Protease
Human immunodeficiency virus 1
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 489–587 链 B； UniProt 489–587 | 未记录 | DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 A1CM6 (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-4-[(2-ethylbutyl){4-[(1S)-1-hydroxyethyl]benzene-1-sulfonyl}amino]-3-hydroxybutan-2-yl}carbamate × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5 | 分辨率 1.80 Å R-free 0.253 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 9PZ1 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1A43 STRUCTURE OF THE HIV-1 CAPSID PROTEIN DIMERIZATION DOMAIN AT 2.6A RESOLUTION 提交 1998-02-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
277–362（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID PROTEIN RESIDUES 146-231 (CAPSID NUMBERING)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；pH 5.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.281 |
| 1A8O HIV CAPSID C-TERMINAL DOMAIN 提交 1998-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
283–351（69 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 151 - 231
|
突变：SELENOMETHIONINE SUBSTITUTIONS, L151MSE, M185MSE, M214MSE, M215MSE 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；CRYSTALS OF CA(151-231) WERE GROWN AT 4C IN 4 MICROLITER SITTING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION (2.1 MM CA(151-231) IN 10MM TRIS (PH 8.0) AND 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR SOLUTION (2.0 M AMMONIUM SULFATE), vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.253 |
| 1AFV HIV-1 CAPSID PROTEIN (P24) COMPLEX WITH FAB25.3 提交 1997-03-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
132–282（151 aa）
片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1 - 151
链 B
132–282（151 aa）
片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1 - 151
|
未记录 | PB LEAD (II) ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；16% PEG 3350, 50 MM BISTRIS-HCL, PH 7.0, 0.1% BETA-OCTYLGLUCOSIDE, 1 MM NAN3
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.324 |
| 1AK4 HUMAN CYCLOPHILIN A BOUND TO THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID 提交 1997-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
132–276（145 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
突变：DELETION MUTANT DEL(152-231) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；THE PROTEIN SOLUTION WAS 0.25 MM CYPA AND 0.25 MM CA(151) IN 10 MM TRISHCL (PH 8.0) AND 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL. THE RESERVOIR SOLUTION WAS 1ML OF 1.0 M LICL, 0.1 M BICINE (PH 7.0), AND 22% POLYETHYLENE GLYCOL 8000. THE INITIAL DROP WAS 6 MICROL OF A 1:1 MIX OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.306 |
| 1AK4 HUMAN CYCLOPHILIN A BOUND TO THE AMINO-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID 提交 1997-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
132–276（145 aa）
片段：N-TERMINAL DOMAIN
|
突变：DELETION MUTANT DEL(152-231) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；THE PROTEIN SOLUTION WAS 0.25 MM CYPA AND 0.25 MM CA(151) IN 10 MM TRISHCL (PH 8.0) AND 1 MM 2-MERCAPTOETHANOL. THE RESERVOIR SOLUTION WAS 1ML OF 1.0 M LICL, 0.1 M BICINE (PH 7.0), AND 22% POLYETHYLENE GLYCOL 8000. THE INITIAL DROP WAS 6 MICROL OF A 1:1 MIX OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS.
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.306 |
| 1AUM HIV CAPSID C-TERMINAL DOMAIN (CAC146) 提交 1997-08-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
282–351（70 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 146 - 231
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；CRYSTALS OF CAC(146-231) WERE GROWN AT 4C IN 8 MICROLITER SITTING DROPS CONTAINING A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN SOLUTION (2.1 MM CA(151-231) IN 10 MM TRIS (PH 8.0) AND 2 MM 2-MERCAPTOETHANOL) AND RESERVOIR SOLUTION (2.0 M AMMONIUM SULFATE), vapor diffusion - sitting drop
|
分辨率 3.00 Å |
| 1B92 MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K, G149A | CAC CACODYLATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.289 |
| 1B92 MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K, G149A | CAC CACODYLATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.289 |
| 1B9D MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K | CAC CACODYLATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.278 |
| 1B9D MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K | CAC CACODYLATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.278 |
| 1B9F MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K, G140A, G149A | CAC CACODYLATE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 1B9F MOBILITY OF AN HIV-1 INTEGRASE ACTIVE SITE LOOP IS CORRELATED WITH CATALYTIC ACTIVITY 提交 1999-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN
|
突变：F185K, G140A, G149A | CAC CACODYLATE ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；pH 6.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.280 |
| 1BAJ HIV-1 CAPSID PROTEIN C-TERMINAL FRAGMENT PLUS GAG P2 DOMAIN 提交 1998-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
275–376（102 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN OF HIV-1 CAPSID PROTEIN (RESIDUES 146-229 CAPSID NUMBERING) FOLLOWED BY THE 14 AMINO ACID P2 DOMAIN OF GAG
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5；pH 5.0
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.275 |
| 1BHL CACODYLATED CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE 提交 1998-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
772–922（151 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 50 - 212
|
突变：F185H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；3-9% PEG 8000, 0.4M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.264 |
| 1BI4 CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE 提交 1998-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1196–1355（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
链 B
1196–1355（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
链 C
1196–1355（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
|
突变：F185H 突变：F185H 突变：F185H | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；435 MM SODIUM CITRATE, 50 MM HEPES-HCL, PH 7.5, 7.5 MM DTT, PROTEIN CONCENTRATION, 0.13 MM
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.271 |
| 1BIS HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN 提交 1998-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
762–924（163 aa）
片段：CORE DOMAIN
链 B
762–924（163 aa）
片段：CORE DOMAIN
|
突变：W131E, F185K 突变：W131E, F185K | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.256 |
| 1BIU HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH MG++ 提交 1998-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
762–927（166 aa）
片段：CORE DOMAIN
链 B
762–927（166 aa）
片段：CORE DOMAIN
|
突变：W131E, F185K 突变：W131E, F185K | MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT, 5 MM MGCL2
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.265 |
| 1BIU HIV-1 INTEGRASE CORE DOMAIN COMPLEXED WITH MG++ 提交 1998-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
762–927（166 aa）
片段：CORE DOMAIN
|
突变：W131E, F185K | MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 100 MM HEPES, PH 7.0, 5 MM DTT, 5 MM MGCL2
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.265 |
| 1BL3 CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE 提交 1998-07-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
765–924（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
链 B
765–924（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
链 C
765–924（160 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
|
突变：F185H 突变：F185H 突变：F185H | MG MAGNESIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；435MM SODIUM CITRATE, 50MM HEPES-HCL PH 7.5, 7.5MM DTT, [PROTEIN]=0.13MM
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.279 |
| 1ITG CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE: SIMILARITY TO OTHER POLYNUCLEOTIDYL TRANSFERASES 提交 1994-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
762–927（166 aa）
|
未记录 | CAC CACODYLATE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.30 Å |
| 1WJB SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ZN BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE (D FORM), NMR, 40 STRUCTURES 提交 1997-05-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
716–770（55 aa）
链 B
716–770（55 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；293 K
|
分辨率未提供 |
| 1WJD SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL ZN BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE (E FORM), NMR, 38 STRUCTURES 提交 1997-05-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
716–770（55 aa）
链 B
716–770（55 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；293 K
|
分辨率未提供 |
| 20XX HIV-1 integrase core domain in complex with potent allosteric inhibitors 提交 2025-12-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1MCX (2~{S})-2-[(3~{a}~{R},7~{a}~{R})-1'-ethyl-5'-methyl-spiro[1,3,3~{a},4,5,6,7,7~{a}-octahydroindene-2,3'-indene]-4'-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium cacodylate, 0.2 M ammonium sulfate, 20% (w/v) PEG8000, 25% (w/v) PEG 200 and 5 mM DTT solution and flash-frozen in liquid nitrogen.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.251 |
| 2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：HIV-1 integrase
链 B
765–927（163 aa）
片段：HIV-1 integrase
|
突变：F185K 突变：F185K | PO4 PHOSPHATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.226 |
| 2B4J Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and LEDGF/p75 提交 2005-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：HIV-1 integrase
链 B
765–927（163 aa）
片段：HIV-1 integrase
|
突变：F185K 突变：F185K | PO4 PHOSPHATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 8 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；295 K；PEG-3350, Na2HPO4, NaH2PO4, KH2PO4, NACL, HEPES, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.226 |
