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9hne

Cereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 213.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A

Homo sapiens

UniProt P15170

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 300–496 未记录 DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 300–496 未记录 DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9HNE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 301–499（199 aa） 片段：UNP residues 301-499
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
分辨率 3.80 Å R-free 0.304
3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 301–499（199 aa） 片段：UNP residues 301-499
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
分辨率 3.80 Å R-free 0.304
3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 301–499（199 aa） 片段：UNP residues 301-499
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
分辨率 3.80 Å R-free 0.304
3E1Y Crystal structure of human eRF1/eRF3 complex 提交 2008-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 301–499（199 aa） 片段：UNP residues 301-499
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5.6；288 K；50mM MES, pH5.6, 20-22% ethylene glycol, 2mM DTT, 2mM ATP, EVAPORATION, temperature 288K
分辨率 3.80 Å R-free 0.304
3J5Y Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP 提交 2013-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 69–496（428 aa） 片段：UNP residues 69-496
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 mM Tris, 100 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine supplemented with 200 units RNasin, 0.4 mM ATP, 3 mM Mg-GMPPNP；pH 7.5；20 mM Tris, 100 mM KOAc, 2.5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.25 mM spermidine supplemented with 200 units RNasin, 0.4 mM ATP, 3 mM Mg-GMPPNP
cryo-EM玻璃化条件 93 K；冷冻剂 ETHANE；plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
分辨率 9.70 Å
4D61 Cryo-EM structures of ribosomal 80S complexes with termination factors and cricket paralysis virus IRES reveal the IRES in the translocated state 提交 2014-11-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：37-meric
链 i 210–635（426 aa） 片段：G-DOMAIN, UNP RESIDUES 210-635
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP；pH 7.5；20 MM TRIS PH 7.5, 100 MM KCL, 1 MM DTT, 8.5 MM MGCL2, 0.133 MM GTP, 2.33 MM GMPPNP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 9.00 Å
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 437–633（197 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 437–633（197 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5LZT Structure of the mammalian ribosomal termination complex with eRF1 and eRF3. 提交 2016-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 80 PDB 声明：87-meric
链 jj 1–637（637 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 282 ZN ZINC ION × 8 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 ul aliquots were applied to the grid and incubated for 30 s, before blotting for 3s to remove excess solution.
分辨率 3.65 Å
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 437–633（197 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 437–633（197 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ERF3A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–197； UniProt 300–496 作者链 D； PDB构建体 1–197； UniProt 300–496

DNA damage-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q16531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–1140 未记录 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A × 1 （P15170） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–1140 未记录 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A × 1 （P15170） Protein cereblon × 1 （Q96SW2） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9HNE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10AY Cryo-EM structure of CRBN-DDB1 in complex with HBS1L and TNG961 提交 2026-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
链 F 1–1140（1140 aa）
未记录 A1C4S N-{6-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]naphthalen-1-yl}-N'-{2-[6-(trifluoromethyl)-1-benzothiophen-2-yl]propan-2-yl}urea × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.24 M sodium chloride, 3 mM TCEP, 0.2 % n-octylglucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
2HYE Crystal Structure of the DDB1-Cul4A-Rbx1-SV5V Complex 提交 2006-08-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；100mM NaHEPES, 7-9% PEG4000, 10% iso-propanol, 5mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.316
3E0C Crystal Structure of DNA Damage-Binding protein 1(DDB1) 提交 2008-07-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M Bis tris, pH 6.5,0.2 M Lithium sulfate, 25% PEG 3350, 1:6000 Protein:Chymotrypsin , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.41 Å R-free 0.283
3EI1 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 14 bp 6-4 photoproduct containing DNA-duplex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14 % PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.80 Å R-free 0.278
3EI2 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.268
3EI3 Structure of the hsDDB1-drDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；298 K；100mM Ca-Acetate, 100mM MES pH 5.7, 12-14% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3EI4 Structure of the hsDDB1-hsDDB2 complex 提交 2008-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；200 mM (NH4)2SO4; 800 mM LiSO2; 100 mM Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.30 Å R-free 0.288
3I7H Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of HBX 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3I7K Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WHX 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005 M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.271
3I7L Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of DDB2 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005 M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.289
3I7N Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDTC1 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3I7O Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of IQWD1 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.320
3I7P Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR40A 提交 2009-07-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.301
3I89 Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR22 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.304
3I8C Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR21A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.308
3I8E Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR42A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.40 Å R-free 0.338
3I8E Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of WDR42A 提交 2009-07-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；16% PEG 4000, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M MES, 0.005M DTT , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.40 Å R-free 0.338
4A08 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 13 bp CPD-duplex (purine at D-1 position) at 3.0 A resolution (CPD 1) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；100 MM MES, 25 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.6
分辨率 3.00 Å R-free 0.294
4A09 Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 15 bp CPD-duplex (purine at D-1 position) at 3.1 A resolution (CPD 2) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 21% PEG 200, pH 5.3
分辨率 3.10 Å R-free 0.308
4A0A Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.6 A resolution (CPD 3) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；100 MM MES, 28 MM NAOH, 16% PEG 350MME., pH 5.6
分辨率 3.60 Å R-free 0.347
4A0B Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.3
分辨率 3.80 Å R-free 0.319
4A0B Structure of hsDDB1-drDDB2 bound to a 16 bp CPD-duplex (pyrimidine at D-1 position) at 3.8 A resolution (CPD 4) 提交 2011-09-08 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1140（1140 aa）
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.3；100 MM MES, 15 MM NAOH, 18% PEG 350MME., pH 5.3
分辨率 3.80 Å R-free 0.319
4A0K STRUCTURE OF DDB1-DDB2-CUL4A-RBX1 BOUND TO A 12 BP ABASIC SITE CONTAINING DNA-DUPLEX 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.3；100MM TRIS-HCL PH 8.3, 33% PEG 200
分辨率 5.93 Å R-free 0.270
4A0L Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；100MM MES PH 6.2, 3.1% PEG 6000, 4% ETHYLENEGLYCOL
分辨率 7.40 Å R-free 0.320
4A0L Structure of DDB1-DDB2-CUL4B-RBX1 bound to a 12 bp abasic site containing DNA-duplex 提交 2011-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；100MM MES PH 6.2, 3.1% PEG 6000, 4% ETHYLENEGLYCOL
分辨率 7.40 Å R-free 0.320
4A11 Structure of the hsDDB1-hsCSA complex 提交 2011-09-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；1.4-1.58 M NAKPO4, 0.1 M NAMALONATE, 0-0.1 M LI2SO4, pH 8.0
分辨率 3.31 Å R-free 0.233
4CI1 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to thalidomide 提交 2013-12-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 EF2 S-Thalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACODYLATE; 80 MM NAH2PO4; 120 MM K2HPO4; 800 MM TRI-NA CITRATE., pH 6
分辨率 2.98 Å R-free 0.233
4CI2 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to lenalidomide 提交 2013-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACODYLATE PH 6.2, 80 MM NAH2PO4, 120 MM K2HPO4, 950 MM TRI-NA CITRATE.
