3epc

CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 142.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Poliovirus receptor

Homo sapiens

UniProt P15151

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:300-MERIC(300) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–242 片段:Poliovirus receptor CD155 D1D2 突变:N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S Protein VP1 × 60 (P03300) Protein VP2 × 60 (P03300) Protein VP4 × 60 (P03300) Protein VP3 × 60 (P03300) SPH SPHINGOSINE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–242 片段:Poliovirus receptor CD155 D1D2 突变:N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S Protein VP1 × 1 (P03300) Protein VP2 × 1 (P03300) Protein VP4 × 1 (P03300) Protein VP3 × 1 (P03300) SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–242 片段:Poliovirus receptor CD155 D1D2 突变:N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S Protein VP1 × 5 (P03300) Protein VP2 × 5 (P03300) Protein VP4 × 5 (P03300) Protein VP3 × 5 (P03300) SPH SPHINGOSINE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–242 片段:Poliovirus receptor CD155 D1D2 突变:N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S Protein VP1 × 6 (P03300) Protein VP2 × 6 (P03300) Protein VP4 × 6 (P03300) Protein VP3 × 6 (P03300) SPH SPHINGOSINE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 30–242 片段:Poliovirus receptor CD155 D1D2 突变:N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S Protein VP1 × 1 (P03300) Protein VP2 × 1 (P03300) Protein VP4 × 1 (P03300) Protein VP3 × 1 (P03300) SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PVR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–213; UniProt 30–242

Protein VP1

Human poliovirus 1 Mahoney

UniProt P03300

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 300 PDB 声明:300-MERIC(300) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 599–881 链 2; UniProt 74–341 链 3; UniProt 342–576 链 4; UniProt 2–69 未记录 Poliovirus receptor × 60 (P15151) SPH SPHINGOSINE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 599–881 链 2; UniProt 74–341 链 3; UniProt 342–576 链 4; UniProt 2–69 未记录 Poliovirus receptor × 1 (P15151) SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 25 PDB 声明:25-meric(25) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 599–881 链 2; UniProt 74–341 链 3; UniProt 342–576 链 4; UniProt 2–69 未记录 Poliovirus receptor × 5 (P15151) SPH SPHINGOSINE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 599–881 链 2; UniProt 74–341 链 3; UniProt 342–576 链 4; UniProt 2–69 未记录 Poliovirus receptor × 6 (P15151) SPH SPHINGOSINE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 1; UniProt 599–881 链 2; UniProt 74–341 链 3; UniProt 342–576 链 4; UniProt 2–69 未记录 Poliovirus receptor × 1 (P15151) SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 80 个其他 PDB 条目、246 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_POL1M
Isoform
PDB实体 2, 3, 4, 5
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–283; UniProt 599–881 作者链 2; PDB构建体 1–268; UniProt 74–341 作者链 4; PDB构建体 1–68; UniProt 2–69 作者链 3; PDB构建体 1–235; UniProt 342–576

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3epc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3epc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3epc
沉积日期 deposition_date2008-09-29
结构标题 titleCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1
关键词 keywords;CD155 structure Immunoglobulin Superfamily, poliovirus capsid jelly role, Cell adhesion, Cell membrane, Glycoprotein, Host-virus interaction, Immunoglobulin domain, Membrane, Receptor, Secreted, Transmembrane, VIRAL PROTEIN, VIRUS ;; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.27
零角强度 I(0) i0214140000.00
分子量 molecular_weight117830.0 kDa
排除体积 excluded_volume147470 ų
包络体积 envelope_volume202790 ų
水化壳体积 shell_volume48374 ų
包络直径 envelope_diameter149.7
壳层 Rg shell_rg40.44
包络 Rg envelope_rg37.62
形状 Rg shape_rg36.23
总 Rg total_rg36.70
总原子数 total_atoms8292
残基数 n_residues1061
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.2
Rg (实空间) rg_real36.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real2.1410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.42
I(0) (倒空间) i0_reciprocal214100000.0000
解质量估计 total_estimate0.7908
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary38.8
偏度 Skewness skewness0.641
峰度 Kurtosis kurtosis0.412
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha32550000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.514; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.978

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)