| 2GOL Xray Structure of Gag278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 1-131
链 B
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 132-277)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；294 K；28% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.258 |
| 2GOL Xray Structure of Gag278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 132-277)
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；294 K；28% PEG 8000, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.258 |
| 2GON Xray Structure of Gag133-278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 133-278)
|
突变：A224E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；286 K；0.2 M BiAmmonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 2GON Xray Structure of Gag133-278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 133-278)
|
突变：A224E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；286 K；0.2 M BiAmmonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 2GON Xray Structure of Gag133-278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 133-278)
|
突变：A224E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；286 K；0.2 M BiAmmonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 2GON Xray Structure of Gag133-278 提交 2006-04-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
132–277（146 aa）
片段：N-terminal Domain (residues 133-278)
|
突变：A224E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；286 K；0.2 M BiAmmonium Citrate, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.257 |
| 2H3F Solution structure of the HIV-1 MA protein 提交 2006-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 2-132
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
50mM phosphate buffer, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2H3I Solution structure of the HIV-1 myristoylated Matrix protein 提交 2006-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 2-132
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
50mM phosphate buffer, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2H3Q Solution structure of HIV-1 myrMA bound to di-C4-phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate 提交 2006-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 2-132
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 1 PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
50mM phosphate buffer, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2H3V Structure of the HIV-1 Matrix protein bound to di-C8-phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate 提交 2006-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 2-132
|
未记录 | PIO [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
50mM phosphate buffer, 5mM DTT, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2H3Z Structure of the HIV-1 matrix protein bound to di-C4-phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate 提交 2006-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
片段：residues 2-132
|
未记录 | PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
50mM phosphate buffer, 5mM DTT, 10% H2O, 10% D2O | 10% H2O + 10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2HMX HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 MATRIX PROTEIN 提交 1995-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–131（131 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率未提供 |
| 2HVP THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ASPARTYL PROTEASE FROM HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS HIV-1 提交 1989-04-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
24–122（99 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 2ITG CATALYTIC DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE: ORDERED ACTIVE SITE IN THE F185H CONSTRUCT 提交 1996-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
765–927（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN 50 - 212
|
突变：F185H | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；3-9% PEG 8000, 0.4M AMMONIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 6.5
|
分辨率 2.60 Å |
| 2JPR Joint refinement of the HIV-1 CA-NTD in complex with the assembly inhibitor CAP-1 提交 2007-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–277（145 aa）
片段：sequence database residues, 133-277
|
未记录 | JPR 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-{2-[({5-[(dimethylamino)methyl]-2-furyl}methyl)thio]ethyl}urea × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient
NMR样品组成
100-700 uM [U-15N] sodium phosphate, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2JYG Solution Structure of the W184A/M185A Mutant of the Carboxy-terminal Dimerization Domain of the HIV-1 Capsid Protein 提交 2007-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
280–363（84 aa）
片段：residues 280-363
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Protein, 1 mM [U-98% 15N] Protein, 1 mM [U-95% 13C] Protein, 90% v/v H2O, 10% mM [U-100% 2H] D2O, 50 mM sodium phosphate, 90%H2o/10%D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2JYL Solution Structure of A Double Mutant of The Carboxy-terminal Dimerization Domain of The HIV-1 Capsid Protein 提交 2007-12-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
280–363（84 aa）
|
突变：W184A, M185A | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成
1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Protein, 50 mM sodium phosphate, 90%H2o/10%D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-98% 15N] Protein, 50 mM sodium phosphate, 90%H2o/10%D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-95% 13C] Protein, 50 mM sodium phosphate, 90%H2o/10%D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Protein, 50 mM sodium phosphate, 100%D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-98% 15N] Protein, 50 mM sodium phosphate, 100%D2O | 100% D2O
NMR样品组成
1 mM [U-95% 13C] Protein, 50 mM sodium phosphate, 100%D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LYA Structure of HIV-1 myr(-) matrix protein in complex with 1,2-dioctanoyl-sn-phosphatidylcholine 提交 2012-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–132（131 aa）
|
未记录 | PC8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.4 mM [U-95% 13C] MA, 0.8-1.0 mM 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.4-1.0 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] MA, 0.8-1.0 mM 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LYB Structure of HIV-1 myr(-) matrix protein in complex with 1,2-dioctanoyl-sn-phosphatidyl-L-serine 提交 2012-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–132（131 aa）
|
未记录 | 8SP O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成
0.4 mM [U-95% 13C] MA, 0.8-1.0 mM 1,2-dioctanoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine, sodium salt, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.4-1.0 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] MA, 0.8-1.0 mM 1,2-dioctanoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine, sodium salt, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M3Z NMR solution structure of HIV-1 nucleocapsid protein in complex with an inhibitor displaying a 2 inhibitors:1 NC stoichiometry 提交 2013-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
378–432（55 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 1HF (3E)-3-{(2Z)-[(5Z)-5-(furan-2-ylmethylidene)-4-oxo-1,3-thiazolidin-2-ylidene]hydrazinylidene}-2-oxo-2,3-dihydro-1H-indole-5-sulfonic acid × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0.025；压力 ambient
NMR样品组成
250 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 500 uM inhibitor, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M8L HIV capsid dimer structure 提交 2013-05-23 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M8N HIV-1 capsid monomer structure 提交 2013-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2M8P The structure of the W184AM185A mutant of the HIV-1 capsid protein 提交 2013-05-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：W184A, M185A | 未记录非水小分子 |
实验方法未声明
NMR测量条件
pH 6.5；308 K；压力 ambient
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] entity, 1 mM EDTA, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2ONT A swapped dimer of the HIV-1 capsid C-terminal domain 提交 2007-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
277–352（76 aa）
片段：capsid C-terminal domain, residues 278-353
|
突变：deletion of Ala177 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；277 K；Reservoir: 0.1 M Sodium phosphate pH 6.75, 28% v/v PEG 1500, 15% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.294 |
| 2PWM Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E real cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 B
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 2PWM Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E real cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 D
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 2PWM Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E real cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 F
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 2PWM Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E real cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 H
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, and 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 2PWO Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E Psuedo Cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 B
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.216 |
| 2PWO Crystal Structure of HIV-1 CA146 A92E Psuedo Cell 提交 2007-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
链 D
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
突变：A92E 突变：A92E | CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；294 K；24% PEG 4500, 0.60 M MgCl2, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.216 |
