当前蛋白身份：P84233
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1KX3 X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146, at 2.0 A Resolution 提交 2002-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–135（135 aa）
链 E
1–135（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 13 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.275 |
| 1ZBB Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome 提交 2005-04-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric（36） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–135（135 aa）
链 E
1–135（135 aa）
链 a
1–135（135 aa）
链 e
1–135（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.75；294 K；magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 9.00 Å |
| 2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–135（135 aa）
链 E
1–135（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.269 |
| 2IO5 Crystal structure of the CIA- histone H3-H4 complex 提交 2006-10-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–135（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M HEPES, 0.05M cadmium sulfate hydrate, 1.0M sodium acetate tryhydrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.293 |
| 3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.402 |
| 3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.435 |
| 3KUY DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent 提交 2009-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
链 E
39–136（98 aa）
片段：UNP residues 39-136
|
突变：K57E 突变：K57E | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.50 Å R-free 0.315 |
| 3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：K57E, G103A 突变：K57E, G103A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.292 |
| 3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.300 |
| 3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.300 |
| 3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.259 |
| 3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.318 |
| 3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.319 |
| 3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.282 |
| 3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.276 |
| 3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.238 |
| 3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.215 |
| 3O62 Nucleosome core particle modified with a cisplatin 1,3-cis-{Pt(NH3)2}2+-d(GpTpG) intrastrand cross-link 提交 2010-07-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CPT Cisplatin × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40-46 mM MnCl2, 30-45 mM KCl, and 20 mM potassium cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.306 |
| 3REH 2.5 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；KCl, MnCl2, K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.270 |
| 3REI 2.65 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | PT PLATINUM (II) ION × 49 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.65 Å R-free 0.276 |
| 3REJ 2.55 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 13 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.262 |
| 3REK 2.6 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Oxaliplatin 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 40 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 3REL 2.7 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 48 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.70 Å R-free 0.302 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.289 |
| 3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.266 |
| 3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 4EO5 Yeast Asf1 bound to H3/H4G94P mutant 提交 2012-04-13 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
62–136（75 aa）
片段：residues 60-135
|
突变：G102A | ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；7.14% PEG 3350, 0.2 M Magnesium Acetate, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.240 |
| 4J8U X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 ELJ chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.38 Å R-free 0.280 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.275 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.282 |
| 4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.295 |
| 4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.245 |
| 4WU8 Structure of trPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | CX3 [2-(3-{bis[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(2-)]platinum(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.263 |
| 4WU9 Structure of cisPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CX8 [2-{3-[(2-{[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}ethyl)amino-kappaN]propyl}-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(3-)]platinum × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.273 |
| 4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
片段：UNP residues 2-136
链 E
2–136（135 aa）
片段：UNP residues 2-136
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.299 |
| 4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
片段：residues 39-136
链 E
39–136（98 aa）
片段：residues 39-136
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.299 |
| 4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
片段：residues 39-136
链 E
39–136（98 aa）
片段：residues 39-136
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.279 |
| 4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.296 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric（20） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 16 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
|
分辨率 3.82 Å R-free 0.256 |
| 5BS7 Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2 提交 2015-06-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
26–136（111 aa）
片段：residues 26-136
链 B
26–136（111 aa）
片段：residues 26-136
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.5 M ammonium sulfate
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.290 |
| 5BSA Structure of histone H3/H4 in complex with Spt2 提交 2015-06-01 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 A
27–136（110 aa）
片段：residues 27-136
链 B
27–136（110 aa）
片段：residues 27-136
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.02 M NaCl, 0.2 M HEPES 7.5, 1.6 M ammonium sulfate
|
分辨率 4.61 Å R-free 0.329 |
| 5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.241 |
| 5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.236 |
| 5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium
acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.242 |
| 5F99 X-ray Structure of the MMTV-A Nucleosome Core Particle 提交 2015-12-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；sample was mixed 1:1 with 10 mM K-cacodylate, pH 6.0, 180 mM MgCl2, 50 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.252 |
| 5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.397 |
| 5KGF Structural model of 53BP1 bound to a ubiquitylated and methylated nucleosome, at 4.5 A resolution 提交 2016-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；High concentration NCP-ubme/GST-53BP1 complex at 200 mM salt was diluted just prior to grid freezing.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Plunged into liquid ethane-propane (FEI VITROBOT MARK III)
|
分辨率 4.54 Å |
| 5MLU Crystal structure of the PFV GAG CBS bound to a mononucleosome 提交 2016-12-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
40–136（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；0.05M MnCl2, 0.04M KCl, 0.1M potassium cacodylate pH 6.0, 5% trehalose, 24% MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.252 |
| 5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
|
分辨率 5.40 Å R-free 0.265 |
| 5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物一致 |
链 K
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
|
分辨率 5.40 Å R-free 0.265 |
| 5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.259 |
| 5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A, R40C 突变：C110A, R40C | MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.247 |
| 5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：C110A, R40C 突变：C110A, R40C | MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.254 |
| 5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
链 O
