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6uml

Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 142.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q16531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1140 未记录 Protein cereblon × 1 （Q96SW2） Sal-like protein 4 × 1 （Q9UJQ4） ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5 分辨率 3.58 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6UML Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10AY Cryo-EM structure of CRBN-DDB1 in complex with HBS1L and TNG961 提交 2026-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
链 F 1–1140（1140 aa）
未记录 A1C4S N-{6-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]naphthalen-1-yl}-N'-{2-[6-(trifluoromethyl)-1-benzothiophen-2-yl]propan-2-yl}urea × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.24 M sodium chloride, 3 mM TCEP, 0.2 % n-octylglucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
2HYE Crystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex 提交 2006-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；100mM NaHEPES, 7-9% PEG4000, 10% iso-propanol, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.316
3E0C Crystal Structure of DNA Damage-Binding protein 1(DDB1) 提交 2008-07-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis tris, pH 6.5,0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG 3350, 1:6000 Protein:Chymotrypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.41 Å R-free 0.283
3EI1 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 14 bp 6-4 photoproduct containing DNA-duplex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3EI2 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
3EI3 Structure of the hsDDB1-drDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3I7H Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of HBX 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3I7K Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WHX 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005 M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3I7L Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of DDB2 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005 M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.289
3I7N Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDTC1 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3I7O Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of IQWD1 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.320
3I7P Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR40A 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.301
3I89 Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR22 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.304
3I8C Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR21A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3I8E Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR42A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.40 Å R-free 0.338
3I8E Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR42A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.40 Å R-free 0.338
4A08 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 13 bp CPD-duplex (purine at D-1 position) at 3.0 A resolution (CPD 1) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；100 MM MES, 25 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.6
分辨率 3.00 Å R-free 0.294
4A09 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 15 bp CPD-duplex (purine at D-1 position) at 3.1 A resolution (CPD 2) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 21% PEG 200, pH 5.3
分辨率 3.10 Å R-free 0.308
4A0A Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.6 A resolution (CPD 3) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；100 MM MES, 28 MM NAOH, 16% PEG 350MME., pH 5.6
分辨率 3.60 Å R-free 0.347
4A0B Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.3
分辨率 3.80 Å R-free 0.319
4A0B Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1140（1140 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.3
分辨率 3.80 Å R-free 0.319
4A0K STRUCTURE OF DDB1-DDB2-CUL4A-RBX1 BOUND TO A 12 BP ABASIC SITE CONTAINING DNA-DUPLEX 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.3；100MM TRIS-HCL PH 8.3, 33% PEG 200
分辨率 5.93 Å R-free 0.270
4A0L Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；100MM MES PH 6.2, 3.1% PEG 6000, 4% ETHYLENEGLYCOL
分辨率 7.40 Å R-free 0.320
4A0L Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；100MM MES PH 6.2, 3.1% PEG 6000, 4% ETHYLENEGLYCOL
分辨率 7.40 Å R-free 0.320
4A11 Structure of the hsDDB1-hsCSA complex 提交 2011-09-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1.4-1.58 M NAKPO4, 0.1 M NAMALONATE, 0-0.1 M LI2SO4, pH 8.0
分辨率 3.31 Å R-free 0.233
4CI1 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to thalidomide 提交 2013-12-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACODYLATE; 80 MM NAH2PO4; 120 MM K2HPO4; 800 MM TRI-NA CITRATE., pH 6
分辨率 2.98 Å R-free 0.233
4CI2 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to lenalidomide 提交 2013-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACODYLATE PH 6.2, 80 MM NAH2PO4, 120 MM K2HPO4, 950 MM TRI-NA CITRATE.
