9qt7

Crystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 116.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-binding protein 7d,Talin-1

Mus musculus

UniProt P13123

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–65 链 B; UniProt 2–65 链 C; UniProt 2–65 链 D; UniProt 2–65 未记录 Quinoline oligoamide foldamer × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–65 链 D; UniProt 2–65 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–65 链 C; UniProt 2–65 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DN7D_SULAC
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–66; UniProt 2–65 作者链 B; PDB构建体 3–66; UniProt 2–65 作者链 C; PDB构建体 3–66; UniProt 2–65 作者链 D; PDB构建体 3–66; UniProt 2–65

DNA-binding protein 7d,Talin-1

Mus musculus

UniProt P26039

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2498–2529 链 B; UniProt 2498–2529 链 C; UniProt 2498–2529 链 D; UniProt 2498–2529 未记录 Quinoline oligoamide foldamer × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2498–2529 链 D; UniProt 2498–2529 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2498–2529 链 C; UniProt 2498–2529 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;20% PEG 400 0.1M Sodium cacodylate pH 6.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TLN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 69–100; UniProt 2498–2529 作者链 B; PDB构建体 69–100; UniProt 2498–2529 作者链 C; PDB构建体 69–100; UniProt 2498–2529 作者链 D; PDB构建体 69–100; UniProt 2498–2529

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9qt7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9qt7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9qt7
沉积日期 deposition_date2025-04-08
最后修订 last_revision2026-04-22
结构标题 titleCrystal structure of affitin C10 fused to a coiled-coil domain in complex with a quinoline oligoamide foldamer
关键词 keywordsCoiled coil, foldamer, design, nanofitin, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.57
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.63
零角强度 I(0) i053917700.00
分子量 molecular_weight38766.0 kDa
排除体积 excluded_volume37487 ų
包络体积 envelope_volume87337 ų
水化壳体积 shell_volume22924 ų
包络直径 envelope_diameter122.9
壳层 Rg shell_rg36.20
包络 Rg envelope_rg37.17
形状 Rg shape_rg38.65
总 Rg total_rg38.43
总原子数 total_atoms2943
残基数 n_residues382
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax116.4
Rg (实空间) rg_real38.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23
I(0) (实空间) i0_real5.3920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.7190e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal53900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7273
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary38.8
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.670
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1241000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.651; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.506; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)