分辨率 2.95 Å R-free 0.234
4CI3 Structure of the DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase bound to Pomalidomide 提交 2013-12-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM NA-CACOCYLATE, 80 MM NAH2PO4, 120 MM K2HPO4, 700 MM TRI-NA CITRATE., pH 6.5
分辨率 3.50 Å R-free 0.235
4E54 Damaged DNA induced UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) dimerization and its roles in chromatinized DNA repair 提交 2012-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1140（1139 aa） 片段：DNA DAMAGE-BINDING PROTEIN 1 (DDB1; p127)
突变：NT-His10-DDB1 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；20mM Tris pH 7.5, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 2mM TECP, 5% Glycerol, 0.02% azide. UV-DDB-AP24 complex (molar ratio of 1:3 UV-DDB:DNA) at 2.5 mg/mL. 'AP24' refers to synthetic DNA substrate of 24-bpr with a central abasic site mimic., VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 2.85 Å R-free 0.281
4E5Z Damaged DNA induced UV-damaged DNA-binding protein (UV-DDB) dimerization and its roles in chromatinized DNA repair 提交 2012-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；20mM Tris pH 7.5, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 2mM TECP, 5% Glycerol, 0.02% azide. UV-DDB-AP24 complex (molar ratio of 1:3 UV-DDB:DNA) at 2.5 mg/mL. 'AP24' refers to synthetic DNA substrate of 24-bpr with a central abasic site mimic., VAPOR DIFFUSION, temperature 277K
分辨率 3.22 Å R-free 0.284
4TZ4 Crystal Structure of Human Cereblon in Complex with DDB1 and Lenalidomide 提交 2014-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 10K
分辨率 3.01 Å R-free 0.271
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
分辨率 3.49 Å R-free 0.206
5V3O Cereblon in complex with DDB1 and CC-220 提交 2017-03-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BN7 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET23 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN3 methyl {(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-[(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)carbamoyl]-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl}acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet B5 (0.33% w/v 2,7-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Azelaic acid, 0.33% w/v trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.50 Å R-free 0.256
6BN8 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET55 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% PEG20K, 18% PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet G4 (0.16% w/v 3-Indolebutyric acid, 0.16% w/v Hexadecanedioic acid, 0.16% w/v Oxamic acid, 0.16% w/v Pyromellitic acid, 0.16% w/v Sebacic acid, 0.16% w/v Suberic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.99 Å R-free 0.333
6BN9 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET70 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% (w/v) PEG20K, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1M BICINE pH8.5, Silver Bullet F2 (0.2% w/v D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate, 0.2% w/v Glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% w/v L-O-Phosphoserine, 0.2% w/v O-Phospho-L-tyrosine, 0.2% w/v Phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 4.38 Å R-free 0.301
6BNB Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET57 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.34M NaH2PO4, 0.33M K2HPO4
分辨率 6.34 Å R-free 0.381
6BOY Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET6 PROTAC. 提交 2017-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN6 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]-N-(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% (v/v) Silver bullet D11 (0.25% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25% w/v 4-Aminobenzoic acid, 0.25% w/v 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, 0.25% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.33 Å R-free 0.234
6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 3.09 Å R-free 0.307
6DSZ Crystal structure of DDB1 in complex with DET1- and DDB1-associated protein 1 (DDA1) 提交 2018-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 20% (w/v) PEG4000, 180 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 3.09 Å R-free 0.307
6FCV Structure of the human DDB1-CSA complex 提交 2017-12-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium citrate, 24% PEG 3350, 0.1 M bis-tris propane pH 8.0, 3% glycerol
分辨率 2.92 Å R-free 0.245
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; 突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; 突变：;Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG),Central WD40 propeller domain (516-725 aa) replaced with a linker (sequence GNGNSG) ; ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6PAI Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and sulfonamide E7820 提交 2019-06-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M sodium HEPES, pH 7.0, 15% w/v PEG4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.252
6Q0R Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to E7820 and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 OXM OXAMIC ACID × 1 O6M 3-cyano-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.251
6Q0V Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to tasisulam and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 P7M N-[(5-bromothiophen-2-yl)sulfonyl]-2,4-dichlorobenzamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.242
6Q0W Structure of DDB1-DDA1-DCAF15 complex bound to Indisulam and RBM39 提交 2019-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain
未记录 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；20% PEG 4000
分辨率 2.90 Å R-free 0.264
6R8Y Cryo-EM structure of NCP-6-4PP(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
6R8Z Cryo-EM structure of NCP_THF2(-1)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6R90 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class A 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6R91 Cryo-EM structure of NCP_THF2(-3)-UV-DDB 提交 2019-04-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R92 Cryo-EM structure of NCP-THF2(+1)-UV-DDB class B 提交 2019-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 K 1–395（395 aa）
链 K 706–1140（435 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6SJ7 Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to RBM39 and Indisulam 提交 2019-08-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6TD3 Structure of DDB1 bound to CR8-engaged CDK12-cyclinK 提交 2019-11-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 708–1140（433 aa）
未记录 RC8 (2R)-2-({9-(1-methylethyl)-6-[(4-pyridin-2-ylbenzyl)amino]-9H-purin-2-yl}amino)butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；292 K；0.9 M ammonium citrate tribasic
分辨率 3.46 Å R-free 0.220
6UD7 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1(deltaBPB)-DDA1-RBM39 in complex with indisulam 提交 2019-09-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 EF6 N~1~-(3-chloro-1H-indol-7-yl)benzene-1,4-disulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.248
6UE5 Crystal structure of full-length human DCAF15-DDB1-deltaPBP-DDA1-RBM39 in complex with 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzenesulfonamide 提交 2019-09-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 Q5J 4-(aminomethyl)-N-(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.5 K；2% (v:v) TacsimateTM, pH 5.0, 0.1 M sodium citrate tribasic 676 dihydrate, pH 5.6, and 10-20% (w:v) polyethylene glycol 3350
分辨率 2.61 Å R-free 0.266
6UML Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex 提交 2019-10-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5
分辨率 3.58 Å R-free 0.267
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Y 1–1140（1140 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6ZUE Crystal structure of human DDB1 bound to human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；100 mM Tri-Na citrate pH 5.5 18% PEG 1000
分辨率 3.09 Å R-free 0.279
6ZX9 Crystal structure of SIV Vpr,fused to T4 lysozyme, isolated from moustached monkey, bound to human DDB1 and human DCAF1 (amino acid residues 1046-1396) 提交 2020-07-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；8-10% PEG 4000 (w/v), 200 mM MgCl2, 100 mM HEPES-NaOH, pH 7.0-8.2.
