3e00

Intact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with GW9662, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor RXR-alpha

Homo sapiens

UniProt P19793

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 11–462 片段:UNP residues 11-462 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 (P37231) ;DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3') ; × 1 NCOA2 Peptide × 2 (Q15596) ZN ZINC ION × 4 9CR (9cis)-retinoic acid × 1 GW9 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;15-18% PEG 3350, 25mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 5mM DTT and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 107 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RXRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–467; UniProt 11–462

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

Homo sapiens

UniProt P37231

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 102–505 片段:UNP residues 102-505 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 (P19793) ;DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3') ; × 1 NCOA2 Peptide × 2 (Q15596) ZN ZINC ION × 4 9CR (9cis)-retinoic acid × 1 GW9 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;15-18% PEG 3350, 25mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 5mM DTT and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、500 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPARG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 16–419; UniProt 102–505

NCOA2 Peptide

物种未注明

UniProt Q15596

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 4 DNA 2 PDB 声明:hexameric(6) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 685–697 链 G; UniProt 685–697 未记录 Retinoic acid receptor RXR-alpha × 1 (P19793) Peroxisome proliferator-activated receptor gamma × 1 (P37231) ;DNA (5'-D(*DCP*DAP*DAP*DAP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DAP*DAP*DGP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DTP*DGP*DAP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DTP*DTP*DTP*DG)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 4 9CR (9cis)-retinoic acid × 1 GW9 2-chloro-5-nitro-N-phenylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;277 K;15-18% PEG 3350, 25mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 5mM DTT and 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 3.10 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 283 个其他 PDB 条目、334 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–13; UniProt 685–697 作者链 G; PDB构建体 1–13; UniProt 685–697

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3e00

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3e00
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3e00
沉积日期 deposition_date2008-07-30
结构标题 titleIntact PPAR gamma - RXR alpha Nuclear Receptor Complex on DNA bound with GW9662, 9-cis Retinoic Acid and NCOA2 Peptide
关键词 keywords;DNA-binding, Host-virus interaction, Metal-binding, Nucleus, Receptor, Transcription, Transcription regulation, Zinc-finger, Activator, Diabetes mellitus, Disease mutation, Obesity, Phosphoprotein, Transcription-DNA COMPLEX ;; Transcription/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.11
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.73
零角强度 I(0) i0150231000.00
分子量 molecular_weight89981.0 kDa
排除体积 excluded_volume109670 ų
包络体积 envelope_volume142190 ų
水化壳体积 shell_volume39731 ų
包络直径 envelope_diameter103.8
壳层 Rg shell_rg37.08
包络 Rg envelope_rg29.30
形状 Rg shape_rg29.69
总 Rg total_rg30.50
总原子数 total_atoms6244
残基数 n_residues711
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.9
Rg (实空间) rg_real31.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53
I(0) (实空间) i0_real1.5020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.05
I(0) (倒空间) i0_reciprocal150200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9037
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.9
偏度 Skewness skewness0.194
峰度 Kurtosis kurtosis-0.458
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15580000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.893

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3e00A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id3e00A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
结构域编号 domain_id3e00D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A
结构域编号 domain_id3e00D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)