8ez0

Cryo-EM structure of 4 insulins bound full-length mouse IR mutant with physically decoupled alpha CTs (C684S/C685S/C687S; denoted as IR-3CS) Symmetric conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 178.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin receptor

Mus musculus

UniProt P15208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 28–1372 链 B; UniProt 28–1372 突变:C684S,C685S,C687S Insulin × 4 (P01308) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INSR_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1345; UniProt 28–1372 作者链 B; PDB构建体 1–1345; UniProt 28–1372

Insulin

Homo sapiens

UniProt P01308

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–110 链 E; UniProt 1–110 链 F; UniProt 1–110 链 G; UniProt 1–110 未记录 Insulin receptor × 2 (P15208) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 369 个其他 PDB 条目、583 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INS_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110 作者链 E; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110 作者链 F; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110 作者链 G; PDB构建体 1–110; UniProt 1–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8ez0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8ez0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8ez0
沉积日期 deposition_date2022-10-29
结构标题 titleCryo-EM structure of 4 insulins bound full-length mouse IR mutant with physically decoupled alpha CTs (C684S/C685S/C687S; denoted as IR-3CS) Symmetric conformation
关键词 keywordsInsulin receptor, insulin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.92
零角强度 I(0) i0644166000.00
分子量 molecular_weight208470.0 kDa
排除体积 excluded_volume259900 ų
包络体积 envelope_volume407040 ų
水化壳体积 shell_volume68913 ų
包络直径 envelope_diameter174.1
壳层 Rg shell_rg52.29
包络 Rg envelope_rg50.53
形状 Rg shape_rg51.92
总 Rg total_rg51.92
总原子数 total_atoms14640
残基数 n_residues1815
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax178.8
Rg (实空间) rg_real52.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.03
I(0) (实空间) i0_real6.4420e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal644000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8905
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary59.6
偏度 Skewness skewness0.273
峰度 Kurtosis kurtosis-0.595
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha34430000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.863

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id8ez0A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id8ez0A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology20 — 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Receptor L-domain
结构域编号 domain_id8ez0A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id8ez0B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology220 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Hormone Receptor, Insulin-like Growth Factor Receptor 1; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id8ez0B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology20 — 24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Receptor L-domain
结构域编号 domain_id8ez0B03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)