q 3–98（96 aa）
链 R 3–98（96 aa）
链 S 3–98（96 aa）
链 T 3–98（96 aa）
链 U 3–98（96 aa）
链 V 3–98（96 aa）
链 W 3–98（96 aa）
链 X 3–98（96 aa）
链 Y 3–98（96 aa）
链 Z 3–98（96 aa）
链 a 3–98（96 aa）
链 b 3–98（96 aa）
链 c 3–98（96 aa）
链 d 3–98（96 aa）
链 e 3–98（96 aa）
链 f 3–98（96 aa）
链 g 3–98（96 aa）
链 h 3–98（96 aa）
链 i 3–98（96 aa）
链 j 3–98（96 aa）
链 k 3–98（96 aa）
链 l 3–98（96 aa）
链 m 3–98（96 aa）
链 n 3–98（96 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 80 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
7ZWL Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-di-(2'F,2'd<carba>AMP) 提交 2022-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–98（97 aa）
未记录 K43 9-[(1~{R},6~{R},8~{R},9~{S},10~{R},15~{R},17~{R},18~{S})-17-(6-aminopurin-9-yl)-9,18-bis(fluoranyl)-3,12-bis(oxidanyl)-3,12-bis(oxidanylidene)-2,4,11,13-tetraoxa-3$l^{5},12$l^{5}-diphosphatricyclo[13.3.0.0^{6,10}]octadecan-8-yl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.249
8B7F Nuclease from C. glutamicum 提交 2022-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；10% (w/v) PEG 6K, 30% (v/v) ethanol and 10 mM sodium acetate
分辨率 4.60 Å R-free 0.311
8DMB Structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with omega RNA and target DNA 提交 2022-07-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 P 1–98（98 aa）
突变：H584L MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8R1F Monomeric E6AP-E6-p53 ternary complex 提交 2023-11-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–98（98 aa）
突变：C80S,C97S,C111S,C140S ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
8R1G Dimeric ternary structure of E6AP-E6-p53 提交 2023-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–98（98 aa）
链 E 1–98（98 aa）
突变：C80S,C97S,C111S,C140S 突变：C80S,C97S,C111S,C140S ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.99 Å
8UZH SUMO fused Trehalose Synthase (TreS) of Mycobacterium tuberculosis 提交 2023-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–98（97 aa）
链 B 2–98（97 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium Citrate pH 5.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
8VQH CryoEM structure of BchN-BchB electron acceptor component protein of DPOR 提交 2024-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–96（96 aa）
链 D 1–96（96 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 CU COPPER (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8X7V Structure of human SCMC ternary complex 提交 2023-11-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
8X7W Structure of dimeric human SCMC complex 提交 2023-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–98（98 aa）
链 F 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9E7U Cryo-EM structure of NOT1:NOT8:PieF 提交 2024-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–95（95 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9E7V Off-pathway Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-04 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E84 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and disordered Sigma-A region 4 domain (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E85 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 6-mer RNA and closed Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E86 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 5-mer RNA and open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：11-meric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9E87 De Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation pre-RPO promoter complex with open Beta' clamp (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9E88 De novo backtracked transcription elongation complex of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase on a linear DNA fragment (TEC-Backtracked) 提交 2024-11-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric
链 M 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9G8I Sumo-Darpin-A10-complex 提交 2024-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 21–95（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Bis-Tris pH 6.5, 23% (v/v) PEG 3350
分辨率 2.51 Å R-free 0.301
9G8I Sumo-Darpin-A10-complex 提交 2024-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 21–95（75 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Bis-Tris pH 6.5, 23% (v/v) PEG 3350
分辨率 2.51 Å R-free 0.301
9GAU Sumo-Darpin-C10-complex 提交 2024-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 21–96（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M Bis-Tris. 16% (v/v)PEG 3350
分辨率 2.64 Å R-free 0.288
9HDO The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex 提交 2024-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9HDP The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with the fingers domain in a closed conformation 提交 2024-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9HDQ The Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with the fingers domain in an open conformation 提交 2024-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.45 Å
9HDR Human LINE-1 ORF2p target-primed reverse transcription complex with EN domain resolved 提交 2024-11-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：heptameric
链 A 2–98（97 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9HX5 Apo structure of SRSF6 RRM2 WT 提交 2025-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Bis-Tris propane pH 8.5, 0.2 M Sodium sulfate, 20 % PEG 3350, 10 % Ethylene glycol
分辨率 2.10 Å R-free 0.258
9HX7 Structure of SRSF6 RRM2 WT with "GGA"-RNA 提交 2025-01-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 13–98（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 0.1 M NH4SO4, 0.1 M Na-Form, 25 % Smear Broad
分辨率 2.30 Å R-free 0.250
9HX8 Apo structure of SRSF6 RRM2 W123A 提交 2025-01-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 13–98（86 aa）
