7yj4

Cryo-EM structure of the INSL5-bound human relaxin family peptidereceptor 4 (RXFP4)-Gi complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 129.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Insulin-like peptide INSL5 A chain

Homo sapiens

UniProt Q9Y5Q6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 115–135 链 B; UniProt 23–46 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 × 1 (P04899) Relaxin-3 receptor 2 × 1 (Q8TDU9) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 INSL5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 115–135 作者链 B; PDB构建体 1–24; UniProt 23–46

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Insulin-like peptide INSL5 A chain × 1 (Q9Y5Q6) Insulin-like peptide INSL5 B chain × 1 (Q9Y5Q6) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 × 1 (P04899) Relaxin-3 receptor 2 × 1 (Q8TDU9) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2

Homo sapiens

UniProt P04899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–355 突变:S47N,G204A,E246A,A327S Insulin-like peptide INSL5 A chain × 1 (Q9Y5Q6) Insulin-like peptide INSL5 B chain × 1 (Q9Y5Q6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Relaxin-3 receptor 2 × 1 (Q8TDU9) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAI2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–355; UniProt 1–355

Relaxin-3 receptor 2

Homo sapiens

UniProt Q8TDU9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–374 未记录 Insulin-like peptide INSL5 A chain × 1 (Q9Y5Q6) Insulin-like peptide INSL5 B chain × 1 (Q9Y5Q6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 × 1 (P04899) scFv16 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62871) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL3R2_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–374; UniProt 1–374

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62871

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 2–340 未记录 Insulin-like peptide INSL5 A chain × 1 (Q9Y5Q6) Insulin-like peptide INSL5 B chain × 1 (Q9Y5Q6) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 × 1 (P04899) Relaxin-3 receptor 2 × 1 (Q8TDU9) scFv16 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.19 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7yj4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7yj4
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7yj4
沉积日期 deposition_date2022-07-19
结构标题 titleCryo-EM structure of the INSL5-bound human relaxin family peptidereceptor 4 (RXFP4)-Gi complex
关键词 keywordshuman relaxin family peptide receptor 4, G protein-coupled receptor, ligand recognition, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.79
零角强度 I(0) i0243576000.00
分子量 molecular_weight127840.0 kDa
排除体积 excluded_volume160470 ų
包络体积 envelope_volume217710 ų
水化壳体积 shell_volume47394 ų
包络直径 envelope_diameter140.4
壳层 Rg shell_rg43.08
包络 Rg envelope_rg39.75
形状 Rg shape_rg39.74
总 Rg total_rg40.15
总原子数 total_atoms8985
残基数 n_residues1154
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax129.2
Rg (实空间) rg_real39.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.05
I(0) (实空间) i0_real2.4360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal243600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8858
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary48.5
偏度 Skewness skewness0.294
峰度 Kurtosis kurtosis-0.499
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36170000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.743

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id7yj4S01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7yj4S02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id7yj4T01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)