分辨率 2.52 Å R-free 0.260
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7OKQ Cryo-EM Structure of the DDB1-DCAF1-CUL4A-RBX1 Complex 提交 2021-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：Hexadecameric
链 A 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
链 I 1–1140（1140 aa）
链 M 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.40 Å
7OO3 Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA (Structure1) 提交 2021-05-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7OOB Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-ADPBeF3 (Structure2) 提交 2021-05-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：octadecameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
7OOP Pol II-CSB-CSA-DDB1-UVSSA-PAF-SPT6 (Structure 3) 提交 2021-05-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OPC Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 4) 提交 2021-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OPD Pol II-CSB-CRL4CSA-UVSSA-SPT6-PAF (Structure 5) 提交 2021-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：28-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7UKN Crystal Structure of DDB1 in Complex with the H-Box Motif of pUL145 提交 2022-04-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM MES (pH 6.5-6.7), 16% PEG 4000, 50 mM NaCl, 5 mM DTT
分辨率 2.90 Å R-free 0.261
7V7B CryoEM structure of DDB1-VprBP complex in ARM-up conformation 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7V7C CryoEM structure of DDB1-VprBP-Vpr-UNG2(94-313) complex 提交 2021-08-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 F 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
7ZN7 Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and rat STAT2 CCD 提交 2022-04-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–396（396 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：delta396-705 GNGNSG 突变：delta396-705 GNGNSG ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；45 seconds adsorption 2 seconds blot
分辨率 3.78 Å
7ZNN Cryo-EM structure of RCMV-E E27 bound to human DDB1 (deltaBPB) and full-length rat STAT2 提交 2022-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–396（396 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：Residues 396-705 have been replaced by a GNGNSG-linker 突变：Residues 396-705 have been replaced by a GNGNSG-linker ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；45 seconds adsorption 2 seconds blot
分辨率 4.80 Å
8AJM Structure of human DDB1-DCAF12 in complex with the C-terminus of CCT5 提交 2022-07-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
8AJN Structure of the human DDB1-DCAF12 complex 提交 2022-07-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8AJO Negative-stain electron microscopy structure of DDB1-DCAF12-CCT5 提交 2022-07-28 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
分辨率 30.60 Å
8B3D Structure of the Pol II-TCR-ELOF1 complex. 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：eicosameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8B3F Pol II-CSB-CSA-DDB1-ELOF1 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：nonadecameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8B3G C(N)RL4CSA-UVSSA-E2-ubiquitin complex. 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8B3I CRL4CSA-E2-Ub (state 2) 提交 2022-09-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU1 Structure of DDB1 bound to DS17-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, NDSB-256 additive
分辨率 2.98 Å R-free 0.218
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU2 Structure of DDB1 bound to DS18-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 13 RVQ ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.13 Å R-free 0.217
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 5 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU3 Structure of DDB1 bound to DS19-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RSI 2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-~{N}-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methyl]purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.49 M ammonium sulfate, ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 6.8
分辨率 3.42 Å R-free 0.213
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU4 Structure of DDB1 bound to DS22-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RQL (2~{R})-2-[[6-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methylamino]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.09 Å R-free 0.223
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU5 Structure of DDB1 bound to SR-4835-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.28 M ammonium sulphate, 0.72 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.13 Å R-free 0.220
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU6 Structure of DDB1 bound to DS55-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RQE ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-ylmethyl)-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.3
分辨率 3.45 Å R-free 0.249
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU7 Structure of DDB1 bound to 21195-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 RS5 1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]-6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methyl]-3-propan-2-yl-5H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one × 1 SO4 SULFATE ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.33 M ammonium sulfate, 0.045 M ammonium citrate, 0.07M HEPES pH 7
分辨率 3.25 Å R-free 0.219
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BU9 Structure of DDB1 bound to roscovitine-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RRC R-ROSCOVITINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.42 M ammonium sulphate, 0.63 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.07 M HEPES pH 7.0
分辨率 3.51 Å R-free 0.223
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUA Structure of DDB1 bound to 919278-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 4 RVH (2~{R})-~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate, 100 %w/v SB38D2, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.19 Å R-free 0.225
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUB Structure of DDB1 bound to dCeMM4-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RNU ~{N}-(5-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-2-yl)-3-(5-methylfuran-2-yl)carbonyl-1,3-thiazolidine-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 1 M sodium malonate additive
分辨率 3.42 Å R-free 0.237
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUC Structure of DDB1 bound to dCeMM3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RKO 2-(1~{H}-benzimidazol-2-ylsulfanyl)-~{N}-(5-chloranylpyridin-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.07 M ammonium sulfate, 0.855 ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.85 Å R-free 0.224
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUD Structure of DDB1 bound to Z7-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 14 RP9 ~{N}-(5-bromanylpyridin-2-yl)-3-(4-oxidanylidenequinazolin-3-yl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.20 Å R-free 0.220
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 16 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUE Structure of DDB1 bound to Z11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 RVU ~{N}-(1~{H}-benzimidazol-2-yl)-1-(2-methoxy-5-methyl-phenyl)-5-oxidanylidene-pyrrolidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.45 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.1
分辨率 3.25 Å R-free 0.213
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUF Structure of DDB1 bound to Z12-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 17 RW6 2-(6,7-dihydro-4~{H}-thieno[3,2-c]pyridin-5-ylmethyl)-6,7-dimethoxy-3~{H}-quinazolin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.30 Å R-free 0.220
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUG Structure of DDB1 bound to HQ461-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 3 RPW 2-[2-[(6-methylpyridin-2-yl)amino]-1,3-thiazol-4-yl]-~{N}-(5-methyl-1,3-thiazol-2-yl)ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1 M TMA additive
分辨率 3.53 Å R-free 0.231
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUH Structure of DDB1 bound to WX3-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RR9 6-[[[2-[[(2~{R})-1-oxidanylbutan-2-yl]amino]-9-propan-2-yl-purin-6-yl]amino]methyl]-3-pyridin-2-yl-1~{H}-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.7 M ammonium sulfate, 0.45 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.79 Å R-free 0.232
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUI Structure of DDB1 bound to DRF-053-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RV6 (2~{R})-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)amino]purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.50 Å R-free 0.221
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUJ Structure of DDB1 bound to DS06-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RUW (2~{R})-2-[[6-(octylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.38 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.62 Å R-free 0.206
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 CIT CITRIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUK Structure of DDB1 bound to DS08-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RWE (2~{R})-2-[[6-(naphthalen-2-ylmethylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.84 M ammonium sulfate, 0.36 M ammonium citrate, 0.07 M HEPES pH 7
分辨率 3.41 Å R-free 0.210
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 8 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUL Structure of DDB1 bound to DS11-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RSU (2~{R})-2-[[6-(3-phenylpropylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.30 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.215
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 15 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUM Structure of DDB1 bound to DS15-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 13 T6X (2R)-2-[[6-(5-naphthalen-1-ylpentylamino)-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.50 M amonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.36 Å R-free 0.212
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUN Structure of DDB1 bound to DS16-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 RNF (2~{R})-2-[[6-[(4-phenylphenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.08 Å R-free 0.211
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 9 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUO Structure of DDB1 bound to DS24-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RLC (2~{R})-2-[[6-[(3-fluoranyl-4-pyridin-2-yl-phenyl)methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.47 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 6.8
分辨率 3.58 Å R-free 0.219
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 11 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 22 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUP Structure of DDB1 bound to DS30-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 24 RWN (2~{R})-2-[[6-[3-(3-methylphenyl)propylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.44 M ammonium sulphate, 2.143 %v/v PEG 200, 0.07 M HEPES pH 7.5
分辨率 3.41 Å R-free 0.223
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUQ Structure of DDB1 bound to DS43-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 CIT CITRIC ACID × 2 RQ9 (2~{R})-2-[[6-[[1-(3-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.9 M ammonium citrate tribasic pH 7.0, Jeff600 additive
分辨率 3.20 Å R-free 0.216
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUR Structure of DDB1 bound to DS50-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQU ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.42 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.64 Å R-free 0.234
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUS Structure of DDB1 bound to DS59-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 706–1140（435 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RMX 1,3-dimethyl-5-[[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]methyl]pyrazole-4-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.40 M ammonium sulphate, 0.07 M HEPES, pH 7.0
分辨率 3.26 Å R-free 0.228
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 7 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8BUT Structure of DDB1 bound to DS61-engaged CDK12-cyclin K 提交 2022-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa）