突变：W123A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1 M Na-Citrate, 20 % PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.259
9IIS GDP-fucose pyrophosphorylase part of FKP with a SUMO tag 提交 2024-06-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–98（98 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 3350, ammonium acetate, HEPES
分辨率 2.36 Å R-free 0.254
9KPZ Structure of TolQRA complex at pH 5.4 from E.coli 提交 2024-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 3–99（97 aa）
链 I 3–99（97 aa）
链 J 3–99（97 aa）
链 K 3–99（97 aa）
链 L 3–99（97 aa）
未记录 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 5.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
9KQ0 Structure of TolQRA complex at pH 8.0 from E.coli 提交 2024-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 H 3–99（97 aa）
链 I 3–99（97 aa）
链 J 3–99（97 aa）
链 K 3–99（97 aa）
链 L 3–99（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9MB6 Cryo-EM structure of wild-type SaCas9-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–98（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9MB7 Cryo-EM structure of eSaCas9-NNG-guide RNA-mismatched target DNA complex 提交 2025-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric
链 A 3–98（96 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9OIK Structure of S. Typhimurium 14028 Gifsy-1 prophage HepS bound to bacteriophage lambda J Tail Tip 提交 2025-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 1–98（98 aa）
链 D 1–98（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M Sodium Acetate, 16% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5
分辨率 1.86 Å R-free 0.209
9OPR TMPRSS2 S441A in complex with the H1H7 Fab and anti-kappa light chain nanobody 提交 2025-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–94（94 aa）
突变：S441A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9SMX CM1-activated gTuRC in complex with nascent alpha-E254D mutant microtubules 提交 2025-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 73 PDB 声明：73-meric
链 AC 2–99（98 aa）
链 CC 2–99（98 aa）
链 Cc 2–99（98 aa）
链 EC 2–99（98 aa）
链 Ec 2–99（98 aa）
链 GC 2–99（98 aa）
链 Gc 2–99（98 aa）
链 MC 2–99（98 aa）
链 Mc 2–99（98 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 11 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
9SYR Human quaternary complex of a translating 80S ribosome, NAC, MetAP1 and NatD 提交 2025-10-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：86-meric
链 Nd 4–98（95 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 COA COENZYME A × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.55 Å
9UT1 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 3–98（96 aa）
链 C 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E 突变：R64T/R71E A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9UT3 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E A1BXD Amenamevir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9UT4 The primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and amenamevir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3–98（96 aa）
链 C 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E 突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9UT5 The helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric
链 B 3–98（96 aa）
链 C 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E 突变：R64T/R71E A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
9UT6 The helicase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E A1BXB Pritelivir × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9UT7 The Primase module of the helicase-primase complex from HHV1 bound with ssDNA and pritelivir 提交 2025-05-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3–98（96 aa）
链 C 3–98（96 aa）
突变：R64T/R71E 突变：R64T/R71E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
9Z3K SARS-CoV-2 S2 trimer stabilized in the early fusion intermediate conformation by circular permutation and clamping by gp41 (E-FICs-v1) 提交 2025-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–94（94 aa）
链 B 1–94（94 aa）
链 C 1–94（94 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 95 个其他 PDB 条目、116 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SMT3_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 25–122； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9e7y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9e7y
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9e7y
沉积日期 deposition_date2024-11-04
结构标题 titleDe Novo Mycobacterium tuberculosis transcription initiation promoter complex with 7-mer RNA and disordered Beta' Lid element (RNA Polymerase with Sigma-A, CarD, and RbpA)
关键词 keywordsPromoter escape, transcription, De novo, RNA polymerase, TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex; TRANSCRIPTION/DNA/RNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.56 Å
零角强度 I(0) i02902550000.00
分子量 molecular_weight420480.0 kDa
排除体积 excluded_volume514380 ų
包络体积 envelope_volume748800 ų
水化壳体积 shell_volume118740 ų
包络直径 envelope_diameter184.8 Å
壳层 Rg shell_rg57.43 Å
包络 Rg envelope_rg50.27 Å
形状 Rg shape_rg50.56 Å
总 Rg total_rg50.76 Å
总原子数 total_atoms29409
残基数 n_residues3587
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax170.3 Å
Rg (实空间) rg_real51.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1860e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2903000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8674
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.9 Å
偏度 Skewness skewness0.312
峰度 Kurtosis kurtosis-0.187
角度范围 angular_range— – 0.1550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha549600000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.843
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)