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
|
分辨率 6.72 Å R-free 0.352 |
| 5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.69 Å |
| 5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.254 |
| 5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å |
| 5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å |
| 5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.22 Å |
| 6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 6I84 Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex 提交 2018-11-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 M
1–136（136 aa）
链 S
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6KW3 The ClassA RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.13 Å |
| 6KW4 The ClassB RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–136（136 aa）
链 Q
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.55 Å |
| 6KW5 The ClassC RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–136（136 aa）
链 V
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.13 Å |
| 6NE3 Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h bound at SHL-2 提交 2018-12-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 seconds blotting at 100% humidity, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
|
分辨率 3.90 Å |
| 6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, K79Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G102A, K79Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
|
分辨率 2.96 Å |
| 6NN6 Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex 提交 2019-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6NOG Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing
|
分辨率 3.90 Å |
| 6NQA Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 1-to-1 complex 提交 2019-01-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, K79Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：G102A, K79Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
|
分辨率 3.54 Å |
| 6O22 Structure of Asf1-H3:H4-Rtt109-Vps75 histone chaperone-lysine acetyltransferase complex with the histone substrate. 提交 2019-02-22 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | 未声明 |
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3(110A,63C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 70 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
90 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 90 uM Rtt109, 90 uM Asf1, 90 uM H3(110A,76C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 90 uM H4, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(30C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
70 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 70 uM Rtt109, 70 uM Asf1, 70 uM H3, 70 uM H4(82C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
80 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 80 uM Rtt109, 80 uM Asf1, 80 uM H3, 80 uM H4(45C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成
30 uM ILV methyl labelled, perdeuterated Vps75 (dimer), 30 uM Rtt109, 30 uM Asf1, 30 uM H3, 30 uM H4(93C) mutant with a cysteine coupled to a paramagnetic tag, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.250 |
| 6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 M
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.250 |
| 6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 6PWV Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 6PWW Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6PWX Cryo-EM structure of RbBP5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6RYR Nucleosome-CHD4 complex structure (single CHD4 copy) 提交 2019-06-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6RYU Nucleosome-CHD4 complex structure (two CHD4 copies) 提交 2019-06-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.60 Å |
| 6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 6UXW SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx 提交 2019-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 R
2–136（135 aa）
链 V
2–136（135 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.96 Å |
| 6VEN Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome 提交 2020-01-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：K4(NLE), M90(NLE), M120(NLE), G102A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4(NLE), M90(NLE), M120(NLE), G102A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot force 5
3.5 sec blot time
|
分辨率 3.37 Å |
| 6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 6W5M Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class02) 提交 2020-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 6W5N Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05) 提交 2020-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å |
| 7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 D
2–136（135 aa）
链 H
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7EG6 Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 O
2–136（135 aa）
链 S
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 7ENN The structure of ALC1 bound to the nucleosome 提交 2021-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7K6P Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome 提交 2020-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
突变：K79M, G103A 突变：K79M, G103A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K6Q Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome 提交 2020-09-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–135（98 aa）
链 E
38–135（98 aa）
|
突变：K79M, G103A 突变：K79M, G103A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7KBD Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.38 Å |
| 7KBE Nucleosome isolated from metaphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7KBF H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.42 Å |
| 7NKX RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure 提交 2021-02-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric（27） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7OTQ Cryo-EM structure of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome 提交 2021-06-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
|
分辨率 4.80 Å |
| 7SSA Cryo-EM structure of pioneer factor Cbf1 bound to the nucleosome 提交 2021-11-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XFC Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 7XFH Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 7XFI Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 7XFJ Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.00 Å |
| 7XFL Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.80 Å |
| 7XFM Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.10 Å |
| 7XFN Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state) 提交 2022-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.80 Å |
| 7XNP Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state) 提交 2022-04-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 7YRD histone methyltransferase 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
34–136（103 aa）
链 E
34–136（103 aa）
|
突变：G2E,G70A 突变：G2E,G70A | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YRG histone methyltransferase 提交 2022-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
34–136（103 aa）
链 E
34–136（103 aa）
|
突变：G2E,G70A 突变：G2E,G70A | ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 a
2–136（135 aa）
链 e
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric（42） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric（40） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 r
2–136（135 aa）
链 v
2–136（135 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8F86 SIRT6 bound to an H3K9Ac nucleosome 提交 2022-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8GPN Human menin in complex with H3K79Me2 nucleosome 提交 2022-08-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：K79 dimethylation 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79 dimethylation 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8OF4 Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite) 提交 2023-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.94 Å |
| 8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.42 Å |
| 8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.29 Å |