分辨率 2.95 Å R-free 0.234
4CI3 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to Pomalidomide 提交 2013-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACOCYLATE, 80 MM NAH2PO4, 120 MM K2HPO4, 700 MM TRI-NA CITRATE., pH 6.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.235
4E54 Damaged DNA induced UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) dimerization and its roles in chromatinized DNA repair 提交 2012-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1140（1139 aa） 片段：DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 (DDB1; p127)
突变：NT-His10-DDB1 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；20mM Tris pH 7.5, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 2mM TECP, 5% Glycerol, 0.02% azide. UV-DDB-AP24 complex (molar ratio of 1:3 UV-DDB:DNA) at 2.5 mg/mL. 'AP24' refers to synthetic DNA substrate of 24-bpr with a central abasic site mimic., VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4E5Z Damaged DNA induced UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) dimerization and its roles in chromatinized DNA repair 提交 2012-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；20mM Tris pH 7.5, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 2mM TECP, 5% Glycerol, 0.02% azide. UV-DDB-AP24 complex (molar ratio of 1:3 UV-DDB:DNA) at 2.5 mg/mL. 'AP24' refers to synthetic DNA substrate of 24-bpr with a central abasic site mimic., VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 3.22 Å R-free 0.284
4TZ4 Crystal Structure of Human Cereblon in Complex with DDB1 and Lenalidomide 提交 2014-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 10K
分辨率 3.01 Å R-free 0.271
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5V3O Cereblon in complex with DDB1 and CC-220 提交 2017-03-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BN7 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET23 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN3 methyl {(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-[(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)carbamoyl]-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl}acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet B5 (0.33% w/v 2,7-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Azelaic acid, 0.33% w/v trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.50 Å R-free 0.256
6BN8 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET55 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% PEG20K, 18% PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet G4 (0.16% w/v 3-Indolebutyric acid, 0.16% w/v Hexadecanedioic acid, 0.16% w/v Oxamic acid, 0.16% w/v Pyromellitic acid, 0.16% w/v Sebacic acid, 0.16% w/v Suberic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.99 Å R-free 0.333
6BN9 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET70 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% (w/v) PEG20K, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1M BICINE pH8.5, Silver Bullet F2 (0.2% w/v D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate, 0.2% w/v Glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% w/v L-O-Phosphoserine, 0.2% w/v O-Phospho-L-tyrosine, 0.2% w/v Phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 4.38 Å R-free 0.301
6BNB Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET57 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.34M NaH2PO4, 0.33M K2HPO4
分辨率 6.34 Å R-free 0.381
6BOY Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET6 PROTAC. 提交 2017-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN6 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]-N-(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% (v/v) Silver bullet D11 (0.25% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25% w/v 4-Aminobenzoic acid, 0.25% w/v 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, 0.25% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.33 Å R-free 0.234
6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 3.09 Å R-free 0.307
6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 3.09 Å R-free 0.307
6FCV Structure of the human DDB1-CSA complex 提交 2017-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 24% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 8.0, 3% glycerol
分辨率 2.92 Å R-free 0.245
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; 突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; 突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6PAI Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820 提交 2019-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M sodium HEPES, pH 7.0, 15% w/v PEG4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.252
6Q0R Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to E7820 and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 OXM OXAMIC ACID × 1 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
6Q0V Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 P7M N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
6Q0W Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to Indisulam and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6R8Y Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6R8Z Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6R90 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6R91 Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R92 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B 提交 2019-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–395（395 aa）
链 K 706–1140（435 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6SJ7 Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and Indisulam 提交 2019-08-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6UD7 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1(deltaBPB)-DDA1-RBM39 in complex with indisulam 提交 2019-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
6UE5 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1-deltaPBP-DDA1-RBM39 in complex with 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzenesulfonamide 提交 2019-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 Q5J 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.5 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic 676 dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.61 Å R-free 0.266
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–1140（1140 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6ZUE Crystal structure of human DDB1 bound to human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Tri-Na citrate pH 5.5 18% PEG 1000
分辨率 3.09 Å R-free 0.279
6ZX9 Crystal structure of SIV Vpr,fused to T4 lysozyme, isolated from moustached monkey, bound to human DDB1 and human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；8-10% PEG 4000 (w/v), 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES-NaOH, pH 7.0-8.2.