| 2PXR Crystal Structure of HIV-1 CA146 in the Presence of CAP-1 提交 2007-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；286 K；100 mM Tris pH, 5% PEG 8000, 20% PEG 300, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 2PXR Crystal Structure of HIV-1 CA146 in the Presence of CAP-1 提交 2007-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；286 K；100 mM Tris pH, 5% PEG 8000, 20% PEG 300, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 2PXR Crystal Structure of HIV-1 CA146 in the Presence of CAP-1 提交 2007-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：N-Terminal Domain
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 ZN ZINC ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；286 K；100 mM Tris pH, 5% PEG 8000, 20% PEG 300, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 2XV6 Crystal structure of the HIV-1 capsid protein C-terminal domain (146- 220) in complex with a camelid VHH. 提交 2010-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
278–352（75 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-352
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
30% PEG 4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.195 |
| 2XV6 Crystal structure of the HIV-1 capsid protein C-terminal domain (146- 220) in complex with a camelid VHH. 提交 2010-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
278–352（75 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-352
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
30% PEG 4000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.195 |
| 2XXM Crystal structure of the HIV-1 capsid protein C-terminal domain in complex with a camelid VHH and the CAI peptide. 提交 2010-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
278–352（75 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-352
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
30% PEG4000, 200MM AMMONIUM ACETATE, 100MM SODIUM ACETATE PH 4.6
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.217 |
| 3AV9 Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 ACY ACETIC ACID × 4 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.202 |
| 3AVA Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.200 |
| 3AVB Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 3 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.194 |
| 3AVC Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.77 Å R-free 0.196 |
| 3AVF Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1356（160 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1356（160 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.199 |
| 3AVG Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 3AVH Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.200 |
| 3AVI Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 1 ACY ACETIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.194 |
| 3AVJ Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.198 |
| 3AVK Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 ACY ACETIC ACID × 2 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.199 |
| 3AVL Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.194 |
| 3AVM Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.197 |
| 3AVN Crystal structures of novel allosteric peptide inhibitors of HIV integrase in the LEDGF binding site 提交 2011-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CCD domain (UNP RESIDUES 1197-1359)
|
突变：C56S, F139D, F185H 突变：C56S, F139D, F185H | SO4 SULFATE ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40mM Tris pH 8.0, 250mM NaCl, 30mM MgCl2, 5mM DTT, 1.6-2.0M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate buffer pH 5.0-5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.205 |
| 3DIK Pseudo-atomic model of the HIV-1 CA hexameric lattice 提交 2008-06-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–351（219 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY
cryo-EM缓冲液
17.5%(w/v) PEG 20,000, 50mM Na Cacodylate, 100mM Calcium Acetate；pH 6.5；17.5%(w/v) PEG 20,000, 50mM Na Cacodylate, 100mM Calcium Acetate
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Washed with 0.1M KCl, blotted briefly, and plunged into liquid ethane
|
分辨率 9.00 Å |
| 3H47 X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：A14C,E45C,W184A,M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10-12% PEG 8,000, 100 mM sodium malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.270 |
| 3H4E X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 B
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 C
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 D
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 E
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 F
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10-12% PEG 8,000, 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 3H4E X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2009-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 H
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 I
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 J
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 K
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
链 L
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A 突变：A14C,E45C,W184A,M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；10-12% PEG 8,000, 100 mM Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.263 |
| 3MGE X-ray Structure of Hexameric HIV-1 CA 提交 2010-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
片段：UNP residues 133-363
|
突变：A42C, T54C, W184A, M185A | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 8,000
2% Tacsimate
100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.255 |
| 3WNE Cyclic hexapeptide PKIDNG in complex with HIV-1 integrase 提交 2013-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
链 B
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
|
突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H | CD CADMIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.15M SODIUM CITRATE, 5mM CADMIUM CHLORIDE , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.228 |
| 3WNF Cyclic hexapeptide CKIDNC in complex with HIV-1 integrase 提交 2013-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
链 B
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
|
突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H | CD CADMIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.15M SODIUM CITRATE, 5MM CADMIUM CHLORIDE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.232 |
| 3WNG Cyclic hexapeptide PKIDNp in complex with HIV-1 integrase 提交 2013-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
链 B
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
|
突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H | CD CADMIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M Ammonium Sulfate, 0.15M Sodium Citrate, 5MM Cadmium Chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.222 |
| 3WNH Cyclic hexapeptide PKZDNv in complex with HIV-1 integrase 提交 2013-12-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
链 B
1203–1359（157 aa）
片段：Catalytic core domain, UNP residue 1203-1359
|
突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H 突变：C56S, S123G, T124A, K127R, W131D, F139D, F185H | CD CADMIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；1.8M Ammonium Sulfate, 0.15M Sodium Citrate, 5MM Cadmium Chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.227 |
| 4AH9 Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | 0MB 1-(3-PHENYL-1,2,4-THIADIAZOL-5-YL)-1,4-DIAZEPANE × 2 SO4 SULFATE ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 2 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 5.5；100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 M TO 1.5 M AMMONIUM SULFATE. THE PROTEIN WAS IN 40 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5 MM DTT. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.209 |
| 4AHR Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | SO4 SULFATE ION × 8 ACY ACETIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 2 I2E 3-(1,3-benzodioxol-5-yl)propanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.234 |
| 4AHS Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC CORE DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1 AKH 1-BENZOFURAN-7-CARBOXYLIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.248 |
| 4AHT Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：INTEGRASE, RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：INTEGRASE, RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | SO4 SULFATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 2 Q6T 1,3-benzodioxole-4-carboxylic acid × 2 ACY ACETIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.198 |
| 4AHU Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：INTEGRASE RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：INTEGRASE RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | SO4 SULFATE ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 ICO 1H-INDOLE-3-CARBOXYLIC ACID × 2 ACY ACETIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250MM NACL, 30MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.198 |
| 4AHV Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification 提交 2012-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
链 B
1197–1359（163 aa）
片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1197-1359
|
突变：YES 突变：YES | SO4 SULFATE ION × 6 ACY ACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 2 Z5P 1-[2-(1H-pyrazol-1-yl)phenyl]methanamine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PROTEIN: 5.5MG/ML IN 40 MM TRIS BUFFER AT PH 8.0, 250 MM NACL, 30 MM MGCL2, 5MM DTT. CRYSTALLANT: 100 MM SODIUM ACETATE PH 5.0 TO 5.5, 1.2 TO 1.5 M AMMONIUM SULFATE AT 20C IN SITTING DROP PLATES. FRAGMENTS WERE SOAKED INTO PREFORMED CRYSTALS 24-48 HOURS PRIOR TO DATA COLLECTION.
