9bly

Composite structure of full-length human dynein-1 in phi-particle conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 426.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

Homo sapiens

UniProt Q14204

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–4646 链 B; UniProt 1–4646 未记录 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 2 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYHC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–4646; UniProt 1–4646 作者链 B; PDB构建体 1–4646; UniProt 1–4646

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt Q13409

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–638 链 D; UniProt 1–638 未记录 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 2 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DC1I2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–638; UniProt 1–638 作者链 D; PDB构建体 1–638; UniProt 1–638

Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt O43237

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–492 链 F; UniProt 1–492 未记录 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DC1L2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492 作者链 F; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492

Dynein light chain roadblock-type 1

Homo sapiens

UniProt Q9NP97

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–96 链 H; UniProt 1–96 未记录 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 2 (O43237) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DLRB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 H; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P63167

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–89 链 J; UniProt 1–89 未记录 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 2 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 J; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

Dynein light chain Tctex-type 1

Homo sapiens

UniProt P63172

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:12-meric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–113 链 L; UniProt 1–113 未记录 Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 2 (O43237) Dynein light chain roadblock-type 1 × 2 (Q9NP97) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2;25 mM HEPES pH 7.2, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 5 mM DTT, 5 mM ATP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYLT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–113; UniProt 1–113 作者链 L; PDB构建体 1–113; UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9bly

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9bly
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9bly
沉积日期 deposition_date2024-05-02
结构标题 titleComposite structure of full-length human dynein-1 in phi-particle conformation
关键词 keywordsdynein-1, phi-particle, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron158.40
零角强度 I(0) i021641200000.00
分子量 molecular_weight1270300.0 kDa
排除体积 excluded_volume1594900 ų
包络体积 envelope_volume3497100 ų
水化壳体积 shell_volume204170 ų
包络直径 envelope_diameter624.9
壳层 Rg shell_rg103.30
包络 Rg envelope_rg160.30
形状 Rg shape_rg158.40
总 Rg total_rg158.30
总原子数 total_atoms89391
残基数 n_residues11063
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax426.7
Rg (实空间) rg_real142.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.38
I(0) (实空间) i0_real2.0660e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5000e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal105.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18500000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8288
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary85.3
偏度 Skewness skewness0.446
峰度 Kurtosis kurtosis-0.924
角度范围 angular_range— – 0.0500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.8802
最高正则化参数 α highest_alpha380400000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.127; Oscil: 0.678; Stabil: 0.962; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.855; Smooth: 0.007

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)