分辨率 2.52 Å R-free 0.260
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7OKQ Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1 Complex 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：Hexadecameric
链 A 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
链 I 1–1140（1140 aa）
链 M 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7OO3 Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA (Structure1) 提交 2021-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7OOB Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-ADPBeF3 (Structure2) 提交 2021-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7OOP Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-PAF-SPT6 (Structure 3) 提交 2021-05-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OPC Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 4) 提交 2021-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OPD Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) 提交 2021-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7UKN Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of pUL145 提交 2022-04-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 6.5-6.7), 16% PEG 4000, 50 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 2.90 Å R-free 0.261
7V7B CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in ARM-up conformation 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7V7C CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 F 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7ZN7 Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2 CCD 提交 2022-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–396（396 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：delta396-705 GNGNSG 突变：delta396-705 GNGNSG ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；45 seconds adsorption 2 seconds blot
分辨率 3.78 Å
7ZNN Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and full-length rat STAT2 提交 2022-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–396（396 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：Residues 396-705 have been replaced by a GNGNSG-linker 突变：Residues 396-705 have been replaced by a GNGNSG-linker ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；45 seconds adsorption 2 seconds blot
分辨率 4.80 Å
8AJM Structure of human DDB1-DCAF12 in complex with the C-terminus of CCT5 提交 2022-07-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
8AJN Structure of the human DDB1-DCAF12 complex 提交 2022-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8AJO Negative-stain electron microscopy structure of DDB1-DCAF12-CCT5 提交 2022-07-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 30.60 Å
8B3D Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8B3F Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8B3G C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 13 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 4 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 14 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 13 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 22 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 24 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8CVP Cereblon-DDB1 in the Apo form 提交 2022-05-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4? coldroom
分辨率 3.40 Å
8D7U Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the linear conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7V Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.20 Å
8D7W Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7X Cereblon~DDB1 in the Apo form with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Y Cereblon-DDB1 in the Apo form with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Z Cereblon-DDB1 bound to CC-92480 and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D80 Cereblon~DDB1 bound to Iberdomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.60 Å
8D81 Cereblon~DDB1 bound to Pomalidomide 提交 2022-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG,residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG
链 A 706–1140（435 aa） 片段：residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG,residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.90 Å
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 B 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 3 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 E 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8G46 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF16-BRD4(BD2)-MMH2 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395 + GNGNSG linker + UNP residues 706-1140
链 A 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395 + GNGNSG linker + UNP residues 706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 1 YK3 tert-butyl [(6S,10P)-4-{4-[(ethanesulfonyl)amino]phenyl}-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.011% LMNG
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；detergent added directly before grid application
分辨率 2.20 Å
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 YOT (3S)-3-{5-[(1,2-benzoxazol-3-yl)amino]-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8OIZ Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Pomalidomide 提交 2023-03-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.50 Å R-free 0.262
8OJH Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 提交 2023-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 VP9 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.72 Å R-free 0.254
8QH5 CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 提交 2023-09-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8ROX Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 12 提交 2024-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 A1H17 5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-~{N},~{N},3-trimethyl-furan-2-carboxamide;ethane × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8ROY Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 24 提交 2024-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 A1H18 1-[5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-3-methyl-furan-2-yl]carbonyl-~{N}-methyl-piperidine-4-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8T9A CryoEM structure of human DDB1-DCAF12 in complex with MAGEA3 提交 2023-06-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8TL6 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5 提交 2023-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.4, 200mM NaCl, 4mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.63 Å
8TNP Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:Pomalidomide:SD40 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 3.30 Å
8TNQ Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 1 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.41 Å
8TNR Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 2 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.50 Å