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.224 |
| 4COC HIV-1 capsid C-terminal domain mutant (Y169L) 提交 2014-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG 4000, 0.2 M LISO4, 0.1 M TRIS PH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.223 |
| 4COC HIV-1 capsid C-terminal domain mutant (Y169L) 提交 2014-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
突变：YES | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG 4000, 0.2 M LISO4, 0.1 M TRIS PH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.223 |
| 4COC HIV-1 capsid C-terminal domain mutant (Y169L) 提交 2014-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
突变：YES | SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 8.5；30% PEG 4000, 0.2 M LISO4, 0.1 M TRIS PH 8.5
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.223 |
| 4COP HIV-1 capsid C-terminal domain mutant (Y169S) 提交 2014-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
链 B
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
突变：YES 突变：YES | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 10.5；1.2 M NAH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.1 M CAPS PH 10.5 AND 0.2 M LISO4
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.247 |
| 4DMN HIV-1 Integrase Catalytical Core Domain 提交 2012-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | ARS ARSENIC × 2 SO4 SULFATE ION × 2 0L9 (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](methoxy)ethanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.5 K；10% PEG 8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulfate, Vapor Diffusion, hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.276 |
| 4DMN HIV-1 Integrase Catalytical Core Domain 提交 2012-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | ARS ARSENIC × 4 SO4 SULFATE ION × 4 0L9 (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](methoxy)ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.5 K；10% PEG 8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulfate, Vapor Diffusion, hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 2.45 Å R-free 0.276 |
| 4E1M Crystal Structure of HIV-1 Integrase with a non-catayltic site inhibitor 提交 2012-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TQ2 (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dimethylphenyl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG 8000, 100mM NaCacodylate, 200mM ammonium sulfate, 5mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.273 |
| 4E1N Crystal Structure of HIV-1 Integrase with a non-catayltic site inhibitor 提交 2012-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | TQX (2S)-tert-butoxy[4-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；8% PEG 8000, 100mM NaCacodylate, 200mM ammonium sulfate, 5mM DTT, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.265 |
| 4GVM HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain A128T Mutant Complexed with Allosteric Inhibitor 提交 2012-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：UNP residues 1197-1359
|
突变：A128T | ARS ARSENIC × 4 LF2 (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](tert-butoxy)ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Na Acetate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.16 Å R-free 0.249 |
| 4GW6 HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor 提交 2012-08-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
片段：UNP residues 1197-1359
|
未记录 | ARS ARSENIC × 4 LF2 (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](tert-butoxy)ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；277.5 K；10% PEG8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulphate, Vapor Diffusion, hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.238 |
| 4ID1 HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor 提交 2012-12-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | LF0 (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.5 K；10% PEG8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulphate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.234 |
| 4IPY HIV capsid C-terminal domain 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
链 B
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
链 C
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
链 D
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；reservoir contained 0.2 M magnesium formate dihydrate (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 4IPY HIV capsid C-terminal domain 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；reservoir contained 0.2 M magnesium formate dihydrate (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 4IPY HIV capsid C-terminal domain 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；reservoir contained 0.2 M magnesium formate dihydrate (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 4IPY HIV capsid C-terminal domain 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；reservoir contained 0.2 M magnesium formate dihydrate (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 4IPY HIV capsid C-terminal domain 提交 2013-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
278–363（86 aa）
片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 278-363
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；reservoir contained 0.2 M magnesium formate dihydrate (pH 7.0) and 20% (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.218 |
| 4JLH HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain A128T Mutant Complexed with Allosteric Inhibitor 提交 2013-03-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：A128T, F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 0L9 (2S)-[6-bromo-4-(4-chlorophenyl)-2-methylquinolin-3-yl](methoxy)ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Na Cacodylate, 1.4 M Na Acetate, pH 6.5, Vapor Diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.243 |
| 4JMU Crystal structure of HIV matrix residues 1-111 in complex with inhibitor 提交 2013-03-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–111（111 aa）
片段：UNP residues 1-111
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 1ML 5-{4-[(4-methoxybenzoyl)amino]phenoxy}-2-{[(trans-4-methylcyclohexyl)carbonyl](propan-2-yl)amino}benzoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；22.5% PEG2000MME, 100mM NaOAc pH4.5, 100mM Ammonium sulfate, 7.5% DMSO , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 4LQW Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in complex with NUP358 cyclophilin 提交 2013-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
133–278（146 aa）
片段：UNP Residues 133-278
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；23 % v/v PEG 4000, 23 % glycerol, 8.5 % isopropanol, 85 mM HEPES pH 7.5, 20 mM spermine tetrahydrochloride, 100 mM glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.246 |
| 4LQW Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in complex with NUP358 cyclophilin 提交 2013-07-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：UNP Residues 133-278
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；23 % v/v PEG 4000, 23 % glycerol, 8.5 % isopropanol, 85 mM HEPES pH 7.5, 20 mM spermine tetrahydrochloride, 100 mM glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.246 |
| 4NX4 Re-refinement of CAP-1 HIV-CA complex 提交 2013-12-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
133–278（146 aa）
片段：HIV-1 CAPSID (UNP residues 133-278)
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 ZN ZINC ION × 2 JPR 1-(3-chloro-4-methylphenyl)-3-{2-[({5-[(dimethylamino)methyl]-2-furyl}methyl)thio]ethyl}urea × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；286 K；100 MM TRIS, 5% PEG 8000, 20% PEG 300, 10% GLYCEROL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.191 |
| 4O0J HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor (2S)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-6-(3,4-dimethylphenyl)-2,5-dimethylpyridin-3-yl]ethanoic acid 提交 2013-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | LF8 (2S)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-6-(3,4-dimethylphenyl)-2,5-dimethylpyridin-3-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.5 K；10% PEG8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulphate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.232 |
| 4O55 HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor (2S)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1H-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid 提交 2013-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | LF9 (2S)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1H-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277.5 K；10% PEG8000, 0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 0.1 M Ammonium Sulphate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 277.5K
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.259 |
| 4O5B HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain Complexed with Allosteric Inhibitor (2S)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1H-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid 提交 2013-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：A128T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | LF9 (2S)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1H-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.1 M Na Cacodylate, pH 6.5, 1.4 M Na Acetate, Vapor Diffusion,hanging drop, temperature 292K
|
分辨率 2.37 Å R-free 0.233 |
| 4PHV X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF THE HIV PROTEASE COMPLEX WITH L-700,417, AN INHIBITOR WITH PSEUDO C2 SYMMETRY 提交 1991-10-04 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
24–122（99 aa）
链 B
24–122（99 aa）
|
未记录 | VAC N,N-BIS(2-HYDROXY-1-INDANYL)-2,6- DIPHENYLMETHYL-4-HYDROXY-1,7-HEPTANDIAMIDE × 2 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.10 Å |
