DNA-directed RNA polymerase subunit
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 其他组合 异源复合物 蛋白 × 21 DNA 2 RNA 1 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物数一致 | 链 A； UniProt 1–1970 | 未记录 | DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （A0A0B8RVL1） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 （I3LCH3） RNA polymerase II subunit D × 1 （A0A4X1VM56） DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 （I3LSI7） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 × 1 （A0A4X1VEK9） DNA-directed RNA polymerase subunit × 1 （A0A4X1VKG7） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 （I3LCB2） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 （P60899） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 （A0A4X1VYD0） DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a × 1 （F1RKE4） RNA polymerase II, I and III subunit K × 1 （A0A4X1TRS6） Transcription elongation factor SPT6 × 1 （Q7KZ85） Non-template DNA × 1 ATP-dependent DNA helicase Q5 × 1 （O94762） RNA × 1 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog × 1 （Q6PD62） Template DNA × 1 RNA polymerase-associated protein LEO1 × 1 （Q8WVC0） RNA polymerase II-associated factor 1 homolog × 1 （Q8N7H5） WD repeat-containing protein 61 × 1 （Q9GZS3） Parafibromin × 1 （Q6P1J9） Transcription elongation factor SPT4 × 1 （P63272） Transcription elongation factor SPT5 × 1 （O00267） ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 2.00 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9HVQ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7ZWD Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U5 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-19 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ZX7 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (CC) 提交 2022-05-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ZX8 Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) 提交 2022-05-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 PA
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.04 Å |
| 8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric |
链 PA
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å |
| 8QEP RNA polymerase II bound to Alu RNA right arm 提交 2023-09-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.25
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8QEQ RNA polymerase II bound to minimal Alu RNA right arm in the alternative conformation 提交 2023-09-01 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：11-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.25
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8UHA Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - tilted 提交 2023-10-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8UHD Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - post-translocated 提交 2023-10-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8UHG Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF - poised post-translocated 提交 2023-10-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8UI0 Structure of poised transcription complex Pol II-DSIF-NELF - pre-translocated 提交 2023-10-09 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8UIS Structure of transcription complex Pol II-DSIF-NELF-TFIIS 提交 2023-10-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 8W8E human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT 提交 2023-09-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8W8F human co-transcriptional RNA capping enzyme RNGTT-CMTR1 提交 2023-09-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 8 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8WAK Structure of transcribing complex 2 (TC2), the initially transcribing complex with Pol II positioned 2nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.47 Å |
| 8WAL Structure of transcribing complex 3 (TC3), the initially transcribing complex with Pol II positioned 3nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.52 Å |
| 8WAN Structure of transcribing complex 4 (TC4), the initially transcribing complex with Pol II positioned 4nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.07 Å |
| 8WAO Structure of transcribing complex 5 (TC5), the initially transcribing complex with Pol II positioned 5nt downstream of TSS. 提交 2023-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
| 8WAP Structure of transcribing complex 6 (TC6), the initially transcribing complex with Pol II positioned 6nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.85 Å |
| 8WAQ Structure of transcribing complex 7 (TC7), the initially transcribing complex with Pol II positioned 7nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.29 Å |
| 8WAR Structure of transcribing complex 8 (TC8), the initially transcribing complex with Pol II positioned 8nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.20 Å |
| 8WAS Structure of transcribing complex 9 (TC9), the initially transcribing complex with Pol II positioned 9nt downstream of TSS. 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：51-meric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.13 Å |
| 8WAT De novo transcribing complex 10 (TC10), the early elongation complex with Pol II positioned 10nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 8WAU De novo transcribing complex 11 (TC11), the early elongation complex with Pol II positioned 11nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8WAV De novo transcribing complex 12 (TC12), the early elongation complex with Pol II positioned 12nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å |
| 8WAW De novo transcribing complex 13 (TC13), the early elongation complex with Pol II positioned 13nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8WAX De novo transcribing complex 14 (TC14), the early elongation complex with Pol II positioned 14nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 8WAY De novo transcribing complex 15 (TC15), the early elongation complex with Pol II positioned 15nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8WAZ De novo transcribing complex 16 (TC16), the early elongation complex with Pol II positioned 16nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.76 Å |
| 8WB0 De novo transcribing complex 17 (TC17), the early elongation complex with Pol II positioned 17nt downstream of TSS 提交 2023-09-08 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric |
链 o
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 W0F [[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3-methoxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 9FD2 Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex 提交 2024-05-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9HVO Structure of the transcribing Pol II-RECQL5 complex 提交 2024-12-31 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：16-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9HWG Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex 提交 2025-01-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9J0N Paused elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (PEC2-nuc) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9J0O Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC1-nuc) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9J0P Arrested elongation complex of mammalian RNA polymerase II with nucleosome (AEC2-nuc) 提交 2024-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：29-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9QEQ Structure of the transcribing Pol II-DSIF-SPT6-U1 snRNP complex 提交 2025-03-10 | 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM Hepes, 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9RTT Activated Elongation Complex with IWS1 and ELOF1 提交 2025-07-03 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：25-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.01 Å |
| 9RZE State 2 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to proximal upstream H3 提交 2025-07-15 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.53 Å |
| 9S0U State 3 MAP 3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 bound to distal upstream H3 提交 2025-07-17 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.72 Å |
| 9S3G State 1 MAP3 RNA Pol II activated elongation complex with SETD2 and upstream hexasome 提交 2025-07-24 | 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric |
链 A
1–1970（1970 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.40 Å |
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| UniProt名称 | A0A8D1DPV6_PIG |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–1970； UniProt 1–1970 |