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 B 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 E 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8UH6 Degrader-induced complex between PTPN2 and CRBN-DDB1 提交 2023-10-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 WO8 (5P)-3-(carboxymethoxy)-4-chloro-5-(3-{[(4S)-1-({3-[(4-{1-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl}piperidine-1-carbonyl)amino]phenyl}methanesulfonyl)-2,2-dimethylpiperidin-4-yl]amino}phenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8WQR Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation 提交 2023-10-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8ZSW Crystal Structure of Human DDB1, a Component of the E3 Ubiquitin Ligase Complex 提交 2024-06-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1M MES (pH 6.5), 0.1M sodium acetate, 27%(w/v) PEG 400
分辨率 2.25 Å R-free 0.229
9BBE Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028668 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1AK9 5-(4-methoxyphenyl)-3-[(3S)-pyrrolidin-3-yl]-1,2,4-oxadiazole × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
9BBG Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028671 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1ALA 1H-indol-6-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
9BBH Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028670 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 VVP 4-methoxy-1H-indole × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9BBI Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028669 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1ALB 3-([1,3]oxazolo[4,5-b]pyridin-2-yl)aniline × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
9BJZ Structure of the human DDD-Ube2e2 complex 提交 2024-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 replaced with GNGNSG 突变：residues 396-705 replaced with GNGNSG 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9BZ0 Structure of an STK19-containing TC-NER complex 提交 2024-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.90 Å
9C5T Cryo EM structure of DCAF2 提交 2024-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9C5U Cryo EM structure of DCAF2:Compound 1 complex 提交 2024-06-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 A1AUM 1'-acetyl-1',4'-dihydro-3'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-3'-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9C5V Cryo EM structure of a DCAF2:degrader:BRD4 ternary complex 提交 2024-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 A1AUO N-({4-[(4-{[1'-(chloroacetyl)-3'-oxo-3',4'-dihydro-1'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-6'-yl]oxy}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}methyl)-2-[(6S,10P)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9DHD The ternary complex of DDB1, DDA1, DET1 提交 2024-09-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DQD cryo-EM structure of human Cereblon/DDB1 in complex with a non-traditional CRBN binder 提交 2024-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
突变：deletion of residues 396-705 突变：deletion of residues 396-705 ZN ZINC ION × 1 A1BEP (3R)-3-{1-methyl-6-[(piperidin-4-yl)amino]-1H-indazol-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9DWV Ternary complex of CRBN-DDB1-PPIL4 RRM domain with FPFT-2216 提交 2024-10-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9DWW Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 提交 2024-10-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 I 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 C 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 E 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 G 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 K 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 M 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 O 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 O 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9EJQ Crystal structure of DDB1 in complex with XS381952 提交 2024-11-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6 A1BIX (4S)-4-(3-ethoxyphenyl)-3-methyl-1-[(4R)-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl]-1,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-6-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 7 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20.0 P3350, 0.2 di-NH4tart
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
9ER2 PolII-TCR-STK19 structure. 提交 2024-03-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9FD2 Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex 提交 2024-05-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 b 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9FJX Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Lenalidomide 提交 2024-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9FMR Structure of DDB1/Cdk12/Cyclin K with molecular glue SR-4835 提交 2024-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–391（391 aa）
链 A 708–1140（433 aa）
链 D 1–391（391 aa）
链 D 708–1140（433 aa）
链 G 1–391（391 aa）
链 G 708–1140（433 aa）
未记录 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；1 M potassium citrate and 15% glycerol
分辨率 3.90 Å R-free 0.250
9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HPI Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：aa396-705 replaced with GNGNSG ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 2.93 Å
9HPJ Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 2 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：aa396-705 replaced with GNGNSG ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 3.10 Å
9HWG Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex 提交 2025-01-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9IVD Cryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1 提交 2024-07-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9J6J HBx fused DDB1 4M mutant 提交 2024-08-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：A583D,W774K,I770D,R772E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9J6K HBx complexed with DDB1 提交 2024-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
9LTJ Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9LTL Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
9LTO Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
9LTR Cryo-EM structure of dimeric DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex 提交 2025-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9LTW protein structure of DDB1-DDA1-DET1 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9LTZ protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9LU1 protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 bound to COP1 dimer 提交 2025-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9LUL Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 1) 提交 2025-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 c 1–1140（1140 aa）
链 f 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.99 Å
9LWI The head region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9LWJ The head-arm region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.19 Å
9LWL HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.25 Å
9M0Y Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 2) 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 S 1–1140（1140 aa）
链 V 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.
