9n0v

Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, KFA-027

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 127.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9n0v
沉积日期 deposition_date	2025-01-24
结构标题 title	Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, KFA-027
关键词 keywords	HIV capsid hexamer, capsid inhibitor, long-acting inhibitor, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.61 Å
零角强度 I(0) i0	163209000.00
分子量 molecular_weight	101090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125840 Å³
包络体积 envelope_volume	174730 Å³
水化壳体积 shell_volume	41418 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.90 Å
包络 Rg envelope_rg	35.92 Å
形状 Rg shape_rg	36.62 Å
总 Rg total_rg	36.89 Å
总原子数 total_atoms	14020
残基数 n_residues	880
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	163200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8534
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.431
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.058
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10330000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.653

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein p24
分子量 formula_weight	24386.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	14020

PIVQNLQGQMVHQCISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSCGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILDIRQGPKEPFRDYVDRFYKTLRAEQASQEVKNAATETLLVQNANPDCKTILKALGPGATLEEMMTACQG

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	;N-[(1S)-1-{(3M)-3-[4-chloro-3-(methanesulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl]-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl}-2-phenylethyl]-2-[(3bS,4aR)-5,5-difluoro-3-(trifluoromethyl)-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide ;
分子量 formula_weight	932.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	153.320 Å
晶胞边长 b length_b	153.320 Å
晶胞边长 c length_c	112.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	42.880 Å
R 因子 r_factor	0.2771
R_work r_work	0.2735
R_free r_free	0.3094

fit	/app/data/saxs_computation/n0/9n0v/9n0v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/n0/9n0v/9n0v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/n0/9n0v/9n0v.dat

Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, KFA-027

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)