2hxf

KIF1A head-microtubule complex structure in amppnp-form

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 113.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha chain

物种未注明

UniProt P02550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta chain × 1 (P02554) Kinesin-like protein KIF1A × 1 (P33173) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:IMIDAZOLE;pH 7.4;IMIDAZOLE cryo-EM玻璃化条件:Ethan slash 分辨率 10.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha chain × 1 (P02550) Kinesin-like protein KIF1A × 1 (P33173) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:IMIDAZOLE;pH 7.4;IMIDAZOLE cryo-EM玻璃化条件:Ethan slash 分辨率 10.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–435; UniProt 1–445

Kinesin-like protein KIF1A

Mus musculus

UniProt P33173

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–355 片段:KIF1A HEAD DOMAIN 突变:P202A Tubulin alpha chain × 1 (P02550) Tubulin beta chain × 1 (P02554) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 TA1 TAXOL × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:IMIDAZOLE;pH 7.4;IMIDAZOLE cryo-EM玻璃化条件:Ethan slash 分辨率 10.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KIF1A_MOUSE
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 19–371; UniProt 1–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hxf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hxf
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hxf
沉积日期 deposition_date2006-08-03
结构标题 titleKIF1A head-microtubule complex structure in amppnp-form
关键词 keywordsmicrotubule-based motor, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.50
零角强度 I(0) i0287646000.00
分子量 molecular_weight132280.0 kDa
排除体积 excluded_volume163680 ų
包络体积 envelope_volume197930 ų
水化壳体积 shell_volume49296 ų
包络直径 envelope_diameter120.6
壳层 Rg shell_rg40.38
包络 Rg envelope_rg32.88
形状 Rg shape_rg32.51
总 Rg total_rg33.03
总原子数 total_atoms9279
残基数 n_residues1162
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.9
Rg (实空间) rg_real33.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real2.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.18
I(0) (倒空间) i0_reciprocal287700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8780
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.0
偏度 Skewness skewness0.298
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha95970000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.985

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2hxfa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd2hxfa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2hxfb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.32 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyc.32.1 — Tubulin nucleotide-binding domain-like
家族 Family familyc.32.1.1 — Tubulin, GTPase domain
结构域编号 domain_idd2hxfb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.79.2 — Tubulin C-terminal domain-like
家族 Family familyd.79.2.1 — Tubulin, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2hxfc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.9 — Motor proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)