分辨率 3.25 Å R-free 0.261
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.271
9NGT Crystal structure of CRBN-DDB1 and FPFT-2216 in complex with mTOR 提交 2025-02-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；70 mM MES pH 6.0, 1.8-3.2 % (w/v) PEG 3,000, and 13-24 % (w/v) PEG 200
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9NR3 CRBN-DDB1 in complex with GLUL-cN 提交 2025-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.93 Å R-free 0.278
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9OS2 Cryo-EM structure of the DDB1/CRBN-MRT-5702-G3BP2 ternary complex 提交 2025-05-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CED (1S,3S)-2-[(2-chlorophenyl)methanesulfonyl]-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9OTY DDB1-CRBN with CK1 alpha, SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–391（391 aa）
链 A 710–1140（431 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEH N-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9OUK DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2) and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9OUL DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2), SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9Q22 Crystal structure of ternary complex Helios-ZF2:I-19:CRBN:DDB1 提交 2025-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–381（381 aa） 片段：UNP residues 1-381,706-1140
链 A 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-381,706-1140
未记录 A1CNP (3S)-3-[5-(1-benzyl-4-hydroxypiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.148 M lithium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 19.4% PEG3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.252
9Q2D Cryo-EM structure of ternary complex Ikaros-ZF2:CC-885:CRBN:DDB1 (molecular glue degrader) 提交 2025-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140
链 C 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 4 sec blot force 4
分辨率 2.94 Å
9S3R Ternary complex structure of compound 1 bound to SMARCA2 bromodomain and DCAF16:DDB1deltaBPB 提交 2025-07-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JLV 2-[6-azanyl-5-[(1~{S},5~{R})-8-[2-[(~{E})-3-(azepan-1-yl)prop-1-enyl]pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Applied 3.5 uL of sample to grid. wait = 10 sec, drain = 0 sec, blot = 4 sec, blotForce = 4
分辨率 3.30 Å
9SAF Ternary PROTAC-mediated complex of BRD4-BD1/CRBN/DDB1 and JQ1-AcQ bifunctional degrader 提交 2025-08-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM8 ~{N}-[(2~{S})-1-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9SAI Ternary PROTAC-mediated complex consisting of Cereblon, DDB1 and BRD4-BD1, non-covalently linked by JQ1-AcN 提交 2025-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM3 N-[(2S)-1-[[(3S)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.25 mM TCEP, pH: 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
9SFM Crystal structure of Cereblon-DDB1 in complex with SB-405483 and Lenalidomide 提交 2025-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% w/v PEG 4000 0.1 M TRIS pH 8.2, 0.2 M
分辨率 2.39 Å R-free 0.244
9U7T Structure of the human DCAF8-DDB1 complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9UWG Structure of the human DCAF2-DDB1 complex 提交 2025-05-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9W90 DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1-c-Jun-STK40 complex 提交 2025-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ZXM DDB1 delta with compound 6 提交 2026-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 A1C4E (3S,5S)-1-{(4P)-4-(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-4-yl)-3-[(propan-2-yl)oxy]benzene-1-carbonyl}-N-methyl-5-phenylpiperidine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis Tris pH 5.5-6.5, and 25% PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.246
9ZXN DDB1 delta with compound 26 提交 2026-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 A1C4F (3S,5S)-1-{(4P)-4-(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-4-yl)-1-methyl-5-[(propan-2-yl)oxy]-1H-1,3-benzimidazole-7-carbonyl}-N-methyl-5-phenylpiperidine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis Tris pH 5.5-6.5, and 25% PEG 3350
分辨率 2.07 Å R-free 0.235

共 202 个其他 PDB 条目、290 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DDB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1140； UniProt 1–1140

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 40–442 未记录 DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Sal-like protein 4 × 1 （Q9UJQ4） ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5 分辨率 3.58 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6UML Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10AY Cryo-EM structure of CRBN-DDB1 in complex with HBS1L and TNG961 提交 2026-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 40–442（403 aa）
链 E 40–442（403 aa）
未记录 A1C4S N-{6-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]naphthalen-1-yl}-N'-{2-[6-(trifluoromethyl)-1-benzothiophen-2-yl]propan-2-yl}urea × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.24 M sodium chloride, 3 mM TCEP, 0.2 % n-octylglucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
11MR Cryo-EM structure of CRBN in complex with HBS1L and TNG-4857 (focused refinement) 提交 2026-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
链 D 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1C9W N-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-2-fluoro-3-[(2-{4-[1-(trifluoromethyl)cyclopropyl]phenyl}propan-2-yl)carbamamido]benzamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES (pH 7.5), 240 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
4M91 crystal structure of hN33/Tusc3-peptide 1 提交 2013-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–240（12 aa） 片段：unp residues 229-240
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；0.2 M KSCN, 10.5% PEG 8K, 10% PEG 1K in 100 mM cacodylic acid-NaOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.10 Å R-free 0.160