链 G 709–1140（432 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 8 RQ5 2-[[6-[[4-(2-hydroxyethyloxy)phenyl]methylamino]-9-propan-2-yl-purin-2-yl]amino]butan-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.374 M ammonium sulfate, 0.07 M HEPES pH 7.3
分辨率 3.25 Å R-free 0.217
8CVP Cereblon-DDB1 in the Apo form 提交 2022-05-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4? coldroom
分辨率 3.40 Å
8D7U Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the linear conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7V Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.20 Å
8D7W Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7X Cereblon~DDB1 in the Apo form with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Y Cereblon-DDB1 in the Apo form with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Z Cereblon-DDB1 bound to CC-92480 and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D80 Cereblon~DDB1 bound to Iberdomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.60 Å
8D81 Cereblon~DDB1 bound to Pomalidomide 提交 2022-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG,residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG
链 A 706–1140（435 aa） 片段：residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG,residues 396 through 706 deleted, substituted with GNGNSG
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.90 Å
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 B 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 3 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 E 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8G46 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF16-BRD4(BD2)-MMH2 提交 2023-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395 + GNGNSG linker + UNP residues 706-1140
链 A 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395 + GNGNSG linker + UNP residues 706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 1 YK3 tert-butyl [(6S,10P)-4-{4-[(ethanesulfonyl)amino]phenyl}-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 2 mM TCEP, 0.011% LMNG
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；detergent added directly before grid application
分辨率 2.20 Å
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 YOT (3S)-3-{5-[(1,2-benzoxazol-3-yl)amino]-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–395（395 aa）
链 D 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8OIZ Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Pomalidomide 提交 2023-03-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.50 Å R-free 0.262
8OJH Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 提交 2023-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 VP9 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.72 Å R-free 0.254
8QH5 CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 提交 2023-09-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8ROX Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 12 提交 2024-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 A1H17 5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-~{N},~{N},3-trimethyl-furan-2-carboxamide;ethane × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8ROY Structure of the human DDB1-DDA1-DCAF15 E3 ubiquitin ligase bound to compound furan 24 提交 2024-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 A1H18 1-[5-[[3,4-bis(chloranyl)-1~{H}-indol-7-yl]sulfamoyl]-3-methyl-furan-2-yl]carbonyl-~{N}-methyl-piperidine-4-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8T9A CryoEM structure of human DDB1-DCAF12 in complex with MAGEA3 提交 2023-06-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8TL6 Cryo-EM structure of DDB1deltaB-DDA1-DCAF5 提交 2023-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25mM HEPES, pH 7.4, 200mM NaCl, 4mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.63 Å
8TNP Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:Pomalidomide:SD40 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 3.30 Å
8TNQ Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 1 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.41 Å
8TNR Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 2 提交 2023-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 deleted 突变：residues 396-705 deleted ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.50 Å
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 B 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
链 E 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8UH6 Degrader-induced complex between PTPN2 and CRBN-DDB1 提交 2023-10-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 WO8 (5P)-3-(carboxymethoxy)-4-chloro-5-(3-{[(4S)-1-({3-[(4-{1-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl}piperidine-1-carbonyl)amino]phenyl}methanesulfonyl)-2,2-dimethylpiperidin-4-yl]amino}phenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8WQR Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation 提交 2023-10-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8ZSW Crystal Structure of Human DDB1, a Component of the E3 Ubiquitin Ligase Complex 提交 2024-06-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1M MES (pH 6.5), 0.1M sodium acetate, 27%(w/v) PEG 400
分辨率 2.25 Å R-free 0.229
9BBE Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028668 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1AK9 5-(4-methoxyphenyl)-3-[(3S)-pyrrolidin-3-yl]-1,2,4-oxadiazole × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 2.00 Å R-free 0.239
9BBG Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028671 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1ALA 1H-indol-6-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 1.70 Å R-free 0.218
9BBH Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028670 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 VVP 4-methoxy-1H-indole × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9BBI Co-crystal structure of human DDB1 bound to fragment UB028669 提交 2024-04-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 A1ALB 3-([1,3]oxazolo[4,5-b]pyridin-2-yl)aniline × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/w) PEG 3350, 0.2 M di-NH4tart
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
9BJZ Structure of the human DDD-Ube2e2 complex 提交 2024-04-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
突变：residues 396-705 replaced with GNGNSG 突变：residues 396-705 replaced with GNGNSG 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.83 Å
9BZ0 Structure of an STK19-containing TC-NER complex 提交 2024-05-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 1.90 Å
9C5T Cryo EM structure of DCAF2 提交 2024-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9C5U Cryo EM structure of DCAF2:Compound 1 complex 提交 2024-06-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 A1AUM 1'-acetyl-1',4'-dihydro-3'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-3'-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9C5V Cryo EM structure of a DCAF2:degrader:BRD4 ternary complex 提交 2024-06-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 A1AUO N-({4-[(4-{[1'-(chloroacetyl)-3'-oxo-3',4'-dihydro-1'H-spiro[cyclopentane-1,2'-quinoxalin]-6'-yl]oxy}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}methyl)-2-[(6S,10P)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]acetamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9DHD The ternary complex of DDB1, DDA1, DET1 提交 2024-09-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–1140（1139 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa）
链 E 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DQD cryo-EM structure of human Cereblon/DDB1 in complex with a non-traditional CRBN binder 提交 2024-09-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–395（395 aa）
链 B 706–1140（435 aa）
突变：deletion of residues 396-705 突变：deletion of residues 396-705 ZN ZINC ION × 1 A1BEP (3R)-3-{1-methyl-6-[(piperidin-4-yl)amino]-1H-indazol-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9DWV Ternary complex of CRBN-DDB1-PPIL4 RRM domain with FPFT-2216 提交 2024-10-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9DWW Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 提交 2024-10-10 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 I 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 I 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 A 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 C 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 E 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 G 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 K 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 M 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 M 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 O 1–395（395 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
链 O 706–1140（435 aa） 片段：internal deletion of the BPB domain,internal deletion of the BPB domain
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9EJQ Crystal structure of DDB1 in complex with XS381952 提交 2024-11-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6 A1BIX (4S)-4-(3-ethoxyphenyl)-3-methyl-1-[(4R)-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl]-1,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-6-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 SO4 SULFATE ION × 7 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20.0 P3350, 0.2 di-NH4tart
分辨率 1.87 Å R-free 0.220
9ER2 PolII-TCR-STK19 structure. 提交 2024-03-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9FD2 Structure of Pol II-TC-NER-STK19 complex 提交 2024-05-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：22-meric
链 b 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9FJX Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Lenalidomide 提交 2024-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9FMR Structure of DDB1/Cdk12/Cyclin K with molecular glue SR-4835 提交 2024-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–391（391 aa）
链 A 708–1140（433 aa）
链 D 1–391（391 aa）
链 D 708–1140（433 aa）
链 G 1–391（391 aa）
链 G 708–1140（433 aa）
未记录 RMF ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-9-(1-methylpyrazol-4-yl)-2-morpholin-4-yl-purin-6-amine × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；1 M potassium citrate and 15% glycerol
分辨率 3.90 Å R-free 0.250
9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HPI Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：aa396-705 replaced with GNGNSG ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 2.93 Å
9HPJ Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 2 提交 2024-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：aa396-705 replaced with GNGNSG ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 3.10 Å
9HWG Structure of the transcribing Pol II-TCR-RECQL5 complex 提交 2025-01-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：21-meric
链 d 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9IVD Cryo-EM structure of CyclinD1 bound AMBRA1-DDB1 提交 2024-07-23 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
9J6J HBx fused DDB1 4M mutant 提交 2024-08-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1140（1140 aa）
突变：A583D,W774K,I770D,R772E 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.86 Å
9J6K HBx complexed with DDB1 提交 2024-08-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.68 Å
9LTJ Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å
9LTL Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1 complex 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
9LTO Cryo-EM structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.92 Å
9LTR Cryo-EM structure of dimeric DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex 提交 2025-02-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9LTW protein structure of DDB1-DDA1-DET1 提交 2025-02-06 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9LTZ protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 complex 提交 2025-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9LU1 protein structure of DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2 bound to COP1 dimer 提交 2025-02-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 S 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
9LUL Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 1) 提交 2025-02-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 c 1–1140（1140 aa）
链 f 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.99 Å
9LWI The head region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9LWJ The head-arm region of HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.19 Å
9LWL HBx-Smc5/6 ubiquitination complex 提交 2025-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.25 Å
9M0Y Local refinement of stacked like DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1 complex (layer 2) 提交 2025-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric
链 S 1–1140（1140 aa）
链 V 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.