| 4QNB Disulfide stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE inhibitor 提交 2014-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：A14C,E45C,W184A,M185A | 1B0 N-METHYL-NALPHA-[(2-METHYL-1H-INDOL-3-YL)ACETYL]-N-PHENYL-L-PHENYLALANINAMIDE × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；10% PEG 8,000, 2% Tacsimate, 100 mM Tris, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.271 |
| 4WYM Structural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6 提交 2014-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
链 F
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES, MOPS; 30% glycerol, PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 4WYM Structural basis of HIV-1 capsid recognition by CPSF6 提交 2014-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric |
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
链 K
133–363（231 aa）
链 L
133–363（231 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M sodium formate, ammonium acetate, tri-sodium citrate, sodium/potassium tartrate, sodium oxamate; 0.1 M sodium HEPES, MOPS; 30% glycerol, PEG 4000
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.259 |
| 5TEO Dimer of HIV-1 Gag CTD-SP1 fragment 提交 2016-09-22 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
278–377（100 aa）
链 B
278–377（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；20% PEG 3350, 0.1-0.2M dibasic ammonium phosphate
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.244 |
| 5TEO Dimer of HIV-1 Gag CTD-SP1 fragment 提交 2016-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
278–377（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；20% PEG 3350, 0.1-0.2M dibasic ammonium phosphate
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.244 |
| 5TEO Dimer of HIV-1 Gag CTD-SP1 fragment 提交 2016-09-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
278–377（100 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；290 K；20% PEG 3350, 0.1-0.2M dibasic ammonium phosphate
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.244 |
| 6IK9 HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:dGTP ternary complex 提交 2018-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.225 |
| 6IK9 HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:dGTP ternary complex 提交 2018-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.225 |
| 6IKA HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2018-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.232 |
| 6IKA HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/G112S/D113A/Y115F/F116Y/F160L/I159L:DNA:entecavir-triphosphate ternary complex 提交 2018-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；20 mM Bis-Tris-HCl PH 6.0, 30-40 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20 mM MgCl2, 3.5-4% PEG 6000, 2.4% sucrose, 4.8% glycerol
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.232 |
| 6KDJ HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:lamivudine 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.230 |
| 6KDJ HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:lamivudine 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.230 |
| 6KDK HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:dCTP ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.234 |
| 6KDK HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:dCTP ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.56 Å R-free 0.234 |
| 6KDM HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:entecavir 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.223 |
| 6KDM HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:entecavir 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.223 |
| 6KDN HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:dGTP ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | MG MAGNESIUM ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 6KDN HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y:DNA:dGTP ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | MG MAGNESIUM ION × 1 DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.221 |
| 6KDO HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y/M184V/F160M:DNA:lamivudine 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | GOL GLYCEROL × 2 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.230 |
| 6KDO HIV-1 reverse transcriptase with Q151M/Y115F/F116Y/M184V/F160M:DNA:lamivudine 5'-triphosphate ternary complex 提交 2019-07-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S, C867S | GOL GLYCEROL × 2 1RZ Lamivudine Triphosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.57 Å R-free 0.230 |
| 6LMI Crystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in complex with 2-(tert-butoxy)-2-[3-(3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-yl)-6-methanesulfonamido-2,3',4',5-tetramethyl-[1,1'-biphenyl]-4-yl]acetic acid 提交 2019-12-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 EJ9 (2S)-2-[2-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-4-(3,4-dimethylphenyl)-3,6-dimethyl-5-(methylsulfonylamino)phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 0.32M Ammonium sulfate, 9% PEG 8000, 5mM DTT
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.244 |
| 6LMQ Crystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in complex with 2-(tert-butoxy)-2-[3-(3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)-6-methanesulfonamido-2,3',4',5-tetramethyl-[1,1'-biphenyl]-4-yl]acetic acid 提交 2019-12-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 940 (2S)-2-[2-(3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-6-yl)-4-(3,4-dimethylphenyl)-3,6-dimethyl-5-(methylsulfonylamino)phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1M Sodium cacodylate pH6.5, 0.206M Ammonium sulfate, 1% PEG 8000, 5mM DTT
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.239 |
| 7D83 Crystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in complex with 2-(tert-butoxy)-2-(2-(3-cyclohexylureido)-3,6-dimethyl-5-(5-methylchroman-6-yl)pyridin-4-yl)acetic acid 提交 2020-10-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F1332K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 6 GZ9 (2S)-2-[2-(cyclohexylcarbamoylamino)-3,6-dimethyl-5-(5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)pyridin-4-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1M Sodium cacodylate pH 6.5, 0.2M Ammonium sulfate, 1% PEG 8000, 5mM DTT
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.278 |
| 7DBM HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex 提交 2020-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S,C867S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.224 |
| 7DBM HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V:DNA:dGTP ternary complex 提交 2020-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C749S,C867S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.224 |
| 7DBN HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V/F160M:DNA:dCTP ternary complex 提交 2020-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.225 |
| 7DBN HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/M184V/F160M:DNA:dCTP ternary complex 提交 2020-10-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
未记录 | DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；BIS-TRIS-HCL, DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE, MGCL2, PEG 6000, SUCROSE, GLYCEROL
|
分辨率 2.67 Å R-free 0.225 |
| 7WCE Crystal structure of HIV-1 integrase catalytic core domain in complex with (2S)-2-(tert-Butoxy)-2-(10-fluoro-2-(2-hydroxy-4-methylphenyl)-1,4-dimethyl-5-(methylsulfonyl)-5,6-dihydrophenanthridin-3-yl)acetic acid 提交 2021-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F1332K 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | SO4 SULFATE ION × 2 8Z3 (2S)-2-[10-fluoranyl-1,4-dimethyl-2-(4-methyl-2-oxidanyl-phenyl)-5-methylsulfonyl-6H-phenanthridin-3-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5, 0.23 M Ammonium sulfate, 6% PEG 8000, 5 mM DTT
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.214 |
| 7ZUD Crystal structure of HIV-1 capsid IP6-CPSF6 complex 提交 2022-05-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric |
链 A
133–363（231 aa）
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 12 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.3M Calcium chloride dihydrate, 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 0.1 M Bicine, 20% PEG 4000
|
分辨率 2.93 Å R-free 0.336 |
| 8A1P HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor BI-D 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 GOL GLYCEROL × 2 LF0 (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；PEG 4000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, Tris-Bicine
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.209 |
| 8A1Q HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor STP0404 (Pirmitegravir) 提交 2022-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 WBV (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,3,6-trimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole-MES
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.235 |
| 8BUV HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor LEDGIN 3 提交 2022-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 723 (6-chloro-2-oxo-4-phenyl-1,2-dihydroquinolin-3-yl)acetic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.247 |
| 8BV2 Biological and structural analysis of new potent Integrase-LEDGF allosteric HIV-1 inhibitors 提交 2022-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | RWR (2S)-2-[3-cyclopropyl-2-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-6-methyl-phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；3 microliters of protein at 5 mg/mL in 50 mM MES pH5.5, 50 mM NaCl, 5 mM DTT mixed with 3 microliters of reservoir solution containing 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 1.26 M ammonium sulfate.