4TZ4 Crystal Structure of Human Cereblon in Complex with DDB1 and Lenalidomide 提交 2014-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 47–427（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 10K
分辨率 3.01 Å R-free 0.271
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 39–441（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 39–441（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5V3O Cereblon in complex with DDB1 and CC-220 提交 2017-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 40–442（403 aa） 片段：residues 40-442
未记录 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BN7 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET23 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN3 methyl {(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-[(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)carbamoyl]-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl}acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet B5 (0.33% w/v 2,7-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Azelaic acid, 0.33% w/v trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.50 Å R-free 0.256
6BN8 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET55 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% PEG20K, 18% PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet G4 (0.16% w/v 3-Indolebutyric acid, 0.16% w/v Hexadecanedioic acid, 0.16% w/v Oxamic acid, 0.16% w/v Pyromellitic acid, 0.16% w/v Sebacic acid, 0.16% w/v Suberic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.99 Å R-free 0.333
6BN9 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET70 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% (w/v) PEG20K, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1M BICINE pH8.5, Silver Bullet F2 (0.2% w/v D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate, 0.2% w/v Glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% w/v L-O-Phosphoserine, 0.2% w/v O-Phospho-L-tyrosine, 0.2% w/v Phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 4.38 Å R-free 0.301
6BNB Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET57 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.34M NaH2PO4, 0.33M K2HPO4
分辨率 6.34 Å R-free 0.381
6BOY Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET6 PROTAC. 提交 2017-11-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN6 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]-N-(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% (v/v) Silver bullet D11 (0.25% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25% w/v 4-Aminobenzoic acid, 0.25% w/v 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, 0.25% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.33 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 40–442（403 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 40–442（403 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
7BQU Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa）
未记录 EF2 S-Thalidomide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7BQV Cereblon in complex with SALL4 and (S)-5-hydroxythalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa）
突变：C366S F4U 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-oxidanyl-isoindole-1,3-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
8CVP Cereblon-DDB1 in the Apo form 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4? coldroom
分辨率 3.40 Å
8D7U Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the linear conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7V Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.20 Å
8D7W Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7X Cereblon~DDB1 in the Apo form with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Y Cereblon-DDB1 in the Apo form with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Z Cereblon-DDB1 bound to CC-92480 and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D80 Cereblon~DDB1 bound to Iberdomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.60 Å
8D81 Cereblon~DDB1 bound to Pomalidomide 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.90 Å
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 YOT (3S)-3-{5-[(1,2-benzoxazol-3-yl)amino]-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8OIZ Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Pomalidomide 提交 2023-03-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.50 Å R-free 0.262
8OJH Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 提交 2023-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 VP9 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.72 Å R-free 0.254
8RQ1 Crystal structure of CRBN-midi 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.5
分辨率 3.11 Å R-free 0.300
8RQ8 Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；214 uM mezigdomide 0.2 M sodium acetate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5
分辨率 2.19 Å R-free 0.285
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQA Crystal structure of CRBN-midi in complex with Lenalidomide 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 LVY S-Lenalidomide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8, 20 % w/v PEG 4000, 1.2 % myo-inositol
分辨率 2.50 Å R-free 0.342
8RQC Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide and IKZF1 ZF2 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
链 D 41–187（147 aa）
链 D 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 QFC Mezigdomide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.286
8TNP Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:Pomalidomide:SD40 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 3.30 Å
8TNQ Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 1 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.41 Å
8TNR Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 2 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.50 Å