分辨率 3.25 Å R-free 0.261
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.271
9NGT Crystal structure of CRBN-DDB1 and FPFT-2216 in complex with mTOR 提交 2025-02-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；70 mM MES pH 6.0, 1.8-3.2 % (w/v) PEG 3,000, and 13-24 % (w/v) PEG 200
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9NR3 CRBN-DDB1 in complex with GLUL-cN 提交 2025-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 709–1140（432 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.93 Å R-free 0.278
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9OS2 Cryo-EM structure of the DDB1/CRBN-MRT-5702-G3BP2 ternary complex 提交 2025-05-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CED (1S,3S)-2-[(2-chlorophenyl)methanesulfonyl]-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9OTY DDB1-CRBN with CK1 alpha, SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–391（391 aa）
链 A 710–1140（431 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEH N-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9OUK DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2) and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9OUL DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2), SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9Q22 Crystal structure of ternary complex Helios-ZF2:I-19:CRBN:DDB1 提交 2025-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–381（381 aa） 片段：UNP residues 1-381,706-1140
链 A 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-381,706-1140
未记录 A1CNP (3S)-3-[5-(1-benzyl-4-hydroxypiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.148 M lithium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 19.4% PEG3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.252
9Q2D Cryo-EM structure of ternary complex Ikaros-ZF2:CC-885:CRBN:DDB1 (molecular glue degrader) 提交 2025-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–395（395 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140
链 C 706–1140（435 aa） 片段：UNP residues 1-395,706-1140
未记录 ZN ZINC ION × 2 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 4 sec blot force 4
分辨率 2.94 Å
9S3R Ternary complex structure of compound 1 bound to SMARCA2 bromodomain and DCAF16:DDB1deltaBPB 提交 2025-07-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JLV 2-[6-azanyl-5-[(1~{S},5~{R})-8-[2-[(~{E})-3-(azepan-1-yl)prop-1-enyl]pyridin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]pyridazin-3-yl]phenol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Applied 3.5 uL of sample to grid. wait = 10 sec, drain = 0 sec, blot = 4 sec, blotForce = 4
分辨率 3.30 Å
9SAF Ternary PROTAC-mediated complex of BRD4-BD1/CRBN/DDB1 and JQ1-AcQ bifunctional degrader 提交 2025-08-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM8 ~{N}-[(2~{S})-1-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9SAI Ternary PROTAC-mediated complex consisting of Cereblon, DDB1 and BRD4-BD1, non-covalently linked by JQ1-AcN 提交 2025-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–395（395 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM3 N-[(2S)-1-[[(3S)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.25 mM TCEP, pH: 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
9SFM Crystal structure of Cereblon-DDB1 in complex with SB-405483 and Lenalidomide 提交 2025-08-19 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% w/v PEG 4000 0.1 M TRIS pH 8.2, 0.2 M
分辨率 2.39 Å R-free 0.244
9U7T Structure of the human DCAF8-DDB1 complex 提交 2025-03-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9UWG Structure of the human DCAF2-DDB1 complex 提交 2025-05-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1140（1140 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9W90 DDB1-DDA1-DET1-Ube2e2-COP1-c-Jun-STK40 complex 提交 2025-08-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–1140（1140 aa）
链 E 1–1140（1140 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9ZXM DDB1 delta with compound 6 提交 2026-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 A1C4E (3S,5S)-1-{(4P)-4-(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-4-yl)-3-[(propan-2-yl)oxy]benzene-1-carbonyl}-N-methyl-5-phenylpiperidine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis Tris pH 5.5-6.5, and 25% PEG 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.246
9ZXN DDB1 delta with compound 26 提交 2026-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–393（393 aa）
链 A 706–1140（435 aa）
未记录 A1C4F (3S,5S)-1-{(4P)-4-(2,2-difluoro-2H-1,3-benzodioxol-4-yl)-1-methyl-5-[(propan-2-yl)oxy]-1H-1,3-benzimidazole-7-carbonyl}-N-methyl-5-phenylpiperidine-3-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis Tris pH 5.5-6.5, and 25% PEG 3350
分辨率 2.07 Å R-free 0.235

共 202 个其他 PDB 条目、289 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DDB1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1140； UniProt 1–1140 作者链 E； PDB构建体 1–1140； UniProt 1–1140

Protein cereblon

Homo sapiens

UniProt Q96SW2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 40–442 未记录 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A × 1 （P15170） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 40–442 未记录 Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A × 1 （P15170） DNA damage-binding protein 1 × 1 （Q16531） ZN ZINC ION × 1 A1IWG 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-6-fluoranyl-1-oxidanylidene-3~{H}-isoindole-5-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 分辨率 3.90 Å R-free 0.336

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9HNE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10AY Cryo-EM structure of CRBN-DDB1 in complex with HBS1L and TNG961 提交 2026-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 40–442（403 aa）
链 E 40–442（403 aa）
未记录 A1C4S N-{6-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]naphthalen-1-yl}-N'-{2-[6-(trifluoromethyl)-1-benzothiophen-2-yl]propan-2-yl}urea × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；0.1 M HEPES (pH 7.5), 0.24 M sodium chloride, 3 mM TCEP, 0.2 % n-octylglucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
11MR Cryo-EM structure of CRBN in complex with HBS1L and TNG-4857 (focused refinement) 提交 2026-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
链 D 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1C9W N-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-2-fluoro-3-[(2-{4-[1-(trifluoromethyl)cyclopropyl]phenyl}propan-2-yl)carbamamido]benzamide × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM HEPES (pH 7.5), 240 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
4M91 crystal structure of hN33/Tusc3-peptide 1 提交 2013-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 229–240（12 aa） 片段：unp residues 229-240
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；0.2 M KSCN, 10.5% PEG 8K, 10% PEG 1K in 100 mM cacodylic acid-NaOH, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 1.10 Å R-free 0.160
4TZ4 Crystal Structure of Human Cereblon in Complex with DDB1 and Lenalidomide 提交 2014-07-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 47–427（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100mM HEPES pH 7.5, 18% PEG 10K
分辨率 3.01 Å R-free 0.271
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5FQD Structural basis of Lenalidomide induced CK1a degradation by the crl4crbn ubiquitin ligase 提交 2015-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 70 MM TRIS PH 7.0 140 MM MGCL2 7% W/V PEG 8000
分辨率 2.45 Å R-free 0.210
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 39–441（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5HXB Cereblon in complex with DDB1, CC-885, and GSPT1 提交 2016-01-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 39–441（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；280 K；200mM Sodium Citrate, Tris pH 8.5, 18% PEG 3350
分辨率 3.60 Å R-free 0.273
5V3O Cereblon in complex with DDB1 and CC-220 提交 2017-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 40–442（403 aa） 片段：residues 40-442
未记录 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200mM NaCl, 20% PEG 3350
分辨率 3.20 Å R-free 0.267
6BN7 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET23 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN3 methyl {(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2-[(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)carbamoyl]-3,9-dimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl}acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet B5 (0.33% w/v 2,7-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.33% w/v Azelaic acid, 0.33% w/v trans-Cinnamic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.50 Å R-free 0.256
6BN8 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET55 PROTAC. 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% PEG20K, 18% PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% Silver bullet G4 (0.16% w/v 3-Indolebutyric acid, 0.16% w/v Hexadecanedioic acid, 0.16% w/v Oxamic acid, 0.16% w/v Pyromellitic acid, 0.16% w/v Sebacic acid, 0.16% w/v Suberic acid, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.99 Å R-free 0.333
6BN9 Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET70 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；10% (w/v) PEG20K, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1M BICINE pH8.5, Silver Bullet F2 (0.2% w/v D-Fructose 1,6-bisphosphate trisodium salt hydrate, 0.2% w/v Glycerol phosphate disodium salt hydrate, 0.2% w/v L-O-Phosphoserine, 0.2% w/v O-Phospho-L-tyrosine, 0.2% w/v Phytic acid sodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 4.38 Å R-free 0.301
6BNB Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET57 PROTAC 提交 2017-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.34M NaH2PO4, 0.33M K2HPO4
分辨率 6.34 Å R-free 0.381
6BOY Crystal structure of DDB1-CRBN-BRD4(BD1) complex bound to dBET6 PROTAC. 提交 2017-11-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 RN6 2-[(6S)-4-(4-chlorophenyl)-2,3,9-trimethyl-6H-thieno[3,2-f][1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]diazepin-6-yl]-N-(8-{[({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)acetyl]amino}octyl)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；9% (w/v) PEG20K, 18% (v/v) PEG MME 550, 0.09M BICINE pH8.5, 9% (v/v) Silver bullet D11 (0.25% w/v 2,6-Naphthalenedisulfonic acid disodium salt, 0.25% w/v 4-Aminobenzoic acid, 0.25% w/v 5-Sulfosalicylic acid dihydrate, 0.25% w/v Naphthalene-1,3,6-trisulfonic acid trisodium salt hydrate, 0.02 M HEPES sodium pH 6.8)
分辨率 3.33 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0F Structure of DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to IKZF1(ZF2) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 36–442（407 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein solution: 350 uM IKZF1-ZF2, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: (Morpheus HT condition) 100 mM Morpheus buffer system 1 pH 6.5, 10% (v/v) Morpheus NPS solution, 15% (v/v) ethylene glycol and 9.5% (w/v) poly(ethylene glycol) 5000 monomethyl ether.