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.226 |
| 8CBR HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor BDM-2 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | RWR (2S)-2-[3-cyclopropyl-2-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-6-methyl-phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.211 |
| 8CBS HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor MUT871 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 14 CL CHLORIDE ION × 1 U5L (2~{S})-2-[3-cyclopropyl-6-methyl-2-(5-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)phenyl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.198 |
| 8CBT HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor MUT872 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | W2Q (2~{S})-2-[3-cyclopropyl-2-(3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-6-methyl-phenyl]-2-cyclopropyloxy-ethanoic acid × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 MG MAGNESIUM ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.253 |
| 8CBU HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor MUT884 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 U60 (2S)-2-[3-cyclopropyl-6-methyl-2-(5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)phenyl]-2-cyclopropyloxy-ethanoic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.254 |
| 8CBV HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor MUT916 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1367–1435（69 aa）
链 A
1197–1359（163 aa）
链 B
1367–1435（69 aa）
链 B
1197–1359（163 aa）
链 C
1367–1435（69 aa）
链 C
1197–1359（163 aa）
链 D
1367–1435（69 aa）
链 D
1197–1359（163 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 U5S (2~{S})-2-[3-cyclopropyl-2-(8-fluoranyl-5-methyl-3,4-dihydro-2~{H}-chromen-6-yl)-6-methyl-phenyl]-2-cyclopropyloxy-ethanoic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；PEG 8000, ethylene glycol, magnesium chloride, calcium chloride, imidazole, MES
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.230 |
| 8F22 HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 11l capsid inhibitor. 提交 2022-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–356（224 aa）
链 B
133–356（224 aa）
链 C
133–356（224 aa）
链 D
133–356（224 aa）
链 E
133–356（224 aa）
链 F
133–356（224 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | XBQ Nalpha-{[4-(4-aminobenzene-1-sulfonyl)-2-oxopiperazin-1-yl]acetyl}-N-(4-methoxyphenyl)-N-methyl-L-phenylalaninamide × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 40% w/v PEG300, 0.500 mM 11l, and previous crystal seed solution.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.347 |
| 8F22 HIV-CA Disulfide linked Hexamer bound to 11l capsid inhibitor. 提交 2022-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
133–356（224 aa）
链 H
133–356（224 aa）
链 I
133–356（224 aa）
链 J
133–356（224 aa）
链 K
133–356（224 aa）
链 L
133–356（224 aa）
|
突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A 突变：A14C, E45C, W184A, M185A | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291.15 K；0.2 M Calcium acetate hydrate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 40% w/v PEG300, 0.500 mM 11l, and previous crystal seed solution.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.347 |
| 8FN7 Structure of WT HIV-1 intasome bound to Dolutegravir 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8FND Structure of E138K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K 突变：E138K | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8FNG Structure of G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A 突变：G140A | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8FNH Structure of Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K 突变：Q148K | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 8FNJ Structure of E138K/G140A HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A 突变：E138K,G140A | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8FNL Structure of E138K/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K 突变：E138K,Q148K | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8FNM Structure of G140A/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K 突变：G140A,Q148K | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8FNN Structure of E138K/G140A/Q148K HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8FNO Structure of E138K/G140A/Q148R HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R 突变：E138K,G140A,Q148R | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.46 Å |
| 8FNP Structure of E138K/G140S/Q148H HIV-1 intasome with Dolutegravir bound 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H 突变：E138K,G140S,Q148H | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8FNQ Structure of E138K/G140A/Q148K HIV-1 intasome with 4d bound 提交 2022-12-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
|
突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K 突变：E138K,G140A,Q148K | OZ1 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-6-(6-hydroxyhexyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8T5B HIV-1 Integrase Catalytic Core Domain and C-Terminal Domain in Complex with Allosteric Integrase Inhibitor EKC-110 提交 2023-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1204–1358（155 aa）
链 B
1204–1358（155 aa）
链 C
1368–1424（57 aa）
链 D
1368–1424（57 aa）
|
未记录 | QD6 (2S)-tert-butoxy{4-(4-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1-[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-5-yl}acetic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；10% (wt/vol) PEG 8,000, 20% ethylene glycol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 0.1 M imidazole-MES (pH 6.5)
|
分辨率 2.08 Å R-free 0.265 |
| 8USY HIV-1 Integrase F185H N222K Complexed with Allosteric Inhibitor BI-D 提交 2023-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1149–1435（287 aa）
链 B
1149–1435（287 aa）
|
突变：Y15A, F185H, N222K 突变：Y15A, F185H, N222K | LF0 (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294.15 K；30% 2-methyl-2,4--pentanediol (MPD), 0.1M sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.339 |
| 8V0Z HIV-1 Integrase F185H W131C Complexed with Allosteric Inhibitor BI-D 提交 2023-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1149–1435（287 aa）
链 B
1149–1435（287 aa）
|
突变：Y15A, F185H, W131C 突变：Y15A, F185H, W131C | LF0 (2S)-tert-butoxy[4-(3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methylquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294.15 K；30% 2-methyl-2,4--pentanediol (MPD), 0.1M sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 4.56 Å R-free 0.334 |
| 8V23 Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in the presence of Lenacapavir 提交 2023-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–278（146 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；290 K；0.17 M Sodium acetate trihydrate, 0.085 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 25.5% w/v Polyethylene glycol 8,000, 15% v/v Glycerol
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.286 |
| 8V9C HIV-1 Integrase F185H Complexed with Allosteric Inhibitor GSK1264 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1149–1435（287 aa）
链 B
1149–1435（287 aa）
|
突变：Y15A, F185H 突变：Y15A, F185H | 2SQ (2S)-tert-butoxy[4-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-3-yl]ethanoic acid × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294.15 K；30% 2-methyl-2,4 pentanediol (MPD), 0.1 M sodium citrate pH 5.6 - 6.5
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.341 |
| 8V9C HIV-1 Integrase F185H Complexed with Allosteric Inhibitor GSK1264 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1149–1435（287 aa）
链 B
1149–1435（287 aa）
|
突变：Y15A, F185H 突变：Y15A, F185H | 2SQ (2S)-tert-butoxy[4-(8-fluoro-5-methyl-3,4-dihydro-2H-chromen-6-yl)-2-methyl-1-oxo-1,2-dihydroisoquinolin-3-yl]ethanoic acid × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；294.15 K；30% 2-methyl-2,4 pentanediol (MPD), 0.1 M sodium citrate pH 5.6 - 6.5
|
分辨率 4.40 Å R-free 0.341 |
| 8VC0 HIV-1 CA crosslinked pentamer in complex with GS-CA1 提交 2023-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
|
突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A | A1AAO N-[(1S)-1-{(3M)-3-{4-chloro-3-[(cyclopropanesulfonyl)amino]-1-(2,2-difluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8000,
0.1 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.315 |
| 8VC0 HIV-1 CA crosslinked pentamer in complex with GS-CA1 提交 2023-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 F
133–363（231 aa）
链 G
133–363（231 aa）
链 H
133–363（231 aa）
链 I
133–363（231 aa）
链 J
133–363（231 aa）
|
突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A 突变：N21C, A22C, W184A, M185A | A1AAO N-[(1S)-1-{(3M)-3-{4-chloro-3-[(cyclopropanesulfonyl)amino]-1-(2,2-difluoroethyl)-1H-indazol-7-yl}-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl}-2-(3,5-difluorophenyl)ethyl]-2-[(3bS,4aR)-3-(difluoromethyl)-5,5-difluoro-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 8000,
0.1 M HEPES, pH 6.8
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.315 |
| 8VXV HIV-1 R18L CA hexamer 提交 2024-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：R18L | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM Tris, pH 8, 1 M NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VXV HIV-1 R18L CA hexamer 提交 2024-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：R18L | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM Tris, pH 8, 1 M NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VXV HIV-1 R18L CA hexamer 提交 2024-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
133–363（231 aa）
|
