8wa3

Cryo-EM structure of peptide free and Gs-coupled GIPR

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 111.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gastric inhibitory polypeptide receptor,Fusion protein

Homo sapiens

UniProt P48546

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 22–421 突变:T345F Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04896) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,O-antigen polymerase × 1 (P54311,A0A0P6XLS5) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GIPR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 1–400; UniProt 22–421

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Bos taurus

UniProt P04896

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–394 突变:S54N, G226A, E268A, N271K, K274D, R280K, T284D, I285T, A366S Gastric inhibitory polypeptide receptor,Fusion protein × 1 (P48546) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,O-antigen polymerase × 1 (P54311,A0A0P6XLS5) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GNAS2_BOVIN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,O-antigen polymerase

Leptolinea tardivitalis

UniProt A0A0P6XLS5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 218–225 未记录 Gastric inhibitory polypeptide receptor,Fusion protein × 1 (P48546) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04896) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0P6XLS5_9CHLR
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 364–371; UniProt 218–225

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,O-antigen polymerase

Leptolinea tardivitalis

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Gastric inhibitory polypeptide receptor,Fusion protein × 1 (P48546) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04896) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody-35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Gastric inhibitory polypeptide receptor,Fusion protein × 1 (P48546) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P04896) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1,O-antigen polymerase × 1 (P54311,A0A0P6XLS5) Nanobody-35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.86 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wa3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wa3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wa3
沉积日期 deposition_date2023-09-06
结构标题 titleCryo-EM structure of peptide free and Gs-coupled GIPR
关键词 keywords;Glucose-dependent insulinotropic polypeptide receptor; cryo-electron microscopy; G protein-coupled receptor; ligand recognition, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.22
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.14
零角强度 I(0) i0212687000.00
分子量 molecular_weight116100.0 kDa
排除体积 excluded_volume145060 ų
包络体积 envelope_volume189810 ų
水化壳体积 shell_volume46757 ų
包络直径 envelope_diameter119.9
壳层 Rg shell_rg40.12
包络 Rg envelope_rg34.37
形状 Rg shape_rg34.13
总 Rg total_rg34.63
总原子数 total_atoms8163
残基数 n_residues1031
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax111.8
Rg (实空间) rg_real34.28
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real2.1270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4250e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.24
I(0) (倒空间) i0_reciprocal212700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8703
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.9
偏度 Skewness skewness0.444
峰度 Kurtosis kurtosis-0.183
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49910000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.679

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)