分辨率 3.25 Å R-free 0.234
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6H0G Structure of the DDB1-CRBN-pomalidomide complex bound to ZNF692(ZF4) 提交 2018-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
突变：N-terminally truncated (1-40 aa deleted) ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；Protein-drug solution: 350 uM ZNF692-ZF4, 70 uM DDB1/CRBN, 80 uM pomalidomide and in 50 mM HEPES pH 7.4, 200 mM NaCl, 0.25 mM TCEP Crystallisation solution: 14.1% (w/v) PEG 5K MME and 70 mM Tris-HCl pH 7.5
分辨率 4.25 Å R-free 0.256
6UML Structural Basis for Thalidomide Teratogenicity Revealed by the Cereblon-DDB1-SALL4-Pomalidomide Complex 提交 2019-10-09 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10% PEG MME 500, 8% PEG 20K, 210mM calcium acetate, 100mM tris pH 7.5
分辨率 3.58 Å R-free 0.267
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Z 40–442（403 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
6XK9 Cereblon in complex with DDB1, CC-90009, and GSPT1 提交 2020-06-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 40–442（403 aa）
未记录 V4M 2-(4-chlorophenyl)-N-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)-2,2-difluoroacetamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 3350, 100mM Tris-HCl (pH 7.5), 300mM sodium citrate
分辨率 3.64 Å R-free 0.245
7BQU Cereblon in complex with SALL4 and (S)-thalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa）
未记录 EF2 S-Thalidomide × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；27% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate (pH 5.5), 0.1 M magnesium chloride
分辨率 1.90 Å R-free 0.236
7BQV Cereblon in complex with SALL4 and (S)-5-hydroxythalidomide 提交 2020-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa）
突变：C366S F4U 2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-oxidanyl-isoindole-1,3-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M MES (pH 6.0), 0.2 M lithium sulfate
分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7LPS Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to Helios (IKZF2 ZF2) 提交 2021-02-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 K 47–436（390 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.57；293 K；30% (w/v) PEG3350, 0.1 M Tris pH 8.57
分辨率 3.78 Å R-free 0.303
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
7U8F Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2) and the molecular glue DKY709 提交 2022-03-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.15 Å R-free 0.243
8CVP Cereblon-DDB1 in the Apo form 提交 2022-05-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4? coldroom
分辨率 3.40 Å
8D7U Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the linear conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7V Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.20 Å
8D7W Cereblon~DDB1 bound to CC-92480 with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D7X Cereblon~DDB1 in the Apo form with DDB1 in the hinged conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Y Cereblon-DDB1 in the Apo form with DDB1 in the twisted conformation 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.40 Å
8D7Z Cereblon-DDB1 bound to CC-92480 and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.10 Å
8D80 Cereblon~DDB1 bound to Iberdomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2022-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7.0, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.60 Å
8D81 Cereblon~DDB1 bound to Pomalidomide 提交 2022-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20mM HEPES pH 7, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Manual plunge in 4 degree C cold room
分辨率 3.90 Å
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 LWK (3S)-3-[5-(1-benzylpiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8DEY Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to IKZF2(ZF2,3) and the molecular glue DKY709 提交 2022-06-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1.6 M potassium/sodium phosphate, pH 6.5
分辨率 3.70 Å R-free 0.348
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 YOT (3S)-3-{5-[(1,2-benzoxazol-3-yl)amino]-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8G66 Structure with SJ3149 提交 2023-02-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；70 MM TRIS PH 7.0, 140 MM MGCL2, 7% W/V PEG 8000
分辨率 3.45 Å R-free 0.272
8OIZ Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Pomalidomide 提交 2023-03-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.50 Å R-free 0.262
8OJH Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with compound 4 提交 2023-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 ZN ZINC ION × 1 VP9 4-azanyl-2-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-7-methoxy-isoindole-1,3-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.72 Å R-free 0.254
8RQ1 Crystal structure of CRBN-midi 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium citrate, 20% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS propane pH 6.5
分辨率 3.11 Å R-free 0.300
8RQ8 Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 QFC Mezigdomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；214 uM mezigdomide 0.2 M sodium acetate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5
分辨率 2.19 Å R-free 0.285
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQ9 Crystal structure of PROTAC CFT-1297 in complex with CRBN-midi and BRD4(BD2) 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1H2F (3~{S})-3-[7-[1-[7-[4-[6-(4-chlorophenyl)-1-methyl-spiro[[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepine-4,1'-cyclopropane]-8-yl]pyrazol-1-yl]heptyl]piperidin-4-yl]-3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5
分辨率 2.91 Å R-free 0.293
8RQA Crystal structure of CRBN-midi in complex with Lenalidomide 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 LVY S-Lenalidomide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris pH 8, 20 % w/v PEG 4000, 1.2 % myo-inositol
分辨率 2.50 Å R-free 0.342
8RQC Crystal structure of CRBN-midi in complex with mezigdomide and IKZF1 ZF2 提交 2024-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
链 D 41–187（147 aa）
链 D 249–426（178 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 QFC Mezigdomide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium sulphate, 25% (w/v) PEG 3350, and 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.286
8TNP Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:Pomalidomide:SD40 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 Y70 S-Pomalidomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 3.30 Å
8TNQ Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 1 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.41 Å
8TNR Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:PT-179:SD40, conformation 2 提交 2023-08-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MIQ 2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-5-(morpholin-4-yl)-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES/NaOH pH 7.0, 150 mM NaCl, and 3 mM TCEP. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Leica EM-GP plunge freezer with chamber conditions of 10 C and 90% relative humidity. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixture 1 diluted 10-fold--with the dilution buffer during the 1-minute incubation time--was applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C.