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8UH6 Degrader-induced complex between PTPN2 and CRBN-DDB1 提交 2023-10-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 WO8 (5P)-3-(carboxymethoxy)-4-chloro-5-(3-{[(4S)-1-({3-[(4-{1-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl}piperidine-1-carbonyl)amino]phenyl}methanesulfonyl)-2,2-dimethylpiperidin-4-yl]amino}phenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 319–427（109 aa）
链 B 319–427（109 aa）
链 C 319–427（109 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 319–427（109 aa）
链 E 319–427（109 aa）
链 F 319–427（109 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9D0X Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 (local mask) 提交 2024-08-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DQD cryo-EM structure of human Cereblon/DDB1 in complex with a non-traditional CRBN binder 提交 2024-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BEP (3R)-3-{1-methyl-6-[(piperidin-4-yl)amino]-1H-indazol-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9DUR Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS 提交 2024-10-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C
分辨率 2.90 Å
9DWV Ternary complex of CRBN-DDB1-PPIL4 RRM domain with FPFT-2216 提交 2024-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9DWW Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 提交 2024-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 N 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9FJX Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Lenalidomide 提交 2024-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9GAO Crystal structure of CRBNmidi in complex with 2-(4-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)phenoxy)-N-methylacetamide 提交 2024-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1IJM 2-[4-[(3~{R})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]phenoxy]-~{N}-methyl-ethanamide × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Buffer system I (Molecular Dimensions), 15.45% v/v Precipitant mix 2 (MD), 180 mM Monosaccharides (MD)
分辨率 1.95 Å R-free 0.286
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HNE Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1 提交 2024-12-10 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.336
9HPI Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
链 C 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 2.93 Å
9HPJ Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 2 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
链 C 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 3.10 Å
9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.
分辨率 3.25 Å R-free 0.261
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.271
9NGT Crystal structure of CRBN-DDB1 and FPFT-2216 in complex with mTOR 提交 2025-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；70 mM MES pH 6.0, 1.8-3.2 % (w/v) PEG 3,000, and 13-24 % (w/v) PEG 200
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9NR3 CRBN-DDB1 in complex with GLUL-cN 提交 2025-03-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.93 Å R-free 0.278
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OS2 Cryo-EM structure of the DDB1/CRBN-MRT-5702-G3BP2 ternary complex 提交 2025-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 47–424（378 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CED (1S,3S)-2-[(2-chlorophenyl)methanesulfonyl]-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9OTY DDB1-CRBN with CK1 alpha, SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 46–427（382 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEH N-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9OUK DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2) and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9OUL DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2), SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–427（427 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9Q03 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined) 提交 2025-08-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CM7 (3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9Q22 Crystal structure of ternary complex Helios-ZF2:I-19:CRBN:DDB1 提交 2025-08-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 A1CNP (3S)-3-[5-(1-benzyl-4-hydroxypiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.148 M lithium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 19.4% PEG3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.252
9Q2D Cryo-EM structure of ternary complex Ikaros-ZF2:CC-885:CRBN:DDB1 (molecular glue degrader) 提交 2025-08-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 4 sec blot force 4
分辨率 2.94 Å
9Q33 Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5 提交 2025-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CN1 N-({(4R)-7-[(1S)-2-amino-1-(4-bromo-2-methylphenyl)-2-oxoethyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl}methyl)-13-{4-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]anilino}tridecanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.20 Å
9SAF Ternary PROTAC-mediated complex of BRD4-BD1/CRBN/DDB1 and JQ1-AcQ bifunctional degrader 提交 2025-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM8 ~{N}-[(2~{S})-1-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9SAI Ternary PROTAC-mediated complex consisting of Cereblon, DDB1 and BRD4-BD1, non-covalently linked by JQ1-AcN 提交 2025-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM3 N-[(2S)-1-[[(3S)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.25 mM TCEP, pH: 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
9SFM Crystal structure of Cereblon-DDB1 in complex with SB-405483 and Lenalidomide 提交 2025-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 46–427（382 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% w/v PEG 4000 0.1 M TRIS pH 8.2, 0.2 M
分辨率 2.39 Å R-free 0.244