| 8SIY Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome 提交 2023-04-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–136（135 aa）
链 G
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 B
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8SVF BAP1/ASXL1 bound to the H2AK119Ub Nucleosome 提交 2023-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric（13） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8T3T Structure of Bre1-nucleosome complex - state3 提交 2023-06-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.21 Å |
| 8T3W Structure of Bre1-nucleosome complex - state2 提交 2023-06-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8T3Y Structure of Bre1-nucleosome complex - state1 提交 2023-06-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8T9F Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.20 Å |
| 8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 I
1–136（136 aa）
链 W
1–136（136 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8THU Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-07-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
突变：C110A 突变：C110A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8V4Y Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1) 提交 2023-11-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, C110A 突变：G102A, C110A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8V6V Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex 提交 2023-12-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, C110A 突变：G102A, C110A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8V7L Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 2) 提交 2023-12-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, C110A 突变：G102A, C110A | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A 突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 9B2U Haspin bound to H3 tail 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G102A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 9CA7 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the fully-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–136（135 aa）
链 W
2–136（135 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 9CA8 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the partially-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–136（135 aa）
链 W
2–136（135 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.92 Å |
| 9CAA Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–136（135 aa）
链 W
2–136（135 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.04 Å |
| 9CAB Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the encounter state (composite structure) 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 U
2–136（135 aa）
链 W
2–136（135 aa）
|
未记录 | AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.94 Å |
| 9CG9 Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 提交 2024-06-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
突变：G102A, C110A 突变：G102A, C110A | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.
|
分辨率 2.94 Å |
| 9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.46 Å |
| 9DGG ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome 提交 2024-09-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
突变：G103A 突变：G103A | ZN ZINC ION × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9E1L Snf2h bound nucleosome complex - ClassA1 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å |
| 9E1M Snf2h bound nucleosome complex - ClassA2 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9E1N Snf2h bound nucleosome complex-ClassA3 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9E1O Snf2h bound nucleosome complex - ClassB1 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9E1P Snf2h bound nucleosome complex - ClassB2 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9E1Q Snf2h bound nucleosome complex - ClassB3 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E1R Snf2h bound nucleosome complex - ClassB4 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E1U Snf2h bound nucleosome complex - ClassC1 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E1V Snf2h bound nucleosome complex - ClassC2 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9E1W Snf2h bound nucleosome complex - ClassC3 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9E1Y Empty Nucleosome with 601 widom sequence 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9EIL SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome 提交 2024-11-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9F0O The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interaction 提交 2024-04-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
39–136（98 aa）
链 E
39–136（98 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9GD0 Structure of a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GD1 Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric（17） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 9GD2 Structure of Chd1 bound to a dinucleosome with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 9GD3 Structure of a mononucleosome bound by one copy of Chd1 with the DBD on the exit-side DNA. 提交 2024-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9GEN Recombinant Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.76 Å |
| 9GEO Nucleosome core particle 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 9GEP Native monomeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 9GEQ Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 待复核 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 9GER Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle, intermediate state; composite map 提交 2024-08-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 待复核 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 9IHD Nucleosome core particle bound by one molecule of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 9IHE Nucleosome core particle bound by two molecules of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9IHF Nucleosome core particle bound by one monomer and one dimer of of DTT-reduced native myeloperoxidase 提交 2025-02-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 待复核 |
链 A
38–136（99 aa）
链 E
38–136（99 aa）
|
未记录 | HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.16 Å |
| 9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
40–136（97 aa）
链 E
40–136（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 V
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ARG ARGININE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9NY4 USP21 bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2025-03-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9R5K Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 4.20 Å |
| 9R5S Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 3.80 Å |
| 9R5W Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
|
分辨率 3.80 Å |
| 9SI3 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.83 Å |
| 9SI9 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class0) 提交 2025-08-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9SJ5 Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Class1) 提交 2025-08-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 9SLJ Chromosomal Passenger Complex in complex with H3T3ph Nucleosome (Double Occupancy) 提交 2025-09-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9T4V ALC1/CHD1L in an intermediate conformation, bound to a PARylated nucleosome 提交 2025-11-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 A
2–136（135 aa）
链 E
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
|
分辨率 6.60 Å |
| 9W74 Cryo-EM structure of the close-packed di-hexasome (CPDH) 提交 2025-08-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–136（136 aa）
链 E
1–136（136 aa）
链 K
1–136（136 aa）
链 O
1–136（136 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.94 Å |
| 9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 K
2–136（135 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9XYC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q 提交 2025-08-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 a
1–136（136 aa）
链 e
1–136（136 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 E
2–136（135 aa）
链 Q
2–136（135 aa）
链 W
2–136（135 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.84 Å |