7e81

Cryo-EM structure of the flagellar MS ring with FlgB-Dc loop and FliE-helix 1 from Salmonella

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 216.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar M-ring protein

物种未注明

UniProt P15928

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 68 PDB 声明:68-meric(68) 与蛋白拷贝数一致 链 Ca; UniProt 1–560 链 Cb; UniProt 1–560 链 Cc; UniProt 1–560 链 Cd; UniProt 1–560 链 Ce; UniProt 1–560 链 Cf; UniProt 1–560 链 Ch; UniProt 1–560 链 Ci; UniProt 1–560 链 Cj; UniProt 1–560 链 Ck; UniProt 1–560 链 Cl; UniProt 1–560 链 Cm; UniProt 1–560 链 Cn; UniProt 1–560 链 Co; UniProt 1–560 链 Cp; UniProt 1–560 链 Cq; UniProt 1–560 链 Cr; UniProt 1–560 链 Cs; UniProt 1–560 链 Ct; UniProt 1–560 链 Cu; UniProt 1–560 链 Cv; UniProt 1–560 链 Cw; UniProt 1–560 链 Cx; UniProt 1–560 链 Cy; UniProt 1–560 链 Cz; UniProt 1–560 链 Da; UniProt 1–560 链 Db; UniProt 1–560 链 Dc; UniProt 1–560 链 Dd; UniProt 1–560 链 De; UniProt 1–560 链 Df; UniProt 1–560 链 Dg; UniProt 1–560 链 Dh; UniProt 1–560 链 Di; UniProt 1–560 链 Dj; UniProt 1–560 链 Dk; UniProt 1–560 链 Dl; UniProt 1–560 链 Dm; UniProt 1–560 链 Dn; UniProt 1–560 链 Do; UniProt 1–560 链 Dp; UniProt 1–560 链 Dq; UniProt 1–560 链 Dr; UniProt 1–560 链 Ds; UniProt 1–560 链 Dt; UniProt 1–560 链 Du; UniProt 1–560 链 Dv; UniProt 1–560 链 Dw; UniProt 1–560 链 Ea; UniProt 1–560 链 Eb; UniProt 1–560 链 Ec; UniProt 1–560 链 Ed; UniProt 1–560 链 Ee; UniProt 1–560 链 Ef; UniProt 1–560 链 Eg; UniProt 1–560 链 Fh; UniProt 1–560 链 cg; UniProt 1–560 未记录 FlgB-Dc loop × 5 FliE helix 1 × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 4.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIF_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 Ca; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cb; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cc; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cd; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ce; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cf; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ch; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ci; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cj; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ck; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cl; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cm; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cn; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Co; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cp; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cq; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cr; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cs; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ct; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cu; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cv; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cw; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cx; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cy; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Cz; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Da; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Db; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dc; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dd; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 De; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Df; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dg; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dh; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Di; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dj; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dk; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dl; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dm; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dn; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Do; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dp; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dq; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dr; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ds; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dt; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Du; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dv; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Dw; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ea; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Eb; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ec; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ed; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ee; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Ef; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Eg; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 Fh; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 cg; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7e81

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7e81
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7e81
沉积日期 deposition_date2021-02-28
结构标题 titleCryo-EM structure of the flagellar MS ring with FlgB-Dc loop and FliE-helix 1 from Salmonella
关键词 keywordsFlagella, Motor-hook, MS ring, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier82.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron83.23
零角强度 I(0) i010227700000.00
分子量 molecular_weight812980.0 kDa
排除体积 excluded_volume1000500 ų
包络体积 envelope_volume2118400 ų
水化壳体积 shell_volume219280 ų
包络直径 envelope_diameter243.9
壳层 Rg shell_rg87.79
包络 Rg envelope_rg73.51
形状 Rg shape_rg83.18
总 Rg total_rg83.44
总原子数 total_atoms57178
残基数 n_residues7551
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax216.8
Rg (实空间) rg_real82.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.65
I(0) (实空间) i0_real1.0190e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal84.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10270000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8448
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary125.5
偏度 Skewness skewness-0.075
峰度 Kurtosis kurtosis-0.728
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0568
最高正则化参数 α highest_alpha825900000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.999; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)