突变：R18L | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM Tris, pH 8, 1 M NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VXW HIV-1 R18L CA pentamer from capsid-like particles assembled in 1 M NaCl 提交 2024-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 A
133–363（231 aa）
链 B
133–363（231 aa）
链 C
133–363（231 aa）
链 D
133–363（231 aa）
链 E
133–363（231 aa）
|
突变：R18L 突变：R18L 突变：R18L 突变：R18L 突变：R18L | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；50 mM Tris, pH 8, 1 M NaCl, 5 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8X1Z HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y:DNA:E-CFCP-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 XTE E-CFCP-triphosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.223 |
| 8X1Z HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y:DNA:E-CFCP-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 XTE E-CFCP-triphosphate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.62 Å R-free 0.223 |
| 8X20 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:E-CFCP-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | XTE E-CFCP-triphosphate × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8X20 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:E-CFCP-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | XTE E-CFCP-triphosphate × 1 GOL GLYCEROL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.231 |
| 8X21 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:ETV-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.218 |
| 8X21 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:ETV-TP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | ET9 [[(1R,3S,5S)-3-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3H-purin-9-yl)-2-methylidene-5-oxidanyl-cyclopentyl]methoxy-oxidanyl-phosphory l] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.33 Å R-free 0.218 |
| 8X22 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:dGTP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 B
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.219 |
| 8X22 HIV-1 reverse transcriptase mutant Q151M/Y115F/F116Y/L74V:DNA:dGTP ternary complex 提交 2023-11-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric |
链 D
588–1015（428 aa）
|
突变：C162S, C280S | DGT 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；bis-tris-HCl, di-ammonium hydrogen citrate, MgCl2, PEG6000, sucrose, glycerol
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.219 |
| 8ZH4 HIV-1 integrase core domain in complex with compound 5 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 A1L1V (2~{S})-2-(4',5-dimethylspiro[1,2-dihydroindene-3,1'-cyclohexane]-4-yl)-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, 7% (w/v) PEG 8000, 5mM DTT, soaking the crystal with 1mM compound 5
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.220 |
| 8ZHA HIV-1 integrase core domain in complex with compound 15 提交 2024-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1197–1359（163 aa）
|
突变：F185H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 A1L1W (2~{S})-2-[7-(cycloheptylcarbamoyl)-4',5-dimethyl-spiro[1,2-dihydroindene-3,1'-cyclohexane]-4-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M sodium cacodylate, 0.2M ammonium sulfate, 7% (w/v) PEG 8000, 5mM DTT, soaking the crystal with 1mM compound 15
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.211 |
| 9BW9 Tetrameric Complex of full-length HIV-1 integrase protein bound to the integrase binding domain of LEDGF/p75 提交 2024-05-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C
|
分辨率 4.10 Å |
| 9C29 Hexadecamer of NL4-3 WT HIV-1 intasome 提交 2024-05-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 16 PDB 声明：20-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 E
1148–1435（288 aa）
链 F
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
链 K
1148–1435（288 aa）
链 L
1148–1435（288 aa）
链 M
1148–1435（288 aa）
链 N
1148–1435（288 aa）
链 O
1148–1435（288 aa）
链 P
1148–1435（288 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a manual plunger in cold room at 4C
|
分辨率 8.00 Å |
| 9C9M HIV-1 intasome core bound with DTG 提交 2024-06-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：12-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1332–1435（104 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 K
1148–1435（288 aa）
链 L
1148–1435（288 aa）
链 M
1332–1435（104 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 DLU (4R,12aS)-N-(2,4-difluorobenzyl)-7-hydroxy-4-methyl-6,8-dioxo-3,4,6,8,12,12a-hexahydro-2H-pyrido[1',2':4,5]pyrazino[2,1-b][1,3]oxazine-9-carboxamide × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.01 Å |
| 9EK1 HIV-1 mature WT matrix protein p17 lattice 提交 2024-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric |
链 A
2–116（115 aa）
链 B
2–116（115 aa）
链 C
2–116（115 aa）
链 D
2–116（115 aa）
链 E
2–116（115 aa）
链 F
2–116（115 aa）
链 G
2–116（115 aa）
链 H
2–116（115 aa）
链 I
2–116（115 aa）
链 J
2–116（115 aa）
链 K
2–116（115 aa）
链 L
2–116（115 aa）
链 M
2–116（115 aa）
链 N
2–116（115 aa）
链 O
2–116（115 aa）
链 P
2–116（115 aa）
链 Q
2–116（115 aa）
链 R
2–116（115 aa）
链 S
2–116（115 aa）
链 T
2–116（115 aa）
链 U
2–116（115 aa）
链 V
2–116（115 aa）
链 W
2–116（115 aa）
链 X
2–116（115 aa）
链 Y
2–116（115 aa）
链 Z
2–116（115 aa）
链 a
2–116（115 aa）
链 b
2–116（115 aa）
链 c
2–116（115 aa）
链 d
2–116（115 aa）
链 e
2–116（115 aa）
链 f
2–116（115 aa）
链 g
2–116（115 aa）
链 h
2–116（115 aa）
链 i
2–116（115 aa）
链 j
2–116（115 aa）
链 k
2–116（115 aa）
链 l
2–116（115 aa）
链 m
2–116（115 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 9EK2 HIV-1 immature L20K/E73K/A82T matrix protein p17 lattice 提交 2024-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric |
链 A
2–116（115 aa）
链 B
2–116（115 aa）
链 C
2–116（115 aa）
链 D
2–116（115 aa）
链 E
2–116（115 aa）
链 F
2–116（115 aa）
链 G
2–116（115 aa）
链 H
2–116（115 aa）
链 I
2–116（115 aa）
链 J
2–116（115 aa）
链 K
2–116（115 aa）
链 L
2–116（115 aa）
链 M
2–116（115 aa）
链 N
2–116（115 aa）
链 O
2–116（115 aa）
链 P
2–116（115 aa）
链 Q
2–116（115 aa）
链 R
2–116（115 aa）
链 S
2–116（115 aa）
链 T
2–116（115 aa）
链 U
2–116（115 aa）
链 V
2–116（115 aa）
链 W
2–116（115 aa）
链 X
2–116（115 aa）
链 Y
2–116（115 aa）
链 Z
2–116（115 aa）
链 a
2–116（115 aa）
链 b
2–116（115 aa）
链 c
2–116（115 aa）
链 d
2–116（115 aa）
链 e
2–116（115 aa）
链 f
2–116（115 aa）
链 g
2–116（115 aa）
链 h
2–116（115 aa）
链 i
2–116（115 aa）
链 j
2–116（115 aa）
链 k
2–116（115 aa）
链 l
2–116（115 aa）
链 m
2–116（115 aa）
|
突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T 突变：L20K,E73K,A82T | MYR MYRISTIC ACID × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.30 Å |
| 9EK3 HIV-1 immature WT matrix protein p17 lattice 提交 2024-11-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 39 PDB 声明：39-meric |
链 A
2–116（115 aa）
链 B
2–116（115 aa）
链 C
2–116（115 aa）
链 D
2–116（115 aa）
链 E
2–116（115 aa）
链 F
2–116（115 aa）
链 G
2–116（115 aa）
链 H
2–116（115 aa）
链 I
2–116（115 aa）
链 J
2–116（115 aa）
链 K
2–116（115 aa）
链 L
2–116（115 aa）
链 M
2–116（115 aa）
链 N
2–116（115 aa）
链 O
2–116（115 aa）
链 P
2–116（115 aa）
链 Q
2–116（115 aa）
链 R
2–116（115 aa）
链 S
2–116（115 aa）
链 T
2–116（115 aa）
链 U
2–116（115 aa）
链 V
2–116（115 aa）
链 W
2–116（115 aa）
链 X
2–116（115 aa）
链 Y
2–116（115 aa）
链 Z
2–116（115 aa）
链 a
2–116（115 aa）
链 b
2–116（115 aa）
链 c
2–116（115 aa）
链 d
2–116（115 aa）
链 e
2–116（115 aa）
链 f
2–116（115 aa）
链 g
2–116（115 aa）
链 h
2–116（115 aa）
链 i
2–116（115 aa）
链 j
2–116（115 aa）
链 k
2–116（115 aa）
链 l
2–116（115 aa）
链 m
2–116（115 aa）
|
未记录 | MYR MYRISTIC ACID × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.00 Å |
| 9N0V Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, KFA-027 提交 2025-01-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
133–352（220 aa）
链 B
133–352（220 aa）
|
未记录 | A1BUL N-[(1S)-1-{(3M)-3-[4-chloro-3-(methanesulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl]-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl}-2-phenylethyl]-2-[(3bS,4aR)-5,5-difluoro-3-(trifluoromethyl)-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；200 mM NaI, 100 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 6% glycerol, 9% PEG 3350
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.309 |
| 9N0V Crystal structure of the HIV capsid hexamer bound to the small molecule long-acting inhibitor, KFA-027 提交 2025-01-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 C
133–352（220 aa）
链 D
133–352（220 aa）
|
未记录 | A1BUL N-[(1S)-1-{(3M)-3-[4-chloro-3-(methanesulfonamido)-1-(2,2,2-trifluoroethyl)-1H-indazol-7-yl]-6-[3-(methanesulfonyl)-3-methylbut-1-yn-1-yl]pyridin-2-yl}-2-phenylethyl]-2-[(3bS,4aR)-5,5-difluoro-3-(trifluoromethyl)-3b,4,4a,5-tetrahydro-1H-cyclopropa[3,4]cyclopenta[1,2-c]pyrazol-1-yl]acetamide × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；200 mM NaI, 100 mM Sodium cacodylate pH 6.5, 6% glycerol, 9% PEG 3350
|
分辨率 2.98 Å R-free 0.309 |
| 9NLP HIV-1 Reverse Transcriptase with New Non-Nucleoside Reverse Transcriptase Inhibitor 12126065 提交 2025-03-03 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
588–1147（560 aa）
链 B
588–1027（440 aa）
|
未记录 | A1BYY 4-({5-amino-1-[6-(2-cyanoethyl)naphthalene-1-sulfonyl]-1H-1,2,4-triazol-3-yl}amino)-2-chlorobenzonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8；50mM Tris-HCl pH=8, 60mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；The cryo-EM grids used for single particle collection were Quantifoil R 2/1 300 gold mesh grids with carbon coating. The grids were glow-discharged for 25 s at 25 mA with the chamber pressure set at 0.3 mbar (PELCO easiGlow; Ted Pella). The grids were prepared using the Leica GP2 plunge freezer with its chamber set to 10oC and 95% humidity. Samples of purified HIV-1 RT were diluted to 1mg/mL and 2 molar equivalents of the appropriate compound 12126065 were incubated on a 4oC rotator overnight to combine. A total of 4uL of HIV-1 RT and compound were applied to the backside of the Quantifoil grid and blotted for 4 seconds on the carbon side before plunge frozen in ethane at -181oC.