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 45–425（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9Y7D Cereblon with Golcadomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2025-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1AF4 Golcadomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.26 Å
9YA9 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BMS-986458 (local refined), a potent and selective BCL6 ligand directed degrader (LDD) 提交 2025-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 A1CTU (3R)-3-(6-{[(3R,4R)-1-{5-chloro-4-[(1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-2-yl}-3-methylpiperidin-4-yl]amino}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å

共 93 个其他 PDB 条目、141 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRBN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 4–406； UniProt 40–442

Sal-like protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9UJQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 405–432 未记录 DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5 分辨率 3.58 Å R-free 0.267

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6UML Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7BQU Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 410–432（23 aa）
未记录 EF2 S-Thalidomide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7BQV Cereblon in complex with SALL4 and (S)-5-hydroxythalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 410–432（23 aa）
未记录 F4U 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-oxidanyl-isoindole-1,3-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7Y3I Structure of DNA bound SALL4 提交 2022-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 855–930（76 aa）
链 D 855–930（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.45 Å R-free 0.242
7Y3I Structure of DNA bound SALL4 提交 2022-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 855–930（76 aa）
链 C 855–930（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M BIS-tris, pH 6.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.45 Å R-free 0.242
7Y3K Structure of SALL4 ZFC4 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 855–930（76 aa）
链 B 855–930（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS, pH 5.5, 0.2 M Sodium chloride, 25% polyethylene glycol 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.250
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 378–453（76 aa）
链 B 378–453（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.72 Å R-free 0.268
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 378–453（76 aa）
链 F 378–453（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.72 Å R-free 0.268
7Y3M Structure of SALL4 ZFC1 bound with 16 bp AT-rich dsDNA 提交 2022-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 I 378–453（76 aa）
链 J 378–453（76 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M HEPES, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 6000, 5% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
分辨率 2.72 Å R-free 0.268
8CUC Crystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex with DNA 提交 2022-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 864–929（66 aa）
链 H 864–929（66 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG3350, 40 mM ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.0
分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8CUC Crystal structure analysis of SALL4 zinc finger domain in complex with DNA 提交 2022-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 864–929（66 aa）
链 G 864–929（66 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；30% PEG3350, 40 mM ammonium sulfate, Bis-Tris, pH 6.0
分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 379–432（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 379–432（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 379–432（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 379–432（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 370–454（85 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 370–454（85 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 392–449（58 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 392–449（58 aa）
突变：G416A ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å

共 11 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SALL4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–28； UniProt 405–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6uml

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6uml
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6uml
沉积日期 deposition_date2019-10-09
结构标题 titleStructural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex
关键词 keywordsCELMoD, cereblon-CRL4, ubiquitin ligase, C2H2 zinc finger, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.32 Å
零角强度 I(0) i0367975000.00
分子量 molecular_weight157930.0 kDa
排除体积 excluded_volume198310 ų
包络体积 envelope_volume262250 ų
水化壳体积 shell_volume56995 ų
包络直径 envelope_diameter149.9 Å
壳层 Rg shell_rg43.14 Å
包络 Rg envelope_rg40.30 Å
形状 Rg shape_rg40.32 Å
总 Rg total_rg40.49 Å
总原子数 total_atoms11104
残基数 n_residues1452
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax142.4 Å
Rg (实空间) rg_real40.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real3.6800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal367900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8324
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary47.5 Å
偏度 Skewness skewness0.560
峰度 Kurtosis kurtosis0.113
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92650000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.750; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.902; Smooth: 0.665
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6umlA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6umlA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6umlA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily910 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)