7x4n

Crystal Structure of C. elegans kinesin-4 KLP-12 complexed with tubulin and DARPin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1A chain

物种未注明

UniProt P02550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta chain × 1 (P02554) DARPin × 1 Kinesin-like protein × 1 (G5EGS3) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;ammonium acetate, HEPES, polyethylene glycol (PEG) 3350 分辨率 2.88 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1A_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1A chain × 1 (P02550) DARPin × 1 Kinesin-like protein × 1 (G5EGS3) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;ammonium acetate, HEPES, polyethylene glycol (PEG) 3350 分辨率 2.88 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Kinesin-like protein

Caenorhabditis elegans

UniProt G5EGS3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–365 未记录 Tubulin alpha-1A chain × 1 (P02550) Tubulin beta chain × 1 (P02554) DARPin × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;ammonium acetate, HEPES, polyethylene glycol (PEG) 3350 分辨率 2.88 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G5EGS3_CAEEL
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–365; UniProt 1–365

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7x4n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7x4n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7x4n
沉积日期 deposition_date2022-03-03
结构标题 titleCrystal Structure of C. elegans kinesin-4 KLP-12 complexed with tubulin and DARPin
关键词 keywordskinesin-4, KLP-12, KIF21A, KIF21B, microtubule, tubulin, axon, CFEOM1, DARPin, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.46
零角强度 I(0) i0355792000.00
分子量 molecular_weight148150.0 kDa
排除体积 excluded_volume183440 ų
包络体积 envelope_volume233720 ų
水化壳体积 shell_volume54261 ų
包络直径 envelope_diameter133.4
壳层 Rg shell_rg42.20
包络 Rg envelope_rg35.89
形状 Rg shape_rg35.46
总 Rg total_rg35.88
总原子数 total_atoms10388
残基数 n_residues1328
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.1
Rg (实空间) rg_real35.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real3.5580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal355800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8752
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary41.3
偏度 Skewness skewness0.373
峰度 Kurtosis kurtosis-0.192
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha92740000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.887

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id7x4nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7x4nA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7x4nB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id7x4nB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id7x4nE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology850 — Kinesin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Kinesin motor domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)