|
分辨率 3.53 Å |
| 9ON8 Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (R) and Inositol hexakisphosphate (IP6) 提交 2025-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 H
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 I
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 J
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 K
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 L
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 A1CCY 1-{(2R)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one × 1 |
SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
pH 8；277 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；306 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；263 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, deuterated protein buffer | deuterated protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (R), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
|
分辨率未提供 |
| 9ON9 Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (R) and Inositol hexakisphosphate (IP6) 提交 2025-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 H
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 I
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 J
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 K
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 L
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
|
未记录 | A1CCY 1-{(2R)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
pH 8；277 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；306 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；263 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, deuterated protein buffer | deuterated protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (R), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
|
分辨率未提供 |
| 9ONA Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (S) and Inositol hexakisphosphate (IP6) 提交 2025-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 H
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 I
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 J
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 K
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 L
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 A1CCZ 1-{(2S)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one × 1 |
SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
pH 8；277 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；306 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；288 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；263 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-13C; U-15N; U-2H] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 capsid C-terminal domain, 360 uM PF-46396 (S), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
|
分辨率未提供 |
| 9ONB Immature HIV-1 CACTD-SP1 lattice with Maturation inhibitor PF-46396 (S) and Inositol hexakisphosphate (IP6) 提交 2025-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 G
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 H
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 I
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 J
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 K
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
链 L
278–377（100 aa）
片段：residues 278-377
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 A1CCZ 1-{(2S)-2-(4-tert-butylphenyl)-2-[(2,3-dihydro-1H-inden-2-yl)amino]ethyl}-3-(trifluoromethyl)pyridin-2(1H)-one × 1 |
SOLID-STATE NMR
NMR测量条件
pH 8；277 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；306 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；306 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR测量条件
pH 8；263 K；离子强度（mmCIF原始值）250；压力 1
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(racem)/IP6, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-13C; U-15N; U-2H] HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(racem)/IP6, 360 uM PF-46396 (racemic), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
NMR样品组成
400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HIV-1 CACTD-SP1/PF-46396(racem)/IP6, 360 uM PF-46396 (S), 400 uM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE, protein buffer | protein buffer
|
分辨率未提供 |
| 9PYX Crystal structure of WT HIV-1 protease (NL4-3) with inhibitor J02-30 提交 2025-08-08 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1CM5 (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-4-[(2-ethylbutyl){4-[(1R)-1-hydroxyethyl]benzene-1-sulfonyl}amino]-3-hydroxybutan-2-yl}carbamate × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.247 |
| 9Q0T Crystal structure of WT HIV-1 protease (NL4-3) with inhibitor NR05-01 提交 2025-08-13 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 A1CNI (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-{[(1S)-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonyl](2-methylpropyl)amino}butan-2-yl]carbamate × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.234 |
| 9Q13 Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor NR05-04 提交 2025-08-13 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1CNJ (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-{[(1R)-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonyl](2-methylpropyl)amino}butan-2-yl]carbamate × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.237 |
| 9Q1C Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor LR4-46 提交 2025-08-13 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1CNK (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl {(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-[{4-[(1R)-1-hydroxyethyl]benzene-1-sulfonyl}(2-methylpropyl)amino]butan-2-yl}carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.252 |
| 9Q1P Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor NR05-03 提交 2025-08-14 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1CNO (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-4-{(2-ethylbutyl)[(1S)-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonyl]amino}-3-hydroxybutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% w/v ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris-methane-HCl, pH 5.5
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.255 |
| 9Q3P Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor LR4-45 提交 2025-08-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1CNY (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-({4-[(1S)-1-hydroxyethyl]benzene-1-sulfonyl}[(2S)-2-methylbutyl]amino)butan-2-yl]carbamate × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.242 |
| 9Q3T Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor NR03-92 提交 2025-08-19 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 A1CNZ (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-3-hydroxy-4-{[(1R)-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-indene-5-sulfonyl](2-methylpropyl)amino}-1-phenylbutan-2-yl]carbamate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.246 |
| 9Q50 AK01 integrase inhibitor bound to Wild-type HIV-1 intasome 提交 2025-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 A1COF 4-amino-N-[(2,4-difluorophenyl)methyl]-1-hydroxy-5-(hydroxymethyl)-2-oxo-1,2-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a Vitrobot plunge freezer (Thermo Fisher Scientific) at 20C with 100% humidity
|
分辨率 2.33 Å |
| 9Q57 XZ440 integrase inhibitor bound to Wild-type HIV-1 intasome 提交 2025-08-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 R7K ~{N}-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-5-(hydroxymethyl)-1,4-bis(oxidanyl)-2-oxidanylidene-1,8-naphthyridine-3-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Cryo-EM grids were prepared by freezing using a Vitrobot plunge freezer (Thermo Fisher Scientific) at 20C with 100% humidity
|
分辨率 2.28 Å |
| 9Q5D Crystal Structure of WT HIV-1 Protease (NL4-3) with Inhibitor J02-37 提交 2025-08-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
489–587（99 aa）
链 B
489–587（99 aa）
|
未记录 | A1COE (3R,3aS,6aR)-hexahydrofuro[2,3-b]furan-3-yl [(2S,3R)-1-(3,5-difluorophenyl)-3-hydroxy-4-({4-[(1R)-1-hydroxyethyl]benzene-1-sulfonyl}[(2S)-2-methylbutyl]amino)butan-2-yl]carbamate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；23-24% (w/v) Ammonium Sulfate, 0.1M Bis-Tris-Methane-HCl Buffer pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.243 |
| 9RMX CryoEM reconstruction of integrase filament at the lumen of native HIV-1 cores (box size 34.2 nm) 提交 2025-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：44-meric |
链 A
1148–1435（288 aa）
链 B
1148–1435（288 aa）
链 C
1148–1435（288 aa）
链 D
1148–1435（288 aa）
链 E
1148–1435（288 aa）
链 F
1148–1435（288 aa）
链 G
1148–1435（288 aa）
链 H
1148–1435（288 aa）
链 I
1148–1435（288 aa）
链 J
1148–1435（288 aa）
链 K
1148–1435（288 aa）
链 L
1148–1435（288 aa）
|
突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N 突变：D64N, D116N | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 8 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 4.63 Å |
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| UniProt名称 | POL_HV1N5 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 489–587 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 489–587 |