分辨率 2.50 Å
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8TZX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 提交 2023-08-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 U3I (3S)-3-(5-{(1R)-1-[(2R)-1-ethylpiperidin-2-yl]ethoxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 3.15 Å R-free 0.252
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U15 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to CC-220 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 8W7 (3S)-3-[4-({4-[(morpholin-4-yl)methyl]phenyl}methoxy)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.272
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U16 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-short bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 2.90 Å R-free 0.273
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8U17 The ternary complex structure of DDB1-CRBN-SALL4(ZF1,2)-long bound to Pomalidomide 提交 2023-08-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 Y70 S-Pomalidomide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Sodium malonate, 20% PEG 3350
分辨率 3.10 Å R-free 0.346
8UH6 Degrader-induced complex between PTPN2 and CRBN-DDB1 提交 2023-10-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 WO8 (5P)-3-(carboxymethoxy)-4-chloro-5-(3-{[(4S)-1-({3-[(4-{1-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-benzimidazol-5-yl}piperidine-1-carbonyl)amino]phenyl}methanesulfonyl)-2,2-dimethylpiperidin-4-yl]amino}phenyl)thiophene-2-carboxylic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 319–427（109 aa）
链 B 319–427（109 aa）
链 C 319–427（109 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9CUO Crystal structure of CRBN with compound 3 提交 2024-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 319–427（109 aa）
链 E 319–427（109 aa）
链 F 319–427（109 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 A1A0J (3S)-3-(3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 3 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；291 K；0.1M Acetate, pH4.7, 0.2M sodium chloride, 1.1M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.205
9D0W Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 提交 2024-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9D0X Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 4 (local mask) 提交 2024-08-07 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1A1I (3R)-3-(5-{4-[(2-{4-[(8-cyclopentyl-7-oxo-7,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidin-2-yl)amino]-3-methylbenzene-1-sulfonyl}-7-azaspiro[3.5]nonan-7-yl)methyl]piperidin-1-yl}-4-fluoro-3-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.84 Å
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJT Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5 提交 2024-09-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5H (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DJX Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-6 提交 2024-09-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 70–442（373 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 A1A5I (3S)-3-(5-{[(3R,6S)-1-ethyl-6-methylpiperidin-3-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M Sodium Sulfate, 0.1M BIS-TRIS Propane pH 7.5, 20% PEG3350 (Qiagen PACT G8)
分辨率 3.35 Å R-free 0.271
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DOM PVTX-405: A Potent, Highly Selective, and Orally Efficacious Molecular Glue Degrader of IKZF2 for Cancer Immunotherapy 提交 2024-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1A8N (3S)-3-(1'-benzyl-6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.4 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 7.5 27% w/v PEG 4000
分辨率 1.69 Å R-free 0.234
9DQD cryo-EM structure of human Cereblon/DDB1 in complex with a non-traditional CRBN binder 提交 2024-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BEP (3R)-3-{1-methyl-6-[(piperidin-4-yl)amino]-1H-indazol-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9DUR Cryo-EM Structure of CRBN:dHTC1:ENL YEATS 提交 2024-10-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；30 mM HEPES/NaOH pH7.4, 150 mM NaCl. DMSO concentrations were kept below 2% (v/v)
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were vitrified using a Leica EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C. Grids were first pre-incubated with 4 uL of 10 uM CRBN-agnostic IKZF1_140-196_Q146A,G151N for 1 minute and then blotted from behind for 4 s. Immediately, 4 uL of mixturewas applied to the grids before blotting for 4 s and plunging into liquid ethane at -181 C
分辨率 2.90 Å
9DWV Ternary complex of CRBN-DDB1-PPIL4 RRM domain with FPFT-2216 提交 2024-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9DWW Ternary complex of CRBN-DDB1-PDE6D with FPFT-2216 提交 2024-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 J 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 N 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9E2U Crystal structure of DDB1-CRBN-ALV1 complex bound to triple ZnF of Helios (IKZF2 ZF1-3) 提交 2024-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 1–441（441 aa）
未记录 RN9 3-[3-[[1-[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrol-3-yl]amino]phenyl]-~{N}-(3-chloranyl-4-methyl-phenyl)propanamide × 1 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20.455% PEG 3350, 0.214 M Li3 Cit
分辨率 4.11 Å R-free 0.289
9FJX Crystal structure of human CRBN-DDB1 in complex with Lenalidomide 提交 2024-05-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；291 K；0.8 microliter of CRBN-DDB1 complex at 25 mg/mL (including 1 mM compound and 2 % DMSO final) plus 0.8 microliter of a crystallisation solution consisting of 0.1 M Hepes pH 8.2, 0.2 M NaCl and 10-16 % PEG Smear Medium, plus 0.2 microliter of seeds (established from the same conditions), against 500 microliter of crystallisation solution.
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
9GAO Crystal structure of CRBNmidi in complex with 2-(4-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)phenoxy)-N-methylacetamide 提交 2024-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1IJM 2-[4-[(3~{R})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]phenoxy]-~{N}-methyl-ethanamide × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Buffer system I (Molecular Dimensions), 15.45% v/v Precipitant mix 2 (MD), 180 mM Monosaccharides (MD)
分辨率 1.95 Å R-free 0.286
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 41–187（147 aa）
链 A 249–426（178 aa）
未记录 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9GY3 Crystal structure of CRBNmidi in complex with (S)-dHTC1 提交 2024-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 41–187（147 aa）
链 C 249–426（178 aa）
未记录 A1IQT 2-[3-[2-[4-[[(5~{S})-1,3-bis(oxidanylidene)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-7-yl]sulfonylamino]piperidin-1-yl]ethylcarbamoyl]phenyl]-~{N}-cyclobutyl-imidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus H10 (0.1 M Buffer System 3 pH 8.5, 0.12 M Alcohols, 30 % Precipitant Mix 2) (Molecular Dimensions)
分辨率 2.50 Å R-free 0.303
9H59 Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with NK7-902 and NEK7 提交 2024-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 A1ISP 2-[(3S)-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]-5-[(1S,2R,5S)-2-(ethylamino)-8-azabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]isoindole-1,3-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9HPI Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 1 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
链 C 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 2.93 Å
9HPJ Cryo-EM structure of DDB1dB-CRBN-MRT-0031619, conformation 2 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
链 C 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1IW1 (3~{S})-3-[3-oxidanylidene-5-[8-(phenylcarbonyl)-2,8-diazaspiro[4.5]decan-2-yl]-1~{H}-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Sample supplemented with DDM directly before vitrification
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LEICA EMGP2
分辨率 3.10 Å
9NFQ Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-3486 in complex with NEK7 提交 2025-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 A1BX6 (3S)-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-2-(phenylmethanesulfonyl)-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.029 M HEPES salt, 0.071 M MOPS acid, 0.06 M NaNO3, 0.06 M Na2HPO4, 0.06 M (NH4)2SO4, 11 % (w/v) PEG 8,000 and 25 % (v/v) ethylene glycol.
分辨率 3.25 Å R-free 0.261
9NFR Crystal structure of CRBN-DDB1 and MRT-23227 in complex with VAV1 提交 2025-02-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BYX (3R)-3-{2-chloro-4'-[(1-methyl-1H-pyrazol-3-yl)methoxy][1,1'-biphenyl]-3-yl}piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.6 % PEG Smear Low, 6.1 % PEG Smear Medium, 4.3 % PEG Smear High, 5 % glycerol, 0.1 M CaCl2, and 0.1 M MES pH 5.8
分辨率 3.40 Å R-free 0.271
9NGT Crystal structure of CRBN-DDB1 and FPFT-2216 in complex with mTOR 提交 2025-02-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BC8 (3S)-3-[(4M)-4-(4-methoxythiophen-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]piperidine-2,6-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；70 mM MES pH 6.0, 1.8-3.2 % (w/v) PEG 3,000, and 13-24 % (w/v) PEG 200
分辨率 2.95 Å R-free 0.260
9NR3 CRBN-DDB1 in complex with GLUL-cN 提交 2025-03-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；8% v/v TacsimateTM pH 6.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.93 Å R-free 0.278
9NWS Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449) 提交 2025-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NWT Cryo-EM structure of DDB1dB:CRBN:mezigdomide:SALL4(392-449;G416A) 提交 2025-03-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 QFC Mezigdomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 150 mM NaCl, 3 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；UltrAuFoil R 0.6/1 300 mesh grids were glow-discharged for 2 min at 20 mA and 39 Pa, pre-incubated with 4 uL of 10 uM FLAG-IKZF1(140-196;Q146A/G151N) for 1 min, and blotted from behind for 4 s. 4 uL of the sample was then applied to the grid. Grids were vitrified using an EM GP plunge freezer operated at 90% humidity and 10 C with 0 s pre-blot, 4 s blot, and 0 s post-blot.
分辨率 2.70 Å
9NYR Cryo-EM structure of CDK2/CyclinE1 in complex with CRBN/DDB1 and Cpd 24 提交 2025-03-28 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 A1B7G N-{(1R,4S)-4-[(4-{3-chloro-4-[(3R)-2,6-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyridin-3-yl]phenyl}piperazin-1-yl)methyl]cyclohexyl}-4-({4-[(3S)-3-hydroxy-3-methylpiperidin-1-yl]-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl}amino)-3-methylbenzene-1-sulfonamide × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50mM HEPES, pH 7.5, 150mM NaCl, 2mM TCEP, 2 mM FFC8, protein = 13.4 mg/ml
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9O91 Structure of IKZF2:CRBN:Compound 5 ternary structure 提交 2025-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 318–426（109 aa） 片段：CULT domain
未记录 A1CAC (3S)-3-[(5M)-1-oxo-5-{4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.2 M Magnesium chloride 0.1 M TRIS pH 8.5 33 % w/v PEG 4000
分辨率 1.86 Å R-free 0.218
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODR Structure of CRBN TBD bound to compound C1 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAV (3S)-3-(6-oxo-6,8-dihydro-2H,7H-spiro[furo[2,3-e]isoindole-3,4'-piperidin]-7-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.42 Å R-free 0.228
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9ODS Structure of CRBN TBD bound to compound C3 提交 2025-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 319–426（108 aa） 片段：TBD domain
未记录 A1CAW (1P)-1-[(4S)-8H-spiro[furo[2,3-c]imidazo[1,2-a]pyridine-7,4'-piperidin]-3-yl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2M tri-Sodium citrate 18 % w/v PEG 3,350
分辨率 2.61 Å R-free 0.248
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHQ Structure of CRBN:IKZF2:Compound 15 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1CBH (3S)-3-[(5M)-5-{1-methyl-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2M Magnesium Chloride, 0.5M Sodium Chloride, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.201
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OHR Structure of CRBN:IKZF2:Compound 35 提交 2025-05-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 319–426（108 aa）
未记录 A1CBG (3S)-3-[(5M)-5-{1-(oxetan-3-yl)-4-[(pyrrolidin-1-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.5 M Sodium Chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.1, 32.5% w/v PEG 3350
分辨率 2.34 Å R-free 0.290
9OS2 Cryo-EM structure of the DDB1/CRBN-MRT-5702-G3BP2 ternary complex 提交 2025-05-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 47–424（378 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CED (1S,3S)-2-[(2-chlorophenyl)methanesulfonyl]-N-{[(4R)-3-(2,4-dioxo-1,3-diazinan-1-yl)imidazo[1,2-a]pyridin-7-yl]methyl}-1-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9OTY DDB1-CRBN with CK1 alpha, SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 46–427（382 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEH N-{2-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9OUK DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2) and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
9OUL DDB1-CRBN with Ikaros(ZF2), SB-405483, and DEG-47: composite map and model submission 提交 2025-05-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–427（427 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 A1CEK N-{2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}benzamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；10mM HEPES, 240mM NaCl, 3mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9Q03 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BCL6-760 (LDD, local refined) 提交 2025-08-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CM7 (3R)-3-(6-{4-[(5-chloro-4-{[3-(3-hydroxy-3-methylbutyl)-1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-5-yl]amino}pyrimidin-2-yl)(methyl)amino]piperidin-1-yl}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9Q22 Crystal structure of ternary complex Helios-ZF2:I-19:CRBN:DDB1 提交 2025-08-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 41–442（402 aa）
未记录 A1CNP (3S)-3-[5-(1-benzyl-4-hydroxypiperidin-4-yl)-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.148 M lithium citrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 19.4% PEG3350
分辨率 3.41 Å R-free 0.252
9Q2D Cryo-EM structure of ternary complex Ikaros-ZF2:CC-885:CRBN:DDB1 (molecular glue degrader) 提交 2025-08-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 85C 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl}methyl)urea × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 4 sec blot force 4
分辨率 2.94 Å
9Q33 Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5 提交 2025-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–442（442 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CN1 N-({(4R)-7-[(1S)-2-amino-1-(4-bromo-2-methylphenyl)-2-oxoethyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-yl}methyl)-13-{4-[(3R)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]anilino}tridecanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.20 Å
9SAF Ternary PROTAC-mediated complex of BRD4-BD1/CRBN/DDB1 and JQ1-AcQ bifunctional degrader 提交 2025-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM8 ~{N}-[(2~{S})-1-[[(3~{S})-2,6-bis(oxidanylidene)piperidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,10,12-tetraen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
9SAI Ternary PROTAC-mediated complex consisting of Cereblon, DDB1 and BRD4-BD1, non-covalently linked by JQ1-AcN 提交 2025-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 2–442（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JM3 N-[(2S)-1-[[(3S)-2,5-bis(oxidanylidene)pyrrolidin-3-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-9-[2-[(9S)-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]nonanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 0.25 mM TCEP, pH: 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.66 Å
9SFM Crystal structure of Cereblon-DDB1 in complex with SB-405483 and Lenalidomide 提交 2025-08-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 46–427（382 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 LVY S-Lenalidomide × 1 A1CEG N-[3-(benzyloxy)pyridin-2-yl]-N'-(4-cyano-2-hydroxyphenyl)urea × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；20% w/v PEG 4000 0.1 M TRIS pH 8.2, 0.2 M
分辨率 2.39 Å R-free 0.244
9UUM Cryo-EM structure of mezigdomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.41 Å
9V0A Cryo-EM structure of pomalidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.69 Å
9V0B Cryo-EM structure of avadomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.54 Å
9V0F Cryo-EM structure of cemsidomide-organized CRL4-DDB1-CRBN-IKZF3(ZF2-ZF3)-UbcH5a-Ub ubiquitylation assembly 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 41–442（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.71 Å
9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 45–425（381 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9Y7D Cereblon with Golcadomide and Ikaros ZF1-2-3 提交 2025-09-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 40–442（403 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 A1AF4 Golcadomide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.26 Å
9YA9 Cryo-EM structure of ternary complex BCL6-CRBN-DDB1 with BMS-986458 (local refined), a potent and selective BCL6 ligand directed degrader (LDD) 提交 2025-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–442（442 aa）
未记录 A1CTU (3R)-3-(6-{[(3R,4R)-1-{5-chloro-4-[(1-methyl-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indol-5-yl)amino]pyrimidin-2-yl}-3-methylpiperidin-4-yl]amino}-1-methyl-1H-indazol-3-yl)piperidine-2,6-dione × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å

共 93 个其他 PDB 条目、140 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRBN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 2–404； UniProt 40–442 作者链 F； PDB构建体 2–404； UniProt 40–442

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hne

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hne
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9hne
沉积日期 deposition_date2024-12-10
最后修订 last_revision2025-10-22
结构标题 titleCereblon in complex with DDB1, GSPT1 and Compound-1
关键词 keywordsCRBN, GSPT1, TPD, Molecular glue, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron63.19 Å
零角强度 I(0) i03833890000.00
分子量 molecular_weight344240.0 kDa
排除体积 excluded_volume332830 ų
包络体积 envelope_volume693750 ų
水化壳体积 shell_volume97440 ų
包络直径 envelope_diameter266.6 Å
壳层 Rg shell_rg58.74 Å
包络 Rg envelope_rg63.71 Å
形状 Rg shape_rg63.17 Å
总 Rg total_rg63.16 Å
总原子数 total_atoms26021
残基数 n_residues3292
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax213.1 Å
Rg (实空间) rg_real62.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.95 Å
I(0) (实空间) i0_real3.8170e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.6550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal61.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3823000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8409
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary68.2 Å
偏度 Skewness skewness0.629
峰度 Kurtosis kurtosis0.073
角度范围 angular_range— – 0.1250 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0258
最高正则化参数 α highest_alpha109600000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.592
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)